lowQualScore                  :       11111             11                                                                                     111111                                               1                                        111111           
lowQualScore                  :       44444   1  4  777 66  66    8  4     44     22 4 1    6      1 3 3333   1  55  55   1 44  33  1  22 3333 222222      44444444  8888888   2      5      77     5 4   3  3       7777  3        3      3 000000           
lowQualScore                  :       .....   .  .  ... ..  ..    .  .     ..     .. . .    .      . . ....   .  ..  ..   . ..  ..  .  .. .... ......      ........  .......   .      .      ..     . .   .  .       ....  .        .      . ......           
lowQualScore                  :       00000   1  4  888 77  11    9  0     88     88 0 9    7      5 1 3333   5  22  88   5 22  77  5  11 3333 333333      66666666  4444444   1      0      55     0 0   6  3       1111  3        6      3 555555           
consensus                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTTAC
Reference ( gi|111176 )       : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----A-GGATTT-----TA-CA-------GAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTTT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGTG------GACCAGTTTAC
gi|111177                     : AAACAA--A--TCCCAT-AA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCT-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GAG-ATTTGG-GCCATA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTTAC
gi|111178                     : AAACAA--A--TCC-ATCGA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGTTG--C-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-AC--G----C----G-GGATTT-----CA-CA-------GAG-AATTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTTA
gi|111179                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATA-TCGCTG--T-T-TTTCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--TAT-G--CT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GAG-ATTTGG-GCCTTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTCTAC
gi|111180                     : AAACAA--AAATACCAT-GA---T--GC--CCAA-GT-AAATC-TCGCTG--C-TATGGCCAAATCC-C-GGCCACGGGTC--CA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTG-----TA-CA-------GAG-ATTTGG-GCCGTG-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTTA
gi|111181                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---TT-GC--CTCA-GTTAAATC-TCGCTG--T-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TCAAAA--CAT-G--TTG-GA-CC--G----C------GCATTT-----TA--A-------GAGAATTTGG-G-CGTA--CTGTTGT-TAG-T--TAGCCAA----TGCCGTAACTCAAACAGGCG------GACCAGTTTA
gi|111182                     : AAACAA------TCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTGGCT-T-TTGCCAAAT---C-G----C-G-TC--AA--CATGG--TT--GA-CC--G----C----GTGGATTT-----TA-CA--------AG-A-TTGG-GCCGTA--CTGTTGT-TAGCTG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC--ACAGGCG------GAACCGTTTA
gi|111183                     : AAACGAGAA--TCC-AT-GAGCCT--GCACCCCA-GT-AAATCCTCGCTG--C-T-TGGCCA---CC-T-G----T------------------TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GGA-ATTGGG-GCCGTACCCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAAC
gi|111184                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCC-CCG----CGG-TC--AAACTAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TATCA-------GAG-ATTTGGCACAGTA-CCTGTTGTATAG-GGCTAGCCGATGCTTG-CGTAAACT-AACACGTGCGCGGAAACCAGTTT
gi|111189                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCC-CCG----CGG-TC--AAACTAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----
gi|111180                     :                                      -AAATC-TC--TG-------TAC--AATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TG--GACCC--GTGGCC----G-GGATTTGGCCATAGCAGC-----GAG-ATTTgttagcc
gi|111177                     :                         aaacaaaaataccatgatgcccaagt--C-T-CTGTAAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-AGATTT-----GG-CA-------AAG-gggccgtgcctgttgttagtgtagccgatgcgtaactcaacaggcggaccagttta
gi|111178                     :                aaacaaatcccataatgcctcagtaaatctcgctg--C-T-CTGTGAAATCC-C-G----CGT-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----GG-CA-------AAG-atttgggccatacctgttgttagtgtagccaatgcgtaactcaacaggcggaccagtttac
gi|111179                     :                aaacaaatccatcgatgcctcagtaaatctcgttg--C-T-CTGTAAAATCC-C-G----CGG-TC--AG--CAT-A--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----aattgggccgtacctgttgttagtgtagccgatgcgtaactcaacaggcggaccagttta
gi|111185                     :         aaacaaatcccatgatgcctcagtaaatatcgctgtttttcc--C-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----A-GGATTT-----TA-CA-------GAG-atttgggccttacctgttgttagtgtagccaatgcgtaactcaacaggcggaccagtctac
gi|111185                     :                                                   --C-T-CTGTAAAATCC-T-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----GG-CA-------AAG-
gi|111186                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCT-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GAG-
gi|111186                     :                                                   --C-T-CTGTAAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-AGATTT-----GG-CA-------AAG-
gi|111187                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-G--TT--GA-AC--G----C----G-GGATTT-----CA-CA-------GAG-
gi|111187                     :                                                   --C-T-CTGTGAAATCC-C-G----CGT-TC--AA--CAT-G--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----GG-CA-------AAG-
gi|111188                     :                                                   --C-T-CTGTAAAATCC-C-G----CGG-TC--AG--CAT-A--TT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----
gi|111182                     :                                                        -TTGTAAAATCCAC-G----CGG-TC--AAC-CAT-G--TT--GA--C--G----C-------GATTT-----GG-CA-------AA
gi|111184                     :                          aaacaatccatgatgcctcagtaaatctcgctggctAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-AGTTT--GA-CC--G----C----G-GGGATT-----TG-CA-------AAgattgggccgtactgttgttagctgtagccgatgcgtaactcacaggcggaaccgttta
gi|111183                     :                         acaacacccatgatatgcctcaagtaaatccgctgcaAAATCC-C-G----CGG-TCA-AA--CA--G--GT--GG-CCAAG----CAGCGA-GGATTT-----tatcagagatttggcacagtacctgttgtatagggctagccgatgcttgcgtaaactaacacgtgcgcggaaaccagttt
gi|111189                     :                                aaacgagaatccatgagcctgcaccccagtAAATCC-C-G----CGG-TC--AA--CAT-AGTTT--GA-CC--G----C----G-GGGATT-----TG-CA-------AAtacaggaattggggccgtaccctgttgttagtgtagccgatgcgtaac
gi|111188                     :                                                              AAATCC-C-G----CGG-TC--AA--TAT-G--CT--GA-CC--G----C----G-GGATTT-----TA-CA-------GAG-tgcagcggatttacttgaggcatatcatgggtgttgtgttagcc
gi|111181                     :                                                                    -C-G----CGG-TCC-AA--CAT-G--TTTTGA-CC--G----C----G-GGATTT-----GG-CAAAACAGCGAG-ATTT
gi|111190                     :                                                                                                                                      aaacaaatcccatgattgcctcagttCTGTTGT-TAG-TG-TAGTCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGTA------AACTGGTcattttaagagaatttgggcgtactgttgttagttagccaatgccgtaactcaaacaggcggaccagttta
gi|111192                     :                                                                                                                                                                      T-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTCA
gi|111191                     :                                                                                                                                                                          g-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACCAGTTTAC
gi|111193                     :                                                                                                                                                                      gttactgt-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACAGGCG------GACAAGTTTAC





Alignments
lowQualScore                  :       11111             11                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :       11111      4  777 55  55    8  4     44     44 6 3            5 6666   2  33  77   2   2       2        3     3      4      55       3   3  3       6666  3        3    3 555    44          
lowQualScore                  :       .....      .  ... ..  ..    .  .     ..     .. . .            . ....   .  ..  ..   .   .       .        .     .      .      ..       .   .  .       ....  .        .    . ...    ..          
lowQualScore                  :       77777      0  000 00  55    0  0     88     22 2 1            7 1111   9  99  99   9   9       9        1     1      4      66       3   3  1       5555  1        3    3 888    66          
consensus                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
Reference ( family-899 )      : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111176                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTTT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTGG--ACCAGTTTAC
gi|111177                     : AAACAA--A--TCCCAT-AA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCATA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111178                     : AAACAA--A--TCC-ATCGA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGTTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-AATTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111179                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATA-TCGCTG--T-T-TTTCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCTTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTCTAC
gi|111180                     : AAACAA--AAATACCAT-GA---T--GC--CCAA-GT-AAATC-TCGCTG--C-TATGGCCAAATCCC-GGCCACGGGTC--CA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTGTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTG-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111181                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---TT-GC--CTCA-GTTAAATC-TCGCTG--T-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TCAAAA--CAT-GTTGGACCGC--GCATTTTA--AGAGAATTTGG-G-CGTA--CTGTTGT-TAG-T--TAGCCAA----TGCCGTAACTCAAACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111182                     : AAACAA------TCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTGGCT-T-TTGCCAAAT--C-G----C-G-TC--AA--CATGGTT-GACCGCGTGGATTTTA-CA-AG-A-TTGG-GCCGTA--CTGTTGT-TAGCTG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC--ACA-G---GCGG--AACCGTTTA
gi|111183                     : AAACGAGAA--TCC-AT-GAGCCT--GCACCCCA-GT-AAATCCTCGCTG--C-T-TGGCCA---CCT-G----T----------------TT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGGA-ATTGGG-GCCGTACCCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAAC
gi|111184                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTATCAGAG-ATTTGGCACAGTA-CCTGTTGTATAG-GGCTAGCCGATGCTTG-CGTAAACT-AACACGTGCGCGGAAACCAGTTT
gi|111185                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111186                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111187                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-
gi|111188                     :                                                              AAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111189                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTT
gi|111190                     :                                                                                                                                     CTGTTGT-TAG-TG-TAGTCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTAA--ACTGGTgttagcc
gi|111191                     :                                                                                                                                       GTTAC-TGT-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111192                     :                                                                                                                                          GT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTCA
gi|111193                     :                                                                                                                                                   -TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACAAGTTTAC





Alignments
lowQualScore                  :       11111             11                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :       11111      4  777 55  55    8  4     44     44 6 3            5 6666   2  33  77   2   2       2        3     3      4      55       3   3  3       6666  3        3    3 555    44          
lowQualScore                  :       .....      .  ... ..  ..    .  .     ..     .. . .            . ....   .  ..  ..   .   .       .        .     .      .      ..       .   .  .       ....  .        .    . ...    ..          
lowQualScore                  :       77777      0  000 00  55    0  0     88     22 2 1            7 1111   9  99  99   9   9       9        1     1      4      66       3   3  1       5555  1        3    3 888    66          
consensus                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
Reference ( family-899 )      : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111176                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTTT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTGG--ACCAGTTTAC
gi|111177                     : AAACAA--A--TCCCAT-AA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCATA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111178                     : AAACAA--A--TCC-ATCGA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGTTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-AATTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111179                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATA-TCGCTG--T-T-TTTCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCTTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTCTAC
gi|111180                     : AAACAA--AAATACCAT-GA---T--GC--CCAA-GT-AAATC-TCGCTG--C-TATGGCCAAATCCC-GGCCACGGGTC--CA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTGTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTG-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111181                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---TT-GC--CTCA-GTTAAATC-TCGCTG--T-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TCAAAA--CAT-GTTGGACCGC--GCATTTTA--AGAGAATTTGG-G-CGTA--CTGTTGT-TAG-T--TAGCCAA----TGCCGTAACTCAAACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111182                     : AAACAA------TCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTGGCT-T-TTGCCAAAT--C-G----C-G-TC--AA--CATGGTT-GACCGCGTGGATTTTA-CA-AG-A-TTGG-GCCGTA--CTGTTGT-TAGCTG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC--ACA-G---GCGG--AACCGTTTA
gi|111183                     : AAACGAGAA--TCC-AT-GAGCCT--GCACCCCA-GT-AAATCCTCGCTG--C-T-TGGCCA---CCT-G----T----------------TT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGGA-ATTGGG-GCCGTACCCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAAC
gi|111184                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTATCAGAG-ATTTGGCACAGTA-CCTGTTGTATAG-GGCTAGCCGATGCTTG-CGTAAACT-AACACGTGCGCGGAAACCAGTTT
gi|111185                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111186                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111187                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-
gi|111188                     :                                                              AAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111189                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTT
gi|111190                     :                                                                                                                                     CTGTTGT-TAG-TG-TAGTCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTAA--ACTGGTgttagcc
gi|111191                     :                                                                                                                                       GTTAC-TGT-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111192                     :                                                                                                                                          GT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTCA
gi|111193                     :                                                                                                                                                   -TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACAAGTTTAC


blockSeqs                     :       AAA        C  GCC AT  AC    A  T     CT     GC A A            C GCCA   G  AA  AC   G   G       T        T     A      C      CC       A   C  C       TGCT  C        A    C TGC    AA
blockSeqs                     :       GAA        .  .   AT  .     A  .     T      .  A .            C .      .  .   AC   .   .       .        .     .      .      C        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       A          .  .   T   .     .  .     T      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      C        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       A          .  .   .   .     .  .     T      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      C        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       A          .  .   .   .     .  .     T      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      C        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       A          .  .   .   .     .  .     T      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      C        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       C          .  .   .   .     .  .     T      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      .        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       C          .  .   .   .     .  .     .      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .      .      .        .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :       .          .  .   .   .     .  .     .      .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .                      .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :                                                   .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .                      .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :                                                   .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .                      .   .  .       .     .        .    . .      . 
blockSeqs                     :                                                   .  . .            . .      .  .   .    .   .       .        .     .                             .       .     .                        
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
finalCons                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC





Alignments
lowQualScore                  :       11111             11                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :       11111      4  777 55  55    8  4     44     44 6 3            5 6666   2  33  77   2   2       2        3     3      4      55       3   3  3       6666  3        3    3 555    44          
lowQualScore                  :       .....      .  ... ..  ..    .  .     ..     .. . .            . ....   .  ..  ..   .   .       .        .     .      .      ..       .   .  .       ....  .        .    . ...    ..          
lowQualScore                  :       77777      0  000 00  55    0  0     88     22 2 1            7 1111   9  99  99   9   9       9        1     1      4      66       3   3  1       5555  1        3    3 888    66          
consensus                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
Reference ( family-899 )      : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111176                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTA-CCTGTTTT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTGG--ACCAGTTTAC
gi|111177                     : AAACAA--A--TCCCAT-AA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTG--C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCATA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111178                     : AAACAA--A--TCC-ATCGA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGTTG--C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-AATTGG-GCCGTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111179                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATA-TCGCTG--T-T-TTTCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-ATTTGG-GCCTTA-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCAA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTCTAC
gi|111180                     : AAACAA--AAATACCAT-GA---T--GC--CCAA-GT-AAATC-TCGCTG--C-TATGGCCAAATCCC-GGCCACGGGTC--CA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTGTA-CAGAG-ATTTGG-GCCGTG-CCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111181                     : AAACAA--A--TCCCAT-GA---TT-GC--CTCA-GTTAAATC-TCGCTG--T-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TCAAAA--CAT-GTTGGACCGC--GCATTTTA--AGAGAATTTGG-G-CGTA--CTGTTGT-TAG-T--TAGCCAA----TGCCGTAACTCAAACA-G---GCGG--ACCAGTTTA
gi|111182                     : AAACAA------TCCAT-GA---T--GC--CTCA-GT-AAATC-TCGCTGGCT-T-TTGCCAAAT--C-G----C-G-TC--AA--CATGGTT-GACCGCGTGGATTTTA-CA-AG-A-TTGG-GCCGTA--CTGTTGT-TAGCTG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC--ACA-G---GCGG--AACCGTTTA
gi|111183                     : AAACGAGAA--TCC-AT-GAGCCT--GCACCCCA-GT-AAATCCTCGCTG--C-T-TGGCCA---CCT-G----T----------------TT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGGA-ATTGGG-GCCGTACCCTGTTGT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAAC
gi|111184                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTATCAGAG-ATTTGGCACAGTA-CCTGTTGTATAG-GGCTAGCCGATGCTTG-CGTAAACT-AACACGTGCGCGGAAACCAGTTT
gi|111185                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCA-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111186                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCTC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111187                     :                                                   --C-T-TTGCCAAATCCC-G----CGG-TC--AA--CAT-GTT-GAACGCG-GGATTTCA-CAGAG-
gi|111188                     :                                                              AAATCCC-G----CGG-TC--AA--TAT-GCT-GACCGCG-GGATTTTA-CAGAG-
gi|111189                     :   ACAA--C--ACCCAT-GA---TATGC--CTCAAGT-AAATC--CGCTG--CAT-TTGC-AAATCCCCG----CGG-TC--AAACTAT-GTT-GACCGCG-GGATTT
gi|111190                     :                                                                                                                                     CTGTTGT-TAG-TG-TAGTCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GTAA--ACTGGTgttagcc
gi|111191                     :                                                                                                                                       GTTAC-TGT-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTTAC
gi|111192                     :                                                                                                                                          GT-TAG-TG-TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACCAGTTCA
gi|111193                     :                                                                                                                                                   -TAGCCGA----TG-CGTAACTC-AACA-G---GCGG--ACAAGTTTAC