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blockSeqs                     :            T  TCCC  CGG  ACAC CG          TC      AATAA             T       T  GA    G     AT CAGT T   G     CA    GGG  T   CG
blockSeqs                     :            .  .     TC   A    .           .       AATA              .       .  .     .     .  C    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       AAA               .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       AAT               .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       CA                .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       AA                .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       AA                .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       AA                .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       A                 .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     C    .    .           .       A                 .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     .    .    .           .       A                 .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :            .  .     .    .    .           .       A                 .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :                                           .       .                 .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                     .       .  .     .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                      .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                      .     .  .    .   .     .     .    .   . 
blockSeqs                     :                                                                                      .     .  .    .   .     .     .    .   . 


blockSeqCons                  :                                                   AA******
originalCons                  : AAAAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAA---A-A--AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
finalCons                     : AAAAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAAAA------AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG





Alignments
lowQualScore                  :                                                   11111111                                                                              
lowQualScore                  :            3  6666  5555 9999 44          33      99999999          2       2  33    2     33 6666 2   2     33    333  2   33          
lowQualScore                  :            .  ....  .... .... ..          ..      ........          .       .  ..    .     .. .... .   .     ..    ...  .   ..          
lowQualScore                  :            1  5555  0000 6666 22          99      33333333          7       7  77    2     11 9999 2   2     11    999  2   11          
consensus                     : AAAAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAA---A-A--AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
Reference ( family-890 )      : AAAAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAA---A-A--AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
gi|128641                     : AAAAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GCCCTGTTGT--CATAAA---C-A--AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CATCC--CGGT---AA-TAA--ATATTGCATG
gi|128642                     : AAAAAATCATT-GT----CC-C--AA---T--GCCCTGTTGT--CATAAA---C-A--AAGTTTGTGTTCCCATCG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CATGC--CCGT---AA-TAA--ATATTGCATG
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gi|128644                     : AAAAAATCATT-GT----CC----A----T--GTC-TATTGT--CGTAAA---A----AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTTGGCACC--G----G-TCC-CA-TC--CAGT---GATTAA--ATATTG
gi|128645                     : AAAAAATCATT-GT----TC-C--A----T--GTCCTTTTGT--CATAAAAATA-A--AAGTTTGTGT-TCCATTG-TG---TTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAG--AT-TTGCATG
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gi|128647                     : AAAAAATCATT-GT----CC----A----T--GTCC-GTTGT--CATAAA---A-A--TA-TGTCTGT-CCCATCA-TG--TTTT-GCACC--G------TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
gi|128648                     : AAAAGACCATT-GC----CCTC--A----T---TCCTGTTGT--CATAAA---A----AAGTTTGTGT-CCCATCGTTG--TTTT-GCACC--GC---G-T-C-CA-CC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
gi|128649                     : AAAAAATCATT-GG----TC-CGGA----T--GTCCTGTCGT--CATAAA---A----AAGTTTGTGT-CCCATCG-TG--TTTT-GCAAC--ACAGTG-TCCGCACCC--CGGTGGGGA-TAA--ATATGGCATG
gi|128650                     :  AAAAACCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAA--------------------CCATCA-TA--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--TGGT---GA-TAA--ATATT
gi|128651                     :   AAAATCATT-GT----CC-C--A----T--GTCCTGTTGT--CATAAA---A-A--ATATGTCTGT-CCCATCA-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CACCC--TGGT---AA-TAA--ATATTGCATG
gi|128652                     :   AAAATCATTTGT----TC-C--AACACTCGGTCCTTCTGCTCCATAAA---A-AT-AAATTTGT-T-CCCATTG-TG--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CCCCC--CGGT---GA-TTACGAT-TTGCATG
gi|128653                     :   AAAATCATT-GTTCCCCC-C--A----T--GGTACGTTTT--CATAAA---A----AAGTTTGTGT-CC--TCG-TGGATTTT-GCACT--G----GTTCC-CACCCCACGAT---GA-TAA--
gi|128654                     :                                           --CAAAAA---A-A--AAGTGTGTGC-CCTATTA-CA--TTTT-GCACC--G----G-TCC-CAACC--CCCC---AA-TAA--ATATTG
gi|128655                     :                                                            AGTTCACGT-CC-GTCG-TG--TTT--GCAACATG----G-TCC-CACAC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG
gi|128656                     :                                                                                     T-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-GAA--ATATTGCAT
gi|128657                     :                                                                                     T-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGG----GA-TAA--ATATTGCATG
gi|128658                     :                                                                                     T-GCACC--G----G-TCC-CACCC--CGGT---GA-TAA--ATATTGCATG