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Reference ( gi|88459 )        :     TTTGAGA-T--AAATG-A-T-AA-A-CC-C--TAT-GCATAGG-GAT-TT-ATTT-CC-T--GAAAGA--G-A-AA--GAGTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AACA-TT---T----AG--CTTGCATT
gi|88451                      :     TTTCAGA-T--AAATG-A-T-AA---CC-C--TAT-GCATAGG-GAT-TT-ATT--CC-T--GAAACA--G-A-AA--GAGTTATC-GCCCTTGTTGAAT---GT--AG--A-A-TC-C-AACA-TT---T----AG--CTTGTATT
gi|88450                      :  tttTTTGAGA-T--AAATGGA-T-TA-T-CC-C--TGT-GCATAGG-GAT-TT-ATTT-CC-T--GAAACA--G-A-AA--GAGTTATCAATCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-CAAACA-TT---T----AG--CTTGCATTt
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Reference ( family-905 )      :         TTTGAGA-T--AAATG-A-TNA-ACC-C--TAT-GCATAGG-GATTT-ATTTCC-T--GAAACA--G-A-AA--GA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATT
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Alignments
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lowQualScore                  :                . ..     . ... ....   ..   .       ..    .      . ..      .. . .  ..  .      .             ...  ..  .. .    ...   . .  ... ....  ..        
lowQualScore                  :                9 99     9 666 9999   77   0       55    2      4 11      11 2 4  11  2      4             111  22  99 4    555   4 4  888 8888  44        
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Reference ( family-905 )      :         TTTGAGA-T--AAATG-A-TTA-A--CCC--TAT-GCATAGG-NATTT-ATTTCC-T--GAAACA--G-A-AA--GA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATT
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gi|88449                      : tttttttaTTTTAGA-T--AAATG-A-TTA-A--CCT--TAT-GCAAAGG-CATTA-TTTTCC-T--AAATCA--G-A-AA--GA-GTTATC-ACCATTGTGGAAT---GT--AA--A-ATTC-A-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATTt
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gi|88464                      :                                                    cATTT-TTTTTC-T--CTCATA--A-A-AA--GA-GTTATT-GTTCTTGTGGAAT---GT------T-ATGC-C-AAC-A-TTAAAT----AG--CTTGCATTt


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blockSeqs                     :                . .      . TT  CA     .    .       C     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   A  .    A     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TT  A      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    A     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TT  A      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TT  T      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TA  A      .    .       C     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TT  A      .    .       C     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TA  C      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . TA  C      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . T   A      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . T   A      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                . .      . .   A      .    .       G     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    A     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                                      .    .       C     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                                           .       C     .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    C     . .  .   .     . 
blockSeqs                     :                                                         .      . .       .  . .  .   .      .             .    .   .  .    .     . .              
blockSeqs                     :                                                         .      . .       .  . .  .   .      .                                                     


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         TTTGAGA-T--AAATG-A-TTA-A--CCC--TAT-GCATAGG-NATTT-ATTTCC-T--GAAACA--G-A-AA--GA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATT
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Reference ( family-905 )      :         TTTGAGA-T--AAATG-A-TTA-A--CCC--TAT-GCATAGG-NATTT-ATTTCC-T--GAAACA--G-A-AA--GA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATT
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gi|88454                      :      tttTTTGAGA-T--AAATG-A-TTATA--ATC--TAG-TCATAGG-CATTTTATTTCC-C--GAAATA--G-A-AA--GA-GTTATC-G-CCTTGTGGAAT----T--AG--A-ATTC-C--AC-A--T---T----AG--CTTGCATTt
gi|88455                      :      tttTTTGAAA-T--AAATG-A-TAA-C--CCC--TATCGCAAAGG-GATTT-TTTTCC-T--GAAACA--G-A-AAAGGA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GTGAAGA-A-ATCC-C-AAC-ATTT---T----AG--CTTGCATTt
gi|88456                      :      tttTTTGAGA-A--AAATG-A-TTACA--CCC--TA--GCATAGG-GATTT-ATTTCC-TCGGAAACA--G-ATAA--GA-GTTATC-GCCCTTTTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-Tt
gi|88457                      :      tttTTTGAAA-TTAAGATG-A-TAA-C--CCC--TA--GCAAAGG-GATTT-ATTTCC-T--GAAACA--G-AGAA--GA-GTTATC-GCCCTTGT-GAAT---GT--AG--A-AATCAC-AAC-A-TT---TTAAAAA--CTTGCATT
gi|88458                      :      tttTTTGAGA-T--AAATG-ATTTA-A--CCC--T-T-GCATAGGCCATTT-ATTTCCAT--GAA--A--G-A-AA--GAGGTTATC-GCCTTt
gi|88459                      :      tttTTTGAGA-T--AAATG-A-TAA-A--CCC--TAT-GCATAGG-GATTT-ATTTCC-T--GAAAGA--G-A-AA--GA-GTTATC-GCCCTTGTGGAAT---GT--AG--A-ATTC-C-AAC-A-TT---T----AG--CTTGCATT
gi|88460                      :         TTTGAAAAT--AAATG-AATCA-A--CCCCTTAT-GCATGGG-GATTT-TCGTCC-T--GATAAA--G-A-AA--GA-G-TATCAGCA--TGTGGAAT---GC--TG--A---TC----ACAA-TT---T----AGTCTTTGCAT
gi|88461                      :                                     t--TAT-TCATACG-CACTT-ATTTCC-G--GAAACA--G-A-AA--GA-GTTATC-GTTCTTGT-GAGT---GT--AA--A-ATGC-C-AAT-A-TT---T----AG--CTTGCATT
gi|88462                      :                                           -GCATAGG-CATTT-ATTTC--T--GAAACACAGCA-AA--GA-GTAATC-GCCCTTGTGACATATCGT--AAGCA-ATCC-A-AAC-A-TT---TA---AG--CTTGCt
gi|88463                      :                                                     ATTT-TTTTTC-T--TTCATA--A-G-AA--GA-GTTATT-GTTCTTGTGGAAT---GT--AA--ATATGC-C-AAC-A-TTAAAT----AG--CTTGCATTtaattt
gi|88464                      :                                                    cATTT-TTTTTC-T--CTCATA--A-A-AA--GA-GTTATT-GTTCTTGTGGAAT---GT------T-ATGC-C-AAC-A-TTAAAT----AG--CTTGCATTt