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Reference ( gi|20577 )        : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-A--CA---G-GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T--T-T--TA-G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---GT-T----TG--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-C--TT--AAA-TAA-TAAA
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lowQualScore                  :      .   .  .   .. . ... .    ..    ..............   ..       . . ... .. . .. ....  ..   . .  ..........  . . ................  ..    ...................  ..    .  ...   .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .    
lowQualScore                  :      2   5  5   44 5 444 5    99    88888888888888   44       5 0 222 99 5 99 3333  44   5 5  9999999999  7 7 4444444444444444  77    1111111111111111111  00    7  333   0   7  7   3 7 7    3     7  7    9   9   9    
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Reference ( family-931 )      : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---GT-T----TG--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20577                      : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACAG--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-T-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---GT-T----TG--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-C-TT-AAA-TAA-TAAA
gi|20578                      : TATATATCC-TT-TTTCTA-G---C-ACAT--GCAA--A--A---------TT--CATCAAA-ATT-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---G--T----TG--TTGG--------G-GAC--C---CC--ACGA-AA---GGGAAAA-CT-ACCTT-G-GCCTGGACGT-AGCCTTT-AAATTAA-TAAA
gi|20579                      : TGTATATCC-TT-TTTC-ACG---C-ACAT--GCAA--A--AA-------TTT--CATCAAA-AGT-T-T--T-AC-G----AC--CCT-A-TA----------CA-A-C----T---GT-G----TG--TTGG--------G-A----C---CCC-ACGA-AA---GGGAAAA-CT-ACC-T---GCCT-GACGT-AG-CTTT-GAA-TAA-TAAA
gi|20580                      : TATATATCC-TT-TT---A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A---C-T--T-A--G----A---CCT-A-TG----------CAGA-C----T---G--T----TG---TGG--------G-A----C---CC--AAGA-AAGCCGGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-AACGT-AG-TTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20581                      : TATTTATT--TT-TTT--A-G---CGACAT--GGGGCCA--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--TTAT-G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---------------TTGG--------G-A----C---CCC-ACGA-AATTCGGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCTT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAA
gi|20582                      : TATATACCC-TT-TTTTCA-G---C-ACAT--GCGA--ATTA--------TTT--CAC--AA-A-T-CGT--T-A--G----AC--CCTTA-TG----------CA-A-C----TCAAGTGT----TG--TTGG--------GGA----CA--CC--ACGA-AA---GGG--AA-CT-ACCAT-G-ACCT-TACGT-AG-CTTT-ACA-TAA-TAA
gi|20583                      : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACATTGGCAA--T--A--------TTT--CA-GAAA-A-T-A-T--TAA--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-CTCAGT---GT-T----TG--TTGGAGGAAAAAA-A----CCCGCC--ACGA-AA---GGGAAAA-CTAACC-T-GAACCT-TACGT-AG-CTTT-AAA-TAACTAAA
gi|20584                      : TATAT-TCC-TTGTTT--A-GGTAC-ACATT-GCAAT-A--ACTTTGATTTTT--CACAGAA-A-TGC-T--TGA--G----AC--CCT-A--G----------CT-A-C----T---GT-T-----GACTTGG--------A-A----CATACC--ACAAGAA---GGG-AAAGCT-ACC-T-G-ACCT-TACGT-AG-ATTT-AGA-TAA-TAAA
gi|20585                      : TATATATCC-TT-T----A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-ATTG----------CA-A-
gi|20586                      :   TATGTCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--CCAA--A--A--------TTT--CATCACA-A-T-G-T--T-ATAG----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---G--T----TG--TTGG--------G-AC---C---CC--ACGA-AA---GAG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20587                      :   TATGTCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--CCAA--A--A--------TTT--CATCACA-A-T-G-T--T-ATAG----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---G--T----TG--TTGG--------G-AC---C---CC--ACGA-AA---GAG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20588                      :   TATGTCCCTT-TTT--A-G---C-ACAT---CAA--A-----------TTT--CATCAAACA-T-G-TA-T-A--G----AC--C-T-A-TG----------CA-A-C----T---GT-T----TG--TTGG--------G-A----A---CC--ACG--AA---GAG-AAA-CT-ACC-T---GCCT-GACGTAAG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20589                      :   TAT-TCC-TT-TTT--A-G---C-A-AT--CAAA--A--A--------TTTTCCATCAAA---T-C-T--T-A--C----ACACCTT-A-TG----------CA-ATC----A---GT-TAGTGTG--TTGG--------A-G----C---CCGCACGA-AA---GGG-AAA-AT-ACC-T-G-GCTTAAACGT-AG-ATT
gi|20590                      :      ATCC-TT-AT---A-G---C-ACAT--GCAATTA--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--GATACAC--CTT-A-GC----------CA-A-C---------T-C----TG---TGGCT------G-ATCCGC---CC--ACGA-AA---GGA-AAA----ACC-TGG-GCCT-GACGT-AG-C--T-GAA-AAA-CAAA
gi|20591                      :       TCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A-----------TTT--CATCAAA-A-C-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------C
gi|20592                      :         C-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--T--------TTT--CATCAAA-A-T-C-TAAG-A--G----AC--CCT-A-CGTCTTTAGGCCCA-A-C----T---GC-------------G--------G-----------C--ACGA-AA---GGG-AAA-GT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CCTTGAAA-TAA-TAAA
gi|20593                      :                                                                                                                         -T----TG--TTGG--------G-A----CG--CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-GCC-T-G-GTCT-GATGC-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA


blockSeqs                     :      A   C  G   CT C GTA G    TG    TAACTTTGATT      TC       C T CG  AA T TA ATAC  AC   T T  TCTTTAGGCC  G T TCAAGTGT          AC    AGGAAAAAAACCCG       GC    G  GCC   A   G  A   T G A    G     A  C    G   T   C
blockSeqs                     :      A   .  .   TC . .   .    T     CCAA             .        . G GC  A  A TA .     .    . .  .           . . TCAGTGTT          .     CTGATCCGC            C     .  TTC   A   .  .   A . .    A     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   C  . .   .    .     ATTA             .        . . C   .  G C  .     .    . .  .           . . AGTTAGTG          .     AACATA               C     .  .     A   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   .  . .   .    .     TTAA             .        . . T   .  . T  .     .    . .  .           . . TGTG              .     GGACC                .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   .  . .   .    .     AAA              .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . . TGTT              .     GGACA                .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . . TGTT              .     GACC                 .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . A   .  . .  .     .    . .  .           . . TGT               .     GACC                 .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      G   .  .   .  . .   .    .     TA               .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . . TGT               .     GACG                 .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      G   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . G   .  . .  .     .    . .  .           . . TGT               .     GAC                  .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      G   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . G   .  . .  .     .    . .  .           . . TGT               .     GAC                  .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      A   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . G   .  . .  .     .    . .  .           . . TGC               .     GAC                  .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      .   .  .   .  . .   .    .     AA               .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . . TC                .     GAA                  .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :      .   .  .   .  . .   .    .     AT               .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . . T                 .     AGC                  .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .    .   .   .
blockSeqs                     :          .  .   .  . .   .    .     A                .        . . C   .  . .  .     .    . .  .           . .                   .     G                    .     .  .     .   .  .   . . .    .     .  .             
blockSeqs                     :          .  .   .  . .   .    .     A                .        . . C   .  . .  .     .    . .  .                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                               TGT*************
originalCons                  : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-C----T---GT-T----TG--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
finalCons                     : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-CTGT-------------TG--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---GGG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA





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Reference ( family-931 )      : TATATATCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------CA-A-CT-----G---T-T-----G--TTGG--------G-A----C---CC--ACGA-AA---G---GG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
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gi|20585                      : TATATATCC-TT-T----A-G---C-ACAT--GCAA--A--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--G----AC--CCT-ATTG----------CA-A-
gi|20586                      :   TATGTCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--CCAA--A--A--------TTT--CATCACA-A-T-G-T--T-ATAG----AC--CCT-A-TG----------CA-A-CT-----G---T-T-----G--TTGG--------G-A----C---CCC-ACGA-AA---G---AG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20587                      :   TATGTCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--CCAA--A--A--------TTT--CATCACA-A-T-G-T--T-ATAG----AC--CCT-A-TG----------CA-A-CT-----G---T-T-----G--TTGG--------G-A----C---CCC-ACGA-AA---G---AG-AAA-CT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20588                      :   TATGTCCCTT-TTT--A-G---C-ACAT---CAA--A-----------TTT--CATCAAACA-T-G-TA-T-A--G----AC--C-T-A-TG----------CA-A-CT-----GT--T-T-----G--TTGG--------G-A----A---CC--ACG--AA---G---AG-AAA-CT-ACC-T---GCCT-GACGTAAG-CTTT-AAA-TAA-TAAA
gi|20589                      :   TAT-TCC-TT-TTT--A-G---C-A-AT--CAAA--A--A--------TTTTCCATCAAA---T-C-T--T-A--C----ACACCTT-A-TG----------CA-ATCA-----G---T-TAGTGTG--TTGG--------A-G----C---CCGCACGA-AA---G---GG-AAA-AT-ACC-T-G-GCTTAAACGT-AG-ATT
gi|20590                      :      ATCC-TT-AT---A-G---C-ACAT--GCAATTA--A--------TTT--CATCAAA-A-T-C-T--T-A--GATACAC--CTT-A-GC----------CA-A-CT---------C-T-----G---TGGCT------G-ATCCGC---CC--ACGA-AA---G---GA-AAA----ACC-TGG-GCCT-GACGT-AG-C--T-GAA-AAA-CAAA
gi|20591                      :       TCC-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A-----------TTT--CATCAAA-A-C-C-T--T-A--G----AC--CCT-A-TG----------C
gi|20592                      :         C-TT-TTT--A-G---C-ACAT--GCAA--A--T--------TTT--CATCAAA-A-T-C-TAAG-A--G----AC--CCT-A-CGTCTTTAGGCCCA-A-CT-----G---------------CGG--------------------C--ACGA-AA---G---GG-AAA-GT-ACC-T-G-GCCT-GACGT-AG-CCTTGAAA-TAA-TAAA
gi|20593                      :                                                                                                                      ---T-T-----G--TTGG--------G-A----CG--CC--ACGA-AA---G---GG-AAA-CT-GCC-T-G-GTCT-GATGC-AG-CTTT-AAA-TAA-TAAA