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Reference ( gi|2717 )         : TTGAAAT-TTAC-TTCTGA-A--GCTC--CA--CC-CT-GACAA----TCTCTT-ATGAC-AAG--AG--GCTCC-ACC-CTC---TCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCAGA-GT-C-TGCATTTT-ACACCAAGCC
gi|2718                       : TTGAAAT-TCAC-TTCCAA-A--TCTC--CA--CC-TTTGACAA----TCTCGT-ATGAC-AAA--AG--ACTCC-ACC-CTC---TCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCAAA-GT-C-AGCATTTT-ACACCAAGCC
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Alignments
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lowQualScore                  :    .   . . .   . ..  . ..    ..  ..  .. ..    .....     .     .   .. ..   .  .   .         ....      .. ..  . .  . . .   . .  .      .    .       .          
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Reference ( family-920 )      : TTG-AAA-T-TNACTTCN-AA-A--GCTC--CA--CC-CT-GACAA----TCTCTT-ATGAC-AAG--A--GGCTCC-ACC-CTCTCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC
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Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                      11                                                      
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Reference ( family-920 )      : TTG-AAA-T-TAACTCCN-AA-A--GCTC--CA--CC-CT-GACAA----TCTCTT-ATGAC-AAG--A--GGCTCC-ACC-CTCTCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC
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gi|2724                       : TTG-AAA-T-TAATTCCC-AATG--GCTC--CA--CC-CT--ACAA----TCTCTT-ATGACAAAG--A--AGC-CC-ACC-CTCTCTCCA-CCTTTTGGACCG--TC-C-AA-CTTGGGA-G-GCATCCAGGTGTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC
gi|2725                       : TTG-AAA-TATCACCTCT-GA-A--GCTCTCCGACCC-CT-GACAAATTTTCACTT-ATGAC-AAT--A--GGCTCCTACCTTTCTCTCCCTC--TTTGGA-CGTTTC-C-AC-A-T-GGA-GAAC-TCCAG--GTCAGGCATTTT-ACACCAA
gi|2726                       : TTG-AAA-T-TAACTCCC-AA-A--ACTC--CA--AC-GT-GACAA----TCTCTC-ATGAC-AAG--A--GGCTCC-ACA-TTCTCTCCA-T--TTTGGA-GA--TCGA-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCCGA-GTCA-GCATTTT-ATATCAAGCC
gi|2727                       : TTG-AAT-T-TCACTTCAGAA-A--GCTT--CA--CCATT-GCCAC----TCTCTC-CTGAT-TAA--A--GGTTCC-ACC-CTCGCTCCA-C--TTTGGA--G--T------------------C-TCCAGA-GTCT-GCATTTT-GCAGCAAGCC
gi|2728                       : TTA-AAA-T-TAACTCCA-AA-AAAGCTC--CA--AC-CT--ACAA-----CTCTTTATGAC-AAAGAA--AGCTCC-ACC-CT-TCTCCA-T--TTGGGA-GG--TC-C-AA-ATTTGGA-G-GGGTCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACATCAA
gi|2729                       : TTG-AAA-T-TAAC-CCA-AA-A--GC-C--CA--AC-CT---CA------CTCTT-ATGAC-AAG--A--AG-TCC-ACC-CTCTCT-CA----TTTGGA--G--TC-C-AA-AAT--GA-G-GG-TTCAGA-GTCA-CCA--TT-ACAGCAGGC
gi|2730                       :  TG-AAA-T-TAACTCCC-AATA--GCTT--CA--TC--------------------ATGCG-AAG--A--CGCCCC-ACC-CTCTCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCAAGG-GTCA-GCATTTT-ACACTACGCC
gi|2731                       :   G-AAA-T-AAACGCCC-AAGA--GCGC--CA--CC-CT-GACAA-----CGC-G-AGGAC-AAG--GACAGTGCC-ACC-CGCGCGCCA-----GGGGA-GG-----C-AA-A-G-GGA-G-GC-GCCAGAGGGCA-GCA-TTT-ACACCAAGCC
gi|2732                       :        -T-TCACTTCC-AA-A--GCTC--CA--CC-CT-GACAA----TCGCTT-ATGAC-AAG--A--GGCTCC-ACC-CTCTCTCCA-C--
gi|2733                       :                                                                                                                            -GC-TCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC


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blockSeqs                     :    .   . .       C   T .     .   G   T  G     T         .     .   .  .    T  .   .         TC        C  .   . .  .   T   . .  G      G    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   G .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    C  .   .         C         C  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   . .     .   .   T  G     T         .     .   .  .    C  .   .         C         G  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    T  .   .         T         C  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    T  .   .         A         A  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       T   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    T  .   .         C         C  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       C   . .     .   .   G  G     T         .     .   .  .    T  .   .         C         G  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       T   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    T  .   .         T         G  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       C   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    C  .   .         C         C  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   . .     .   .   C  G     T         .     .   .  .    G  .   .         T         G  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       A   . .     .   .   C  .     .         .     .   .  .    T  .   .         C         .  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       C   . .     .   .   .  .     .         .     .   .  .    .  .   .         C         .  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :    .   . .       C   . .     .   .   .  .     .         .     .   .  .    .  .   .         .         .  .   . .  .   .   . .  .      .    .       .
blockSeqs                     :        . .       C   . .     .   .   .  .     .         .     .   .  .    .  .   .         .                               .  .      .    .       .


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Alignments
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lowQualScore                  :    7   5 5       55  5 44    44  99  44 44    44444     5     5   44 44   9  5   5         8888      00 77  7 7  7 9 3   7 5  0      0    5       5          
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Reference ( family-920 )      : TTG-AAA-T-TAACTCCN-AA-A--GCTC--CA--CC-CT-GACAA----TCTCTT-ATGAC-AAG--A--GGCTCC-ACC-CTCTCTCCA-C--TTTGGA-CG--TC-C-AA-ATT-GGA-G-GC-TCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC
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gi|2733                       :                                                                                                                            -GC-TCCAGA-GTCA-GCATTTT-ACACCAAGCC