lowQualScore : 1111111 1 1111111 111111111 11 33333 111111 4444444444444444444444 1 3333 2 11 111 2222222 2222222222222 11111 111 2222 222 22222222222222222222222222
lowQualScore : 4 6 1111111 77 3 0 44 6 6 1111111 3 3 3 3 3 777777777 3 3 3 22 3 9 3 8888 8 999999 44 44 3 44 3 22222 3 7777 3 555 3 1 3 3 3 888888 3 7777777777777777777777 99999 3 666 55 1 4 888 2222 99 4 4 8 55 33 4 4 111 1 7777 4 4444444 4 88 3 5555 3 3333333333333 7777777 00000 2 555 2 33 333 2 8888 0 9999 555 3 9 3 222 33333333333333333333333333 77 88888 3 3 555 44 3 3 3 5 99999 0 3 9
lowQualScore : . . ....... .. . . .. . . ....... . . . . . ......... . . . .. . . . .... . ...... .. .. . .. . ..... . .... . ... . . . . . ...... . ...................... ..... . ... .. . . ... .... .. . . . .. .. . . ... . .... . ....... . .. . .... . ............. ....... ..... . ... . .. ... . .... . .... ... . . . ... .......................... .. ..... . . ... .. . . . . ..... . . .
lowQualScore : 4 7 3333333 66 3 0 66 7 7 3333333 1 1 1 1 1 999999999 1 1 1 33 1 2 1 8888 4 777777 22 22 3 66 3 33333 3 1111 3 888 3 4 3 3 6 666666 6 6666666666666666666666 11111 6 444 00 5 0 444 7777 55 0 0 0 55 55 0 0 000 1 1111 0 5555555 3 66 6 5555 6 3333333333333 1111111 00000 9 000 9 99 444 9 2222 2 5555 444 1 2 1 555 22222222222222222222222222 99 33333 3 3 888 66 3 3 6 9 11111 5 6 6
consensus : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A---GA-ATA-C-A--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TATCA--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TC-TATTTA-TCTG---TTACGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-A-G-CGA-TTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAA-TGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGT-GGGATCAGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AG--A-CAAAA-TGA--TACGA--CG-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGTAC--GN-GACACTGT--C-ACCA--G-TACA-TGTAANAA----ATGCCCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-N--GAG-AN-C---T-GA-TTT-ACAG-TGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Reference ( gi|8282 ) : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A---GA-GTA-C-A--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TATCA--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TC-TATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-A-G-T-A-TTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAA-TGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGT-GGGTTCAGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AG--A-CAAAA-T-A--TACGA--TG-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGTAC--AC-GACACTAT--C-ACCA--G-TACA-TGTAAAAA----ATACCCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG-AG-C---T-GA-TTT-ACCA-TGA-----T---G--GT-C--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8281 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A---GA-GTAAC-G--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TATCA--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TC-TATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-A-G-TGA-TTG----CA-AC---AATTC-CAA---AAA-TGTCAAAGA-GTTA-----C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGT-GGGTTCAGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AG--A-CAAAA-TGA--TACGA--TG-T-GTT---GACATAC-TGG-AA-C-TGTAC--AC-GACACTAT--C-ACCA--G-TACA-TGTAAAAA----ATACCCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG-AG-C---T-GA-TTT-ACAG-TGA-----T---G--GTCC--CA--AC--GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8283 : AACTCAATCTAGAAT-TAGG---A---GA-GTA-CCG--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TATCA--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TC-TATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-A-GAG-A-TTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAA-TGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGT-GGGTTCAGATAG-AGTTTGG-A-TTAGTGGAAT-AG--A-CAAAA-TGA--TGCGA--TG-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGTAC--AA-GACACTAT--C-ACCA--G-TACA-TGTAAAAA----ATACCCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAT-A-TG-GAG-AA-C---T-TA-TTT-ACTG-TGA-----T---G--GTCC--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----TGGAAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8284 : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A---CA-ATA-C-A--G-GGCCACT------CTG-ACT-CAGGTA-A-CAT-TATCA--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TC-TATTTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--AAAAC-AAGC--CAA-A-G-TGA-TTG----CA-AA---AATTC-CAA-C-AAA-TGCTAAACC-ATTACA---C---------AGT----GTA-----GC-CTG---TGT-TGGATCAGATAG-AGCTTGG-A-TTAATGGAGC-AG--A-CAAAA-TGA--TACGA--TG-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-CGTCT--CT-GACACTGT--C-ACCA--G-TACA-TGTCCTGA----GTACCCTA----G--TGA-----C-A---TGA-CAG--TGA-G-CAGACAA-G--GAG-AA-C---T-GA-TTT-ACAG-TGA-----T---A--GT-CT-CA--A
gi|8285 : AACTCA-TCTAACAT-TAGG---A---GA-GT--C-A--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-AACACCTATCAA-CAACC-CAT-CTAGAC-AGATGGCGTC-CATC-TATTTC-ACTG---TTACTGAA-T-----AT--TTAAAAAC-AAGC--CAA-A-G-C-AACTG----CA-GAAATCATTC--AA-C-AAAATGTCAAC-A-GTTA-A---CA----T---AGA----GTA-----GC-CT----TGTTGAATTAAGATAG-AGCTTGG-GCTTTGTGGAAC-AG--A-CAAAA-TGA--TACAAC-TG-T-GTTTGGAACTTACATGG-CA-C-TGT-C--CT-GACATTGT--T-ACCA--G-TAC---------A----ATGTCCTGTTTTACCTG------C-AGATTTA-CAAGTTGACA-CGGAC-A-C--G-G-AG-CAAATAGACTTT-ACAG-TGA-----TC--T--AT-CG-CA--ATAGGA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AA--------AGGGAGACAGAG-ACACTGATC
gi|8286 : AACTCCGGATAGAAT-TAGG---A---GA-ATA-CCA--G-G-CCATG------CTG-ACT-CAGGGA-A-CAC-T------CT-CT-AGT-CT-GAC-AGAC-AAATT-C-TC-CA---A-CGTG---TCACTGAG-TAAGCTAT--T--AAACA-AAGC--TAA-G-A-TAA-TTG----CT-TC---TATTC-CCG-C-A------C---TA-GTTATACCTC-----T---ATACACTGTT-----GC-CTG---TGT-GGG---AGATGA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGA-GG--A-TGAAACC-A--TAAGA--CG-T-GTT---GACATACACGG-GT-C-TGAAC--TG-GATTCTTT--C--TCATGG-CA-A-TGGAGG----------CCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGAC-A-
gi|8287 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---ATACGA--TA-C-ATGG-G-TCACA------CTG-ACA-CAGCCA-A-CAC-TATCA--CTACCGAGT-CT-GAA-ATATGAG--T-C-TT-TATTTA-TCTG---TTATGGAA-G----TA------AAAA
gi|8288 : AACTCAGCCTAGAGT-TAGG---G---GA-TTA-C-A--AAG-CTAAA------CTG-ACA-CAGAGC-G-CGC-CGTC-------C-ACT-CT-CTC-AGACGAATTCAC-TC-CGAATA-TC-------ATAAAA-T----TAT--C--AAAGG-AAGC--CAA-A-G-TGA-TTG----CA-AA---CATTT-CAA-C-AA
gi|8289 : ACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A---GACATA-C-A--G-GGCCACA------CTGCACA-CAGACA-T-CAC-TATCAACTTACC-AGT-CT-GAC--GATGAAGT--C-TC-TTTATACTCTGGGGTTAAGGA--T----TAC--T--AAAAG-AAGC--CAAGA-G-TGA-TTGGCTATATAA---CATTC-TAAAC-AAA-TGTCAAA-A-GTTA-T---C-----G---AAA----GTA-----GC--TG---TGT-TGGATCAGATAG-AGCTTGGAA-TTAATAG--A-AGTAG-CAAAA-T-GATTACGA--TG-T-GTTA--GACATACATGGCAA-CTTGTCG--ACTGACACTGT--CTACCA--GCTCCA-TGTCCTAGTCTTGTTCTCTA----A--TGAT----C-A----TA-CAG--TGA-ATCAGAG-G-G--GAG-AGAC---T-GAGTTTAACTAGTGATTGTGT---G--GT-C--CACTACT-GAC-ACTG-----TGA-ACG-T---TGAG-T-CAGGACATGTATCGGGAAGACAGAGTACACTGATCA
gi|8290 : TCAGTCTAGAAT-TAGG---AA--GA-ATA-CCG--G-G-CCACA------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TATCA--CTACCCAAT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TC-TATTTA-TCTG---TTCAGGAA-T----TAT--T--GAAAC-AAGC--CAA-A-G-TGA-TTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAA-TGTTAAAGA-GTTA-C---T-----T---GGA----GTA-----GC-CTG---TGT-TGGATCAGATAG-AGCTTGG-A-TTAACGGAAACAG--A-CAAAA-TGA--TGCGA--TG-T-GTT---GACTTACATGG-TA-C-TGT-C--ACTGACACTGT--C-ACTA--G-TACA-TGTAAACG----CGGGCCTG----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-AGG--GAG-AA-C---T-GA-TTT-ACAG-TGA-----A---A--GT-CT-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-AAATTGATCAC
gi|8291 : TCAGCCTGGAAT-TAGG---A---GA-ATA-C-A--AAG-CTAGC------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TGTC-------C-AGT-CT-GAC-AGAGGAAG-T-C-TCACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGACC-AAGC--CAA-ATC-C-A-TTG----CA-AC---CATTC-CTA-C-----TG-----GA-GTTA-ATC-C-----TCTAAGACAT-GTT-----GC-CTG---TGT-GGG
gi|8292 : AGCCTGGAATATAGGGAGA---GA-AAA-C-A--G-G-CTGC-------CTG-ACA-CAGACA-A-CAC-TGTC------CA-ATT-CT-GAC-AGAGGAAGT--C-TCACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGGAGCAAGTTTCAA-A-T-CCA-TTA----CA-AG---CATTC-TTC-CTAGG-TG-----GA-GTTA-A---TCGTCGT---ATATCATGTT-----GCGCTG---TGT-GGGAGTAGATAA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGATTG--ATTAAAC-C-A--TAAGAG-CG-TAGTT---GACATACATGG-GT-C-TCTAC--GG-GGCACTGTGCC-ACCA--C-CAAA-TGT-GAAA----ATGGCCTA----G---GA-----C-----TCAGCAG--TGT-C-CAGAC-AGG--GAG-AA-C---T-GT-TAT-ACAG-T-A-----T---G--GT-C--CC--AAATGATCATGG-----TGA-ACATT---T--G-T-CA-GA-A-----C-GGAGAACAGGA-CCACTGagtggattgattgattgat
gi|8293 : AGCCTGGAATATAGG-------GA-G-A-A-A--A-A-CCACGGCTCGCCTG-ACA-CAGACATA-CAC-TGTC-------C-AATACT-GACTAGAGGAAGT--C-TCACATTTA-TCT----TTACAAAA-G----CATCGT--TAGAG-CAGT--TAA-A-T-CCA-TTA----CA-AG---CATTC-T---C-TAG-TG-----GATGTTA-A---T-----C---GTC----GTATATATGT-CTGCGCTGT-TGGAGTAGATAA-AGACTGG-G-TTAGTGGTAT-TG--A-TAAAC-TCA--TAAGAAGCG-T-GTT---GACATACATGG-CGTC-TCTACGGGG-GGCACTGTC-C-ACCA--C-CAAA-TGTGATAA----ATGGCCTA----A--GGACTCAGC-A---TTC-CAG------A-CAG---G-C--GAGCAA-C---T-GT-TAT-ACGA-TGA-----T---G--GT-C--C----CA-AT--ACTGATTTCTGGTACA-TCTAT--G-TCCA-GGAA-----CTGGAGCAACGAG-ACAC
gi|8294 : -ACATCAGACA-A-CAC-TATCA--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-T--TATCTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--GAAAG-AAA---CAA-A-G-TGA-TTG----CA-AA---CATTCGCAA-C-AAA-TGTAAAAAA-TTTA-G---A-----C---AGC----ATA-----GC-CTG---TGT-TGGATCAAATAGAAGCTTGG-GATGAGTGG-AA-AGC-A-GAGAA-TGA--TACGA--TGAG-GTT---GAC-TTTATGG-AA-C-TGT-C--ACTGACACTGT--C-ACCA--G-TACACTGTCTTAT----GGCTCCTG----C--TGA-----CAA---TTA-CAG--TGA-A-CGGAC-A----GGG-AGAA---T-GATTTT-ACAG-TAA-----T---GCTGT-C--AG--AC--GA--ACAG-----TGA-ATA-T---T--GTT-CA-G-CA-----CCAGAAGACAGAG-ACACTGATCA
gi|8295 : GTAC--GG-GACACTGT--C-ACCA--C-CACA-TGTAAAAA----CTTCCCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGGC-AGG--GAG-AA-C---T-GG-TAT-ACAG-TGA-----T---C--CT-CA-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAGAACCGAG-ACACTG
gi|8296 : AAA----AT-CCACA----G--T-A-----C-C---TTA-CAG--TGA---CAAAC-AGC--GGGGAT-C---T-GG-TTT-ATAC-TGA-----TT--G--GT-A--TG--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-GA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-AC
gi|8297 : CCAA----A--TGA-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GTGGTG-AC-C---T-GG-TTT-ATAC-TGA-----T---G---T-CAGTG--ATA-GA--ACTG-----TAA-ACA-T---T--G-T-
gi|8298 : A-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-AGC--GGGGAT-C---T-GG-TTT-ATAC-TGA-----TTACG--AT-----G--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-ACCATGATCAC
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 1 111111 111 333333333333333333333 11111 1111 111 111111 111111111111111111 111 2222 111111111 111111
lowQualScore : 6 888 3 77 77 1111 6 6 3 3 2 2 2 2 2 3333 1 1 2 2 2 2 2 0 2 7777 4 111111 33 33 3 44 3 33 6666 3 555 3 0 3 6 222 1 3 999999999999999999999 88888 3 555 2 1 3 3 3 7 00000 1 3 2222 3 3 000 4444 3 77 888888 77 3 3 3 3 555555555555555555 6666 44 99999 777 2 33 111 2 4444 2 2 33 555 2 5 2 33 000000000 33 2 888888 1 6 77 77777 3 3 555 44 6 3 4 88888 3 0
lowQualScore : . ... . .. .. .... . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .... . ...... .. .. . .. . .. .... . ... . . . . ... . . ..................... ..... . ... . . . . . . ..... . . .... . . ... .... . .. ...... .. . . . . .................. .... .. ..... ... . .. ... . .... . . .. ... . . . .. ......... .. . ...... . . .. ..... . . ... .. . . . ..... . .
lowQualScore : 2 555 1 33 33 0000 2 2 1 5 9 9 9 9 9 5555 4 4 9 9 9 9 9 1 9 5555 8 999999 99 99 1 22 1 88 5555 1 444 1 6 1 2 777 8 3 000000000000000000000 33333 3 888 5 1 3 3 6 3 00000 4 6 5555 6 6 000 8888 6 88 777777 99 3 3 3 3 777777777777777777 5555 22 33333 333 7 77 999 7 5555 9 9 99 000 9 7 9 99 777777777 99 9 111111 2 2 33 77777 1 1 444 22 2 3 6 33333 3 8
consensus : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A--C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAGA-GCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--G-AG-A-AC---T-GA-TTT-A--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Reference ( family-902 ) : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTACGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A--C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGATC-AGATAGA-GCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-N--G-AG-A-NC---T-GA-TTT-A--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
gi|8281 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTAA-C-G--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AC---AATTC-CAA---AAATGTCAAAGA-GTTA----C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAGA-GCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATAC-TGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--G-AG-A-GC---T-GA-TTT-A--CAGTGA-----T---G--GT-C--CC--AAC-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8282 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGT-ATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A--C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAGA-GCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAAT-A-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--G-AG-A-GC---T-GA-TTT-A--CCATGA-----T---G--GT-C--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8283 : AACTCAATCTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGAGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A--C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAGA-GTTTGG-A-TTAGTGGAAT-AGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--AGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAT-ATG--G-AG-A-AC---T-TA-TTT-A--CTGTGA-----T---G--GTCC--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----TGGAAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8284 : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-CA--ATA--C-A--G-GGC-CACTCTG-ACT-CAGGT-A-ACA-TTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--AAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---AATTC-CAA-C-AAATGCTAAACC-ATTACA--C---------AGT----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAGA-GCTTGG-A-TTAATGGAGC-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-CGT-CT--C--TGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTCCTGA----GTA--C---CCTA----G--TGA-----CA---TGA-CAG--TGA-G-CAGACAA-G--G-AG-A-AC---T-GA-TTT-A--CAGTGA-----T---A--GT-C--
gi|8285 : AACTCA-TCTAACAT-TAGG---A-GA--GT---C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGACAA-ACACCTATCAA--CAACC-CAT-CTAGAC-AGATGGCGTC-CATCTATTTC-ACTG---TTACTGAA------TAT--TTAAAAAC-AAGC--CAA-AGCAACTG----CA-GAAATCATT--CAA-CAAAATGTC-AACA-GTTA-A--CA----T---AGA----GTA-----GC-CT----TGTTGAATTAAGATAGA-GCTTGG-GCTTTGTGGAAC-AGACAAAATGA-TACAA--CTG-T-GTTTGGAACTTACATGG-CA-C-TGT--C--C--TGACATTGT--T-ACCAG-TAC----------A----ATG--T---CCTGTTTTACCTG------CAGATTTA-CAAGTTGACA-CGGAC-A-C--G--G-A-GCAAATAGACTTT-A--CAGTGA-----TC--T--AT-CG-CA--ATAGGA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-AA-AA--------AGGGAGACAGAG-ACACTGATCtcaa
gi|8286 : AACTCCGGATAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--CCA--G-G-C-CATGCTG-ACT-CAGGG-A-ACA-CT-------CT-CT-AGT-CT-GAC-AGACAAA-TT-C-TCCA---A-CGTG---TCACTGAG-TAAGCTAT--T--AAACA-AAGC--TAA-GATAATTG----CT-TC---TATTC-CCG-C-A-----C---TA-GTTATA--CCTCTAT---ACACT--GTT-----GC-CTG---TGTGGGA----GATGAA-GCCTGG-G-TTAGTGGTGA-GGATGAAACCA-TAAGA--C-G-T-GTT---GACATACACGG-GT-C-TGA-AC--T--GGATTCTTT--C-------T-CA-TGGCAATGG----A-G--G---CCTA----A--TGA-----CA---TCA-CAG--TGA-C-CAGAC-A-
gi|8287 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-TACGATA--C-ATGG-G-T-CACACTG-ACA-CAGCC-A-ACA-CTATC-A--CTACCGAGT-CT-GAA-ATATG-AGT--C-TTTATTTA-TCTG---TTATGGAA-G----TA------AAAA
gi|8288 : AACTCAGCCTAGAGT-TAGG---G-GA--TTA--C-A--AAG-C-TAAACTG-ACA-CAGAG-C-GCG-CCGTC--------C-ACT-CT-CTC-AGACGAATTCAC-TCCGAATA-TC-------ATAAAA-T----TAT--C--AAAGG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTT-CAA-C-AA
gi|8289 : ACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GAC-ATA--C-A--G-GGC-CACACTGCACA-CAGAC-A-TCA-CTATC-AACTTACC-AGT-CT-GAC--GATGAAGTC---TCTTTATACTCTGGGGTTAAGGA--T----TAC--T--AAAAG-AAGC--CAAGAGTGATTGGCTATATAA---CATTC-TAAAC-AAATGTCAAA-A-GTTA-T--C-----G---AAA----GTA-----GC--TG---TGTTGGATC-AGATAGA-GCTTGGAA-TTAATAGAAG-TAGCAAAATGATTACGA--T-G-T-GTTA--GACATACATGGCAA-CTTGT--C--GACTGACACTGT--CTACCAGCTCCA-T-GTCCTAGTCTTGTT--C---TCTA----A--TGAT----CA----TA-CAG--TGA-ATCAGAG-G-G--G-AG-AGAC---T-GAGTTT-AACTAGTGATTGTGT---G--GT-C--CACTACT-GAC-ACTG-----TGA-ACG-T---TGAGT-CAGGACATGTATCGGGAAGACAGAGTACACTGATCA
gi|8290 : TCAGTCTAGAAT-TAGG---AAGA--ATA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAAT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTCAGGAA-T----TAT--T--GAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTTAAAGA-GTTA-C--T-----T---GGA----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAGA-GCTTGG-A-TTAACGGAAACAGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACTTACATGG-TA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACTAG-TACA-T-GT---AA----ACG--CGGGCCTG----A--TGA-----CA---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-AGG--G-AG-A-AC---T-GA-TTT-A--CAGTGA-----A---A--GT-CT-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-AAATTGATCAC
gi|8291 : TCAGCCTGGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--AAG-C-TAGCCTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC--------C-AGT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGACC-AAGC--CAA-ATCCATTG----CA-AC---CATTC-CTA-C----TG-----GA-GTTA-ATCC-----TCTAAGACAT-GTT-----GC-CTG---TGTGGGAGT-GGATTGA-
gi|8292 : AGCCTGGAATATAGGGAGA-GA--AAA--C-A--G-G-C-TGC-CTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC-------CA-ATT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGGAGCAAGTTTCAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-TTC-CTAGGTG-----GA-GTTA-A--TCGTCGT---ATATCATGTT-----GCGCTG---TGTGGGAGT-AGATAAA-GCCTGG-G-TTAGTGGTGATTGATTAAACCA-TAAGAG-C-G-TAGTT---GACATACATGG-GT-C-TCT-AC--G--GGGCACTGTGCC-ACCAC-CAAA-T-GTGA-AA----ATG--G---CCTA----G---GA-----C----TCAGCAG--TGT-C-CAGAC-AGG--G-AG-A-AC---T-GT-TAT-A--CAGT-A-----T---G--GT-C--CC--AAATGATCATGG-----TGA-ACATT---T--GT-CA-GA-A-----C-GGAGAACAGGA-CCACTGttgattgat
gi|8293 : AGCCTGGAATATAGGG--A-GA--AAAACC-AC-G-G-CTCGC-CTG-ACA-CAGAC-ATACA-CTGTC--------C-AATACT-GACTAGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAA-G----CATCGT--TAGAG-CAGT--TAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-T---C-TAGTG-----GATGTTA-A--T-----C---GTC----GTATATATGT-CTGCGCTGTTGGAGT-AGATAAA-GACTGG-G-TTAGTGGTAT-TGATAAACTCA-TAAGAAGC-G-T-GTT---GACATACATGG-CGTC-TCT-ACGGG--GGGCACTGTC-C-ACCAC-CAAA-T-GTGATAA----ATG--G---CCTA----A--GGACTCAGCA---TTC-CAG------A-CAGGC------G-AGCA-AC---T-GT-TAT-A--CGATGA-----T---G--GT-C--C----CA-AT--ACTGATTTCTGGTACA-TCTAT--GTCCA-GGAA-----CTGGAGCAACGAG-ACAC
gi|8294 : -ACATCAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-T-TATCTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--GAAAG-AAAC---AA-AGTGATTG----CA-AA---CATTCGCAA-C-AAATGTAAAAAA-TTTA-G--A-----C---AGC----ATA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AAATAGAAGCTTGG-GATGAGTGGAAA-GCAGAGAATGA-TACGA--T-GAG-GTT---GACTT-TATGG-AA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACCAG-TACACT-GTCTTA------TGGCT---CCTG----C--TGA-----CAA--TTA-CAG--TGA-A-CGGAC-A-G--GGAG-A-A----T-GA-TTTTA--CAGTAA-----T---GCTGT-C--AG--AC--GA--ACAG-----TGA-ATA-T---T--GTTCA-G-CA-----CCAGAAGACAGAG-ACACTGATCA
gi|8295 : GT-AC--G--GGACACTGT--C-ACCAC-CACA-T-GTAAAAA----CTT--C---CCTA----A--TGA-----CA---TCA-CAG--TGA-C-CAGGC-AGG--G-AG-A-AC---T-GG-TAT-A--CAGTGA-----T---C--CT-CA-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-CA-GACA-----CGGGAGAACCGAG-ACACTG
gi|8296 : A-----CC---TTA-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGG-GG-A-TC---T-GG-TTT-A--TACTGA-----TT--G--GT-A--TG--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-GA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-AC
gi|8297 : aaaatccacagt---CCAA----A--TGA-----CA---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GTGG-TG-A-CC---T-GG-TTT-A--TACTGA-----T---G---T-CAGTG--ATA-GA--ACTG-----TAA-ACA-T---T--GT-
gi|8298 : A-----CA---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGG-GG-A-TC---T-GG-TTT-A--TACTGA-----TTACG--AT-----G--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--GT-AA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-ACCATGATCAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111 1 111111 111 3333333333333333333333 11111 1111 111 111111 111111111111111111 111 2222 111111111 111111
lowQualScore : 6 888 3 77 00 7777 6 6 3 3 2 2 2 2 2 3333 1 1 2 2 2 2 2 0 2 7777 1 111111 33 33 3 44 3 33 6666 3 555 3 0 3 6 222 1 3 9999999999999999999999 88888 3 555 1 1 3 3 3 7 00000 1 3 2222 3 3 000 0 4444 3 77 888888 77 3 3 3 3 555555555555555555 6666 44 99999 2 444 2 33 111 2 3333 66 2 8 33 000000000 33 2 888888 1 6 77 77777 3 3 555 44 3 3 3 4 88888 3 0
lowQualScore : . ... . .. .. .... . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .... . ...... .. .. . .. . .. .... . ... . . . . ... . . ...................... ..... . ... . . . . . . ..... . . .... . . ... . .... . .. ...... .. . . . . .................. .... .. ..... . ... . .. ... . .... .. . . .. ......... .. . ...... . . .. ..... . . ... .. . . . . ..... . .
lowQualScore : 2 555 1 33 44 9999 2 2 1 5 9 9 9 9 9 5555 4 4 9 9 9 9 9 1 9 5555 0 999999 99 99 1 22 1 88 5555 1 444 1 6 1 2 777 8 3 0000000000000000000000 33333 3 888 0 6 3 3 6 3 00000 4 6 5555 6 6 000 2 8888 6 88 777777 99 3 3 3 3 777777777777777777 5555 22 33333 7 777 7 77 999 7 1111 88 9 6 99 777777777 99 9 111111 2 2 33 77777 1 1 444 22 1 1 3 6 33333 3 8
consensus : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Reference ( family-902 ) : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
gi|8281 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTAA-C-G--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AC---AATTC-CAA---AAATGTCAAAGA-GTTA-----C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATAC-TGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG--A-GCTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CC--AAC-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8282 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGT-ATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAAT-A-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG--A-GCTGA-TTTA--CCATGA-----T---G--GT-C--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8283 : AACTCAATCTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGAGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGTTTGG-A-TTAGTGGAAT-AGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--AGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAT-ATG--GAG--A-ACTTA-TTTA--CTGTGA-----T---G--GTCC--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----TGGAAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8284 : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-CA--ATA--C-A--G-GGC-CACTCTG-ACT-CAGGT-A-ACA-TTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--AAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---AATTC-CAA-C-AAATGCTAAACC-ATTACA---C---------AGT----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAATGGAGC-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-CGT-CT--C--TGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTCCTGA----GTA--C---CCTA----G--TGA-----C-A---TGA-CAG--TGA-G-CAGACAA-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---A--GT-C--
gi|8285 : AACTCA-TCTAACAT-TAGG---A-GA--GT---C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGACAA-ACACCTATCAA--CAACC-CAT-CTAGAC-AGATGGCGTC-CATCTATTTC-ACTG---TTACTGAA------TAT--TTAAAAAC-AAGC--CAA-AGCAACTG----CA-GAAATCATT--CAA-CAAAATGTC-AACA-GTTA-A---CA----T---AGA----GTA-----GC-CT----TGTTGAATTAAGATAG-AGCTTGG-GCTTTGTGGAAC-AGACAAAATGA-TACAA--CTG-T-GTTTGGAACTTACATGG-CA-C-TGT--C--C--TGACATTGT--T-ACCAG-TAC----------A----ATG--T---CCTGTTTTACCTG------C-AGATTTA-CAAGTTGACA-CGGAC-ACG--GAGCAA-ATAGACTTTA--CAGTGA-----TC--T--AT-CG-CA--ATAGGA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AA--------AGGGAGACAGAG-ACACTGATCtcaa
gi|8286 : AACTCCGGATAGAAT-TAGG---A-GA--ATAC-C-A--G-G-C-CATGCTG-ACT-CAGGG-A-ACA-CT-------CT-CT-AGT-CT-GAC-AGAC-AAATT-C-TCCA---A-CGTG---TCACTGAG-TAAGCTAT--T--AAACA-AAGC--TAA-GATAATTG----CT-TC---TATTC-CCG-C-A-----C---TA-GTTATACCTC-----T---ATACACTGTT-----GC-CTG---TGTGGG----AGATGA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGA-GGATGAAACCA-TAAGA--C-G-T-GTT---GACATACACGG-GT-C-TGA-AC--T--GGATTCTTT--C-------T-CA-TGGCAATGG----A-G--G---CCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGAC-A-
gi|8287 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-TACGATA--C-ATGG-G-T-CACACTG-ACA-CAGCC-A-ACA-CTATC-A--CTACCGAGT-CT-GAA-ATATG-AGT--C-TTTATTTA-TCTG---TTATGGAA-G----TA------AAAA
gi|8288 : AACTCAGCCTAGAGT-TAGG---G-GA--TTA--C-A--AAG-C-TAAACTG-ACA-CAGAG-C-GCG-CCGTC--------C-ACT-CT-CTC-AGACGAATTCAC-TCCGAATA-TC-------ATAAAA-T----TAT--C--AAAGG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTT-CAA-C-AA
gi|8289 : ACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GAC-ATA--C-A--G-GGC-CACACTGCACA-CAGAC-A-TCA-CTATC-AACTTACC-AGT-CT-GAC--GATGAAGTC---TCTTTATACTCTGGGGTTAAGGA--T----TAC--T--AAAAG-AAGC--CAAGAGTGATTGGCTATATAA---CATTC-TAAAC-AAATGTCAAA-A-GTTA-T---C-----G---AAA----GTA-----GC--TG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGGAA-TTAATAGAAG-TAGCAAAATGATTACGA--T-G-T-GTTA--GACATACATGGCAA-CTTGT--C--GACTGACACTGT--CTACCAGCTCCA-T-GTCCTAGTCTTGTT--C---TCTA----A--TGAT----C-A----TA-CAG--TGA-ATCAGAG-G-G--GAG--AGACTGAGTTTAACTAGTGATTGTGT---G--GT-C--CACTACT-GAC-ACTG-----TGA-ACG-T---TGAG-T-CAGGACATGTATCGGGAAGACAGAGTACACTGATCA
gi|8290 : TCAGTCTAGAAT-TAGG---AAGA--ATA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAAT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTCAGGAA-T----TAT--T--GAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTTAAAGA-GTTA-C---T-----T---GGA----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAACGGAAACAGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACTTACATGG-TA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACTAG-TACA-T-GT---AA----ACG--CGGGCCTG----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-AGG--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----A---A--GT-CT-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-AAATTGATCAC
gi|8291 : TCAGCCTGGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--AAG-C-TAGCCTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC--------C-AGT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGACC-AAGC--CAA-ATCCATTG----CA-AC---CATTC-CTA-C----TG-----GA-GTTA-ATC-C-----TCTAAGACAT-GTT-----GC-CTG---TGTGGGAGT-GGATTG-A
gi|8292 : AGCCTGGAATATAGGGAGA-GA--AAA--C-A--G-G-C-TGC-CTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC-------CA-ATT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGGAGCAAGTTTCAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-TTC-CTAGGTG-----GA-GTTA-A---TCGTCGT---ATATCATGTT-----GCGCTG---TGTGGGAGT-AGATAA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGATTGATTAAACCA-TAAGAG-C-G-TAGTT---GACATACATGG-GT-C-TCT-AC--G--GGGCACTGTGCC-ACCAC-CAAA-T-GTGA-AA----ATG--G---CCTA----G---GA-----C-----TCAGCAG--TGT-C-CAGAC-AGG--GAG--A-ACTGT-TATA--CAGT-A-----T---G--GT-C--CC--AAATGATCATGG-----TGA-ACATT---T--G-T-CA-GA-A-----C-GGAGAACAGGA-CCACTGttgattgat
gi|8293 : AGCCTGGAATATAGGG--A-GA--AAAACC-AC-G-G-CTCGC-CTG-ACA-CAGAC-ATACA-CTGTC--------C-AATACT-GACTAGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAA-G----CATCGT--TAGAG-CAGT--TAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-T---C-TAGTG-----GATGTTA-A---T-----C---GTC----GTATATATGT-CTGCGCTGTTGGAGT-AGATAA-AGACTGG-G-TTAGTGGTAT-TGATAAACTCA-TAAGAAGC-G-T-GTT---GACATACATGG-CGTC-TCT-ACGGG--GGGCACTGTC-C-ACCAC-CAAA-T-GTGATAA----ATG--G---CCTA----A--GGACTCAGC-A---TTC-CAG------A-CAGGC------GAGC-A-ACTGT-TATA--CGATGA-----T---G--GT-C--C----CA-AT--ACTGATTTCTGGTACA-TCTAT--G-TCCA-GGAA-----CTGGAGCAACGAG-ACAC
gi|8294 : -ACATCAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-T-TATCTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--GAAAG-AAA---CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTCGCAA-C-AAATGTAAAAAA-TTTA-G---A-----C---AGC----ATA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AAATAGAAGCTTGG-GATGAGTGGAAA-GCAGAGAATGA-TACGA--T-GAG-GTT---GAC-TTTATGG-AA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACCAG-TACACT-GTCTT------ATGGCT---CCTG----C--TGA-----CAA---TTA-CAG--TGA-A-CGGAC-AGG--GAG--A-A-TGATTTTA--CAGTAA-----T---GCTGT-C--AG--AC--GA--ACAG-----TGA-ATA-T---T--GTT-CA-G-CA-----CCAGAAGACAGAG-ACACTGATCA
gi|8295 : GT-AC--G--GGACACTGT--C-ACCAC-CACA-T-GTAAAAA----CTT--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGGC-AGG--GAG--A-ACTGG-TATA--CAGTGA-----T---C--CT-CA-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAGAACCGAG-ACACTG
gi|8296 : A-----C-C---TTA-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGGGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TT--G--GT-A--TG--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-GA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-AC
gi|8297 : aaaatccacagt---CCAA----A--TGA-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GTGGTG--A-CCTGG-TTTA--TACTGA-----T---G---T-CAGTG--ATA-GA--ACTG-----TAA-ACA-T---T--G-T-
gi|8298 : A-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGGGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TTACG--AT-----G--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-ACCATGATCAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111 1 111111 111 3333333333333333333333 11111 1111 111 111111 111111111111111111 111 2222 111111111 111111
lowQualScore : 6 888 3 77 00 7777 6 6 3 3 2 2 2 2 2 3333 1 1 2 2 2 2 2 0 2 7777 1 111111 33 33 3 44 3 33 6666 3 555 3 0 3 6 222 1 3 9999999999999999999999 88888 3 555 1 1 3 3 3 7 00000 1 3 2222 3 3 000 0 4444 3 77 888888 77 3 3 3 3 555555555555555555 6666 44 99999 2 444 2 33 111 2 3333 66 2 8 33 000000000 33 2 888888 1 6 77 77777 3 3 555 44 3 3 3 4 88888 3 0
lowQualScore : . ... . .. .. .... . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .... . ...... .. .. . .. . .. .... . ... . . . . ... . . ...................... ..... . ... . . . . . . ..... . . .... . . ... . .... . .. ...... .. . . . . .................. .... .. ..... . ... . .. ... . .... .. . . .. ......... .. . ...... . . .. ..... . . ... .. . . . . ..... . .
lowQualScore : 2 555 1 33 44 9999 2 2 1 5 9 9 9 9 9 5555 4 4 9 9 9 9 9 1 9 5555 0 999999 99 99 1 22 1 88 5555 1 444 1 6 1 2 777 8 3 0000000000000000000000 33333 3 888 0 6 3 3 6 3 00000 4 6 5555 6 6 000 2 8888 6 88 777777 99 3 3 3 3 777777777777777777 5555 22 33333 7 777 7 77 999 7 1111 88 9 6 99 777777777 99 9 111111 2 2 33 77777 1 1 444 22 1 1 3 6 33333 3 8
consensus : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Reference ( family-902 ) : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
gi|8281 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTAA-C-G--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AC---AATTC-CAA---AAATGTCAAAGA-GTTA-----C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATAC-TGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG--A-GCTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CC--AAC-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8282 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGT-ATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAAT-A-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-C--GAG--A-GCTGA-TTTA--CCATGA-----T---G--GT-C--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8283 : AACTCAATCTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGAGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGTTTGG-A-TTAGTGGAAT-AGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--AGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAT-ATG--GAG--A-ACTTA-TTTA--CTGTGA-----T---G--GTCC--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----TGGAAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8284 : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-CA--ATA--C-A--G-GGC-CACTCTG-ACT-CAGGT-A-ACA-TTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--AAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---AATTC-CAA-C-AAATGCTAAACC-ATTACA---C---------AGT----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAATGGAGC-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-CGT-CT--C--TGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTCCTGA----GTA--C---CCTA----G--TGA-----C-A---TGA-CAG--TGA-G-CAGACAA-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---A--GT-C--
gi|8285 : AACTCA-TCTAACAT-TAGG---A-GA--GT---C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGACAA-ACACCTATCAA--CAACC-CAT-CTAGAC-AGATGGCGTC-CATCTATTTC-ACTG---TTACTGAA------TAT--TTAAAAAC-AAGC--CAA-AGCAACTG----CA-GAAATCATT--CAA-CAAAATGTC-AACA-GTTA-A---CA----T---AGA----GTA-----GC-CT----TGTTGAATTAAGATAG-AGCTTGG-GCTTTGTGGAAC-AGACAAAATGA-TACAA--CTG-T-GTTTGGAACTTACATGG-CA-C-TGT--C--C--TGACATTGT--T-ACCAG-TAC----------A----ATG--T---CCTGTTTTACCTG------C-AGATTTA-CAAGTTGACA-CGGAC-ACG--GAGCAA-ATAGACTTTA--CAGTGA-----TC--T--AT-CG-CA--ATAGGA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AA--------AGGGAGACAGAG-ACACTGATCtcaa
gi|8286 : AACTCCGGATAGAAT-TAGG---A-GA--ATAC-C-A--G-G-C-CATGCTG-ACT-CAGGG-A-ACA-CT-------CT-CT-AGT-CT-GAC-AGAC-AAATT-C-TCCA---A-CGTG---TCACTGAG-TAAGCTAT--T--AAACA-AAGC--TAA-GATAATTG----CT-TC---TATTC-CCG-C-A-----C---TA-GTTATACCTC-----T---ATACACTGTT-----GC-CTG---TGTGGG----AGATGA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGA-GGATGAAACCA-TAAGA--C-G-T-GTT---GACATACACGG-GT-C-TGA-AC--T--GGATTCTTT--C-------T-CA-TGGCAATGG----A-G--G---CCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGAC-A-
gi|8287 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-TACGATA--C-ATGG-G-T-CACACTG-ACA-CAGCC-A-ACA-CTATC-A--CTACCGAGT-CT-GAA-ATATG-AGT--C-TTTATTTA-TCTG---TTATGGAA-G----TA------AAAA
gi|8288 : AACTCAGCCTAGAGT-TAGG---G-GA--TTA--C-A--AAG-C-TAAACTG-ACA-CAGAG-C-GCG-CCGTC--------C-ACT-CT-CTC-AGACGAATTCAC-TCCGAATA-TC-------ATAAAA-T----TAT--C--AAAGG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTT-CAA-C-AA
gi|8289 : ACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GAC-ATA--C-A--G-GGC-CACACTGCACA-CAGAC-A-TCA-CTATC-AACTTACC-AGT-CT-GAC--GATGAAGTC---TCTTTATACTCTGGGGTTAAGGA--T----TAC--T--AAAAG-AAGC--CAAGAGTGATTGGCTATATAA---CATTC-TAAAC-AAATGTCAAA-A-GTTA-T---C-----G---AAA----GTA-----GC--TG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGGAA-TTAATAGAAG-TAGCAAAATGATTACGA--T-G-T-GTTA--GACATACATGGCAA-CTTGT--C--GACTGACACTGT--CTACCAGCTCCA-T-GTCCTAGTCTTGTT--C---TCTA----A--TGAT----C-A----TA-CAG--TGA-ATCAGAG-G-G--GAG--AGACTGAGTTTAACTAGTGATTGTGT---G--GT-C--CACTACT-GAC-ACTG-----TGA-ACG-T---TGAG-T-CAGGACATGTATCGGGAAGACAGAGTACACTGATCA
gi|8290 : TCAGTCTAGAAT-TAGG---AAGA--ATA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAAT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTCAGGAA-T----TAT--T--GAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTTAAAGA-GTTA-C---T-----T---GGA----GTA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAACGGAAACAGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACTTACATGG-TA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACTAG-TACA-T-GT---AA----ACG--CGGGCCTG----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-AGG--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----A---A--GT-CT-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-AAATTGATCAC
gi|8291 : TCAGCCTGGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--AAG-C-TAGCCTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC--------C-AGT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGACC-AAGC--CAA-ATCCATTG----CA-AC---CATTC-CTA-C----TG-----GA-GTTA-ATC-C-----TCTAAGACAT-GTT-----GC-CTG---TGTGGGAGT-GGATTG-A
gi|8292 : AGCCTGGAATATAGGGAGA-GA--AAA--C-A--G-G-C-TGC-CTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC-------CA-ATT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGGAGCAAGTTTCAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-TTC-CTAGGTG-----GA-GTTA-A---TCGTCGT---ATATCATGTT-----GCGCTG---TGTGGGAGT-AGATAA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGATTGATTAAACCA-TAAGAG-C-G-TAGTT---GACATACATGG-GT-C-TCT-AC--G--GGGCACTGTGCC-ACCAC-CAAA-T-GTGA-AA----ATG--G---CCTA----G---GA-----C-----TCAGCAG--TGT-C-CAGAC-AGG--GAG--A-ACTGT-TATA--CAGT-A-----T---G--GT-C--CC--AAATGATCATGG-----TGA-ACATT---T--G-T-CA-GA-A-----C-GGAGAACAGGA-CCACTGttgattgat
gi|8293 : AGCCTGGAATATAGGG--A-GA--AAAACC-AC-G-G-CTCGC-CTG-ACA-CAGAC-ATACA-CTGTC--------C-AATACT-GACTAGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAA-G----CATCGT--TAGAG-CAGT--TAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-T---C-TAGTG-----GATGTTA-A---T-----C---GTC----GTATATATGT-CTGCGCTGTTGGAGT-AGATAA-AGACTGG-G-TTAGTGGTAT-TGATAAACTCA-TAAGAAGC-G-T-GTT---GACATACATGG-CGTC-TCT-ACGGG--GGGCACTGTC-C-ACCAC-CAAA-T-GTGATAA----ATG--G---CCTA----A--GGACTCAGC-A---TTC-CAG------A-CAGGC------GAGC-A-ACTGT-TATA--CGATGA-----T---G--GT-C--C----CA-AT--ACTGATTTCTGGTACA-TCTAT--G-TCCA-GGAA-----CTGGAGCAACGAG-ACAC
gi|8294 : -ACATCAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-T-TATCTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--GAAAG-AAA---CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTCGCAA-C-AAATGTAAAAAA-TTTA-G---A-----C---AGC----ATA-----GC-CTG---TGTTGGATC-AAATAGAAGCTTGG-GATGAGTGGAAA-GCAGAGAATGA-TACGA--T-GAG-GTT---GAC-TTTATGG-AA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACCAG-TACACT-GTCTT------ATGGCT---CCTG----C--TGA-----CAA---TTA-CAG--TGA-A-CGGAC-AGG--GAG--A-A-TGATTTTA--CAGTAA-----T---GCTGT-C--AG--AC--GA--ACAG-----TGA-ATA-T---T--GTT-CA-G-CA-----CCAGAAGACAGAG-ACACTGATCA
gi|8295 : GT-AC--G--GGACACTGT--C-ACCAC-CACA-T-GTAAAAA----CTT--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGGC-AGG--GAG--A-ACTGG-TATA--CAGTGA-----T---C--CT-CA-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAGAACCGAG-ACACTG
gi|8296 : A-----C-C---TTA-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGGGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TT--G--GT-A--TG--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-GA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-AC
gi|8297 : aaaatccacagt---CCAA----A--TGA-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GTGGTG--A-CCTGG-TTTA--TACTGA-----T---G---T-CAGTG--ATA-GA--ACTG-----TAA-ACA-T---T--G-T-
gi|8298 : A-----C-A---TAG-CAG--TGA---CAAAC-A-GCGGGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TTACG--AT-----G--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-ACCATGATCAC
blockSeqs : A GAG A CG AC ATG A G T A C T A T C AAC A C A A T A A C GGGG G TAAGC CG TA C TT G AG GCTA T AAT G A A TCA G T ATCGTCGTATATCAT TATAT G CGC G T A A A C AAACA G T AGC A A TGG CAA T CA GACT GC T C C G CCTAGTCTTGTTC TTTT CC CTCAG A GAT G GT CA A GCG CA G C AC TTGTGT CT C CACT C G TC ATTTC T T CTA GA T C G C TGTAT T
blockSeqs : A G . C C CG A G . A . . . . . AA A C . . . . . . G G GC . . . . . TG . . . . . T TCA G . TACCTCTATACACT . . . G T . . . A TGATT G . CT . . A CGT . CA GGGG C . . . . AAAAAATAC . . T . . . . AT . GTG C . G . TTAC . . AGTG C T C . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . CG . . . T . . . . . A A G . . . . . . G A GC . . . . . CA . . . . . . CTA C . ATCCTCTAAGACAT . . . T A . . . . TCAA G . GC . . . AA . A AC . . . . . AAAAAATAC . . . . . . . A . GCG . . T . TC . . GCA T . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . A . . . . . A A C . . . . . . G C T . . . . . TA . . . . . . TCA C . ACATAGA . . . T A . . . . AATA C . T . . . AA . A AA . . . . . CCTGAGTAC . . . . . . . A . TG . . . . TT . . TCA C . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . . . G . . . . . A A . . . . . . . G C T . . . . . TG . . . . . . TTA T . ACTAGA . . . G A . . . . AGCA G . T . . . AA . C CT . . . . . AAACGCGGG . . . . . . . G . CG . . . . T . . ACA T . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . A . . . A . . . . . A A . . . . . . . G T T . . . . . TG . . . . . . TAA G . ACTAGA . . . T A . . . . AACA G . T . . . CA . A CT . . . . . GATAAATGG . . . . . . . C . GG . . . . T . . CA A . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . . . A . . . . . A A . . . . . . . G T G . . . . . TG . . . . . . TC G . CACAGT . . . T A . . . . TGAG C . C . . . GT . A TG . . . . . CTTATGGCT . . . . . . . A . GG . . . . T . . CA C . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . . . A . . . . . A A . . . . . . . G A T . . . . . CC . . . . . . C G . TCGAAA . . . G A . . . . AAGT C . T . . . TA . A GG . . . . . AAAAACTTC . . . . . . . C . GG . . . . A . . CC C . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . G A T . . . . . CC . . . . . . . G . CTTGGA . . . G A . . . . TATT G . T . . . GT . A GG . . . . . AATGGAGG . . . . . . . A . GG . . . . T . . AG T . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . CC . . . . . . . A . ATCGTC . . . T A . . . . AAAG . . T . . . AA . . T . . . . . GAAAATGG . . . . . . . A . C . . . . T . . TG T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . TG . . . . . . . . . GACAGC . . . T . . . . T . . . . . AATGT . . . . . . . C . G . . . . T . . C T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . T . . G T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** NCCGGA**************** GG**
originalCons : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTA-A---C-----T---AGA----GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-A-G--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
finalCons : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTANCCGGA----------------GTA-----GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-----C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGAC-AGG--GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Alignments
lowQualScore : 11 1111 1 111111 222222222222222 222222222 11111 1111 111 111111 111111111111111111 111 11 111111111 111111
lowQualScore : 6 888 3 77 00 7777 6 6 3 3 2 2 2 2 2 3333 1 1 2 2 2 2 2 0 2 7777 1 111111 33 33 3 44 3 33 6666 3 555 3 0 3 6 777 1 3 333333333333333 111111111 3 555 1 1 3 3 3 7 00000 1 3 2222 3 3 000 0 4444 3 77 888888 77 3 3 3 3 555555555555555555 6666 44 2 66666 0 5 33 333 00 2 66 2 8 33 000000000 33 2 888888 1 6 77 77777 3 3 555 44 3 3 3 4 88888 3 0
lowQualScore : . ... . .. .. .... . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .... . ...... .. .. . .. . .. .... . ... . . . . ... . . ............... ......... . ... . . . . . . ..... . . .... . . ... . .... . .. ...... .. . . . . .................. .... .. . ..... . . .. ... .. . .. . . .. ......... .. . ...... . . .. ..... . . ... .. . . . . ..... . .
lowQualScore : 2 555 1 33 44 9999 2 2 1 5 9 9 9 9 9 5555 4 4 9 9 9 9 9 1 9 5555 0 999999 99 99 1 22 1 88 5555 1 444 1 6 1 2 999 8 3 000000000000000 777777777 3 888 0 6 3 3 6 3 00000 4 6 5555 6 6 000 2 8888 6 88 777777 99 3 3 3 3 777777777777777777 5555 22 7 55555 1 3 77 555 44 9 88 9 6 99 777777777 99 9 111111 2 2 33 77777 1 1 444 22 1 1 3 6 33333 3 8
consensus : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTAAC-C-----AGA---GTA---------GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGACAG-G-GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
Reference ( family-902 ) : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTANGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGCGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTANC-C-----GGA---GTA---------GC-CTG---TGTNGGATC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAGTGGNAA-AGACAAAATGA-TACGA--C-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--G--NGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTAANAA----ATG--C---CCTA----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGACAG-G-GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CG--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGATCAC
gi|8281 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTAA-C-G--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AC---AATTC-CAA---AAATGTCAAAGA-GTTA-C-T-----AGA---GTA---------GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATAC-TGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGACA--C-GAG--A-GCTGA-TTTA--CAGTGA-----T---G--GT-C--CC--AAC-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8282 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTT-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGT-ATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTAAC-T-----AGA---GTA---------GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGCTTGG-G-TTAATGGTCA-AGACAAAAT-A-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--CGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGACA--C-GAG--A-GCTGA-TTTA--CCATGA-----T---G--GT-C--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8283 : AACTCAATCTAGAAT-TAGG---A-GA--GTA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAGGGAA-T----TAT--T--AAAAG-AAGC--CAA-AGAGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTCAAAGA-GTTAAC-T-----AGA---GTA---------GC-CTG---TGTGGGTTC-AGATAG-AGTTTGG-A-TTAGTGGAAT-AGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-TGT-AC--A--AGACACTAT--C-ACCAG-TACA-T-GTAAAAA----ATA--C---CCTA----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGATAT-G-GAG--A-ACTTA-TTTA--CTGTGA-----T---G--GTCC--CA--ACA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----TGGAAAGACAGAG-ACACTGTTCAC
gi|8284 : AACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-CA--ATA--C-A--G-GGC-CACTCTG-ACT-CAGGT-A-ACA-TTATC-A--CTACCCAGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--AAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---AATTC-CAA-C-AAATGCTAAACC-ATTACA-C-----AGT---GTA---------GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAATGGAGC-AGACAAAATGA-TACGA--T-G-T-GTT---GACATACATGG-AA-C-CGT-CT--C--TGACACTGT--C-ACCAG-TACA-T-GTCCTGA----GTA--C---CCTA----G--TGA-C-A---TGA-CAG--TGA-G-CAGACAA-G-GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----T---A--GT-C--
gi|8285 : AACTCA-TCTAACAT-TAGG---A-GA--GT---C-A--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGACAA-ACACCTATCAA--CAACC-CAT-CTAGAC-AGATGGCGTC-CATCTATTTC-ACTG---TTACTGAA------TAT--TTAAAAAC-AAGC--CAA-AGCAACTG----CA-GAAATCATT--CAA-CAAAATGTC-AACA-GTTAACAT-----AGA---GTA---------GC-CT----TGTTGAATTAAGATAG-AGCTTGG-GCTTTGTGGAAC-AGACAAAATGA-TACAA--CTG-T-GTTTGGAACTTACATGG-CA-C-TGT--C--C--TGACATTGT--T-ACCAG-TAC----------A----ATG--T---CCTGTTTTACCTG--C-AGATTTA-CAAGTTGACA-CGGACAC-G-GAGCAA-ATAGACTTTA--CAGTGA-----TC--T--AT-CG-CA--ATAGGA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AA--------AGGGAGACAGAG-ACACTGATCtcaa
gi|8286 : AACTCCGGATAGAAT-TAGG---A-GA--ATAC-C-A--G-G-C-CATGCTG-ACT-CAGGG-A-ACA-CT-------CT-CT-AGT-CT-GAC-AGAC-AAATT-C-TCCA---A-CGTG---TCACTGAG-TAAGCTAT--T--AAACA-AAGC--TAA-GATAATTG----CT-TC---TATTC-CCG-C-ACTAGTTATACC-TCTATA-C-----ACT---GTT---------GC-CTG---TGTGGG----AGATGA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGA-GGATGAAACCA-TAAGA--C-G-T-GTT---GACATACACGG-GT-C-TGA-AC--T--GGATTCTTT--C-------T-CA-TGGCAATGG----A-G--G---CCTA----A--TGA-C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGACA
gi|8287 : AACTCAGTTTAGAAT-TAGG---A-TACGATA--C-ATGG-G-T-CACACTG-ACA-CAGCC-A-ACA-CTATC-A--CTACCGAGT-CT-GAA-ATATG-AGT--C-TTTATTTA-TCTG---TTATGGAA-G----TA------AAAA
gi|8288 : AACTCAGCCTAGAGT-TAGG---G-GA--TTA--C-A--AAG-C-TAAACTG-ACA-CAGAG-C-GCG-CCGTC--------C-ACT-CT-CTC-AGACGAATTCAC-TCCGAATA-TC-------ATAAAA-T----TAT--C--AAAGG-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTT-CAA-C-AA
gi|8289 : ACTCAGTCTAGAAT-TAGG---A-GAC-ATA--C-A--G-GGC-CACACTGCACA-CAGAC-A-TCA-CTATC-AACTTACC-AGT-CT-GAC--GATGAAGTC---TCTTTATACTCTGGGGTTAAGGA--T----TAC--T--AAAAG-AAGC--CAAGAGTGATTGGCTATATAA---CATTC-TAAAC-AAATGTCAAA-A-GTTATC-G-----AAA---GTA---------GC--TG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGGAA-TTAATAGAAG-TAGCAAAATGATTACGA--T-G-T-GTTA--GACATACATGGCAA-CTTGT--C--GACTGACACTGT--CTACCAGCTCCA-T-GTCCTAGTCTTGTT--C---TCTA----A--TGATC-A----TA-CAG--TGA-ATCAGA-GG-G-GAG--AGACTGAGTTTAACTAGTGATTGTGT---G--GT-C--CACTACT-GAC-ACTG-----TGA-ACG-T---TGAG-T-CAGGACATGTATCGGGAAGACAGAGTACACTGATCA
gi|8290 : TCAGTCTAGAAT-TAGG---AAGA--ATA--CCG--G-G-C-CACACTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACCCAAT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-TCTATTTA-TCTG---TTCAGGAA-T----TAT--T--GAAAC-AAGC--CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTC-CAA-C-AAATGTTAAAGA-GTTACT-T-----GGA---GTA---------GC-CTG---TGTTGGATC-AGATAG-AGCTTGG-A-TTAACGGAAACAGACAAAATGA-TGCGA--T-G-T-GTT---GACTTACATGG-TA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACTAG-TACA-T-GT---AA----ACG--CGGGCCTG----A--TGA-C-A---TTA-CAG--TGA-A-CAGACAG-G-GAG--A-ACTGA-TTTA--CAGTGA-----A---A--GT-CT-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAAGACAGAG-AAATTGATCAC
gi|8291 : TCAGCCTGGAAT-TAGG---A-GA--ATA--C-A--AAG-C-TAGCCTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC--------C-AGT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGACC-AAGC--CAA-ATCCATTG----CA-AC---CATTC-CTA-C----TG-----GA-GTTAAT-CCTCTAAGACATGTT---------GC-CTG---TGTGGGAGT-GGATTG-A
gi|8292 : AGCCTGGAATATAGGGAGA-GA--AAA--C-A--G-G-C-TGC-CTG-ACA-CAGAC-A-ACA-CTGTC-------CA-ATT-CT-GAC-AGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAAGC----TGT--T--AGGAGCAAGTTTCAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-TTC-CTAGGTG-----GA-GTTAAT-C-----GTC---GTATATCATGTTGCGCTG---TGTGGGAGT-AGATAA-AGCCTGG-G-TTAGTGGTGATTGATTAAACCA-TAAGAG-C-G-TAGTT---GACATACATGG-GT-C-TCT-AC--G--GGGCACTGTGCC-ACCAC-CAAA-T-GTGA-AA----ATG--G---CCTA----G---GA-C-----TCAGCAG--TGT-C-CAGACAG-G-GAG--A-ACTGT-TATA--CAGT-A-----T---G--GT-C--CC--AAATGATCATGG-----TGA-ACATT---T--G-T-CA-GA-A-----C-GGAGAACAGGA-CCACTGttgattgat
gi|8293 : AGCCTGGAATATAGGG--A-GA--AAAACC-AC-G-G-CTCGC-CTG-ACA-CAGAC-ATACA-CTGTC--------C-AATACT-GACTAGAGGAAGTC-T-CACATTTA-TCT----TTACAAAA-G----CATCGT--TAGAG-CAGT--TAA-ATCCATTA----CA-AG---CATTC-T---C-TAGTG-----GATGTTAAT-C-----GTC---GTATATAT----GT-CTGCGCTGTTGGAGT-AGATAA-AGACTGG-G-TTAGTGGTAT-TGATAAACTCA-TAAGAAGC-G-T-GTT---GACATACATGG-CGTC-TCT-ACGGG--GGGCACTGTC-C-ACCAC-CAAA-T-GTGATAA----ATG--G---CCTA----A--GGA-C-----TCAGCAT--T---C-CAGACAG-GCGAGC-A-ACTGT-TATA--CGATGA-----T---G--GT-C--C----CA-AT--ACTGATTTCTGGTACA-TCTAT--G-TCCA-GGAA-----CTGGAGCAACGAG-ACAC
gi|8294 : -ACATCAGAC-A-ACA-CTATC-A--CTACC-AGT-CT-GAC-AGATGAAGTC-C-T-TATCTA-TCTG---TTAAGGAA-T----TAT--T--GAAAG-AAA---CAA-AGTGATTG----CA-AA---CATTCGCAA-C-AAATGTAAAAAA-TTTAGA-C-----AGC---ATA---------GC-CTG---TGTTGGATC-AAATAGAAGCTTGG-GATGAGTGGAAA-GCAGAGAATGA-TACGA--T-GAG-GTT---GAC-TTTATGG-AA-C-TGTCAC-----TGACACTGT--C-ACCAG-TACACT-GTCTT------ATGGCT---CCTG----C--TGA-CAA---TTA-CAG--TGA-A-CGGACAG-G-GAG--A-A-TGATTTTA--CAGTAA-----T---GCTGT-C--AG--AC--GA--ACAG-----TGA-ATA-T---T--GTT-CA-G-CA-----CCAGAAGACAGAG-ACACTGATCA
gi|8295 : GT-AC--G--GGACACTGT--C-ACCAC-CACA-T-GTAAAAA----CTT--C---CCTA----A--TGA-C-A---TCA-CAG--TGA-C-CAGGCAG-G-GAG--A-ACTGG-TATA--CAGTGA-----T---C--CT-CA-CA--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-CA-GACA-----CGGGAGAACCGAG-ACACTG
gi|8296 : A-C-C---TTA-CAG--TGA---CAAACAGCG-GGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TT--G--GT-A--TG--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-GA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-AC
gi|8297 : aaaatccacagt---CCAA----A--TGA-C-A---TAG-CAG--TGA---CAAACAGTG-GTG--A-CCTGG-TTTA--TACTGA-----T---G---T-CAGTG--ATA-GA--ACTG-----TAA-ACA-T---T--G-T-
gi|8298 : A-C-A---TAG-CAG--TGA---CAAACAGCG-GGG--A-TCTGG-TTTA--TACTGA-----TTACG--AT-----G--ATA-GA--ACTG-----TGA-ACA-T---T--G-T-AA-AGAA-----TGAAGAGATACAG-ACCATGATCAC