lowQualScore : 11 222 11111 11
lowQualScore : 4 44 3 11 3 1 3 88888 555 3 777 77 3 44 3 77 3 3 33 2 5 33 2 2 2 2 77777 2 5 2 33 66 33 88 33 2 55 2 2 444 33 2 88888888 55 2 2 2 11111 2 2 2 55 444 5 33 88 2 2
lowQualScore : . .. . .. . . . ..... ... . ... .. . .. . .. . . .. . . .. . . . . ..... . . . .. .. .. .. .. . .. . . ... .. . ........ .. . . . ..... . . . .. ... . .. .. . .
lowQualScore : 6 66 3 66 3 3 3 11111 888 3 111 99 3 66 1 33 1 1 99 9 7 99 9 9 9 9 11111 9 3 7 77 33 44 44 44 5 99 5 5 444 44 4 55555555 66 4 4 4 22222 5 5 5 99 444 0 77 44 9 9
consensus : TAACAAATTTTA--G-AA-TG-AGATGTGCAT-CT--T--AT---TTA-CTT--GAAT--TACAT-C--GTA-TTAAA--GT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-T-TACCT
Reference ( gi|104574 ) : TAACAAATTTTA--G-AG-TG-AGATGTGCAT-CT--T--AT---TTA-CT---GAAT--TACAT-C--GTA-TTGAA--GT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TT----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-TC-T-TACCT
gi|104575 : TAACAAAGTTTA--G-AA-TG-AGATGTGCAT-CT--T--AT---TTA-CTT--GAAT--TAAAT-T--GTA-TCAAA--GT-C-A--T-TCTT-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-C-TACCT
gi|104576 : TAACAAATTTTA--G-AA-TG-AGATGTCCAT-CT--T--AT---TTA-CTT--GAAT--TACAT-C--GTA-TTAAA--GT-C-A--A-TTTA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----ATTAG-TA-G-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-ACAACT-GCA--C-GC-T-TACCT
gi|104577 : TAATAATTTTTA--G-TA-TG-AGATGTGCAT-CT--T--AT---TAA-CTT--GAAT--GACAT-C--GTA-TTACA--GT-C-A--T-TCCA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-AG--A--T--AAA--TAA--G-C--GGC-C-A---G--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-T-TACCT
gi|104578 : TAACAATTTTTA--A-A--TG-AG-TGTGCAT-CTATT--AT---CT---T---GAAT--TACAT-C--GT--TTGAA--GT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG------TTAGCCA-A-CG--ATTT--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--A--T-T-TC----A-AT-T-GTTTA---AA-CAAACTTGCA--C-GC-T-TACCT
gi|104579 : TAACAA-TTTTA--G-AGATG-AGATGTGCAT-CT--T--A----TTA-CT---TGAT--TACAT-C--GTA-TTACA--GT-CAA--T-TCTA-T--C-CGC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-ATCG--A--TTAAAA--TAA--G-C--GACGC-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC------AT-T-G--TA---AA-CACACTCGCA--C-GC-T-TAC
gi|104580 : TAACAAATTTTA--G-AA-TG-AGATATGCAT-AT--T--AT---TTG-CTT--GAAT--TACAT-C--GTA-TTAAA--CTCC-A--T-T-TA-T--C-GCC-AAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-G--------TGT--AT-T-T-TT----
gi|104581 : TAACAAATTTTA--G-AA-TG-AGATGTGCATACT--TA-AT---TTA-CT---GAAT--TACAT-C--G-A-TAAAA--GT-C-A--A-TTTA-T--C-G-T-CAGCC-CA-----TTTA--TA-A-CG--A--T--AAA--TA-----T--GGC-C-A---A--TCTAA--------GGT--AT-G-T-TC----A----T-G--TA---AA-CAAACTTGCA--C-GCTT-TACCTtgcacgcttacct
gi|104583 : TAACAAATTTTACGA-AA-TGGATATATGCAT-CT--C--AT---TTA-CT---GAAT--TACAT-T--G-A-ATAAA--GT-C-A--TGTCTAGT--C-GCC-AAG-T-CG-----TTTGG-TA-A-CGGAG--T--AAAT-TAA--G-TG-GGC-C-A---A--TCT-A--------GGTTCATGT-T-TTGTCCA-AT-T-G--TAAACAA-CAAACTCGCA--C-
gi|104582 : TAACCAATTTTA--GCAT-TG-AGATGTGCAT-TTC-T--AT---TAA-CTTT-GAATC-TAATT-C--GTA-TTAAA--GC-A-A--T-TTGA-T--C-GCC-TAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-T-A---A--TC--A--------GGTC-A----T-TC----A-AT-T-G--TA---A---AAACCGGCATGC-CC-T-TACCTgc
gi|104584 : AACAAATTTTA--G-CA-TG-AG--GTGCTT-CT--TTCAT---CTATCT---TGATAATACTT-CGTGTA-TTGAA---T-C-A--T-TTTA-T--CTGCCTCAA-T-CG-----TTTAG-TATA-CG--A--T--AAATCTAA--T-TAAAGT-C-AAACA--TCT-AAAGCTTGGGGT--AT-T-T-CG----A-ATATGG--TA---AATCAAA
gi|104585 : ACAA--TTTA--G-AA--G-AGATGTGCAT-AC--T--ATAAATTA-CTTTAAAAT--TACAGGT--GTAGTTGGAAGGG-C-AGCT-TCTAAT--T-GCC-CA--T-CG-----TTCAG-TA-A-CG--A--T--CAA--TAA--G-T--GGC-C-A---ATTTCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----ATAT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-T-TAC
gi|104586 : A--G-AA-TG-AATTGTGCAT-CT--T--AT---TTA-CTT--GAAT--TACAT-C--GTA-TTGAA--GT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CC-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-T-TACCT
gi|104587 : A-TTGAAA-GT-C-T--T-ACTA-TTTC-GCC-CAG-TACGATTATTTTGA-TA-A-CG--AA-T--AGA--AAATCG-T--GAC-C-A---A--TCT-A--------AGT--AT-TGT-TC----A-AT-T-G--TA---AA-CAAACTTGCA--C-GC-TGTACCT
gi|104588 : --T-TATA-T--T-ACC-CAG-T-CG-----TTTAC-GACA-CG--A--T--AAAT-TAA--GCT--GGC-CTC---A--TCT-C--------GGT--AT-T-TGGC----A-AT-T-GT-TA---AA-TAAACTCGCA--C-GC---TACCT
gi|104589 : A-A-TA--A--T--GAA--TAA--G-T--AGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-AT-T-G--TA---AA-C-AACTCGCA--CGCC-T-TACCT
gi|104590 : tcccatatc--AAA--TAA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GGT--AT-T-T-TC----A-GT-T-G--TA---AA-CAAACTCGCA--C-GC-T-TACCT
gi|104591 : T-A--------GGT--AT-T-T-TTC---A-AT-T-G--TA---AAACAAGCTCGCA--CGCC-T-TACC
Alignments
lowQualScore : 3 44 3 3 3 0 3 3 77 555 3 77 3 3 3 44 2 66 2 2 33 2 5 33 2 2 2 2 66666 2 5 2 33 55 33 55 2 33 2 55 2 2 444 33 2 88888888 4444 2 2 888 2 2 2 33 2 333 4 77 2 2
lowQualScore : . .. . . . . . . .. ... . .. . . . .. . .. . . .. . . .. . . . . ..... . . . .. .. .. .. . .. . .. . . ... .. . ........ .... . . ... . . . .. . ... . .. . .
lowQualScore : 5 22 1 1 1 5 1 1 33 444 1 33 1 1 1 22 9 88 9 9 77 7 3 77 7 7 7 7 77777 7 0 5 44 99 22 66 4 22 4 66 4 4 111 22 2 11111111 7777 2 2 333 2 2 2 11 2 999 4 99 4 5
consensus : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
Reference ( family-906 ) : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104574 : TAACAAATTTTA--GA-GT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---TA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACT--C-T-TACCT
gi|104575 : TAACAAAGTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TAAAT-T--GTA-TC--AAAGT-C-A--T-TCTT-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-C-TACCT
gi|104576 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTCCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----ATTAG-TA-G-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-ACAACT-GCACG--C-T-TACCT
gi|104577 : TAATAATTTTTA--GT-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TAA-CTT--GA-AT-GACAT-C--GTA-TT--ACAGT-C-A--T-TCCA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-AG--A--T--AAA--T-AA--G-C--GGC-C-A---G--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104578 : TAACAATTTTTA---A-AT-G-AG-TGTGCAT-CT----AT---TAT-CTT--GA-AT-TACAT-C--GT--TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG------TTAGCCA-A-CG--ATTT--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-A-T-TT---CA-AT-T-GTTT-A---AA-CAAACTTGCACG--C-T-TACCT
gi|104579 : TAACAA-TTTTA--GAGAT-G-AGATGTGCAT-CT-T--A----TTA-CTT--G--AT-TACAT-C--GTA-TT--ACAGT-CAA--T-TCTA-T--C-CGC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-ATCG--A--TTAAAA--T-AA--G-C--GACGC-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---C--AT-T-G--T-A---AA-CACACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104580 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATATGCAT-AT-T--AT---TTG-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAACTCC-A--T-T-TA-T--C-GCC-AAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-G--------TG----T-ATT-TT----------------------------TTGCACG--C-T-TACCT
gi|104581 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCATACT-TA-AT---TTA-C-T--GA-AT-TACAT-C--G-A-TA--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-G-T-CAGCC-CA-----TTTA--TA-A-CG--A--T--AAA--T-A-----T--GGC-C-A---A--TCTAA--------GG----T-ATG-TT---CA----T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--CTT-TACCT
gi|104582 : TAACCAATTTTA--GC-ATTG-AGATGTGCAT-TTCT--AT---TAA-CTTT-GA-ATCTAATT-C--GTA-TT--AAAGC-A-A--T-TTGA-T--C-GCC-TAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-T-A---A--TC--A--------GG----TCA---TT---CA-AT-T-G--T-A---A---AAACCGGCATGCCC-T-TACCT
gi|104583 : TAACAAATTTTACGAA-AT-GGATATATGCAT-CT-C--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-T--GAA-T---AAAGT-C-A--TGTCTAGT--C-GCC-AAG-T-CG-----TTTGG-TA-A-CGGAG--T--AAAT-T-AA--G-TG-GGC-C-A---A--TCT-A--------GGTTCAT-GTT-TTGTCCA-AT-T-G--T-AAACAA-CAAACTCGCACG--C-
gi|104584 : AACAAATTTTA--GC-AT-G-AG--GTGCTT-CT-TTCAT---CTATCTT--GATAA-TACTT-CGTGTA-TT--GAA-T-C-A--T-TTTA-T--CTGCCTCAA-T-CG-----TTTAG-TATA-CG--A--T--AAATCT-AA--T-TAAAGT-C-AAACA--TCT-AAAGCTTGGGG----T-ATT-TC---GA-ATATGG--T-A---AATCAAA
gi|104585 : ACAA--TTTA--GA-A--G-AGATGTGCAT-AC-T--ATAAATTA-CTTTAAA-AT-TACAGGT--GTAGTTGGAAGGG-C-AGCT-TCTAAT--T-GCC-CA--T-CG-----TTCAG-TA-A-CG--A--T--CAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---ATTTCT-A--------GG----T-ATT-TT---CATAT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104586 : A--GA-AT-G-AATTGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CC-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104587 : A-TTG-AAAGT-C-T--T-ACTA-TTTC-GCC-CAG-TACGATTATTTTGA-TA-A-CG--AA-T--AGA--A-AATCG-T--GAC-C-A---A--TCT-A--------AG----T-ATTGTT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--C-TGTACCT
gi|104588 : --T-TATA-T--T-ACC-CAG-T-CG-----TTTAC-GACA-CG--A--T--AAA--TTAA--GCT--GGC-CTC---A--TCT-C--------GG----T-ATT-TGG--CA-AT-T-G--TTA---AA-TAAACTCGCACG--C---TACCT
gi|104589 : A-A-TA--A--T--GAA--T-AA--G-T--AGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-C-AACTCGCACGC-C-T-TACCT
gi|104590 : tcccatatc--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-GT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104591 : T-A--------GG----T-ATT-TTT--CA-AT-T-G--T-A---AAACAAGCTCGCACGC-C-T-TACC
Alignments
lowQualScore : 3 44 3 3 3 0 3 3 77 555 3 77 3 3 3 44 2 66 2 2 33 2 5 33 2 2 2 2 66666 2 5 2 33 55 33 55 2 33 2 55 2 2 444 33 2 88888888 4444 2 2 888 2 2 2 33 2 333 4 77 2 2
lowQualScore : . .. . . . . . . .. ... . .. . . . .. . .. . . .. . . .. . . . . ..... . . . .. .. .. .. . .. . .. . . ... .. . ........ .... . . ... . . . .. . ... . .. . .
lowQualScore : 5 22 1 1 1 5 1 1 33 444 1 33 1 1 1 22 9 88 9 9 77 7 3 77 7 7 7 7 77777 7 0 5 44 99 22 66 4 22 4 66 4 4 111 22 2 11111111 7777 2 2 333 2 2 2 11 2 999 4 99 4 5
consensus : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
Reference ( family-906 ) : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104574 : TAACAAATTTTA--GA-GT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---TA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACT--C-T-TACCT
gi|104575 : TAACAAAGTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TAAAT-T--GTA-TC--AAAGT-C-A--T-TCTT-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-C-TACCT
gi|104576 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTCCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----ATTAG-TA-G-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-ACAACT-GCACG--C-T-TACCT
gi|104577 : TAATAATTTTTA--GT-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TAA-CTT--GA-AT-GACAT-C--GTA-TT--ACAGT-C-A--T-TCCA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-AG--A--T--AAA--T-AA--G-C--GGC-C-A---G--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104578 : TAACAATTTTTA---A-AT-G-AG-TGTGCAT-CT----AT---TAT-CTT--GA-AT-TACAT-C--GT--TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG------TTAGCCA-A-CG--ATTT--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-A-T-TT---CA-AT-T-GTTT-A---AA-CAAACTTGCACG--C-T-TACCT
gi|104579 : TAACAA-TTTTA--GAGAT-G-AGATGTGCAT-CT-T--A----TTA-CTT--G--AT-TACAT-C--GTA-TT--ACAGT-CAA--T-TCTA-T--C-CGC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-ATCG--A--TTAAAA--T-AA--G-C--GACGC-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---C--AT-T-G--T-A---AA-CACACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104580 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATATGCAT-AT-T--AT---TTG-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAACTCC-A--T-T-TA-T--C-GCC-AAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-G--------TG----T-ATT-TT----------------------------TTGCACG--C-T-TACCT
gi|104581 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCATACT-TA-AT---TTA-C-T--GA-AT-TACAT-C--G-A-TA--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-G-T-CAGCC-CA-----TTTA--TA-A-CG--A--T--AAA--T-A-----T--GGC-C-A---A--TCTAA--------GG----T-ATG-TT---CA----T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--CTT-TACCT
gi|104582 : TAACCAATTTTA--GC-ATTG-AGATGTGCAT-TTCT--AT---TAA-CTTT-GA-ATCTAATT-C--GTA-TT--AAAGC-A-A--T-TTGA-T--C-GCC-TAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-T-A---A--TC--A--------GG----TCA---TT---CA-AT-T-G--T-A---A---AAACCGGCATGCCC-T-TACCT
gi|104583 : TAACAAATTTTACGAA-AT-GGATATATGCAT-CT-C--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-T--GAA-T---AAAGT-C-A--TGTCTAGT--C-GCC-AAG-T-CG-----TTTGG-TA-A-CGGAG--T--AAAT-T-AA--G-TG-GGC-C-A---A--TCT-A--------GGTTCAT-GTT-TTGTCCA-AT-T-G--T-AAACAA-CAAACTCGCACG--C-
gi|104584 : AACAAATTTTA--GC-AT-G-AG--GTGCTT-CT-TTCAT---CTATCTT--GATAA-TACTT-CGTGTA-TT--GAA-T-C-A--T-TTTA-T--CTGCCTCAA-T-CG-----TTTAG-TATA-CG--A--T--AAATCT-AA--T-TAAAGT-C-AAACA--TCT-AAAGCTTGGGG----T-ATT-TC---GA-ATATGG--T-A---AATCAAA
gi|104585 : ACAA--TTTA--GA-A--G-AGATGTGCAT-AC-T--ATAAATTA-CTTTAAA-AT-TACAGGT--GTAGTTGGAAGGG-C-AGCT-TCTAAT--T-GCC-CA--T-CG-----TTCAG-TA-A-CG--A--T--CAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---ATTTCT-A--------GG----T-ATT-TT---CATAT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104586 : A--GA-AT-G-AATTGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CC-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104587 : A-TTG-AAAGT-C-T--T-ACTA-TTTC-GCC-CAG-TACGATTATTTTGA-TA-A-CG--AA-T--AGA--A-AATCG-T--GAC-C-A---A--TCT-A--------AG----T-ATTGTT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--C-TGTACCT
gi|104588 : --T-TATA-T--T-ACC-CAG-T-CG-----TTTAC-GACA-CG--A--T--AAA--TTAA--GCT--GGC-CTC---A--TCT-C--------GG----T-ATT-TGG--CA-AT-T-G--TTA---AA-TAAACTCGCACG--C---TACCT
gi|104589 : A-A-TA--A--T--GAA--T-AA--G-T--AGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-C-AACTCGCACGC-C-T-TACCT
gi|104590 : tcccatatc--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-GT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104591 : T-A--------GG----T-ATT-TTT--CA-AT-T-G--T-A---AAACAAGCTCGCACGC-C-T-TACC
blockSeqs : A CG G T G A C TC AAA T TA T C G GT G GG C A GC G G TT T T C A ATTAT C T T GA TT TA TC T TC C AA G T AAC TT A AAGCTTGG TTCA C G GTC T A G TT T AAC T CC T G
blockSeqs : A . . . . . . A . . T . . . . . G . . . . A . . . . . . . C . . A . T . . . G . . . . . . . . . G . . . . . . A C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
finalCons : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
Alignments
lowQualScore : 3 44 3 3 3 0 3 3 77 555 3 77 3 3 3 44 2 66 2 2 33 2 5 33 2 2 2 2 66666 2 5 2 33 55 33 55 2 33 2 55 2 2 444 33 2 88888888 4444 2 2 888 2 2 2 33 2 333 4 77 2 2
lowQualScore : . .. . . . . . . .. ... . .. . . . .. . .. . . .. . . .. . . . . ..... . . . .. .. .. .. . .. . .. . . ... .. . ........ .... . . ... . . . .. . ... . .. . .
lowQualScore : 5 22 1 1 1 5 1 1 33 444 1 33 1 1 1 22 9 88 9 9 77 7 3 77 7 7 7 7 77777 7 0 5 44 99 22 66 4 22 4 66 4 4 111 22 2 11111111 7777 2 2 333 2 2 2 11 2 999 4 99 4 5
consensus : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
Reference ( family-906 ) : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104574 : TAACAAATTTTA--GA-GT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---TA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACT--C-T-TACCT
gi|104575 : TAACAAAGTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TAAAT-T--GTA-TC--AAAGT-C-A--T-TCTT-T--C-GCC-CAG-T-CG-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-C-TACCT
gi|104576 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTCCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----ATTAG-TA-G-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-ACAACT-GCACG--C-T-TACCT
gi|104577 : TAATAATTTTTA--GT-AT-G-AGATGTGCAT-CT-T--AT---TAA-CTT--GA-AT-GACAT-C--GTA-TT--ACAGT-C-A--T-TCCA-T--C-GCC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-AG--A--T--AAA--T-AA--G-C--GGC-C-A---G--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104578 : TAACAATTTTTA---A-AT-G-AG-TGTGCAT-CT----AT---TAT-CTT--GA-AT-TACAT-C--GT--TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CG------TTAGCCA-A-CG--ATTT--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-A-T-TT---CA-AT-T-GTTT-A---AA-CAAACTTGCACG--C-T-TACCT
gi|104579 : TAACAA-TTTTA--GAGAT-G-AGATGTGCAT-CT-T--A----TTA-CTT--G--AT-TACAT-C--GTA-TT--ACAGT-CAA--T-TCTA-T--C-CGC-CAG-T-CA-----TTTAG-TA-ATCG--A--TTAAAA--T-AA--G-C--GACGC-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---C--AT-T-G--T-A---AA-CACACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104580 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATATGCAT-AT-T--AT---TTG-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--AAACTCC-A--T-T-TA-T--C-GCC-AAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-G--------TG----T-ATT-TT----------------------------TTGCACG--C-T-TACCT
gi|104581 : TAACAAATTTTA--GA-AT-G-AGATGTGCATACT-TA-AT---TTA-C-T--GA-AT-TACAT-C--G-A-TA--AAAGT-C-A--A-TTTA-T--C-G-T-CAGCC-CA-----TTTA--TA-A-CG--A--T--AAA--T-A-----T--GGC-C-A---A--TCTAA--------GG----T-ATG-TT---CA----T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--CTT-TACCT
gi|104582 : TAACCAATTTTA--GC-ATTG-AGATGTGCAT-TTCT--AT---TAA-CTTT-GA-ATCTAATT-C--GTA-TT--AAAGC-A-A--T-TTGA-T--C-GCC-TAG-T-CA-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-T-A---A--TC--A--------GG----TCA---TT---CA-AT-T-G--T-A---A---AAACCGGCATGCCC-T-TACCT
gi|104583 : TAACAAATTTTACGAA-AT-GGATATATGCAT-CT-C--AT---TTA-CT---GA-AT-TACAT-T--GAA-T---AAAGT-C-A--TGTCTAGT--C-GCC-AAG-T-CG-----TTTGG-TA-A-CGGAG--T--AAAT-T-AA--G-TG-GGC-C-A---A--TCT-A--------GGTTCAT-GTT-TTGTCCA-AT-T-G--T-AAACAA-CAAACTCGCACG--C-
gi|104584 : AACAAATTTTA--GC-AT-G-AG--GTGCTT-CT-TTCAT---CTATCTT--GATAA-TACTT-CGTGTA-TT--GAA-T-C-A--T-TTTA-T--CTGCCTCAA-T-CG-----TTTAG-TATA-CG--A--T--AAATCT-AA--T-TAAAGT-C-AAACA--TCT-AAAGCTTGGGG----T-ATT-TC---GA-ATATGG--T-A---AATCAAA
gi|104585 : ACAA--TTTA--GA-A--G-AGATGTGCAT-AC-T--ATAAATTA-CTTTAAA-AT-TACAGGT--GTAGTTGGAAGGG-C-AGCT-TCTAAT--T-GCC-CA--T-CG-----TTCAG-TA-A-CG--A--T--CAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---ATTTCT-A--------GG----T-ATT-TT---CATAT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TAC
gi|104586 : A--GA-AT-G-AATTGTGCAT-CT-T--AT---TTA-CTT--GA-AT-TACAT-C--GTA-TT--GAAGT-C-A--T-TCTA-T--C-GCC-CAG-T-CC-----TTTAG-TA-A-CG--A--T--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104587 : A-TTG-AAAGT-C-T--T-ACTA-TTTC-GCC-CAG-TACGATTATTTTGA-TA-A-CG--AA-T--AGA--A-AATCG-T--GAC-C-A---A--TCT-A--------AG----T-ATTGTT---CA-AT-T-G--T-A---AA-CAAACTTGCACG--C-TGTACCT
gi|104588 : --T-TATA-T--T-ACC-CAG-T-CG-----TTTAC-GACA-CG--A--T--AAA--TTAA--GCT--GGC-CTC---A--TCT-C--------GG----T-ATT-TGG--CA-AT-T-G--TTA---AA-TAAACTCGCACG--C---TACCT
gi|104589 : A-A-TA--A--T--GAA--T-AA--G-T--AGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-AT-T-G--T-A---AA-C-AACTCGCACGC-C-T-TACCT
gi|104590 : tcccatatc--AAA--T-AA--G-T--GGC-C-A---A--TCT-A--------GG----T-ATT-TT---CA-GT-T-G--T-A---AA-CAAACTCGCACG--C-T-TACCT
gi|104591 : T-A--------GG----T-ATT-TTT--CA-AT-T-G--T-A---AAACAAGCTCGCACGC-C-T-TACC