lowQualScore                  :                                                                                        11         222222           11111                                                                      
lowQualScore                  :       3         2   444 0  444    2    2    2  33 2 4 5555       55   6      2  2      99   2  55 111111    5555   77777               2 2  2   2 2    2   444   77777     2         33       
lowQualScore                  :       .         .   ... .  ...    .    .    .  .. . . ....       ..   .      .  .      ..   .  .. ......    ....   .....               . .  .   . .    .   ...   .....     .         ..       
lowQualScore                  :       1         5   444 4  444    4    4    4  22 4 7 0000       66   6      5  5      33   5  99 444444    0000   33333               4 4  4   5 5    7   777   11111     9         99       
consensus                     :  CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--T----A-GTAG----CGA----NAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
Reference ( gi|4570 )         :  CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCATGATTGT-AT-CCATGG-TGAC-GG--T----T-GTAG----CGA----TAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4572                       :  CGGGC-GAGCCGATT-GAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCACGG-AGAC-GG--T----A-GTAG----CGA----TAGTGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-C-TGAA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4571                       :  CGGTT-GAGCCGGTT-AAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGAC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-AG--T----A-GTAG----CGA----TAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4573                       :  CGGGC-GAGCCAGTT-GAG---C-GG---AAAA-TTTT-GGTA-GG--CCG-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATAG-AGAT-GG--T----A-GTAG----GGA----TAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4575                       :  CGGGCCGAGCCTGTTTGAG---C-GG---AAAA-TGTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT--CATGG-AGAC-GGT-T----T-GTAG----CGA----TAGTGGCTTTTTCTGAGG-AC-AGA-A-TGTA-TTT---GAT-----TCAGG-TACTCTAATTGAAAATAA
gi|4574                       :  CGGGC-TAGCTGATT-GAG---CTG----AAAA-TTTT-TATG-GG--C-G-C----AGGCGGC--TCACGACTGT----CCATGG-AGAC-GA--T----A-GTAG----CGA----GAGTGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--AAAATAA
gi|4576                       :  CGAGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGG---AAAA-TATT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--T----A-GTAG----CGA----TAGTGACTTATTCTGA-G-CC-A
gi|4577                       :  CGGGT-GAGCCGACT-GAG---CCGG---AAAA-TTTTTGGTA-GG--C-A-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-GT--CATAG-AGAC-AG--T-------TAG----CGA----GAGT-GCTTA-TCTGA-G----TGA-A-TGTA-TTT----AT-----TCAGG-TACTCTGAT--GAAATAA
gi|4578                       :  CGGGC-GATTCGATG-GAG---C-GG---AAAA-TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGGCGGC--ACACGATTGT-GC-TTATGG-AGAC-AG--T----A-GTAACGCTCGA----GAGTGGCTTATGCTGA-G-AC-AGATACTGTATTTT---AAT-----TCAGGTTACTCTAAT--GAAATAA
gi|4579                       :   GGGC-GAGCCGGTT-GA----CCGG---AAAA-TTT--GGTA-GGGTC-G-C----AGCAGGCCTTCACGATTGTCATTCCTTGG-TGAC-GGGTT----T-GTAG----CGA----CAGTGGCTTATTCTGT-G-AG-AAA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4577                       :     GT-GAGCCGGCT-GTG---CCTACCAAAAA-TTTT---CC-GG--C-T-C----AGTCGGC--TCA
gi|4580                       : cgggGT-GAGCCGATG-AAG---CCGG---AAAAATTTT-GGTAGGG--C-G-C----AGTCGGCT-TCACA--TGT-AT-CCATGGAAGAC-AG--T----A-G-AG----CGA----GCATGGCTTATTCTGA-G-AC-TGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAAgattgtgtcatagagacagttagcgagagtgcttatctgagtgaatgtatttattcaggtactctgatgaaataa
gi|4581                       :     GT-GAGCCGGTT-GAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGTA-GC--C-G-CAGTTAGTCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG--AACAGA--G----A-GTAG----AGAGACTCAGTGGCTTATTCTAA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AA
gi|4582                       :       -GAGTCGATT-GAG---ACGG---AAAA-TGTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGGT--T----------AT-C-ATGG-AGAT-AG--T----A-TTGG----CGA----GAGTTGCT----CTGA-G-AC-AGA-A-TGCA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4583                       :           CTGATT-GAG---CCGG---AAAT-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AACCGGC--TCACGATTGT-AC-CCATGG-AGAC-AG--TAGTGTAGTAG----CGA----GAGCGGCTTAT------------------GTA-TTT---GAC-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4584                       :            CGGAC-GAG---CCGG---AAAA-TTTT-GGC--TG--C-ACC----AGCCGGC--TCACAATTGT-AT-CAATGG-AGAC-AG--T----A-CTAG----CGA----GAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TCT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4585                       :                T-GAGACCCCGG---AAAA-ATTT-CCT------C-ACC----AGCCGGC--TCAC-ATTGT-A--CAATGG-AGAC-AG--T----A-CTA-----CGAG---CAGTGGCTTATTTTGC-GTACAAGA-A-T----TTT---AAT-----TCAAA--ACTCTAAT--GAAAT
gi|4586                       :                                   -TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGTC--TCACGATGGT-GT-TCGTAC-AGAC-AG--T----A-GTAG----CAA----GAGTGGCTTATTCCGT-T-AC-AAA-A-
gi|4587                       :                                                                                                          TAG----TGAGAGCTAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AAA-A-TGTA-TCTTAAAATCACAATCAGG-TACTCCAGT--





Alignments
lowQualScore                  :      3         2   444 0      2    2    2  33 2 4 5555       55          2  2      2    2  55    55555  4444   77777  4444             2 2  2   2 2    2   444   66666     2         33       
lowQualScore                  :      .         .   ... .      .    .    .  .. . . ....       ..          .  .      .    .  ..    .....  ....   .....  ....             . .  .   . .    .   ...   .....     .         ..       
lowQualScore                  :      1         5   444 4      4    4    4  22 4 7 0000       66          4  4      4    4  33    66666  7777   99999  7777             2 2  2   4 4    5   444   77777     7         77       
consensus                     : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
Reference ( family-885 )      : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4570                       : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCATGATTGT-AT-CCATGG-TGAC-GG--TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4571                       : CGGTT-GAGCCGGTT-AAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGAC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-AG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4572                       : CGGGC-GAGCCGATT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCACGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-C-TGAA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4573                       : CGGGC-GAGCCAGTT-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GGTA-GG--CCG-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATAG-AGAT-GG--TAGT-----AG----GGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4574                       : CGGGC-TAGCTGATT-GAG---CTG-AAAA-TTTT-TATG-GG--C-G-C----AGGCGGC--TCACGACTGT----CCATGG-AGAC-GA--TAGT-----AG----CGA----GAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--AAAATAA
gi|4575                       : CGGGCCGAGCCTGTTTGAG---C-GGAAAA-TGTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT--CATGG-AGAC-GGT-TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTTTTCTGAGG-AC-AGA-A-TGTA-TTT---GAT-----TCAGG-TACTCTAATTGAAAATAA
gi|4576                       : CGAGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TATT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGACTTATTCTGA-G-CC-A
gi|4577                       : CGGGT-GAGCCGACT-GAG---CCGGAAAA-TTTTTGGTA-GG--C-A-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-GT--CATAG-AGAC-AG--T--T-----AG----CGA----GAG----T-GCTTA-TCTGA-G----TGA-A-TGTA-TTT----AT-----TCAGG-TACTCTGAT--GAAATAA
gi|4578                       : CGGGC-GATTCGATG-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGGCGGC--ACACGATTGT-GC-TTATGG-AGAC-AG--TAGT-----AACGCTCGA----GAG----TGGCTTATGCTGA-G-AC-AGATACTGTATTTT---AAT-----TCAGGTTACTCTAAT--GAAATAA
gi|4579                       :  GGGC-GAGCCGGTT-GA----CCGGAAAA-TTT--GGTA-GGGTC-G-C----AGCAGGCCTTCACGATTGTCATTCCTTGG-TGAC-GGGTTTGT-----AG----CGA----CAG----TGGCTTATTCTGT-G-AG-AAA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4580                       :    GT-GAGCCGATG-AAG---CCGGAAAAATTTT-GGTAGGG--C-G-C----AGTCGGCT-TCACA--TGT-AT-CCATGGAAGAC-AG--TAG------AG----CGA----GCA----TGGCTTATTCTGA-G-AC-TGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4581                       :    GT-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GC--C-G-CAGTTAGTCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-A-ACAGA--GAGT-----AG----AGAGACTCAG----TGGCTTATTCTAA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AA
gi|4582                       :      -GAGTCGATT-GAG---ACGGAAAA-TGTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGGT--T----------AT-C-ATGG-AGAT-AG--TATT-----GG----CGA----GAG----TTGCT----CTGA-G-AC-AGA-A-TGCA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4583                       :          CTGATT-GAG---CCGGAAAT-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AACCGGC--TCACGATTGT-AC-CCATGG-AGAC-AG--TAGTGTAGTAG----CGA----GAG----CGGCTTAT------------------GTA-TTT---GAC-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4584                       :           CGGAC-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGC--TG--C-ACC----AGCCGGC--TCACAATTGT-AT-CAATGG-AGAC-AG--TACT-----AG----CGA----GAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TCT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4585                       :               T-GAGACCCCGGAAAA-ATTT-CCT------C-ACC----AGCCGGC--TCAC-ATTGT-A--CAATGG-AGAC-AG--TACT-----A-----CGAG---CAG----TGGCTTATTTTGC-GTACAAGA-A-T----TTT---AAT-----TCAAA--ACTCTAAT--GAAAT
gi|4586                       :                               -TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGTC--TCACGATGGT-GT-TCGTAC-AGAC-AG--TAGT-----AG----CAA----GAG----TGGCTTATTCCGT-T-AC-AAA-A-
gi|4587                       :                                                                                           G--TACT-----AG----TGA----GAGCTAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AAA-A-TGTA-TCTTAAAATCACAATCAGG-TACTCCAGT--





Alignments
lowQualScore                  :      3         2   444 0      2    2    2  33 2 4 5555       55          2  2      2    2  55    55555  4444   77777  4444             2 2  2   2 2    2   444   66666     2         33       
lowQualScore                  :      .         .   ... .      .    .    .  .. . . ....       ..          .  .      .    .  ..    .....  ....   .....  ....             . .  .   . .    .   ...   .....     .         ..       
lowQualScore                  :      1         5   444 4      4    4    4  22 4 7 0000       66          4  4      4    4  33    66666  7777   99999  7777             2 2  2   4 4    5   444   77777     7         77       
consensus                     : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
Reference ( family-885 )      : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4570                       : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCATGATTGT-AT-CCATGG-TGAC-GG--TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4571                       : CGGTT-GAGCCGGTT-AAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGAC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-AG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4572                       : CGGGC-GAGCCGATT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCACGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-C-TGAA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4573                       : CGGGC-GAGCCAGTT-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GGTA-GG--CCG-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATAG-AGAT-GG--TAGT-----AG----GGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4574                       : CGGGC-TAGCTGATT-GAG---CTG-AAAA-TTTT-TATG-GG--C-G-C----AGGCGGC--TCACGACTGT----CCATGG-AGAC-GA--TAGT-----AG----CGA----GAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--AAAATAA
gi|4575                       : CGGGCCGAGCCTGTTTGAG---C-GGAAAA-TGTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT--CATGG-AGAC-GGT-TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTTTTCTGAGG-AC-AGA-A-TGTA-TTT---GAT-----TCAGG-TACTCTAATTGAAAATAA
gi|4576                       : CGAGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TATT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGACTTATTCTGA-G-CC-A
gi|4577                       : CGGGT-GAGCCGACT-GAG---CCGGAAAA-TTTTTGGTA-GG--C-A-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-GT--CATAG-AGAC-AG--T--T-----AG----CGA----GAG----T-GCTTA-TCTGA-G----TGA-A-TGTA-TTT----AT-----TCAGG-TACTCTGAT--GAAATAA
gi|4578                       : CGGGC-GATTCGATG-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGGCGGC--ACACGATTGT-GC-TTATGG-AGAC-AG--TAGT-----AACGCTCGA----GAG----TGGCTTATGCTGA-G-AC-AGATACTGTATTTT---AAT-----TCAGGTTACTCTAAT--GAAATAA
gi|4579                       :  GGGC-GAGCCGGTT-GA----CCGGAAAA-TTT--GGTA-GGGTC-G-C----AGCAGGCCTTCACGATTGTCATTCCTTGG-TGAC-GGGTTTGT-----AG----CGA----CAG----TGGCTTATTCTGT-G-AG-AAA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4580                       :    GT-GAGCCGATG-AAG---CCGGAAAAATTTT-GGTAGGG--C-G-C----AGTCGGCT-TCACA--TGT-AT-CCATGGAAGAC-AG--TAG------AG----CGA----GCA----TGGCTTATTCTGA-G-AC-TGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4581                       :    GT-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GC--C-G-CAGTTAGTCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-A-ACAGA--GAGT-----AG----AGAGACTCAG----TGGCTTATTCTAA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AA
gi|4582                       :      -GAGTCGATT-GAG---ACGGAAAA-TGTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGGT--T----------AT-C-ATGG-AGAT-AG--TATT-----GG----CGA----GAG----TTGCT----CTGA-G-AC-AGA-A-TGCA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4583                       :          CTGATT-GAG---CCGGAAAT-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AACCGGC--TCACGATTGT-AC-CCATGG-AGAC-AG--TAGTGTAGTAG----CGA----GAG----CGGCTTAT------------------GTA-TTT---GAC-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4584                       :           CGGAC-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGC--TG--C-ACC----AGCCGGC--TCACAATTGT-AT-CAATGG-AGAC-AG--TACT-----AG----CGA----GAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TCT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4585                       :               T-GAGACCCCGGAAAA-ATTT-CCT------C-ACC----AGCCGGC--TCAC-ATTGT-A--CAATGG-AGAC-AG--TACT-----A-----CGAG---CAG----TGGCTTATTTTGC-GTACAAGA-A-T----TTT---AAT-----TCAAA--ACTCTAAT--GAAAT
gi|4586                       :                               -TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGTC--TCACGATGGT-GT-TCGTAC-AGAC-AG--TAGT-----AG----CAA----GAG----TGGCTTATTCCGT-T-AC-AAA-A-
gi|4587                       :                                                                                           G--TACT-----AG----TGA----GAGCTAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AAA-A-TGTA-TCTTAAAATCACAATCAGG-TACTCCAGT--


blockSeqs                     :      C         T   ACC        A    T    G  GT C C AGTT       CT          C  T      A    A  GT    GTAGT  CGCT   GACTC  CTAG             G T  A   T C    T   TAA   CACAA     T         TG
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . C .          T           .  .      .    .  T     .      .      GC     .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      T      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      T      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      T      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      T      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      T      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      C      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :      .         .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :                .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :                .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .     .         .         . 
blockSeqs                     :                .   .          .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .    .   .                           
blockSeqs                     :                               .    .    .  .  . . .          .           .  .      .    .  .     .      .      G      .                . .  .   . .                                    
blockSeqs                     :                                                                                            .     .      .      G      .                . .  .                                          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
finalCons                     : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA





Alignments
lowQualScore                  :      3         2   444 0      2    2    2  33 2 4 5555       55          2  2      2    2  55    55555  4444   77777  4444             2 2  2   2 2    2   444   66666     2         33       
lowQualScore                  :      .         .   ... .      .    .    .  .. . . ....       ..          .  .      .    .  ..    .....  ....   .....  ....             . .  .   . .    .   ...   .....     .         ..       
lowQualScore                  :      1         5   444 4      4    4    4  22 4 7 0000       66          4  4      4    4  33    66666  7777   99999  7777             2 2  2   4 4    5   444   77777     7         77       
consensus                     : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
Reference ( family-885 )      : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----NAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4570                       : CGGGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCATGATTGT-AT-CCATGG-TGAC-GG--TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4571                       : CGGTT-GAGCCGGTT-AAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGAC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-AG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4572                       : CGGGC-GAGCCGATT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCACGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-C-TGAA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4573                       : CGGGC-GAGCCAGTT-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GGTA-GG--CCG-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATAG-AGAT-GG--TAGT-----AG----GGA----TAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4574                       : CGGGC-TAGCTGATT-GAG---CTG-AAAA-TTTT-TATG-GG--C-G-C----AGGCGGC--TCACGACTGT----CCATGG-AGAC-GA--TAGT-----AG----CGA----GAG----TGGTTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--AAAATAA
gi|4575                       : CGGGCCGAGCCTGTTTGAG---C-GGAAAA-TGTT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT--CATGG-AGAC-GGT-TTGT-----AG----CGA----TAG----TGGCTTTTTCTGAGG-AC-AGA-A-TGTA-TTT---GAT-----TCAGG-TACTCTAATTGAAAATAA
gi|4576                       : CGAGC-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TATT-GGTA-GG--C-G-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-AGAC-GG--TAGT-----AG----CGA----TAG----TGACTTATTCTGA-G-CC-A
gi|4577                       : CGGGT-GAGCCGACT-GAG---CCGGAAAA-TTTTTGGTA-GG--C-A-C----AGCCGGC--TCACGATTGT-GT--CATAG-AGAC-AG--T--T-----AG----CGA----GAG----T-GCTTA-TCTGA-G----TGA-A-TGTA-TTT----AT-----TCAGG-TACTCTGAT--GAAATAA
gi|4578                       : CGGGC-GATTCGATG-GAG---C-GGAAAA-TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGGCGGC--ACACGATTGT-GC-TTATGG-AGAC-AG--TAGT-----AACGCTCGA----GAG----TGGCTTATGCTGA-G-AC-AGATACTGTATTTT---AAT-----TCAGGTTACTCTAAT--GAAATAA
gi|4579                       :  GGGC-GAGCCGGTT-GA----CCGGAAAA-TTT--GGTA-GGGTC-G-C----AGCAGGCCTTCACGATTGTCATTCCTTGG-TGAC-GGGTTTGT-----AG----CGA----CAG----TGGCTTATTCTGT-G-AG-AAA-A-TGTA-TAT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4580                       :    GT-GAGCCGATG-AAG---CCGGAAAAATTTT-GGTAGGG--C-G-C----AGTCGGCT-TCACA--TGT-AT-CCATGGAAGAC-AG--TAG------AG----CGA----GCA----TGGCTTATTCTGA-G-AC-TGA-A-TGTA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4581                       :    GT-GAGCCGGTT-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGTA-GC--C-G-CAGTTAGTCGGC--TCACGATTGT-AT-CCATGG-A-ACAGA--GAGT-----AG----AGAGACTCAG----TGGCTTATTCTAA-G-AC-AGA-A-TGTA-TTT---AA
gi|4582                       :      -GAGTCGATT-GAG---ACGGAAAA-TGTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGGT--T----------AT-C-ATGG-AGAT-AG--TATT-----GG----CGA----GAG----TTGCT----CTGA-G-AC-AGA-A-TGCA-TTT---AAT-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4583                       :          CTGATT-GAG---CCGGAAAT-TTTT-GGTA-GG--C-G-C----AACCGGC--TCACGATTGT-AC-CCATGG-AGAC-AG--TAGTGTAGTAG----CGA----GAG----CGGCTTAT------------------GTA-TTT---GAC-----TCAGG-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4584                       :           CGGAC-GAG---CCGGAAAA-TTTT-GGC--TG--C-ACC----AGCCGGC--TCACAATTGT-AT-CAATGG-AGAC-AG--TACT-----AG----CGA----GAG----TGGCTTATTCTGA-G-AC-AGA-A-TGTA-TCT---AAT-----TCAGA-TACTCTAAT--GAAATAA
gi|4585                       :               T-GAGACCCCGGAAAA-ATTT-CCT------C-ACC----AGCCGGC--TCAC-ATTGT-A--CAATGG-AGAC-AG--TACT-----A-----CGAG---CAG----TGGCTTATTTTGC-GTACAAGA-A-T----TTT---AAT-----TCAAA--ACTCTAAT--GAAAT
gi|4586                       :                               -TTTT-GATA-GG--C-G-C----AGTCGTC--TCACGATGGT-GT-TCGTAC-AGAC-AG--TAGT-----AG----CAA----GAG----TGGCTTATTCCGT-T-AC-AAA-A-
gi|4587                       :                                                                                           G--TACT-----AG----TGA----GAGCTAGTGGCTTATTCTGA-G-AC-AAA-A-TGTA-TCTTAAAATCACAATCAGG-TACTCCAGT--