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lowQualScore                  :       ....  ....     .     . .. ..... .     . ...  .   . .  ...  ...  .......... .   . .... . .. .  .. .      .  ....   .  .    ... .  . ......... ..  ..    . .      . .  .  .... .     . ...         
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gi|108322                     : ATAAAT----GC----AGAATCTATAT-C--C-------AAAAA-T--T-T-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--G-CGC-ATGTGTT---T-AC-A--------GG--CGA-ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---CTCATTGTA
gi|108323                     : ATAAAT----GC----AGAATATATAT-T--T--A--A-AAAAA-A--TGT-GTA-A-CT---AA---CT----------A-TAG-C----A-GC-T-AT--C-GTGAAA-AT--GTCAC-AT-TGTT---T-AA-A--------GA--CG--ATAT-T-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATAGTA
gi|108324                     : ATAAATAATGGC----AGAATCTA-AT-T--C--C--A-AAAA--T--TGT-GTA-A-CT---GAAATTT----------G-TAG-C----A-G--T-AT--C-GTGAAAACT--GGCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------GG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GCA---A-AATGA-G---T-CATTGTA
gi|108325                     : ATAAAT----CC----AGACTACATAG-C--C--C--A-ACACA-T--TGT-GTA-A-CT---AG---CT----------A-TTG-C----A-GA-T-AT--C-GTGAAT-AT--TTTAC-AT-TATTGTAT-AC-A--------TG-----------C-CCTCTT-C-AT-GC----A-AATTA-G---TGTATTGTA
gi|108326                     : ATGAAT----GCTGGTAGGATAT-TATCT--C--CTTA-GAAAA-T--TGTTGTAGA-GTAGAGA---CT----------G-TAG-CGTCCA-GG-T-AT--C-GTGAAA-TT--TGCGCGAT-TGTT---TTACCA--------GG--CG--ATAA-C-CCCATT-T-AT-GTGCAAA-AATGAGG---TCCATT
gi|108327                     :  TAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AGAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CTATATACTATAG-TAG-C----A-GA-T-AT--C-GTGAAA-GT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------TG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
gi|108328                     :  TAAAT----GC----AGATTCAAGAT-T--C--G--A-AAAAA-AAATAT-GTA-A-CT---GA---CT----------A-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------TG--CA--ATAA-C-CCTCTT-T-TT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
gi|108329                     :   AAAT----CC----AGAAAATATAT----C--C--ATAAAAA-T--GGT-GTG-A-CT---GA---CA----------A-TAT-C----A-GA-T-AT--T-GTGAAA-CT--TTTGC-AT-TGCT---T-AT-A--------TA--CA--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GT----A-AATGA-G---TCTATTGTA
gi|108330                     :   AAAT----CC----AGAATACATGT-G--GAAC--A-AACAA-T---GT-ATA-A-CT---GG---CT----------A-TAG-T----A-TA-T-AA--C-TTGAAA-CC--TTCGC-AC-TGTT---T-AC-A--------TA--TG--A-AA-CTCCTATT-T-AT-GC----A-AATGA-A---TCCATCGTA
gi|108331                     :   AAATTG--GC----A-AATCTATAT-TGTC--C--A-AAAAAAT--TGT-GTA-A-C----GA---CT----------G--AGTC----A-GG---AT--C-GTGAAA-CG--G-CGC-A---GTT---T-AC-A--------AG--GG--ATAA-C-CCTCTT-T-A--GT----A-AATGA-----TCC
gi|108332                     :    AAT----GC----AGAATC-ATAT-T--C--C--A-AAA-A-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--CGGTGAAA-CT--GGCGC-AT-TG-T---T-GC-A--------GG--CGA-ATAACC-CCTCTT-T-ATGGC----A-AATTA-G---TCCATTGT
gi|108333                     :                                          AAA-T--TGT-GTA-ATCT---GA---CG----------GGTAG-C----A-GG-TGATTGC-GTGAAA-CT--GGCGC--T-TGTT---T-TT-AGTTTCTATTGTCCGGAGTAAGC-TCTCAT-T-AT-GC----AGAATGA-G---TCCATTGTA


blockSeqs                     :       AATG  TGGT           C GT CTT   T     A AAT  T   G T  AGA  AAT  ATATACTATA G   T GTCC A AA G  TG G      A  TGGC   G  G    GTA T  C GTTTCTATT TC  GA    C T      C A  G  GCAA G     G AGA
blockSeqs                     :       TG    .              . .  AAC   .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  GT     .  .    .   .  . G         .   A     G .      . .  .  A    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  TT     .  .    .   .  . T         .   A     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  A     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . A  .  .  .      .  TT     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  A     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  GT     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . C  .  .  .      .  GG     .  .    .   .  . G         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . A  .  .  .      .  TT     .  .    .   .  . G         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  TG     .  .    .   .  . G         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  G     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . A  .  .  .      .  GT     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . G    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  GT     .  .    .   .  . G         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . A  .  .  .      .  TT     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  C     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . A  .  .  .      .  TT     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  .     .     . T    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  GG     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  .     .     . .    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  GG     .  .    .   .  . T         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :       .     .              . .  .     .     . .    .   . .  .    .    .          .   . .    . G  .  .  .      .  G      .  .    .   .  . A         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  
blockSeqs                     :                                             . .    .   . .  .    .    .          .   . .    . .  .  .  .      .  G      .  .    .   .  . G         .   .     . .      . .  .  .    .     . .  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AAAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------NG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
finalCons                     : ATAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AAAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------NG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA





Alignments
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lowQualScore                  :       8888  5555     0     2 33 00000 2     2 444  2   2 2  444  444  0000000000 2   2 5555 2 22 2  33 2      2  6666   2  2    444 2  2 999999999 33  77    4 2      2 2  2  7777 2     2 444         
lowQualScore                  :       ....  ....     .     . .. ..... .     . ...  .   . .  ...  ...  .......... .   . .... . .. .  .. .      .  ....   .  .    ... .  . ......... ..  ..    . .      . .  .  .... .     . ...         
lowQualScore                  :       8888  3333     9     5 44 99999 5     4 333  4   4 4  111  111  3333333333 4   4 0000 4 44 4  22 4      4  8888   4  4    111 4  4 555555555 22  99    7 4      4 4  4  4444 4     4 111         
consensus                     : ATAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AAAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------NG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
Reference ( family-928 )      : ATAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AAAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------NG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
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gi|108327                     :  TAAAT----GC----AGAATCTATAT-T--C--C--A-AGAAA-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CTATATACTATAG-TAG-C----A-GA-T-AT--C-GTGAAA-GT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------TG--CG--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
gi|108328                     :  TAAAT----GC----AGATTCAAGAT-T--C--G--A-AAAAA-AAATAT-GTA-A-CT---GA---CT----------A-TAG-C----A-GG-T-AT--C-GTGAAA-CT--GTCGC-AT-TGTT---T-AC-A--------TG--CA--ATAA-C-CCTCTT-T-TT-GC----A-AATGA-G---TCCATTGTA
gi|108329                     :   AAAT----CC----AGAAAATATAT----C--C--ATAAAAA-T--GGT-GTG-A-CT---GA---CA----------A-TAT-C----A-GA-T-AT--T-GTGAAA-CT--TTTGC-AT-TGCT---T-AT-A--------TA--CA--ATAA-C-CCTCTT-T-AT-GT----A-AATGA-G---TCTATTGTA
gi|108330                     :   AAAT----CC----AGAATACATGT-G--GAAC--A-AACAA-T---GT-ATA-A-CT---GG---CT----------A-TAG-T----A-TA-T-AA--C-TTGAAA-CC--TTCGC-AC-TGTT---T-AC-A--------TA--TG--A-AA-CTCCTATT-T-AT-GC----A-AATGA-A---TCCATCGTA
gi|108331                     :   AAATTG--GC----A-AATCTATAT-TGTC--C--A-AAAAAAT--TGT-GTA-A-C----GA---CT----------G--AGTC----A-GG---AT--C-GTGAAA-CG--G-CGC-A---GTT---T-AC-A--------AG--GG--ATAA-C-CCTCTT-T-A--GT----A-AATGA-----TCC
gi|108332                     :    AAT----GC----AGAATC-ATAT-T--C--C--A-AAA-A-T--TGT-GTA-A-CT---GA---CT----------G-TAG-C----A-GG-T-AT--CGGTGAAA-CT--GGCGC-AT-TG-T---T-GC-A--------GG--CGA-ATAACC-CCTCTT-T-ATGGC----A-AATTA-G---TCCATTGT
gi|108333                     :                                          AAA-T--TGT-GTA-ATCT---GA---CG----------GGTAG-C----A-GG-TGATTGC-GTGAAA-CT--GGCGC--T-TGTT---T-TT-AGTTTCTATTGTCCGGAGTAAGC-TCTCAT-T-AT-GC----AGAATGA-G---TCCATTGTA