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lowQualScore                  :          . ..  ..   .        . ... .   .      ...        .  .. . .  ...   .   ..  ..  .  ....   . ......    .. ...    ....     .  ..... .   ...     ...   .....   .   . .  . .....   .     ... . .  .  .  .   .  .. ..  .      .....  . . .  .  .  .. ........     . ....    . ..    .    . .   ...   .............    .          
lowQualScore                  :          5 00  66   6        2 444 1   3      999        7  77 5 7  777   4   88  44  5  3333   5 444444    44 444    3333     5  88888 5   888     444   77777   0   1 5  5 66666   0     000 9 7  6  9  4   9  99 99  8      44444  9 5 9  9  9  99 66666666     4 4444    1 22    2    1 3   888   6666666666666    7          
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Reference ( gi|113088 )       : TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCTAAAATT---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-ACT--CA-TT----ACA-A---C--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----C-ACC---TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-TG-G---T-TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--A--CGCACTGTT---TAGT-GTT-GC-GC-GC--A-------TATATGCA-T--TGTC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-G--------TCCA-GACATCAATT
gi|113090                     : TAATATGTA-T-TTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAATTT---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-ATT--CA-TT----ACA-A---A--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----T-ACC---TACAA---GTA-----TTT-GTGAT-TG-G---C-TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CGTACTGTT---CAGT-GTT-GC-GCAAC--A-------TATATGCACT--TGTC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-G--------TCCA-GACATCA
gi|113091                     : TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCT-A---A-TGCATAAATT---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-ACT--CA-AT----ACA-A---T--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----C-ACCC--TACAA---GTA-----TTT-GTTGT-TG-G---T-TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CGTACTGTC---TGGT-GTT-GC-GC-GC--A-------TATATGCA-A--TGTC-A--TTTG-GTAC-C--TA---AGT--A-T--------TCCA-GACATCAAT
gi|113098                     : TAATATG----------AAT-GACGAACA-C---A-TGCAAAAATT---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AAC-AAA-ACT--CA-TT----ACA-A---C--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----C-ACC---TACAA---GTA-----TTT-GTGGC-TG-G---T-TTT-GTCAG---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CGTACTGTT---CGGT-GTT-GC-GC-GCATA-------TATATGCA-G--TGTC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-C--------TCGA-GACATCAATTgta
gi|113089                     : TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-CGAAAAAATC---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-TCT--CA-TT----ACA-A---C--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----C-GCC---TACAT---GTG-----TTT-GTGGT-TG-G---T-TTT-GCCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CGTACTGTT---CGGT-GCT-GC-GC-TT--A-------TATATGAA-G--TAAC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-C--------TCCA-GACATCAAT
gi|113092                     : TAATATGTAGTATTT--AAT-GACAACCA-C---A-TGCAAAAATC---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-ACT--AA-TT----ACA-A---C--CTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----C-ACC---TACAT---GTA-----TTC-GTTGT-TG-G---T-TTT-GTCAA---T-GCCA-AA-TACGGA-GC--A--CGTACTGTT---CGGT-TGT-GT-AC-GC--A-------AATATGCA-G--TGCC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--ACT--------TTCA-GACATCAATgta
gi|113093                     : TAATATGTAGT-CTTT-AATTGGCGACCA-C---AATGC-AAAATT---CAATCTCGGAC--ATA-CAC--AGC-AAA--TT--CA-TT----ACACA---A--TTGCTGG---GGTA----AAATAATT-----T-ATC---TA-AA---GTA-----TTT-GTGATGTG-G---C-TTT-GTCAA---TTG-TA-AA-TCCGGA-GC--A--CGTACTGTT---TAGT-GTTGGCGGC-GC--A-------TATA-GC-----TGTC-A---TTG-GTACGC-TTGGCCGGT--A-G--------TCC--GACATCAATTgta
gi|113095                     : TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGC-AAAATTTCACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA--CT--CC-TT----ACA-A---A--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----T-ACCTT-TACAA---GTA-----TTTGGTGAT-TG-G---C-TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAA--CGCACTGTT---CAGT-GT-----GC-GC--A----------GTG-------ATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAGA-G--------TCCAGGACATCAAT
gi|113094                     : TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGC-AAAATTTCACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA--CT--CC-TT----ACA-A---A--TTGT--G---GGTA----AAATA-TT-----T-ACCTT-TACAA---GTA-----TTTGGTGAT-TG-G---C-TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAA--CGCACTGTT---CAGT-GT-----GC-GC--A----------GTG-------ATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAGA-G--------TCCAGGACATCAATgta
gi|113097                     :    TACGTATT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAAATA--CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-ACT--CATTT----ACA-A---C--TTGT--G---AGTA----AAATATTT-----C-ACC---TACAA---ATA-----TTT-GTAAT-TG-G---TGTTT-GTCAA---T-G-CA-AATTGCGGA-GC--A--CGTACTGTT---TTGTGGCT-GC-GC-GT--A-------TATATGCA-G--TGACAA--TTTG-GTAC-CTTTG---GGT--A-C--------TCCA--ATATTACTTgta
gi|113099                     :        TAAT-ATT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-GAA-ACT--CA-TT----ACA-A---C--ATGT--G---GATA----AAATA-TT-----C-ACC---TACAA---GTA-----CTT-GTG-------------------AA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CGTACTGTT---GGGT-GTT-TC-GC-GC--A-------TATATG
gi|113096                     :         AGT-CTT--AAT-GACAACCA-CACTA-TGCAAAAATC---CAATCT-G-AC--ACAGCA---AGC-AA
gi|113100                     :                     taattatta-C---A-TGCAAAAATC---CAATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAA-AAT--CA-TT----ACA-A---C--TTGT--G---GGTA----AAGTA-TT-----C-ACC---TACAA---GTACAGCATTT-GTGGT-TG-G---T-TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--A--CATACTGTT---AGGT-GCT-GC-GC-GC--A-------TATATGCA-G--TGTC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-ATAGTGGACTCCA-GATAT-AAT
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gi|113102                     :                                              T---CAATCTCG-AC--AAA-CAC--ACC-CAA-CCA--CA-TT-----TA-T---CTATTGT--A---GGTG----AAATA-TTTATAAC-ACCAAACACAA---GT
gi|113102                     :                    tcgactaacagaagctaaaattttcattgtgcatgTCG-ACTAACA-GA---AGCTAAA-ATTTTCA-TTGTGCATG-A---C--TTGT--GTTTGGTGTTATAAATA-TTT----C-ACC---TACAATAGATA-----AAT-GTGGT-TG-GGTGTGTTT-GTCGAGATT-GACAGAA-TGCGGATGC--AGTCG----GTTG--TGGT-GTT-GC-GC-GC--AT------TATATGCAGTTGTGTC-AGGTTGG-GTAC-cagaatgcggatgcagtcggttgtggtgttgcgcgcattatatgcagttgtgtcaggttgggtac
gi|113098                     :                                                                          C-AAA-ACC--AG-CC----ACA-AATAC--TTGT--A---GGTG----AA-TA-TT-----TTACC---CACAA---GT--------T-GTAAT-GA-G---T-TTT-GT
gi|113097                     :                            taatatgaatgacgaacacatgcaaaaattcaatctcgacacacaaC-AAACACC--AA-TT----ACA-AATAT--TTGT--A---GGTG----AAATATTT-----T-ACT---CACAA---G--------TT-GTAAA-TGAG---T-TTT-Gtcagtgcaaatgcggagcacgtactgttcggtgttgcgcgcatatatatgcagtgtcatttggtaccttgggtactcgagacatcaatt
gi|113103                     :                                                                                                               tacgtattcttaatgacgaccacatgcaaaaaatacaatctcgacacacaag-GTGGT-TG-G---T-TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--G--CATACTGTT---CGGT-GCT-GC-GT-GC--tcaatgcaaattgcggagcacgtactgttttgtggctgcgcgtatatatgcagtgacaatttggtacctttgggtactccaatattactt
gi|113104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              -A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--A-C--------TCCA-GACATCAGT





Alignments
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lowQualScore                  :                  3   22   3        5 555 2       0  2  77      2  33   2  222   2   3  33  2  6666   2      33 555    6666     5  2    00     555   77777   5     2 2   777   5     444 2 5  8  2      2  77          33   2 4 2  2  2  33 444444444        888   6  2 33    5    2 3   555   99999999 77    6          
lowQualScore                  :                  .   ..   .        . ... .       .  .  ..      .  ..   .  ...   .   .  ..  .  ....   .      .. ...    ....     .  .    ..     ...   .....   .     . .   ...   .     ... . .  .  .      .  ..          ..   . . .  .  .  .. .........        ...   .  . ..    .    . .   ...   ........ ..    .          
lowQualScore                  :                  3   55   3        7 000 9       1  9  99      7  77   7  000   7   4  99  9  1111   9      99 000    1111     7  9    77     000   11111   3     7 7   333   3     777 7 3  0  7      7  33          00   7 1 7  7  7  77 333333333        555   2  9 99    7    9 1   444   66666666 11    2          
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Reference ( family-933 )      :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-NTCCA-GACATCAATT
gi|113088                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCTAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--ACGCACTGTT-TAGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---TTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-GTCCA-GACATCAATT
gi|113089                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-CGAAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAATCT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CGCC--TACAT---GTG-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GCCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-TT--A---------TATATGAA---GTA-AC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCCA-GACATCAAT
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gi|113092                     :       TAATATGTAGTATTT--AAT-GACAACCA-C---A-TGCAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--AA-TT----ACA-ACCTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAT---GTA-----TTC-GTTGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-GCCA-AA-TACGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-TGT-GT-AC-GC--A---------AATATGCA---GTG-CC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------ACTTTCA-GACATCAATgta
gi|113093                     :       TAATATGTAGT-CTTT-AATTGGCGACCA-C---AATGCAAAA-TT-CA--ATCTCGGAC--ATA-CAC--AGC-AAA-TT--CA-TT----ACACAATTGCTGG---GGTA----AAATAATT-TATC--TA-AA---GTA-----TTT-GTGATGT-GGC---TTT-GTCAA---TTG-TA-AA-TCCGGA-GC--ACGTACTGTT-TAGT-GTTGGCGGC-GC--A---------TATA-GC-----TG-TC-A---TTG-GTACGC-TTGGCCGGT--------A-GTCC--GACATCAATTgta
gi|113094                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAAT
gi|113095                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAATgta
gi|113096                     :               AGT-CTT--AAT-GACAACCA-CACTA-TGCAAAAATC-CA--ATCT-G-AC--ACAGCA---AGC-AAgta
gi|113097                     : taattattaTACGTATT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAAATACA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CATTT----ACA-ACTTGT--G---AGTA----AAATATTT-CACC--TACAA---ATA-----TTT-GTAAT-T-GGTG--TTT-GTCAA---T-G-CA-AATTGCGGA-GC--ACGTACTGTT-TTGTGGCT-GC-GC-GT--A---------TATATGCA---GTG-ACAA--TTTG-GTAC-CTTTG---GGT--------A-CTCCA--ATATTACTT
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gi|113099                     :              TAAT-ATT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-GAAACT--CA-TT----ACA-ACATGT--G---GATA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----CTT-GTG------------------AA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-GGGT-GTT-TC-GC-GC--A---------TATATG
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gi|113102                     :                                                             TCG-ACTAACA-GA---AGCTAAAATTTTCA-TTGTGCATG-ACTTGT--GTTTGGTGTTATAAATA-TTTCACC--TACAATAGATA-----AAT-GTGGT-TGGGTGTGTTT-GTCGAGATT-GACAGAA-TGCGGATGC--A-GT-CGGTTGTGGT-GTT-GC-GC-GC--AT--------TATATGCAGTTGTG-TC-AGGTTGG-GTAC-
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Alignments
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lowQualScore                  :                  .   ..   .        . ... .       .  .  ..      .  ..   .  ...   .   .  ..  .  ....   .      .. ...    ....     .  .    ..     ...   .....   .     . .   ...   .     ... . .  .  .      .  ..          ..   . . .  .  .  .. .........        ...   .  . ..    .    . .   ...   ........ ..    .          
lowQualScore                  :                  3   55   3        7 000 9       1  9  99      7  77   7  000   7   4  99  9  1111   9      99 000    1111     7  9    77     000   11111   3     7 7   333   3     777 7 3  0  7      7  33          00   7 8 7  7  7  77 333333333        555   2  9 99    7    9 1   444   66666666 11    2          
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Reference ( family-933 )      :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-NTCCA-GACATCAATT
gi|113088                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCTAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--ACGCACTGTT-TAGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---TTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-GTCCA-GACATCAATT
gi|113089                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-CGAAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAATCT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CGCC--TACAT---GTG-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GCCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-TT--A---------TATATGAA---GTA-AC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCCA-GACATCAAT
gi|113090                     :       TAATATGTA-T-TTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAATTT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAATT--CA-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGAT-T-GGC---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CAGT-GTT-GC-GCAAC--A---------TATATGCAC--TTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-GTCCA-GACATCAgta
gi|113091                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCT-A---A-TGCATAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-AT----ACA-ATTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACCC-TACAA---GTA-----TTT-GTTGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTC-TGGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---ATG-TC-A--TTTG-GTAC-C--TA---AGT--------A-TTCCA-GACATCAAT
gi|113092                     :       TAATATGTAGTATTT--AAT-GACAACCA-C---A-TGCAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--AA-TT----ACA-ACCTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAT---GTA-----TTC-GTTGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-GCCA-AA-TACGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-TGT-GT-AC-GC--A---------AATATGCA---GTG-CC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------ACTTTCA-GACATCAATgta
gi|113093                     :       TAATATGTAGT-CTTT-AATTGGCGACCA-C---AATGCAAAA-TT-CA--ATCTCGGAC--ATA-CAC--AGC-AAA-TT--CA-TT----ACACAATTGCTGG---GGTA----AAATAATT-TATC--TA-AA---GTA-----TTT-GTGATGT-GGC---TTT-GTCAA---TTG-TA-AA-TCCGGA-GC--ACGTACTGTT-TAGT-GTTGGCGGC-GC--A---------TATA-GC-----TG-TC-A---TTG-GTACGC-TTGGCCGGT--------A-GTCC--GACATCAATTgta
gi|113094                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAAT
gi|113095                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAATgta
gi|113096                     :               AGT-CTT--AAT-GACAACCA-CACTA-TGCAAAAATC-CA--ATCT-G-AC--ACAGCA---AGC-AAgta
gi|113097                     : taattattaTACGTATT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAAATACA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CATTT----ACA-ACTTGT--G---AGTA----AAATATTT-CACC--TACAA---ATA-----TTT-GTAAT-T-GGTG--TTT-GTCAA---T-G-CA-AATTGCGGA-GC--ACGTACTGTT-TTGTGGCT-GC-GC-GT--A---------TATATGCA---GTG-ACAA--TTTG-GTAC-CTTTG---GGT--------A-CTCCA--ATATTACTT
gi|113098                     :       TAATATG----------AAT-GACGAACA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AAC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGC-T-GGT---TTT-GTCAG---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GTT-GC-GC-GCATA---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCGA-GACATCAATT
gi|113099                     :              TAAT-ATT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-GAAACT--CA-TT----ACA-ACATGT--G---GATA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----CTT-GTG------------------AA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-GGGT-GTT-TC-GC-GC--A---------TATATG
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gi|113101                     :                                    -C---A-TGCAAAAATT-CA---TCTCG-AC--ATA-CA---AGC-AAAATT--C---T----ATA--TTTGT--G---GAGA----ATATA-TT-CACC--TACAA---CTA-----TTT-GCGGT-T-GTT---TTA-ATCAA---T-G-CA-AA-TG--------------CTGTT-AGAT-ACT-GC-GC-GC--GCATATATTTTATATGCA---GTG-TC-A--TGT--GTAC-C-GTG---GAT--------A----CA-ATCATCAGTgta
gi|113102                     :                                                             TCG-ACTAACA-GA---AGCTAAAATTTTCA-TTGTGCATG-ACTTGT--GTTTGGTGTTATAAATA-TTTCACC--TACAATAGATA-----AAT-GTGGT-TGGGTGTGTTT-GTCGAGATT-GACAGAA-TGCGGATGC--A-GT-CGGTTGTGGT-GTT-GC-GC-GC--AT--------TATATGCAGTTGTG-TC-AGGTTGG-GTAC-
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blockSeqs                     :                  .   TA   .        G .   .          .  CA      .  .    .  CCC   .   A  .   .  .      .      .  .      .        T  .    TT     .     .       G     . .   G     G     .   . A  G  .      .  AA          C    . T .  .  .  .  T                C     A  . .     A    . .   .     AG       C     G
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blockSeqs                     :                  .   .    .        . .   .          .  .       .  .    .  .     .   A  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           T    . G .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        T     .
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blockSeqs                     :                  .   .    .        . .   .          .  .       .  .    .  .     .   A  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           T    . C .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        G     .
blockSeqs                     :                  .   .    .        . .   .          .  .       .  .    .  .     .   A  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           C    . T .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        G     .
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blockSeqs                     :                  .   .    .        . .   .          .  .       .  .    .  .     .   A  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           T    . C .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        C     .
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blockSeqs                     :                  .   .    .        . .   .          .  .       .  .    .  .     .   .  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           G    . T .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        C     .
blockSeqs                     :                                    . .   .          .  .       .  .    .  .     .   .  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           A    . C .  .  .  .  .                .     .  . .     .    . .   .     .        .     .
blockSeqs                     :                                    . .   .          .  .       .  .    .  .     .   .  .   .  .      .      .  .      .        .  .    .      .     .       .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           A    . . .  .  .  .  .                         . .     .    .                           
blockSeqs                     :                                                                .  .    .  .     .                                                                           .     . .   .     .     .   . .  .  .      .  .           C    . . .  .  .  .                                                                     


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originalCons                  :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-NTCCA-GACATCAATT
finalCons                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-NTCCA-GACATCAATT





Alignments
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lowQualScore                  :                  .   ..   .        . ... .       .  .  ..      .  ..   .  ...   .   .  ..  .  ....   .      .. ...    ....     .  .    ..     ...   .....   .     . .   ...   .     ... . .  .  .      .  ..          ..   . . .  .  .  .. .........        ...   .  . ..    .    . .   ...   ........ ..    .          
lowQualScore                  :                  3   55   3        7 000 9       1  9  99      7  77   7  000   7   4  99  9  1111   9      99 000    1111     7  9    77     000   11111   3     7 7   333   3     777 7 3  0  7      7  33          00   7 8 7  7  7  77 333333333        555   2  9 99    7    9 1   444   66666666 11    2          
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Reference ( family-933 )      :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-NTCCA-GACATCAATT
gi|113088                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCTAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--ACGCACTGTT-TAGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---TTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-GTCCA-GACATCAATT
gi|113089                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-CGAAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAATCT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CGCC--TACAT---GTG-----TTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GCCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GCT-GC-GC-TT--A---------TATATGAA---GTA-AC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCCA-GACATCAAT
gi|113090                     :       TAATATGTA-T-TTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAATTT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAATT--CA-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGAT-T-GGC---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CAGT-GTT-GC-GCAAC--A---------TATATGCAC--TTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-GTCCA-GACATCAgta
gi|113091                     :       TAATATGTAGT-CTT--AAT-GACGACCT-A---A-TGCATAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CA-AT----ACA-ATTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACCC-TACAA---GTA-----TTT-GTTGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTC-TGGT-GTT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---ATG-TC-A--TTTG-GTAC-C--TA---AGT--------A-TTCCA-GACATCAAT
gi|113092                     :       TAATATGTAGTATTT--AAT-GACAACCA-C---A-TGCAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--AA-TT----ACA-ACCTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAT---GTA-----TTC-GTTGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-GCCA-AA-TACGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-TGT-GT-AC-GC--A---------AATATGCA---GTG-CC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------ACTTTCA-GACATCAATgta
gi|113093                     :       TAATATGTAGT-CTTT-AATTGGCGACCA-C---AATGCAAAA-TT-CA--ATCTCGGAC--ATA-CAC--AGC-AAA-TT--CA-TT----ACACAATTGCTGG---GGTA----AAATAATT-TATC--TA-AA---GTA-----TTT-GTGATGT-GGC---TTT-GTCAA---TTG-TA-AA-TCCGGA-GC--ACGTACTGTT-TAGT-GTTGGCGGC-GC--A---------TATA-GC-----TG-TC-A---TTG-GTACGC-TTGGCCGGT--------A-GTCC--GACATCAATTgta
gi|113094                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAAT
gi|113095                     :       TAATATGTAGT-TTTTAAAT-GACGACCAGC---A-TGCAAAATTT-CACAATCTCG-AC--A-A-CACCCAGC-AAA-CT--CC-TT----ACA-AATTGT--G---GGTA----AAATA-TT-TACCTTTACAA---GTA-----TTTGGTGAT-T-GGC---TTTGGTCAA---T-G-CAGAA-TGCGGA-GCAAACGCACTGTT-CAGT-G-T-GC-----------------------GCA---GTGATC-A--TTTGAGTA--C-TTG---GGTAG------A-GTCCAGGACATCAATgta
gi|113096                     :               AGT-CTT--AAT-GACAACCA-CACTA-TGCAAAAATC-CA--ATCT-G-AC--ACAGCA---AGC-AAgta
gi|113097                     : taattattaTACGTATT-CTT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAAATACA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAACT--CATTT----ACA-ACTTGT--G---AGTA----AAATATTT-CACC--TACAA---ATA-----TTT-GTAAT-T-GGTG--TTT-GTCAA---T-G-CA-AATTGCGGA-GC--ACGTACTGTT-TTGTGGCT-GC-GC-GT--A---------TATATGCA---GTG-ACAA--TTTG-GTAC-CTTTG---GGT--------A-CTCCA--ATATTACTT
gi|113098                     :       TAATATG----------AAT-GACGAACA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AAC-AAAACT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----TTT-GTGGC-T-GGT---TTT-GTCAG---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-CGGT-GTT-GC-GC-GCATA---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCGA-GACATCAATT
gi|113099                     :              TAAT-ATT--AAT-GACGACCA-C---A-TGCAAAAATT-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-GAAACT--CA-TT----ACA-ACATGT--G---GATA----AAATA-TT-CACC--TACAA---GTA-----CTT-GTG------------------AA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACGTACTGTT-GGGT-GTT-TC-GC-GC--A---------TATATG
gi|113100                     :                                    -C---A-TGCAAAAATC-CA--ATCTCG-AC--ACA-CA---AGC-AAAAAT--CA-TT----ACA-ACTTGT--G---GGTA----AAGTA-TT-CACC--TACAA---GTACAGCATTT-GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGCGGA-GC--ACATACTGTT-AGGT-GCT-GC-GC-GC--A---------TATATGCA---GTG-TC-A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGTAATAGTGGA-CTCCA-GATAT-AAT
gi|113101                     :                                    -C---A-TGCAAAAATT-CA---TCTCG-AC--ATA-CA---AGC-AAAATT--C---T----ATA--TTTGT--G---GAGA----ATATA-TT-CACC--TACAA---CTA-----TTT-GCGGT-T-GTT---TTA-ATCAA---T-G-CA-AA-TG--------------CTGTT-AGAT-ACT-GC-GC-GC--GCATATATTTTATATGCA---GTG-TC-A--TGT--GTAC-C-GTG---GAT--------A----CA-ATCATCAGTgta
gi|113102                     :                                                             TCG-ACTAACA-GA---AGCTAAAATTTTCA-TTGTGCATG-ACTTGT--GTTTGGTGTTATAAATA-TTTCACC--TACAATAGATA-----AAT-GTGGT-TGGGTGTGTTT-GTCGAGATT-GACAGAA-TGCGGATGC--A-GT-CGGTTGTGGT-GTT-GC-GC-GC--AT--------TATATGCAGTTGTG-TC-AGGTTGG-GTAC-
gi|113103                     :                                                                                                                                                             -GTGGT-T-GGT---TTT-GTCAA---T-G-CA-AA-TGTGGA-GC--GCATACTGTT-CGGT-GCT-GC-GT-GC--
gi|113104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                      -A--TTTG-GTAC-C-TTG---GGT--------A-CTCCA-GACATCAGT