lowQualScore : 111 111 22222222222 111111111 222222222222222 111 1111111 111
lowQualScore : 2 33 2 0 888 2 2 2 77 444 3 2 2 111 22222222222 444 7 2 2 000000000 33 444 000000000000000 88 2 66 33 444 000 9999999 2 33 333 2 77 2 2 88 1 99999999999 3 99999 9999 44 3 44
lowQualScore : . .. . . ... . . . .. ... . . . ... ........... ... . . . ......... .. ... ............... .. . .. .. ... ... ....... . .. ... . .. . . .. . ........... . ..... .... .. . ..
lowQualScore : 7 77 7 1 000 5 5 5 11 444 7 5 5 777 44444444444 444 4 2 5 000000000 44 444 444444444444444 44 5 99 44 444 999 4444444 5 44 333 9 99 9 6 66 5 77777777777 0 00000 8888 22 1 22
consensus : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTG---AGGG-A-TTAGGGATTTT--------CGG---GGAAAAGNG-T---------GA--A---AAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC-ATTT------NAA-A--TG-CNA-TCT-T-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA--TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
Reference ( gi|4734 ) : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAA-CC-G-AT-CCCATG---AAGG-A-TCAAGGATTTT--------GGG---GGGAAAGTG-T---------GA--A---AAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACCTTT---TC-GTTT------AAA-A--TG-GTA-TCC-T-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA--TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4738 : AATGCTAATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAC-CC-A-AT-CCCATG---AAGA-A-GTGATGATTTT--------GGG---GGGAAGGTG-T---------GA--A---AAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC-ATTT------CAA-A--TG-CTA-TCT-T-CGAT-CTGTATT-TA--GA---TTTGAATTA----GTCAA--TTCC--AGTATA-T--TTTCAAAA
gi|4737 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGAAC-CT-G-AT-CCCATA---AAGG-A-TTGATGATTTT--------TGG---GGAAAAGTG-T---------GA--A---AAC---CTAT----A--TTC--CCC-CA--TAACTTTT---TC-ATTT------CAA-A--TG-CTA-TCT-T-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA--TTAA--AGTACA-A--TTTAAAAA
gi|4739 : AAAGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGG---CC-ACAT-CCAATA---AAAG-T-TTT-GCACTTT--------TGG---GGAAAAGTA-T---------GA--A---AAC---CAAA----T--TTT--ACC-CA--TAACTTTT---TT-ATTT------TAA-A--TG-CTA-TCC-T-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCTA--TTCC--AATACA-A--TTTAAAAA
gi|4735 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGCG-CC-G-AT-CCAATG---AGGG-A-TTAGGGATTTT--------TAG---GGAAAAGAG-T---------GG--A---TAC---AAAC----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TA-ATTT------CAA-A--TG-
gi|4743 : AATGCTGATCCT-G-TTAG--TGT-TTGGGATCC-G-ATTCCCATT---TGGG-A-TTAGGCATTTT--------CGG---CGGAGAGTGGT---------GA--A---AAAAG-CAAC----T--TTT--CCCTTA--TAA-CTTT---TC-ATTT-------AA-A--TG-CAA-TCCTT-CAAT----TTTTACA--GATTTTTTGAATCA----GTCAA--TTCCCAAGTACA-TTATTTAAAAAc
gi|4736 : AATGCTGATAAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CA-G-AT-CCTTTG---AGGG-A-TTAGAGATTTA--------CAG---GTTTCAGTT-T---------AA--A---------CAAA----TGGTTTGACCC-GG--TAACTTTT---T---TTTGA----AGA-A--CA-ATA-T---T-TAAA-CAGTTT---------------AATAG----AGCCT--TTCC--AGTACA-T--TTTAAGAA
gi|4741 : AATGCTGATCAT-GAT-----------GGGG-CT-G-AT-CCGTTG---AGGG-A-TTA-GGATTT-------------------ACATG-T---------TC--ACTTAAA---GAAA----TG-TTT--CAC-CACGTAACTTTT---TT-ATTT------GA-----TGAGCAATCT-T-CAA--ATGGTTT-AATGGA---TT-GAATAG----ATCCT--CTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4742 : AATGCTGATCAT-GATAAAGTTTT-TTGGGG-CT-G-AT-CCTTAG---AGGG-A-TTGAGGATTTC--------CAG---GTTTCAGTT-C---------TA--A---AAG---AAAG----G--TTT--GAC-CAAGAAACTCTT---TT-ATTT------GAA-G--AA-CAA-TCT-T-CAAA-CGGTTT-------A---TTGGACTCATAAGATCAT--TTCC--AGTATA-T--CTTAAAAA
gi|4740 : AATGCTGATCAT-GATTAA--ATC-G-GGGG-CT-G-AT-CCT-TA---AAGGGA-TTAGCGATT-------------------AACATG-TTTCAGGTTAGA--A---AAT----AGA----T--TTGA-CCC-CG--TAACTTTT---TTTATTT------GAC-A--AG-CAA-TCT-T-CAAA-TGGTTTG-TG--AA---TTTGAATAG----AACCT--TTCC--ATCACA-T--TTTAAGAA
gi|4745 : CTGATTAT-GATTAG--TTT-TTGGTG-CC-G-AT-TCATTG---AAGG-G-TTAGGAATTTT--------GGG---GGAAAAGAG-T---------GA--A---AACATACA---------TTT--CCG-CA--TAA-CTTT---TC-ATGT------GAA-A--TG-CAA-TTT-T-TAAT-CTGTTTT-CA--GT---TTTCAATCA----TTTAA--TCCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4744 : CTGATCAT-TATTAG--TTTATCGGTG-CC-G-AT-CCATTG---AAGG-G-TTAGGAATTT----------GG---GGAAAAGAG-T---------GA--A---AAC---ATAC----T--TTT--CCG-CA--TAACTTTT---TC-ATTT------GTA-A--T--GCA-AAT-T-AAATACTGTTTT-CC--AT---TTTCAACTA----TTTAA--TTCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4746 : CTGATCCT-GTTTAG--T---TTGGGT-CCTG-AT-CCCATT---AGGG-AGTTAGGCATTTT--------TCG---GGGAGAGGG-T---------GA--A---AAG---C----------TTT--TCC-TA--TAACTTTT---GC-ATTT------CAA-A--TG-CT--TCT-TCCAATACTGTTTA-CA--GAT--TTTGAATCAG---AT--A--T-----AGTACATT--TTTAAGAA
gi|4747 : CTGATCAT-GATTAA--GTT-CTGGTG-CC-G-AT--CCATG---A--G-A-TTTAGGAATTTGGGAGGGGGGG---GGAAAAGAG-T---------GA--A---A------AAATCTTT--TTT--CCG-CA--TA--CTT-------ATTG------AAA-A--TG-
gi|4748 : TGCTCAT-AAATAT--TTT-TTGTAG-CC-G-AT-CCCCTG---C-GG-A-TTA-GGATCTT--------CAG---GA-AAAGAG-T---------AA--A---A-----CAAA----C--TTTA-CCC-CT--TAACTTTT---TC-AATT------GAA-A-----GAA-TCT-T-CAAT-C-GTTTT-CA--G----TTTCAATTA----GTCAAATTCCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4749 : ATCATTAATTAG--TTT-T-GCTA-C----AT-TCCTTG---AGGG-A-TTAGGGATTTT--------TTTTTTGGAAAAGAT-T---------GA--A---AAC---CAGA----T--TTC--CCC-CA--TGATTTTT---TT-TTTTTTATTGAAA-A--TG-CTA-TCA-T-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTTAATCA----GTCAA--TACC--AGTGCA-T--TTTAAAAA
gi|4750 : -G-AT-CTTATATAAAAGG-A-TTGATGTTTTT--------TCG---GGA----TA-T---------GATGA---AAC-----AA----T--------CC-CA--TA--TTTTATATC-ATTT------CAATAGCTA-ATA-TCT-C-TAATACTGTTTTTCA--GA---TTTGAATCA----GTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 1 555 2 5 2 11 4 3 7777777 3333333333 666 77777 33 7777777777777777 77 2 66 444 9999999 3 1 1 444 2 2 8 0 66 33 777 1 66666 888 33 2 33
lowQualScore : . .. . . ... . . . .. . . ....... .......... ... ..... .. ................ .. . .. ... ....... . . . ... . . . . .. .. ... . ..... ... .. . ..
lowQualScore : 5 44 5 1 777 5 0 5 88 7 1 6666666 3333333333 555 22222 22 5555555555555555 99 4 55 111 7777777 3 5 0 777 7 7 0 8 22 77 333 4 00000 999 99 9 99
consensus : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
Reference ( family-926 ) : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTNAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4734 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAA-CC-G-AT-CCCATGAAGGA-TCAAGGATT-------T-------TGGG---GGGAAAGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACCTTT---TC------GTTTAAAATGGTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4735 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGCG-CC-G-AT-CCAATGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTAG---GGAAAAGAG---TG--GATAC---AAAC----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TA------ATTTCAAATGC
gi|4736 : AATGCTGATAAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CA-G-AT-CCTTTGAGGGA-TTAGAGATT-------T-------ACAG---GTTTCAGTT---TA--AA------CAAA----TGGTTTGACCC-GG--TAACTTTT---T--------TTTGAAGAACAA---T-ATT-TAAA-CAGTTT-------A---ATAGAGCC------T------TTCC--AGTACA-T--TTTAAGAA
gi|4737 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGAAC-CT-G-AT-CCCATAAAGGA-TTGATGATT-------T-------TTGG---GGAAAAGTG---TG--AAAAC---CTAT----A--TTC--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTAA--AGTACA-A--TTTAAAAA
gi|4738 : AATGCTAATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAC-CC-A-AT-CCCATGAAGAA-GTGATGATT-------T-------TGGG---GGGAAGGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CGAT-CTGTATT-TA--GA---TTTGAATTA----GTCAA---TTCC--AGTATA-T--TTTCAAAA
gi|4739 : AAAGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGG---CC-ACAT-CCAATAAAAGT-TT-TGCACT-------T-------TTGG---GGAAAAGTA---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--ACC-CA--TAACTTTT---TT------ATTTTAAATGCTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCTA---TTCC--AATACA-A--TTTAAAAA
gi|4740 : AATGCTGATCAT-GATTAA--ATC-G-GGGG-CT-G-AT-CCTTAAAGGGA-TTAGCGATTAACATGTT-------TCAG---GTTA---------G--AAAAT----AGA----T--TTGA-CCC-CG--TAACTTTT---TTT-----ATTTGACAAGCAA---T-CTT-CAAA-TGGTTTG-TG--AA---TTTGAAT-A----G--AACCTTTCC--ATCACA-T--TTTAAGAA
gi|4741 : AATGCTGATCAT-GAT-----------GGGG-CT-G-AT-CCGTTGAGGGA-TTAGG-ATT-------T----------------ACATGTTCACTT--AAAG-----AAA----TG-TTT--CAC-CACGTAACTTTT---TT------ATTTGATGAGCAA---T-CTT-CAA--ATGGTTT-AATGGA---TT-GAATAG----ATCCT---CTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4742 : AATGCTGATCAT-GATAAAGTTTT-TTGGGG-CT-G-AT-CCTTAGAGGGA-TTGAGGATT-------T-------CCAG---GTTTCAGTT---CT--AAAAG---AAAG----G--TTT--GAC-CAAGAAACTCTT---TT------ATTTGAAGAACAA---T-CTT-CAAA-CGGTTT-------A---TTGGACTCATAAGATCAT---TTCC--AGTATA-T--CTTAAAAA
gi|4743 : AATGCTGATCCT-G-TTAG--TGT-TTGGGATCC-G-ATTCCCATTTGGGA-TTAGGCATT-------T-------TCGGC--GGAGAGTGG---TGAAAAAAG---CAAC----T--TTT--CCCTTA--TAAC-TTT---TC------ATTT-AAATGCAA---TCCTT-CAAT----TTTTACA--GATTTTTTGAATCA----GTCAA---TTCCCAAGTACA-TTATTTAAAAA
gi|4744 : CTGATCAT-TATTAG--TTTATCGGTG-CC-G-AT-CCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T---------GG---GGAAAAGAG---TG--AAAAC---ATAC----T--TTT--CCG-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGTAATGCAA-----ATT-AAATACTGTTTT-CC--AT---TTTCAACTA----TTTAA---TTCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4745 : CTGATTAT-GATTAG--TTT-TTGGTG-CC-G-AT-TCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T-------TGGG---GGAAAAGAG---TG--AAAACATACA---------TTT--CCG-CA--TAAC-TTT---TC------ATGTGAAATGCAA---T-TTT-TAAT-CTGTTTT-CA--GT---TTTCAATCA----TTTAA---TCCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4746 : CTGATCCT-GTTTAG--TTT---GGGT-CCTG-AT-CCCATTAGGGAGTTAGGCATT-------T-------TTCG---GGGAGAGGG---TG--AAAAG---C----------TTT--TCC-TA--TAACTTTT---GC------ATTTCAAATGCT----T-CTTCCAATACTGTTTA-CA--GAT--TTTGAATCA----GATA-------T--AGTACATT--TTTAAGAA
gi|4747 : CTGATCAT-GATTAA--GTT-CTGGTG-CC-G-AT--CCATGA--GATTTAGGAATT-------TGGGAGGGGGGG---GGAAAAGAG---TG--AAA------AAATCTTT--TTT--CCG-CA--T-ACTT-------------ATTGAAAATG
gi|4748 : TGCTCAT-AAATAT--TTT-TTGTAG-CC-G-AT-CCCCTGCGG-A-TTAGG-ATC-------T-------TCAG---G-AAAAGAG---TA--AAA-----CAAA----C--TTTA-CCC-CT--TAACTTTT---TC------AATTGAAA-G-AA---T-CTT-CAAT-C-GTTTT-CA--G----TTTCAATTA----GTCAAAT-TCCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4749 : ATCATTAATTAG--TTT-T----G-CT-ACAT-TCCTTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTTTTTTGGAAAAGAT---TG--AAAAC---CAGA----T--TTC--CCC-CA--TGATTTTT---TTTTTTTTATTGAAAATGCTA---T-CAT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTTAATCA----GTCAA---TACC--AGTGCA-T--TTTAAAAA
gi|4750 : AAGGA-TTGATGTTT-------T-------TTCG---GGATATGA----TG--AAA-----CAA-------------TCC-CA--TA--TTTTATATC------ATTTCAATAGCTAATAT-CTC-TAATACTGTTTTTCA--GA---TTTGAATCA----GTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 1 555 2 5 2 11 4 3 7777777 3333333333 666 77777 33 7777777777777777 77 2 66 444 9999999 4 1 1 444 2 2 8 0 66 33 777 1 66666 888 33 2 33
lowQualScore : . .. . . ... . . . .. . . ....... .......... ... ..... .. ................ .. . .. ... ....... . . . ... . . . . .. .. ... . ..... ... .. . ..
lowQualScore : 5 44 5 1 777 5 0 5 88 7 1 6666666 3333333333 555 22222 22 5555555555555555 99 4 55 111 7777777 6 5 0 777 7 7 0 8 22 77 333 4 00000 999 99 9 99
consensus : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
Reference ( family-926 ) : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4734 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAA-CC-G-AT-CCCATGAAGGA-TCAAGGATT-------T-------TGGG---GGGAAAGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACCTTT---TC------GTTTAAAATGGTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4735 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGCG-CC-G-AT-CCAATGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTAG---GGAAAAGAG---TG--GATAC---AAAC----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TA------ATTTCAAATGC
gi|4736 : AATGCTGATAAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CA-G-AT-CCTTTGAGGGA-TTAGAGATT-------T-------ACAG---GTTTCAGTT---TA--AA------CAAA----TGGTTTGACCC-GG--TAACTTTT---T--------TTTGAAGAACAA---T-ATT-TAAA-CAGTTT-------A---ATAGAGCC------T------TTCC--AGTACA-T--TTTAAGAA
gi|4737 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGAAC-CT-G-AT-CCCATAAAGGA-TTGATGATT-------T-------TTGG---GGAAAAGTG---TG--AAAAC---CTAT----A--TTC--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTAA--AGTACA-A--TTTAAAAA
gi|4738 : AATGCTAATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAC-CC-A-AT-CCCATGAAGAA-GTGATGATT-------T-------TGGG---GGGAAGGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CGAT-CTGTATT-TA--GA---TTTGAATTA----GTCAA---TTCC--AGTATA-T--TTTCAAAA
gi|4739 : AAAGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGG---CC-ACAT-CCAATAAAAGT-TT-TGCACT-------T-------TTGG---GGAAAAGTA---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--ACC-CA--TAACTTTT---TT------ATTTTAAATGCTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCTA---TTCC--AATACA-A--TTTAAAAA
gi|4740 : AATGCTGATCAT-GATTAA--ATC-G-GGGG-CT-G-AT-CCTTAAAGGGA-TTAGCGATTAACATGTT-------TCAG---GTTA---------G--AAAAT----AGA----T--TTGA-CCC-CG--TAACTTTT---TTT-----ATTTGACAAGCAA---T-CTT-CAAA-TGGTTTG-TG--AA---TTTGAAT-A----G--AACCTTTCC--ATCACA-T--TTTAAGAA
gi|4741 : AATGCTGATCAT-GAT-----------GGGG-CT-G-AT-CCGTTGAGGGA-TTAGG-ATT-------T----------------ACATGTTCACTT--AAAG-----AAA----TG-TTT--CAC-CACGTAACTTTT---TT------ATTTGATGAGCAA---T-CTT-CAA--ATGGTTT-AATGGA---TT-GAATAG----ATCCT---CTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4742 : AATGCTGATCAT-GATAAAGTTTT-TTGGGG-CT-G-AT-CCTTAGAGGGA-TTGAGGATT-------T-------CCAG---GTTTCAGTT---CT--AAAAG---AAAG----G--TTT--GAC-CAAGAAACTCTT---TT------ATTTGAAGAACAA---T-CTT-CAAA-CGGTTT-------A---TTGGACTCATAAGATCAT---TTCC--AGTATA-T--CTTAAAAA
gi|4743 : AATGCTGATCCT-G-TTAG--TGT-TTGGGATCC-G-ATTCCCATTTGGGA-TTAGGCATT-------T-------TCGGC--GGAGAGTGG---TGAAAAAAG---CAAC----T--TTT--CCCTTA--TAAC-TTT---TC------ATTT-AAATGCAA---TCCTT-CAAT----TTTTACA--GATTTTTTGAATCA----GTCAA---TTCCCAAGTACA-TTATTTAAAAA
gi|4744 : CTGATCAT-TATTAG--TTTATCGGTG-CC-G-AT-CCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T---------GG---GGAAAAGAG---TG--AAAAC---ATAC----T--TTT--CCG-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGTAATGCAA-----ATT-AAATACTGTTTT-CC--AT---TTTCAACTA----TTTAA---TTCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4745 : CTGATTAT-GATTAG--TTT-TTGGTG-CC-G-AT-TCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T-------TGGG---GGAAAAGAG---TG--AAAACATACA---------TTT--CCG-CA--TAAC-TTT---TC------ATGTGAAATGCAA---T-TTT-TAAT-CTGTTTT-CA--GT---TTTCAATCA----TTTAA---TCCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4746 : CTGATCCT-GTTTAG--TTT---GGGT-CCTG-AT-CCCATTAGGGAGTTAGGCATT-------T-------TTCG---GGGAGAGGG---TG--AAAAG---C----------TTT--TCC-TA--TAACTTTT---GC------ATTTCAAATGCT----T-CTTCCAATACTGTTTA-CA--GAT--TTTGAATCA----GATA-------T--AGTACATT--TTTAAGAA
gi|4747 : CTGATCAT-GATTAA--GTT-CTGGTG-CC-G-AT--CCATGA--GATTTAGGAATT-------TGGGAGGGGGGG---GGAAAAGAG---TG--AAA------AAATCTTT--TTT--CCG-CA--T-ACTT-------------ATTGAAAATG
gi|4748 : TGCTCAT-AAATAT--TTT-TTGTAG-CC-G-AT-CCCCTGCGG-A-TTAGG-ATC-------T-------TCAG---G-AAAAGAG---TA--AAA-----CAAA----C--TTTA-CCC-CT--TAACTTTT---TC------AATTGAAA-G-AA---T-CTT-CAAT-C-GTTTT-CA--G----TTTCAATTA----GTCAAAT-TCCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4749 : ATCATTAATTAG--TTT-T----G-CT-ACAT-TCCTTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTTTTTTGGAAAAGAT---TG--AAAAC---CAGA----T--TTC--CCC-CA--TGATTTTT---TTTTTTTTATTGAAAATGCTA---T-CAT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTTAATCA----GTCAA---TACC--AGTGCA-T--TTTAAAAA
gi|4750 : AAGGA-TTGATGTTT-------T-------TTCG---GGATATGA----TG--AAA-----CAA-------------TCC-CA--TA--TTTTATATC------ATTTCAATAGCTAATAT-CTC-TAATACTGTTTTTCA--GA---TTTGAATCA----GTC
blockSeqs : T GT A T GAT T C T AA G G AACATGT GGGAGGGGGG TTT TTCAC AA AAATCTTT GA T CG ATA TTTTTTT C T A ATA C C A TA TG TTT C TAAGA CCT CA T TA
blockSeqs : . . . T CG . C . TT T G . TTA C AG . ACAAACT A . AG . TT G A T . . . A TT . T T A AT . . .
blockSeqs : . . . T GG . . . CA . G . ACA . TT . CAAATGG A . . . A C T T . . . A T . . T G . . . .
blockSeqs : . . . T AC . . . CA . G . TTG . TG . ACCTATA . . . . C C T T . . . . T . . T A . . . .
blockSeqs : . . . T AC . . . AA . C . TGG . TG . ACCAAAT . . . . C T T A . . . . T . . A G . . . .
blockSeqs : . . . T GG . . . TT . G . TTG . TA . ACCAAAT . . . . T G A A . . . . G . . C A . . . .
blockSeqs : . . . T GG . . . GT . G . TCA . TT . AGAAAGG . . . . T G A A . . . . T . . C G . . . .
blockSeqs : . . . C GG . . . TT . C . CCA . GG . AGCAACT . . . . T G A A . . . . T . . T T . . . .
blockSeqs : . . . T TG . . . CA . A . TCG . AG . ACATACT . . . . C G T A . . . . T . . C T . . . .
blockSeqs : . . . T TG . . . AT . A . TGG . AG . ACATACA . . . . C G T A . . . . A . . C G . . . .
blockSeqs : . . . T GT . . . AT . C . TTC . GG . ACCAGAT . . . . C C T T . . . . T . . T G . . . .
blockSeqs : . . . . TG . . . CA . A . TCA . AG . ATAGAT . . . . C A T A . . . . T . . C G . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . CA . G . TTT . AG . GAAATG . . . . C G T T . . . . . . . C G . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . CC . G . TTC . AT . CAAAC . . . . C A T T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CT . . . G . A . AGC . . . . . C A
blockSeqs : . . . . . . . CAA . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
finalCons : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111111
lowQualScore : 2 33 2 1 555 2 5 2 11 4 3 7777777 3333333333 666 77777 33 7777777777777777 77 2 66 444 9999999 4 1 1 444 2 2 8 0 66 33 777 1 66666 888 33 2 33
lowQualScore : . .. . . ... . . . .. . . ....... .......... ... ..... .. ................ .. . .. ... ....... . . . ... . . . . .. .. ... . ..... ... .. . ..
lowQualScore : 5 44 5 1 777 5 0 5 88 7 1 6666666 3333333333 555 22222 22 5555555555555555 99 4 55 111 7777777 6 5 0 777 7 7 0 8 22 77 333 4 00000 999 99 9 99
consensus : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
Reference ( family-926 ) : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CC-G-AT-CCCNTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TCGG---GGAAAAGNG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGAAATGCNA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATCA----GTCAA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4734 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAA-CC-G-AT-CCCATGAAGGA-TCAAGGATT-------T-------TGGG---GGGAAAGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACCTTT---TC------GTTTAAAATGGTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4735 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGGCG-CC-G-AT-CCAATGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTAG---GGAAAAGAG---TG--GATAC---AAAC----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TA------ATTTCAAATGC
gi|4736 : AATGCTGATAAT-GATTAG--TTT-TTGGGG-CA-G-AT-CCTTTGAGGGA-TTAGAGATT-------T-------ACAG---GTTTCAGTT---TA--AA------CAAA----TGGTTTGACCC-GG--TAACTTTT---T--------TTTGAAGAACAA---T-ATT-TAAA-CAGTTT-------A---ATAGAGCC------T------TTCC--AGTACA-T--TTTAAGAA
gi|4737 : AATGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGAAC-CT-G-AT-CCCATAAAGGA-TTGATGATT-------T-------TTGG---GGAAAAGTG---TG--AAAAC---CTAT----A--TTC--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CAAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCCA---TTAA--AGTACA-A--TTTAAAAA
gi|4738 : AATGCTAATCAT-GATTAG--TTT-TTGGAC-CC-A-AT-CCCATGAAGAA-GTGATGATT-------T-------TGGG---GGGAAGGTG---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--CCC-CA--TAACTTTT---TC------ATTTCAAATGCTA---T-CTT-CGAT-CTGTATT-TA--GA---TTTGAATTA----GTCAA---TTCC--AGTATA-T--TTTCAAAA
gi|4739 : AAAGCTGATCAT-GATTAG--TTT-TTGG---CC-ACAT-CCAATAAAAGT-TT-TGCACT-------T-------TTGG---GGAAAAGTA---TG--AAAAC---CAAA----T--TTT--ACC-CA--TAACTTTT---TT------ATTTTAAATGCTA---T-CCT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTGAATTA----ATCTA---TTCC--AATACA-A--TTTAAAAA
gi|4740 : AATGCTGATCAT-GATTAA--ATC-G-GGGG-CT-G-AT-CCTTAAAGGGA-TTAGCGATTAACATGTT-------TCAG---GTTA---------G--AAAAT----AGA----T--TTGA-CCC-CG--TAACTTTT---TTT-----ATTTGACAAGCAA---T-CTT-CAAA-TGGTTTG-TG--AA---TTTGAAT-A----G--AACCTTTCC--ATCACA-T--TTTAAGAA
gi|4741 : AATGCTGATCAT-GAT-----------GGGG-CT-G-AT-CCGTTGAGGGA-TTAGG-ATT-------T----------------ACATGTTCACTT--AAAG-----AAA----TG-TTT--CAC-CACGTAACTTTT---TT------ATTTGATGAGCAA---T-CTT-CAA--ATGGTTT-AATGGA---TT-GAATAG----ATCCT---CTCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4742 : AATGCTGATCAT-GATAAAGTTTT-TTGGGG-CT-G-AT-CCTTAGAGGGA-TTGAGGATT-------T-------CCAG---GTTTCAGTT---CT--AAAAG---AAAG----G--TTT--GAC-CAAGAAACTCTT---TT------ATTTGAAGAACAA---T-CTT-CAAA-CGGTTT-------A---TTGGACTCATAAGATCAT---TTCC--AGTATA-T--CTTAAAAA
gi|4743 : AATGCTGATCCT-G-TTAG--TGT-TTGGGATCC-G-ATTCCCATTTGGGA-TTAGGCATT-------T-------TCGGC--GGAGAGTGG---TGAAAAAAG---CAAC----T--TTT--CCCTTA--TAAC-TTT---TC------ATTT-AAATGCAA---TCCTT-CAAT----TTTTACA--GATTTTTTGAATCA----GTCAA---TTCCCAAGTACA-TTATTTAAAAA
gi|4744 : CTGATCAT-TATTAG--TTTATCGGTG-CC-G-AT-CCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T---------GG---GGAAAAGAG---TG--AAAAC---ATAC----T--TTT--CCG-CA--TAACTTTT---TC------ATTTGTAATGCAA-----ATT-AAATACTGTTTT-CC--AT---TTTCAACTA----TTTAA---TTCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4745 : CTGATTAT-GATTAG--TTT-TTGGTG-CC-G-AT-TCATTGAAGGG-TTAGGAATT-------T-------TGGG---GGAAAAGAG---TG--AAAACATACA---------TTT--CCG-CA--TAAC-TTT---TC------ATGTGAAATGCAA---T-TTT-TAAT-CTGTTTT-CA--GT---TTTCAATCA----TTTAA---TCCC--ATTACA-T--TTCA
gi|4746 : CTGATCCT-GTTTAG--TTT---GGGT-CCTG-AT-CCCATTAGGGAGTTAGGCATT-------T-------TTCG---GGGAGAGGG---TG--AAAAG---C----------TTT--TCC-TA--TAACTTTT---GC------ATTTCAAATGCT----T-CTTCCAATACTGTTTA-CA--GAT--TTTGAATCA----GATA-------T--AGTACATT--TTTAAGAA
gi|4747 : CTGATCAT-GATTAA--GTT-CTGGTG-CC-G-AT--CCATGA--GATTTAGGAATT-------TGGGAGGGGGGG---GGAAAAGAG---TG--AAA------AAATCTTT--TTT--CCG-CA--T-ACTT-------------ATTGAAAATG
gi|4748 : TGCTCAT-AAATAT--TTT-TTGTAG-CC-G-AT-CCCCTGCGG-A-TTAGG-ATC-------T-------TCAG---G-AAAAGAG---TA--AAA-----CAAA----C--TTTA-CCC-CT--TAACTTTT---TC------AATTGAAA-G-AA---T-CTT-CAAT-C-GTTTT-CA--G----TTTCAATTA----GTCAAAT-TCCC--AGTACA-T--TTTAAAAA
gi|4749 : ATCATTAATTAG--TTT-T----G-CT-ACAT-TCCTTGAGGGA-TTAGGGATT-------T-------TTTTTTTGGAAAAGAT---TG--AAAAC---CAGA----T--TTC--CCC-CA--TGATTTTT---TTTTTTTTATTGAAAATGCTA---T-CAT-CGAT-CTGTTTT-CA--GA---TTTTAATCA----GTCAA---TACC--AGTGCA-T--TTTAAAAA
gi|4750 : AAGGA-TTGATGTTT-------T-------TTCG---GGATATGA----TG--AAA-----CAA-------------TCC-CA--TA--TTTTATATC------ATTTCAATAGCTAATAT-CTC-TAATACTGTTTTTCA--GA---TTTGAATCA----GTC