lowQualScore : 777777777777
lowQualScore : 2 444 2 666666 444 4 7777 444 2 2 2 2 999999999999 2 0 2 5555
lowQualScore : . ... . ...... ... . .... ... . . . . ............ . . . ....
lowQualScore : 4 111 4 444444 111 6 4444 111 4 4 4 4 888888888888 4 5 4 0000
consensus : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAA-AC--TTTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
Reference ( gi|10391 ) : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAACTGC-TTTTTTAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10392 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAGG---AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAACTGC-TTTTTTAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10389 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAACAC-TTTT-TAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10388 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAA-AC-ACTTTTAAT-AGGGTAAAAT-AGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10390 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAACAC--TTTTTAAT-AGGGT-AAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10398 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TCGTGATGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACTCGT-GC-AT-TA------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CATA----ATGTCAT
gi|10393 : AAAATG-GC---G-TCC----A-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GTGAT-TAAACAC--TTTTTAAT-AGG-------C-GTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10397 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---ATGCTTTCCAAAG----AC---AGAACTCGT-GT-AT-TG------------AAT-AGGGTAAAATTAGTTGT-CAAA----ACATCATTT
gi|10396 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---A---------AAG----AC---AG-ACTTGT-GT-AT-TAAACAC-TTTTT-AAT-ACGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGAAATTT
gi|10399 : AAAATG-AC---A-TCC----T-TC---ACGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACATGT-GT-AT-TAA-----------AA--AGGGTAAAATCAGTTGT-TGAA----ATGTCATTT
gi|10400 : AAAATG-GT---G-TCC----C-TC---ATGTTTTTGGGAG----AC---AG-AATTGT-TT-AT-TAA------------AT-AGGGTAAAATCAGTTTT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10394 : AAGAAG-GC---G-TCCATCTT-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAACAC-TTTTT--AT-ATGGT----T------T-CAAA----ATGTAATTT
gi|10402 : AAAATG-GTTTGG-TCC----T-TC---ATGCTTGCGGAAG----AC---AG-A-TCGT--T-A--TA-------TTTAAAAT-AGGGTGAAATCAGTTGTGGAAA----ATG
gi|10395 : AAAATGAGC---G-TCC----A-TC---ATGCTGTCCAATG----ATACGAG-ACTCGT-GT-ATGTAA--AC-ATTTTAAAT-AGGG----------TGT-C-AA----ATGTAATTT
gi|10401 : AAAATC-AG---G-TTG----T-CC---ATGCTTTCCAATG----CC---AG-AATCAT-GT-GT-CAA------------AT-AGCGTAAAATAAGTTGT-CAAA----ATGTAA
gi|10403 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---AAGCTTTCGGAAG----AC---AG-AATCGT-GT-AT-TG------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGCAAT
gi|10404 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTTCGAAGACATAC---AG-ACTCGT-GT-AT-TA------------AAT-TGGGTAAAATCAGTTGC-CAGA----CTGTCATT
gi|10405 : AATG-GT---GCTCC----T-TC---ATG-TTTCCGT-G----AC---AG-ACTCGTTGT-AT-TAAATACACTTTTTAATCAGGGTAAAATCAGTTGT-CAAATATTGTATAATTT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555
lowQualScore : 2 333 2 555555 333 1 6666 333 2 2 2 2 2 0 99999999999999999999 2 2 4444
lowQualScore : . ... . ...... ... . .... ... . . . . . . .................... . . ....
lowQualScore : 2 999 2 666666 999 0 9999 999 2 2 2 2 2 5 99999999999999999999 2 2 7777
consensus : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA---AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
Reference ( family-892 ) : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA---AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10388 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAAC-AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAAT-AGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10389 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTTTAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10390 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--ACT----T-----TTT-AAT-AGGGT-AAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10391 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-T--A---ACTGCTTT-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10392 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAGG---AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAA-----C-----TGCTTTTTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10393 : AAAATG-GC---G-TCC----A-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GTGAT-TAAAC--ACT----T-----TTT-AAT-AGG-------C-GTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10394 : AAGAAG-GC---G-TCCATCTT-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTT-TAT-ATGGT---------T-T-CAAA----ATGTAATTT
gi|10395 : AAAATGAGC---G-TCC----A-TC---ATGCTGTCCAATG----ATACGAG-ACTCG-T-GT-ATGTAAAC--AT-----T-----TTA-AAT-AGGG----------TGT-C-AA----ATGTAATTT
gi|10396 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---A---------AAG----AC---AG-ACTTG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTTTAAT-ACGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGAAATTT
gi|10397 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---ATGCTTTCCAAAG----AC---AGAACTCG-T-GT-AT-TG----------------------AAT-AGGGTAAAATTAGTTGT-CAAA----ACATCATTT
gi|10398 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TCGTGATGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACTCG-T-GC-AT-TA----------------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CATA----ATGTCAT
gi|10399 : AAAATG-AC---A-TCC----T-TC---ACGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACATG-T-GT-AT-TAAA---A--------------------AGGGTAAAATCAGTTGT-TGAA----ATGTCATTT
gi|10400 : AAAATG-GT---G-TCC----C-TC---ATGTTTTTGGGAG----AC---AG-AATTG-T-TT-AT-TAAA----------------------T-AGGGTAAAATCAGTTTT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10401 : AAAATC-AG---G-TTG----T-CC---ATGCTTTCCAATG----CC---AG-AATCA-T-GT-GT-CAAA----------------------T-AGCGTAAAATAAGTTGT-CAAA----ATGTAA
gi|10402 : AAAATG-GTTTGG-TCC----T-TC---ATGCTTGCGGAAG----AC---AG-A-TCGTT-AT-AT-TTAA--------------------AAT-AGGGTGAAATCAGTTGTGGAAA----ATG
gi|10403 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---AAGCTTTCGGAAG----AC---AG-AATCG-T-GT-AT-TG----------------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGCAAT
gi|10404 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTTCGAAGACATAC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA----------T-----T--------GGGTAAAATCAGTTGC-CAGA----CTGTCATT
gi|10405 : AATG-GT---GCTCC----T-TC---ATG-TTTCCG-TG----AC---AG-ACTCG-TTGT-AT-TAAATACAC-----T-----TTTTAATCAGGGTAAAATCAGTTGT-CAAATATTGTATAATTT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555
lowQualScore : 2 333 2 555555 333 1 6666 333 2 2 2 2 2 0 99999999999999999999 2 2 4444
lowQualScore : . ... . ...... ... . .... ... . . . . . . .................... . . ....
lowQualScore : 2 999 2 666666 999 0 9999 999 2 2 2 2 2 5 99999999999999999999 2 2 7777
consensus : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA---AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
Reference ( family-892 ) : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA---AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10388 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAAC-AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAAT-AGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10389 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTTTAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10390 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--ACT----T-----TTT-AAT-AGGGT-AAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10391 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-T--A---ACTGCTTT-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10392 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAGG---AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAA-----C-----TGCTTTTTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10393 : AAAATG-GC---G-TCC----A-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GTGAT-TAAAC--ACT----T-----TTT-AAT-AGG-------C-GTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10394 : AAGAAG-GC---G-TCCATCTT-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTT-TAT-ATGGT---------T-T-CAAA----ATGTAATTT
gi|10395 : AAAATGAGC---G-TCC----A-TC---ATGCTGTCCAATG----ATACGAG-ACTCG-T-GT-ATGTAAAC--AT-----T-----TTA-AAT-AGGG----------TGT-C-AA----ATGTAATTT
gi|10396 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---A---------AAG----AC---AG-ACTTG-T-GT-AT-TAAAC--AC-----T-----TTTTAAT-ACGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGAAATTT
gi|10397 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---ATGCTTTCCAAAG----AC---AGAACTCG-T-GT-AT-TG----------------------AAT-AGGGTAAAATTAGTTGT-CAAA----ACATCATTT
gi|10398 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TCGTGATGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACTCG-T-GC-AT-TA----------------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CATA----ATGTCAT
gi|10399 : AAAATG-AC---A-TCC----T-TC---ACGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACATG-T-GT-AT-TAAA---A--------------------AGGGTAAAATCAGTTGT-TGAA----ATGTCATTT
gi|10400 : AAAATG-GT---G-TCC----C-TC---ATGTTTTTGGGAG----AC---AG-AATTG-T-TT-AT-TAAA----------------------T-AGGGTAAAATCAGTTTT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10401 : AAAATC-AG---G-TTG----T-CC---ATGCTTTCCAATG----CC---AG-AATCA-T-GT-GT-CAAA----------------------T-AGCGTAAAATAAGTTGT-CAAA----ATGTAA
gi|10402 : AAAATG-GTTTGG-TCC----T-TC---ATGCTTGCGGAAG----AC---AG-A-TCGTT-AT-AT-TTAA--------------------AAT-AGGGTGAAATCAGTTGTGGAAA----ATG
gi|10403 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---AAGCTTTCGGAAG----AC---AG-AATCG-T-GT-AT-TG----------------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGCAAT
gi|10404 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTTCGAAGACATAC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA----------T-----T--------GGGTAAAATCAGTTGC-CAGA----CTGTCATT
gi|10405 : AATG-GT---GCTCC----T-TC---ATG-TTTCCG-TG----AC---AG-ACTCG-TTGT-AT-TAAATACAC-----T-----TTTTAATCAGGGTAAAATCAGTTGT-CAAATATTGTATAATTT
blockSeqs : A TTG C ATCTT GTG T ACAT ACG A T T G G ACTGCTTTTTT C G TATT
blockSeqs : . . . CA . T G . . . . . . CTGCTTTTTT . . .
blockSeqs : . . . CA . A . . . . . . . TACACTTTTT . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . CACTTTTT . . .
blockSeqs : . . . T . T . . . . . . . CACTTTTT . . .
blockSeqs : . . . A . T . . . . . . . CACTTTTT . . .
blockSeqs : . . . A . T . . . . . . . CACTTTTT . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . CACTTTT . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . CATTTTA . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CACTTTTT************
originalCons : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAA---AC-----T-----TTT-AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
finalCons : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCG-T-GT-AT-TAAACACTTTTT------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
Alignments
lowQualScore : 333333333333
lowQualScore : 2 333 2 555555 333 1 6666 333 2 4 2 2 2 777777777777 0 2 2 4444
lowQualScore : . ... . ...... ... . .... ... . . . . . ............ . . . ....
lowQualScore : 2 999 2 666666 999 0 9999 999 2 4 2 2 2 222222222222 4 2 2 7777
consensus : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
Reference ( family-892 ) : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGANG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10388 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-TAAAA--CAC--TTT-TAAT-AGGGTAAAAT-AGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10389 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10390 : AGAATG-GC---G-TCC----CATC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-AGGGT-AAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10391 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAC--TGCTTTTT-TAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10392 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTCCGAAGG---AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAC--TGC-TTTTTTAAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10393 : AAAATG-GC---G-TCC----A-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GTGAT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-AGG-------C-GTTGT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10394 : AAGAAG-GC---G-TCCATCTT-TC---ATGCTTTCCGATG----AC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TA-T-ATGGT---------T-T-CAAA----ATGTAATTT
gi|10395 : AAAATGAGC---G-TCC----A-TC---ATGCTGTCCAATG----ATACGAG-ACTCGT-GT-ATGT-AAA--CA--TTTT-AAAT-AGGG----------TGT-C-AA----ATGTAATTT
gi|10396 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---A---------AAG----AC---AG-ACTTGT-GT-AT-T-AAA--CAC-TTTT-TAAT-ACGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGAAATTT
gi|10397 : AAAATG-GC---A-TCC----T-TC---ATGCTTTCCAAAG----AC---AGAACTCGT-GT-AT-T-G--------------AAT-AGGGTAAAATTAGTTGT-CAAA----ACATCATTT
gi|10398 : AAAATG-GC---G-TCC----T-TCGTGATGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACTCGT-GC-AT-T-AAA--------------T-AGGGTAAAATCAGTTGT-CATA----ATGTCAT
gi|10399 : AAAATG-AC---A-TCC----T-TC---ACGCTTTCCAAAG----AC---AG-ACATGT-GT-AT-T-AAA---A------------AGGGTAAAATCAGTTGT-TGAA----ATGTCATTT
gi|10400 : AAAATG-GT---G-TCC----C-TC---ATGTTTTTGGGAG----AC---AG-AATTGT-TT-AT-T-AAA--------------T-AGGGTAAAATCAGTTTT-CAAA----ATGTAATTT
gi|10401 : AAAATC-AG---G-TTG----T-CC---ATGCTTTCCAATG----CC---AG-AATCAT-GT-GT-C-AAA--------------T-AGCGTAAAATAAGTTGT-CAAA----ATGTAA
gi|10402 : AAAATG-GTTTGG-TCC----T-TC---ATGCTTGCGGAAG----AC---AG-A-TCGTTAT-AT-T-TAA------------AAT-AGGGTGAAATCAGTTGTGGAAA----ATG
gi|10403 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---AAGCTTTCGGAAG----AC---AG-AATCGT-GT-AT-T-G--------------AAT-AGGGTAAAATCAGTTGT-CAAA----ATGCAAT
gi|10404 : AAATG-GC---G-TCC----T-TC---ATGCTTTTCGAAGACATAC---AG-ACTCGT-GT-AT-T-AAA------TT---------GGGTAAAATCAGTTGC-CAGA----CTGTCATT
gi|10405 : AATG-GT---GCTCC----T-TC---ATG-TTTCCG-TG----AC---AG-ACTCGTTGT-AT-T-AAATACAC-TTTT-TAATCAGGGTAAAATCAGTTGT-CAAATATTGTATAATTT