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Alignments
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blockSeqs                     :                     T          AATTAT     G   A           A        GCGT  T  T     CGAGGTAAG   GCCGA  CCGAGA GAT         CA G  A     ATT ACCACA
blockSeqs                     :                     .          AATTAT     .   .           .        T     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          A          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  A  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  A  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  A  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  T  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  A  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  G  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  T  .     .   .     
blockSeqs                     :                     .          .          .   .           .        .     .  .     .           .      .      .           .  T  .     .   .     
blockSeqs                     :                                                                                   .           .      .      .           .  .  .     .   .     
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .   .     


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         GCTGGTGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCTG--TGGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT
finalCons                     :         GCTGGTGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCTG--TGGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT





Alignments
lowQualScore                  :                                111111                                                                                                                    
lowQualScore                  :                     2          666666     2   2           2        7777  2  2     999999999   55555  666666 444         33 1  2     333 666666           
lowQualScore                  :                     .          ......     .   .           .        ....  .  .     .........   .....  ...... ...         .. .  .     ... ......           
lowQualScore                  :                     5          999999     5   5           5        8888  5  5     444444444   99999  888888 111         22 1  2     999 444444           
consensus                     :         GCTGGTGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCTG--TGGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT
Reference ( family-922 )      :         GCTGGTGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCTG--TGGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT
gi|19185                      :         GCTGGTGCCATT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACTAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CAG-----GG------G---TAGCCACTG--TGGT-GCGAG---T------CTCAGGCCACT
gi|19186                      :  gtgcgagGCTGGTGCCACT-TAATTGCAAT------CGTAC-TGC-CGAAGTATGAC-AAATCACC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----AG------G---TAGCCGTTA--TGAT-GCGAG---T------CTCGCTCCACT
gi|19187                      :  gtgcgagGCTGGTGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-TGAAGAATGAC-AAATCGCT----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCCGCACGCT-GCCAG---TACCACACTCGCGC
gi|19188                      :  gtgcaagGCTGGTGCCACT-CAATTACAAT------TGTAC-TGC-CACAGAACGAC-AAATCGCT----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGAAGCTG--TAGT-GCGAA---T------CTCCCGCCACT
gi|19189                      :  gtgcgagGCTGGTGCCACT-CAATTACAATAATTATTGTAC-TGC-CACAGAACGAC-AAATCGCC----GG-AGTTGGTA---------CGG-----GGCCGAGAG---TAGCCGCTG--TAGT-GCAAAATTT------CCCGC-CCACT
gi|19190                      :   gtgcgagCTGGTGCGACT-CAATTACAAT------TGTAC-GGA-AGAAGC---AC-AAAT-GCCT---GGTAG-TGGTA---------CGA-----GG------GGATTAGAAGC-G--TAGTAGCGAA---T------CTCGC
gi|19191                      :                                                                                                                  gtgcgagaggaGT-GTGAG---T------CTCGCGCCACT
gi|19191                      :          CTCGCGCCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGTC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GA------G---TAGCCGCTG--TTGT-GCTTG---T------CTCGCGCCACTcaattgcaattgtactgccgcagtacgacaaatcgtcggagtggtacgggagtagccgctgttgtgcttgtctcgcgccact
gi|19192                      : gtgtgagtGCTGGTGCCACT-TAATTGCAAT------CGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGTCGCGTGG-AG-TGGTACGAGGTAAGCGG-----AG------G---TAGCCGTTA--TGGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT
gi|19193                      :  gtgcgagGCTGGTCCCACT-TCATTGCAAT------CGTAA-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----AG------G---TAGCAGTTA--TGGT-GCGAA---T------CTCGCACCACT
gi|19194                      :  gtgcgagGCTGGTACGA-T-CAATTGCAAG------TGTAC-TGC-CGCAGTAAGAC-AAATCACC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TGGGCGCTG--TGGT-GCGAG---T------TTCGCGCCACT
gi|19195                      :  gtgcgtgGTTGGTGCCACT-CAACTGCACT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAT-AAATCGCC----GG-TG-TGGTA---------TGG-----GT------A---TAGCCGCTG--TGGT-GCGAG---T------CTTGCACTACT
gi|19196                      :  gtgcgatGCTGGTGCCACT-CAATTACAATAATTATTGTAC-TGC-CACAGAACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGGGCCGAGA------G---TAGCCGCTG--TAGT-GCAAA---T------TTCCCGCCACT
gi|19197                      :  gtgcgagGCTGGTGCTACT-CAATTGCAATA-----TGTACGTGCACGCAGTACGACAAAATAGCC----GG--G-TGGTA---------CGG-----GG------G---T-GCTGCTG--T-GC-GGAAG---T------CT-GCGCCACT
gi|19198                      : gtgcgacgGCTGGTGCCACT-AGATTGTAAA------TGTAC-TGC-TGCAATACGAC-AAATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGTTG--TGTT-GCGAA---T------CTCACGCCACT
gi|19199                      :        gGCTGGTGTCACT-CAATTGCAAT------TGTAC-TGC-CGCAGTACGAC-AAATCGCC----GC-AG-TGGTA---------CGG-----GG------G---TAGCCGCTG--TGGT-GCAAG---T------CTCGCGCCACT
gi|19200                      :         GCTGGTGCCACTTCAATTGCAAT------TGAAC-T----------------AATCGCC----GG-AG-TGGTA---------CTG-----GG----------CAGCCGCTG--TTGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT
gi|19201                      :                                                                                GTA---------CTG-----GG------G---CAGCCGCTG--TTGT-GCGAG---T------CTCGCGCCACT