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Reference ( gi|4751 )         : AAGGAA--GATG-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GG-A-C--TAA-AC-T-GTA--T-ACAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-A--A--TGCT-A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ACATT
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lowQualScore                  :       77    5 5 3333 5   9999999999999 5  0   5  5 5   5 5   5      5   5 2222  5  5 0  5 0 5    0 999       777777 5  8888  0  5 44 1111111    111   5  44    3333 5  99 444 5  5  0  5  55555 4  22 4  22  4 4 4  777 1  4  22  444444444   4      5  44 0  0  0  5    5     
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Reference ( family-936 )      : AAGGAA--GATA-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-A-T-AAAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-AA--TGAT----A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT
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Reference ( family-936 )      : AAGGAA--GATA-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-A-T-AAAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-AA--TGAT----A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT
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blockSeqs                     :       .     . . .    .   TT            .  .   .  . .   . .   .      .   . T     .  . .  . . .    . .         .      .  .     .  . .  .          .     .  .     .    .  .  .   .  .  .  .  .     .  .  .  .   . . .  .   .  .  .   .           .      .  .  .  .  .  .    .
blockSeqs                     :       .     . . .    .   CT            .  .   .  . .   . .   .      .   . .     .  . .  . . .    . .         .      .  .     .  . .  .          .     .  .     .    .  .  .   .  .  .  .  .     .  .  .  .   . . .  .   .  .  .   .           .      .  .  .  .  .  .    .
blockSeqs                     :             . . .    .   C             .  .   .  . .   . .   .      .   . .     .  . .  . . .    . .         .      .  .     .  . .  .          .     .  .     .    .  .  .   .  .  .  .  .     .  .  .  .   . . .  .   .  .  .   .           .      .  .  .  .  .  .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                 .  .  .  .   . . .  .   .  .  .   .           .                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAGGAA--GATA-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-A-T-AAAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-AA--TGAT----A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT
finalCons                     : AAGGAA--GATA-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-A-T-AAAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-AA--TGAT----A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT





Alignments
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lowQualScore                  :       33    2 2 5555 7   3333333333333 2  5   2  2 2   2 2   2      2   2 7777  2  2 5  2 5 7    5 666       999999 7  7777  5  2 33 8888888    666   2  33    5555 2  55 444 2  2  5  2  77777 2  33 2  33  2 2 2  999 7  2  33  999999999   8      2  33 5  5  5  2    2     
lowQualScore                  :       ..    . . .... .   ............. .  .   .  . .   . .   .      .   . ....  .  . .  . . .    . ...       ...... .  ....  .  . .. .......    ...   .  ..    .... .  .. ... .  .  .  .  ..... .  .. .  ..  . . .  ... .  .  ..  .........   .      .  .. .  .  .  .    .     
lowQualScore                  :       77    5 5 3333 5   9999999999999 5  0   5  5 5   5 5   5      5   5 2222  5  5 0  5 0 5    0 999       777777 5  8888  0  5 44 1111111    111   5  44    3333 5  99 444 5  5  0  5  55555 4  22 4  22  4 4 4  777 1  4  22  444444444   4      5  44 0  0  0  5    5     
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Reference ( family-936 )      : AAGGAA--GATA-A-A----A-TAT------CT-----C-CC-TTG-TT-A-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-A-T-AAAT-A---TTGAACA------A-TG----TA-TA-T--C-------TAAAA--CGA-AA--TGAT----A-TA--T---T-CC-AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TG---T-TA-TT--CA---------ATATTTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT
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gi|4758                       : AAGGGA--GA-A-A-A----A-TAT------CT-----C-CA-TTT-TT-A--TGGA-CGC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AA-AAGT-A-A-AAAT-AAAATTGAACA------AATG----TA-TA-TTGC-------TAAA---CGA-AA--TGAT----A-TA--TAAAT-C--AG-TT-GC-----A-AA--T-TG--CA-A-T-TGC--T-TA-TT--CA---------ATA-TTTTCA-GG--T-GC-AT-GG-ACAT-ATATT
gi|4759                       : AAAAAA--GATA-ATA----A-T-T------CA-----CTCC-TTG-TTTA-ATGGA-CGC-AGCACA-GGA-CCAT-AA-AC-T-GT-A-TAAAATAA---TTGAACA------A-TG----TA-TATT--C-------TAAAA--CG--AA--T-AT----A-TA--T---T-CCTAG-TTGGC-----ATAA--T-TG--CA-A-T-TG---T-AA-TT--CA---------A---TTTTTA-GG--TGGC-AT-GG-ACAT-ATAT
gi|4760                       : AAAAAA--TATA-T-A----A-TAT------CC-----------TG-TT-G-ATG-A-CAC-AGCACA-GGA-C--T-AA-AC-T-GT-ATT-AAAT-A----TGAACA------A--G----TA-TA-T--C-------TAAA----GA-AA--TGAT----A-T---------------------------AA--T-TG--CA-A-T-TG---TATA-TT--CA---------ATA-TTTTCA-AG--T-GC-AT-GG-ACAT-A-ATT
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