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lowQualScore                  :           . ..  . .  . .      . ..   .   . ..  .. .   .. .  .....   .     ......  .............  .  .   .     ............. ....   . ...   ...  ... . ....  .. ....... ..  . .....   ............  . .     ....       .. .  .   . . ...    .      
lowQualScore                  :           1 22  2 1  9 6      9 66   7   7 33  44 0   88 0  11111   7     000000  2222222222222  5  7   5     4444444444444 5555   7 999   999  222 2 9999  55 9999999 66  8 77777   000000000000  8 8     7777       99 9  0   4 4 444    5      
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Reference ( gi|108357 )       :  GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-A--CGG-GTA-T--TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TC------G------AA-TACTAA-ATATC----T----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GTT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGA--A-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108358                     :  GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-A--CGG-GTA-T--TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TC------G------AA-TACTAA-ATATC----C----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GCT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTTGA--A-CA-TTC-G-T---TTCA-GTTCTA
gi|108359                     :  GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-T--AGG-GTA-T--TA--T-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TC------G------AA-TACTAA-ATATC----C----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GCT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGA--A-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108360                     :  GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-A--CGG-GTA-T--TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATTT------TC------G------AA-TACTAA-ATATC----C----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GCC----TT--T-------T--AC-T-----ATTCATTCGCC--A-TT-C-GCGAA----TATTCGA--A-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108361                     :  GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-A--CGG-GTA-C--TA--T-ACA--T-GTGA---CCGAAATAT------TC------G-------A-TACTAA-ATATC----T----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GCT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCTA--A-CATTTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108362                     :  GTTCTGTTT-C--ACCA-GC-A-TT-CAT-A--CGG--TA-TA-TA--T-ACA--T-GTGA---CTG-AATAT------TC------G------AA-TATTAACATATC----TT---A---T----TCG-A---ATAT--TCC--GCT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGA--A-CA-TTCGG-T---TTCA-GCT
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gi|108369                     :      TGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTCAT-A--CGG-GTA-T--TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TC------G------AA-TACTAA-ATATC----C----A---T----TCG-A---ATAT--TC---GCT----AT--T-------T--AC-T-----ATT-------C--A-TT-C-GCAAA----TATTCGA--A-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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gi|108365                     :                                      -GTA-T--TA--GTACA----ATTA---GCG-AATAT------TC------G------AA--ACTGG-ATATC----TTAGTA---T----TCG-A---ATAT--TC---G
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Alignments
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lowQualScore                  :          2 33  2 5  2 5    2  2 99   2   2 2  77 2   66 2    444   2     777777     2 2     5     77 33 5555   2 444    66  999   4 5555 33 5555555 33  88888 2 2  7777777 66 2  2 2     4444        2  7   2 9 444    2      
lowQualScore                  :          . ..  . .  . .    .  . ..   .   . .  .. .   .. .    ...   .     ......     . .     .     .. .. ....   . ...    ..  ...   . .... .. ....... ..  ..... . .  ....... .. .  . .     ....        .  .   . . ...    .      
lowQualScore                  :          9 99  9 7  7 3    7  7 00   7   7 7  33 7   33 7    777   7     777777     7 7     3     44 44 3333   5 444    99  444   7 0000 22 9999999 22  22222 4 4  6666666 55 4  2 2     7777        2  1   4 4 111    4      
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Reference ( family-901 )      : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-ATATCT-A--T----TCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108357                     : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-ATATCT-A--T----TCG-A---ATAT--TC---GTT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108358                     : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-ATATCC-A--T----TCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTTGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GTTCTA
gi|108359                     : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-T--AGG-GTA-T-TA--T-ACA--T-GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-ATATCC-A--T----TCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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gi|108364                     : GTTCTATTC-T--A----GC-T-TTCC-AT-AATTTG-GTA-T-TA--G-ACACGT-GTGA---CCA-AATAT------TCAAAGT-ACTAA-A---CT-A--TAATCTTG-----ATATCGTCG--GCT-A----T--TGTAAA--T--AC-----T-A-TT-------TCAA-TT-C-ACAAA----T-TTCGAA-CA-TTT-GCT---TTCAGGCTCTA
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Reference ( family-901 )      : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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Reference ( family-901 )      : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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gi|108367                     :  TTCTGTT--C--AC-AAGC-AATTTC-AT-AA-CAG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGG---CCG-AATAT-------CGAA-T-CCTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--AATT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108368                     :  TTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GCGG---CC-------------------------------------A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-G----T--T-------A--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CG-TTC-A-T---TTCA-GCTCTA
gi|108369                     :     TGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-T--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCAAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108370                     :      GTTTGC--AC-A-GC-AAGTTC-AT-A--CAG-GTA-T-TA--GAACA-C---TGG---CCG-AAT-T------TCAAG-T-ACTAA-T-TAT-CGC-A---TCG-A---ATATAGTC---GGTAA----T--T-------TAAAC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GAGAGCTATTATTCGAA-
gi|108371                     :                     -A-TTTT--T-A--AGG-GAA-T-TA--G-ACA-T--GTGA---CTG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATGT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCAAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108372                     :                                                                                                   -C-C-A--CTCGGA---ATAT--TC---GCT-G----TAAT-------T--ACG----T-A-TT-------C--A-TTTC-GCGAA----TATTCGAACCATTTC-GCT---TTCA-GCTCT
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gi|108374                     :                                                                                                                                                                                 -C-GCGAA----TATTCGTA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA


blockSeqs                     :          G TA  C A  T A    C  C AT   A   A A  TT A   CGT     GGT   A     ACTTTC     G T     C C   G G T GT    G TTT    CG  TCT   A CAAA AA TAGTAAA AA  ATCGG A A  CATTCGC CA A  T G     CTAT        C  T   G C ATC    G
blockSeqs                     :          . .   . A  . A    .  . G    .   . .  TG .   TT      .     .     .          . .     G .   . . . .     . .      AG  C     A .    .  GTAAA   .   G     . .  .       CA .  . .     .           .  T   . T .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . A    .   . .  .  .   GC      .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   G     . .    .  G       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  T   . C .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . T .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   C       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   C       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   C       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :          . .   . .  . .    .  . .    .   . .  .  .   C       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
blockSeqs                     :                     . .    .  . .    .   . .  .  .   T       .     .     .          . .     . .   . . . .     . .      .   .     . .    .  .       .   .     . .  .       .  .  . .     .           .  .   . . .      .
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originalCons                  : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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Alignments
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lowQualScore                  :          9 99  9 7  7 3    7  7 00   7   7 7  33 7   6666    777   7     777777     7 7     3 7   5 5 5 44    5 444    99  444   7 0000 22 9999999 22  22222 4 4  6666666 55 4  2 2     7777        2  1   4 4 111    4      
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Reference ( family-901 )      : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108357                     : GTTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-T--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-T-A--TTCG-A---ATAT--TC---GTT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
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gi|108363                     : GTTCTGTTT-C--AT-A-GC-T-TTCC-AT-A--ATG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGA---CCA-AATAT------TCAAG-T-ACTAA-A-TAT-A-C-A--TTTG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--TTAGTAAAT--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-ACAAA----TATTTGAA-CA-TTT-G-T---TTCA-GCTCTA
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gi|108365                     : GTTCAGTTT-C--AC-G-AC-A-TTTT-ATCA--CGG-GTAAT-TATTA-CCA-TT-GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAAGA-TAT-C-C-AGTTTCG-A---ATAT--TC---GCTAA----T--TG------T--AC-----TAA-TA-------C--A-TT-CGGCGAA----T-TTCGAA-CATTTC-GTT---TTCA-GCTTTA
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gi|108367                     :  TTCTGTT--C--AC-AAGC-AATTTC-AT-AA-CAG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GTGG---CCG-AATAT-------CGAA-T-CCTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--AATT-C-GCGAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108368                     :  TTCTGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-C--GCGG---CC-------------------------------------A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-G----T--T-------A--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCGAA----TATTCGAA-CG-TTC-A-T---TTCA-GCTCTA
gi|108369                     :     TGTTT-C--AC-A-GC-A-TTTC-AT-A--CGG-GTA-T-TA--G-ACA-T--GTGA---CCG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATAT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCAAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108370                     :      GTTTGC--AC-A-GC-AAGTTC-AT-A--CAG-GTA-T-TA--GAACA-C---TGG---CCG-AAT-T------TCAAG-T-ACTAA-T-TAT-CGC-A---TCG-A---ATATAGTC---GGTAA----T--T-------TAAAC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GAGAGCTATTATTCGAA-
gi|108371                     :                     -A-TTTT--T-A--AGG-GAA-T-TA--G-ACA-T--GTGA---CTG-AATAT------TCGAA-T-ACTAA-A-TAT-C-C-A--TTCG-A---ATGT--TC---GCT-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-C-GCAAA----TATTCGAA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA
gi|108372                     :                                                                                                   -C-C-A--CTCGGA---ATAT--TC---GCT-G----TAAT-------T--ACG----T-A-TT-------C--A-TTTC-GCGAA----TATTCGAACCATTTC-GCT---TTCA-GCTCT
gi|108373                     :                                                                                                                                 T-A----T--T-------T--AC-----T-A-TT-------C--A-TT-T-GTGAA----TATTCAAA-CA-TTC-ATT---TTCA-GCTCT
gi|108374                     :                                                                                                                                                                                 -C-GCGAA----TATTCGTA-CA-TTC-G-T---TTCA-GCTCTA