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lowQualScore                  :            .......... .   ..  . . .   .     .  .  ....  ..... ..  ..  . ...... . . .  .  . . . . .  .   . .  .  .  ..         ... .   . ...   ....   .. .. .... .  .   .....  ..  . . ..  .  ...   .......  .  .  . ....  . .. .. .. .. .. ..  ....  .   .  . .  ...  ....... .. .  .... .... .  .  ...... . ..  ....   ..     .   ......  . . . ..  ..   . ..  .  ...........     .  ...  .   .   .. .   ..   ......  ..  .   .  ..   ... ........  . .....    .. .       
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Reference ( gi|55789 )        : TTAAAGGATTA-------C--A-AGC--TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CA----TA--AT--AA-A--T---A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TA-TTTAT-GT-AA-GT--CATCTGAAA---G-TAT-T---ACT----TTT--TC-G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---ATT----T--GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--A--A--GG-TA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T--AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TC-C-A-C--AA--GTA-A--AT-GC-----C-----CATTT-TG---AA-TAG-CGC--CACCC--TTT------TT--TG-TAC-CATATGA---CG-------AA-C-----GCGA--T-CTCATTT
gi|55788                      : TTAAAGGATTT-------T--A-AGC--TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CA----CA--AT--AA-AA-T---A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TA-TTTTT-GT-AA-GT--CATCGGAAA---G-TAT-T---ACT----TTT--TC-G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---ATT----C--GA-TT-GC-G----TT-T--C--A--A--A--GA-TA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T--AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TC-C-A-C--AA--GTA-A--AT-GC-----C-----CATTT-TG---AA-TAG-CTC--CGCCC--TTT------TT--TG-TAC-CACGTGA---CG--------A-C-----GCGA--T-ATCATTT
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gi|55790                      : TTAAAAGACTAA------C--A-AGCC-TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CA----CA--AT--AA-AA-T---A-A-A-TA-CT-T-G-C-A-TA-GTTTT-GT-AA-GT--TATCTGAAA---G-TAT-T---ACT----TTT--TT-G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---ATT----C--GA-TC-AC-G----TT-T--C--A--A--A--GA-TA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T--A-----TTA--TTTGTGGGA-G----TC-C-A-C--AA--GTA-A--AT-GC-----C-----CATTT-TG---AA-TAG-CAC--CGCCC--TTT------TT--TG-TAC-CACGTGA---C--------AA-C-----GCGA--T-CTCATTTt
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gi|55795                      : TTAAAGGAT-A-------C--A-AGC--TG-CTC-ATT-TTACT-AC-AT----CC----CA--AT--AA----T---A-A-A-TG-CT-TAG-C-AATG-TTTTT-GT-AA--T--CACCTGAAA---G-TATGT---CCT----TTT--TT-G----A-AA--TT-----AA--CA-CCA--TC-AT---ATT----C--AAGTC-GC-G----TT-TTTC--A--A--A--GA-TA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T--AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TC-C-A-C--AA--GT--A--AT-GC-----C-----CATTT-TG---AA-TAG-CGC--CG--C--TTT------TT--TG-TAC-CACGTGA---C--------AA-C-----GCTA--T-CTt
gi|55796                      : TTAAAG-ATTAGAATCTTC--AGAGC--T--C-C-ATT-TAACT-A--AT----CA-----A--A---AA-A------A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TA-TTTTG-GTGAA-GT--CATCTGAAA---G-TA--T---ACT----TTT--TC-GGA--A-AA-GTT-----AA--AA-A-A--T--GT---ATT----TC-GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--G--A--GA-GA-----G-AAT-GA---AG---CGGAGGGGAT--G-TA----A----A-TA-TTAGATGGT-T--AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TC-C-A-C--AA--GTA-A--AT-G------C-----CATTT-TG---AA-TA--CAC--CGCC----TT------TT--TG-TACACGTA---------------AA-A-----GCGA--T-CTCATTT
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gi|55799                      :   AAGGGATTAA------C--A-AGC--TG-TGC-ATT---ACT-AA-AAAA--CA----CA--AT--AA-A--TC--ACA-A-TG-CT-T-G-CCA-TA-TTTTTTGT-AA-GT--CCTCTGAAA---GCTAT-TCCCACT----TTT--TTAG----A-AA-ATTAAACCAA--AA-A-A--TC-GT---ATTA---C--GA-TC-GC-G----TT-TA-C--AACA--A--GA-TA----TA-AATAAA-C-AT---TA-------T--T-CA----A------TA-TT------TAT--ATAACATTA--ATT-T-GGC-GCGGCTC-C-A-C--AA--GTA-A--AT-GCAAAATC-----CACTT-TGAAAAA-TAG-CGCAAGACCG--TTT------TT--T--TAC-CACTTGA---C--------AA-CTCCCAGCGA--T-CTCATt
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Reference ( family-898 )      : TTAAAGGATTA-------C--A-AGC--TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CACA--A-T--AA---A--T---A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TATTTT-TGT-AA-GT--CATCTGAAA---G-TAT-T---ACT----TTTTT--G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---A-TT-C----GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--A--A--G-ATA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T-AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TCC-AC--AA--GTA-A--AT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TAG-CGC-CGCCC--TTT------TT--TG-----TACCACGTG-A---C-AA--C-----GCGA--T-CTCATTT
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Reference ( family-898 )      : TTAAAGGATTA-------C--A-AGC--TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CACA--A-T--AA---A--T---A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TATTTT-TGT-AA-GT--CATCTGAAA---G-TAT-T---ACT----TTTTT--G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---A-TT-C----GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--A--A--G-ATA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T-AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TCC-AC--AA--GTA-A--AT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TAG-CGC-CGCCC--TTT------TT--TG-----TACCACGTG-A---C-AA--C-----GCGA--T-CTCATTT
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gi|55802                      :     AGGATTA-------C--A-AAG--TG-C---ATT-CTACT-AC-AT----CA-A--C-T--AA---A--T---A-A-ACTG-CT-T-G-C---TACTTTATGTCAA-GTTCCA-CTGAAG------AT-T---ACT----TTTCTTCG----A-TA-ATT-----AA--CACA-A--TCCGT---A-TT-A----GG-TC-GCCG----TT-T--CGCA--A--A--T-ATA----TC-AAT-AA-C-ATCGGTG-------C--T-TA----A----T--A-TT------T-A-GT----TTA--T-------------------C--AA--GTA-ATAGT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TA--CGC-CGCCC--TTT------TT--TG-----TA-CACGTG-T---C-AA--C-----GCGA--TCCTCATTT
gi|55803                      :                                                                                                                                     -T---ACT----TTTTT--G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---A-TT-C----GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--A--A-----TA----T--AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T-AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TCC-AC--AA--GTA-A--AT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TAG-CGC-CGCCCT-TTT------TT--TG-----TACCACGTG-A---C-AA--T-----GCGA--T-CTCATTTt
gi|55804                      :                                                                                                                                                                                           ---A-TT-C----GA-TG-GC-GACTGTTATG-C--A--A--A--GGATA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------TAACGTA----ACT--T-TA-TT------TAT-AT----TAAATTCTGT-GGATG----TCCTAC--CAT-GTACA--AT-GC----------TTT-TGC--AATTAGACGC-CGCCC--TTT------ATGCTATAGCCTACCACGTGTACT-C-AA--C-----GCGAGTT-CTCAt
gi|55805                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G----TCC-AC--AA--GTA-A--AT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TAG-GAA-CACCC--TTT------TT--TG-----TACCACGTG-A---C-AA--T-----GCGA--T-


blockSeqs                     :            GAATCTTC   G   CA  T T C   A     C  T  TCAG  T GA A TA  CATTAA     C G C  T  A A C C A      T   G  T  TC         ATG C   G CCC   GTTG     TC CTGG C  T   AAACC  AC  C C AT  C  CAT T  A AGCT  G  G  C ACTG  A TT GC AC AT CG G   AAGT  A   A  A A  CGG  GAGGGGA AA G  TAGC ACCT A  T  AGATGG A T  AACA   AT     G   T CGGC   T  AA  CT   C TA  G  AAAAT TG     C  AAA  T   C   A     CT   TTTCTG  GC  TAGCC         T CCC G  AC TCCCA    GT C
blockSeqs                     :            TCA        T   C   . G .   .     .  .  AA    C .  . .   TTAAT      . . .  .  . . T . .      A   C  T  .          A   .   . .     .        A  GA   T  .   .      T   . . A   .  T   T  . CA    .  .  . .     . AT .  .  .  .  .   .     .   .  . .  A    .       .  .  .    CT   .  T  .      A .  .      T      .   . .      .  .   T    . G   C  .     .      .  C    T   A   .     T    .       .   T             . CT  .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            AC         .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AAAT       . . .  .  . . . . .      .   .  A  .          G   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . A  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    T    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     T    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            CT         .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AAT        . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . G  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            AC         .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AAT        . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AAT        . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   ATT        . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     G .  . .   ATC        . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AT         . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            G          .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AA         . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     C .  . .   AT         . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            T          .   .   . . .   .     .  .  .     . .  . .   AT         . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     . .  . .   T          . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :            C          .   .   . . .   .     .  .  .     . .  . .   A          . . .  .  . . . . .      .   .  .  .          .   .   . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                     . .     .        .  .    .  .   .      .   . . .   .  .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                           .   .  . .     .  .  . .     . .  .  .  .  .  .   .     .   .  . .  .    .       .  .  .    .    .  .  .      . .  .      .      .   . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .     .    .       .   .             . .   .  .  .        .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                . .      .  .   .    . .   .  .     .      .  .    .   .   .                                                             


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Reference ( family-898 )      : TTAAAGGATTA-------C--A-AGC--TG-C-C-ATT-TTACT-AC-AT----CACA--A-T--AA---A--T---A-A-A-TG-CT-T-G-C-A-TATTTT-TGT-AA-GT--CATCTGAAA---G-TAT-T---ACT----TTTTT--G----A-AA-ATT-----AA--AA-A-A--TC-GT---A-TT-C----GA-TC-GC-G----TT-T--C--A--A--A--G-ATA----TC-AAT-AA-C-AT---TG-------T--C-TA----A----T-TA-TT------T-T-AT----TTA--TTTGT-GGA-G----TCC-AC--AA--GTA-A--AT-GC-----C--CATTT-TG---AA-TAG-CGC-CGCCC--TTT------TT--TG-----TACCACGTG-A---C-AA--C-----GCGA--T-CTCATTT
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