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lowQualScore                  :      33        9     444444444  9  7777777      9      777777 3 7   33   77   7 77 7 7  3   111  22      777777777777  11  5     3 3 7      0  5 3333      44   44   77    7 6 7       4   3    1    
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Reference ( gi|101268 )       : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TAC-GGAA--ATT-C--A-T-CGTATG--GTTT-GTTTTC------------TT-GGGGCATTA-G-A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAGTCCCGAAATGATT-AGGC
gi|101269                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATAACATGCATAAA-AT-C-----GCTGCA-CAGTTT------T-A-TAC-TGAA--ATT-C--A-T-CGCATG--TTTA-GATTTT------------TT--GGACATTA-G-A-TGTTGG-TCGC----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAA-GATT-AGGC
gi|101271                     : TTGCC--TCTGTCCA-TCATA---------AA-AT-T-----GCTGAG-CAGTTT------C-A-TAC-TGAA--TTT-T--A-T-CGCATG--TTTA-GTTTTC------------TT-GGATT-TTA-G-A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-TAT-CAGTCCCGAAACGATT-
gi|101270                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-ATTC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TTC-TGAA--ATTCC--ATT-CGCAT---GTTT-AATTTC-------------T-GGGACATTAGG-A-TG-TGT-TC-C----CTAAAT--AAA--GCTGGGGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101274                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT------------------TT------T-A-TAT-TGAA--ATC-C--A-T--GCATG--TTTA-GTTTTC------------TT-AGGACAT-A-G-A-TGTCGG-TC-C----ATAAAT--AAG--CCT--GGTT-CGT-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101275                     : TTGCC--TC-GTCTC---ATA---------TA-TT-C-----GCCACG-CATTTA------T-A-TAC-TGAA--AT--C--A-T-CGCATG---TTT-AATTTC------------TT-GGA-CATTA-G-A-TGTTGG-TC-C----CT-AAT--AAA--G-T--GGT----T-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101276                     : TTGCC--TCTGTCTCCTCATA---------GA-AT-C-----GCCGCGGCAGTTT------T-A-TACTGAAA--ATT-C--T-TACGAATGAAGTTT-ATAT-C------------T---GAACATTA-G-AATGTTTG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTTCCGT-CAGTC
gi|101277                     :   GCC--TCCGTCTC-TCATA---------AA-AT-T-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TAC-TGAA--ATT-C--A-T-TGCATG--TTTA-GTTC-------------------------------TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCTCTAAACGATT-AGGC
gi|101278                     :   GCCA-TCTGTC-A-TCATA---------TATATAC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-GAC-TGAAGGATT-C--A-T-TGCATG--TTTA-GTTTTTCAAGGTCAACGGTTAGGGGTA-TA-A-A-TGTTGG-TA-C----GCAGTTCAAAA--GTT--GGCT-TGT-C
gi|101279                     :    CC--CTTGTCTC-TCAGA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CATGTT------T-A-GAC-TGAA--ATT-C--A-T-CCCATG-----T-AGTTTC------------TT-GGGACATTA-GAA-TCTT------C----CTAAAT--AAA--GCT---GTG-CGT-CAGTCCC--AACGATT-AG
gi|101280                     :    CC--TCTGTCTC-TCA-A---------AA-ATCC-----GCCACG-CAGTTT------TAA-TAC-CTGA--ATT-CCAA-T-C--ACC--ATTTAGTTTTC------------TT-GGGGCA-TA-GTA-TGTTGT-T-------CTTAAT--AAACGGCT--GGTA-CGT-CAGTCCCTAA--GATC-
gi|101281                     :     C--TTTGTCTC-TCATA---------AA----T-----GC-GCG-CAGTTTAAGTTTT-AATAC-TGAA--ATT-C--A-T-CGCGTG--TTTTAGTTTTC------------TT-GGGACATTAAG-A-TGTTGGGTC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTACCGAAACGATT-AGGC
gi|101282                     :              TC-TCATA---------GA-AT-C-----GCCGTG-CAGTTT------T-A-CAC-TGAA--ATT-C--A-T-CGCAAT--TTTT-AGTTTC------------TT-TGA-CATTA-G-A-TGTAGG-TC-C----CTAGAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC
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Alignments
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lowQualScore                  :      ..        .     .........  .  .......      .      ...... . .       .. .  . .. . .    .     ..    ....   .     ....   . ........ .      .  . ....      ..   ..   ..    .   .       .        .    
lowQualScore                  :      88        7     777777777  7  2222222      7      222222 5 0       44 5  5 44 5 5    5     55    5555   9     3333   0 11111111 5      7  4 0000      22   22   44    5   5       6        9    
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Reference ( family-930 )      : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTTN-GTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101276                     : TTGCC--TCTGTCTCCTCATA---------GA-AT-C-----GCCGCGGCAGTTT------T-A-TACTGAA--AATT-C--T-TACGAA-TGA--A-GTTTATATCT--GAACA----TTA-G--------AATGTTTG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTTCCGT-CAGTC
gi|101277                     :   GCC--TCCGTCTC-TCATA---------AA-AT-T-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTTA-GTTC--------------------------------TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCTCTAAACGATT-AGGC
gi|101278                     :   GCCA-TCTGTC-A-TCATA---------TATATAC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-GACTGAAGGA-TT-C--A-T-TGCA-TGTTTA-GTTT---TTCAAGGTCAACGGTTA-GGGGTATAAA-TGTTGG-TA-C----GCAGTTCAAAA--GTT--GGCT-TGT-C
gi|101279                     :    CC--CTTGTCTC-TCAGA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CATGTT------T-A-GACTGAA--A-TT-C--A-T-CCCA-TG--TA-G-TT---TCTTGGGACA----TTA-GA-------A-TCTT------C----CTAAAT--AAA--GCT---GTG-CGT-CAGTCCC--AACGATT-AG
gi|101280                     :    CC--TCTGTCTC-TCA-A---------AA-AT-CC----GCCACG-CAGTTT------T-AATACCTGA--A-TT-CCAA-T-CAC--CATTTA-GTTT---TCTTGGGGCA-----TA-GT-------A-TGTTGT-T-------CTTAAT--AAACGGCT--GGTA-CGT-CAGTCCCTAA--GATC-
gi|101281                     :     C--TTTGTCTC-TCATA---------AA----T-----GC-GCG-CAGTTTAAGTTTT-AATACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCG-TGTTTTAGTTT---TCTTGGGACA----TTAAG--------A-TGTTGGGTC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTACCGAAACGATT-AGGC
gi|101282                     :              TC-TCATA---------GA-AT-C-----GCCGTG-CAGTTT------T-A-CACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCAATTTTTA-GTTT---CTTTG--ACA----TTA-G--------A-TGTAGG-TC-C----CTAGAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC
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Alignments
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lowQualScore                  :      88        7     777777777  7  2222222      7      222222 5 0       44 5  5 44 5 5    5     5     5555   9     3333   0 11111111 5      7  4 0000      22   22   44    5   5       6        9    
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Reference ( family-930 )      : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101274                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT------------------TT------T-A-TATTGAA--A-TC-C--A-T--GCA-TGTTT-AGTTT---TCTTAGGACA----T-A-G--------A-TGTCGG-TC-C----ATAAAT--AAG--CCT--GGTT-CGT-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101275                     : TTGCC--TC-GTCTC---ATA---------TA-TT-C-----GCCACG-CATTTA------T-A-TACTGAA--A-T--C--A-T-CGCA-TGTTT-AATTT----CTTGG-ACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CT-AAT--AAA--G-T--GGT----T-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101276                     : TTGCC--TCTGTCTCCTCATA---------GA-AT-C-----GCCGCGGCAGTTT------T-A-TACTGAA--AATT-C--T-TACGAA-TGA---AGTTTATATCT--GAACA----TTA-G--------AATGTTTG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTTCCGT-CAGTC
gi|101277                     :   GCC--TCCGTCTC-TCATA---------AA-AT-T-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTC--------------------------------TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCTCTAAACGATT-AGGC
gi|101278                     :   GCCA-TCTGTC-A-TCATA---------TATATAC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-GACTGAAGGA-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TTCAAGGTCAACGGTTA-GGGGTATAAA-TGTTGG-TA-C----GCAGTTCAAAA--GTT--GGCT-TGT-C
gi|101279                     :    CC--CTTGTCTC-TCAGA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CATGTT------T-A-GACTGAA--A-TT-C--A-T-CCCA-TG--T-AG-TT---TCTTGGGACA----TTA-GA-------A-TCTT------C----CTAAAT--AAA--GCT---GTG-CGT-CAGTCCC--AACGATT-AG
gi|101280                     :    CC--TCTGTCTC-TCA-A---------AA-AT-CC----GCCACG-CAGTTT------T-AATACCTGA--A-TT-CCAA-T-CAC--CATTT-AGTTT---TCTTGGGGCA-----TA-GT-------A-TGTTGT-T-------CTTAAT--AAACGGCT--GGTA-CGT-CAGTCCCTAA--GATC-
gi|101281                     :     C--TTTGTCTC-TCATA---------AA----T-----GC-GCG-CAGTTTAAGTTTT-AATACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCG-TGTTTTAGTTT---TCTTGGGACA----TTAAG--------A-TGTTGGGTC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTACCGAAACGATT-AGGC
gi|101282                     :              TC-TCATA---------GA-AT-C-----GCCGTG-CAGTTT------T-A-CACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCAATTTTT-AGTTT---CTTTG--ACA----TTA-G--------A-TGTAGG-TC-C----CTAGAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC
gi|101283                     :                                                      TT------T-A-TATTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTAGGACA----TTA-G--------A-TGTATA-TC-CTTTTCTAACT--AAA--
gi|101284                     :                                                                                                                                            G-CC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC





Alignments
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lowQualScore                  :      ..        .     .........  .  .......      .      ...... . .       .. .  . .. . .    .     .     ....   .     ....   . ........ .      .  . ....      ..   ..   ..    .   .       .        .    
lowQualScore                  :      88        7     777777777  7  2222222      7      222222 5 0       44 5  5 44 5 5    5     5     5555   9     3333   0 11111111 5      7  4 0000      22   22   44    5   5       6        9    
consensus                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
Reference ( family-930 )      : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
gi|101268                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACGGAA--A-TT-C--A-T-CGTA-TGGTT-TGTTT---TCTTGGGGCA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAGTCCCGAAATGATT-AGGC
gi|101269                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATAACATGCATAAA-AT-C-----GCTGCA-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGATT---TTTT-GGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TCGC----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAA-GATT-AGGC
gi|101270                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-ATTC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TTCTGAA--A-TTCC--ATT-CGCA-TGTTT-AATTT-----CTGGGACA----TTAGG--------A-TG-TGT-TC-C----CTAAAT--AAA--GCTGGGGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101272                     : TTGTC--TCTGTCTT-TCATA---------AA-AT-C-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TAG-GGA--A-TT-T--A-T-GGCA-TGTTT-AGTTT---TCTGTTGA-A----TTA-G--------A-T--TGGCTT-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CCGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101274                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT------------------TT------T-A-TATTGAA--A-TC-C--A-T--GCA-TGTTT-AGTTT---TCTTAGGACA----T-A-G--------A-TGTCGG-TC-C----ATAAAT--AAG--CCT--GGTT-CGT-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101275                     : TTGCC--TC-GTCTC---ATA---------TA-TT-C-----GCCACG-CATTTA------T-A-TACTGAA--A-T--C--A-T-CGCA-TGTTT-AATTT----CTTGG-ACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CT-AAT--AAA--G-T--GGT----T-CAGT-CCGAAACGATT-AGGC
gi|101276                     : TTGCC--TCTGTCTCCTCATA---------GA-AT-C-----GCCGCGGCAGTTT------T-A-TACTGAA--AATT-C--T-TACGAA-TGA---AGTTTATATCT--GAACA----TTA-G--------AATGTTTG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTTCCGT-CAGTC
gi|101277                     :   GCC--TCCGTCTC-TCATA---------AA-AT-T-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTC--------------------------------TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCTCTAAACGATT-AGGC
gi|101278                     :   GCCA-TCTGTC-A-TCATA---------TATATAC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-GACTGAAGGA-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TTCAAGGTCAACGGTTA-GGGGTATAAA-TGTTGG-TA-C----GCAGTTCAAAA--GTT--GGCT-TGT-C
gi|101279                     :    CC--CTTGTCTC-TCAGA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CATGTT------T-A-GACTGAA--A-TT-C--A-T-CCCA-TG--T-AG-TT---TCTTGGGACA----TTA-GA-------A-TCTT------C----CTAAAT--AAA--GCT---GTG-CGT-CAGTCCC--AACGATT-AG
gi|101280                     :    CC--TCTGTCTC-TCA-A---------AA-AT-CC----GCCACG-CAGTTT------T-AATACCTGA--A-TT-CCAA-T-CAC--CATTT-AGTTT---TCTTGGGGCA-----TA-GT-------A-TGTTGT-T-------CTTAAT--AAACGGCT--GGTA-CGT-CAGTCCCTAA--GATC-
gi|101281                     :     C--TTTGTCTC-TCATA---------AA----T-----GC-GCG-CAGTTTAAGTTTT-AATACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCG-TGTTTTAGTTT---TCTTGGGACA----TTAAG--------A-TGTTGGGTC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTACCGAAACGATT-AGGC
gi|101282                     :              TC-TCATA---------GA-AT-C-----GCCGTG-CAGTTT------T-A-CACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCAATTTTT-AGTTT---CTTTG--ACA----TTA-G--------A-TGTAGG-TC-C----CTAGAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC
gi|101283                     :                                                      TT------T-A-TATTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTAGGACA----TTA-G--------A-TGTATA-TC-CTTTTCTAACT--AAA--
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finalCons                     : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC





Alignments
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lowQualScore                  :      ..        .     .........  .  .......      .      ...... . .       .. .  . .. . .    .     .     ....   .     ....   . ........ .      .  . ....      ..   ..   ..    .   .       .        .    
lowQualScore                  :      88        7     777777777  7  2222222      7      222222 5 0       44 5  5 44 5 5    5     5     5555   9     3333   0 11111111 5      7  4 0000      22   22   44    5   5       6        9    
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Reference ( family-930 )      : TTGCC--TCTGTCTC-TCATA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTGGGACA----TTA-G--------A-TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCCCGAAACGATT-AGGC
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gi|101277                     :   GCC--TCCGTCTC-TCATA---------AA-AT-T-----GTCGCG-CAGTTT------T-A-TACTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTC--------------------------------TGTTGG-TC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTCTCTAAACGATT-AGGC
gi|101278                     :   GCCA-TCTGTC-A-TCATA---------TATATAC-----GCCGCG-CAGTTT------T-A-GACTGAAGGA-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TTCAAGGTCAACGGTTA-GGGGTATAAA-TGTTGG-TA-C----GCAGTTCAAAA--GTT--GGCT-TGT-C
gi|101279                     :    CC--CTTGTCTC-TCAGA---------AA-AT-C-----GCCGCG-CATGTT------T-A-GACTGAA--A-TT-C--A-T-CCCA-TG--T-AG-TT---TCTTGGGACA----TTA-GA-------A-TCTT------C----CTAAAT--AAA--GCT---GTG-CGT-CAGTCCC--AACGATT-AG
gi|101280                     :    CC--TCTGTCTC-TCA-A---------AA-AT-CC----GCCACG-CAGTTT------T-AATACCTGA--A-TT-CCAA-T-CAC--CATTT-AGTTT---TCTTGGGGCA-----TA-GT-------A-TGTTGT-T-------CTTAAT--AAACGGCT--GGTA-CGT-CAGTCCCTAA--GATC-
gi|101281                     :     C--TTTGTCTC-TCATA---------AA----T-----GC-GCG-CAGTTTAAGTTTT-AATACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCG-TGTTTTAGTTT---TCTTGGGACA----TTAAG--------A-TGTTGGGTC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAGTACCGAAACGATT-AGGC
gi|101282                     :              TC-TCATA---------GA-AT-C-----GCCGTG-CAGTTT------T-A-CACTGAA--A-TT-C--A-T-CGCAATTTTT-AGTTT---CTTTG--ACA----TTA-G--------A-TGTAGG-TC-C----CTAGAT--AAA--GCT--GGTT-CAT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC
gi|101283                     :                                                      TT------T-A-TATTGAA--A-TT-C--A-T-TGCA-TGTTT-AGTTT---TCTTAGGACA----TTA-G--------A-TGTATA-TC-CTTTTCTAACT--AAA--
gi|101284                     :                                                                                                                                            G-CC-C----CTAAAT--AAA--GCT--GGTT-CGT-CAATCCCAAAACGATT-AGGC