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Reference ( gi|8770 )         : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG-GCA--AA--A----TGT-ATA---G--TA------GA--T-GGG---GA-CAC-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAG-T-GT----A--T-TATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA---A-AAAAAAA--A--AT----C--------AG-AA--A-A-T-G---GT-CT-T-TTT--AT-T---A-TATT---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TATG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
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gi|8772                       : CCT-TCC--ATT-G-C-A-TAC--ACT-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG-GCA--AA-------TGT-ATA---G--AA------AA--T-GAA---GA-CAA-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAG-T-GT----A--C-TATTA---TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-G----A-CAAAAAT--A--TT----C--------AG-AA--A-A-T-C---GT-TC-T-TTT--TT-T---A-TATC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TAT---TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
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Reference ( family-879 )      : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACN-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--A--A-AA--AAAA--NAT--C--------AG-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TNTG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8770                       : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GGG---GA-CA-C-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-T-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--A--A-AA--AAAA--AAT--C--------AG-AA--A-A-T-GG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TT---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TATG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8771                       : CCC-TCC--ATT-A-T-A-TAC--ACA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AAAG-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--A-TAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G---A-AA-A--CAT-G------A-CA--AAAA--TAT--C--------AGAAA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A---A-TATGATTAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8772                       : CCT-TCC--ATT-G-C-A-TAC--ACT-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA------T---GT-ATA---G--AA------AA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTA---TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--C--A-AA--AATA--T-T--C--------AG-AA--A-A-T-CG--T-TC-T-TTT--TT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TAT---TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8773                       : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--AAA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--ACAAA--A---T---GT-GTA---G--TA------CA--T-TAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-C---AT--TTT-GAA-G--AA-AA-A--CAT-GG--G--A-AA--AAAATGTAT--C--------AG-GA--G-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-C---A-TA-TC---A-G---G-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TCTA--TAA-TTGA-G--A-AA-CACA
gi|8774                       : CCC-TCC--ATT-A-CGA-TAC--ACT-CT-ATTT--GGTA-T---G-AA----AA-G-TTGAG--GCAAA--A---T---GTTATA---G--TA------GA--TTGAA---GA-CA-A-T-G-AA-AAACAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-TT-ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--C--C-AA--AAAT--TAT--C--------AG-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-C---A-TATTC---A-G---A---AG---GA-AAACAC--CC----A-C-TG-G--A-A--TA-TATG--TAT-GGGA-G--A-AGCCACA
gi|8775                       : CCT-TC---ATT-A-C---TAC--ACTTCT-ATTTT-G-TAAT--TG-AA----AA-G-T--AG--GCAGA--A---T---GT-GTATCAG--TA------GA--T-GA----GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-C--CAT-G------A-CA--AAAA--TAG--C--------AG-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--ATGT---AGTA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TGCG--A-A--TA-TA----TAA-TGGA-A--A-GT-CACA
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gi|8777                       : CCTCTCC--ATTTG-C-A-TAC--AAAACT-ATTT--G-T-----TG-AC----AA-G-TTAAGC-GCAAA--AA--T---GT-ATAC--G--TA------GACAT-GAA---GA-CAGA-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TTT--CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-TTAGGT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-G---A--A-AG--AAAT--TAT--C--------AG-AA--AGA-T-CG--T-TT-C-TTT--AT-T---A-TA-TC---C-G---G-C-AGT--AA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--A-AATTA-TAT---TAA-TGGATG--ATAG-CA
gi|8778                       : CCT-TCC--ATTTA-C-A-TAC--ACT-C--ATTT--G-TA-T--TGGAA----AA-G-TTAAGCAGGAAA--G---TTGTGT-ATA---GGGTA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-CA-CAAAA--TTCTTATTTT---CAGT-GT----AGC-TA-ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAGTG--AA-AA-A--CAT-GATCT--A-AT--AAAT--TA---G--------AG-AA--A-A-T-CG--T-CTGT-TTT--AT-TTGAA-TA-TC---A-G---A-CGAG---GATAA--AC--CCA---A-C-TG-C--A-A--TAGTTTG--TAA-TGGA-G--A-AG-CAC
gi|8779                       : CCT-TCT--ATT-A-T-A-TAC--AAA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-A-AA-AA-CAACA--TTA-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--TATAT--TT-C---AT--TTT-GAG-G--GA-AA-A--AAT-G
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gi|8781                       : CCT-TCC--ATT-AGC-A-TACTTATA-TT-TCTT--G-TA-T--TG-AG----AA-GGTTAAG--GCAAA--AAA-T---GT-TAA---G--TAA-----GT--T-GAA---GA-CA-AAT-GCAA-AA-CAAAA--TT--TA--AT---CAGC-GTGGTAA-C-T--GTTATATTTAT---AT--TTT-GTG-GTAAA-AA-ATTCATTGA--A--A-AA--AT----TAT--C--------AG-GA--A-A-T-CG--T-CT-TGTTT--ATGC---A-TA-TC---ACG---T-T-AG---GA-AA--CC--CC----C-C-TG-G--A-A--TA-TCTG--TAATTGGA-GAAA-AG-CACA
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Reference ( family-879 )      : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACN-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--A--A-AA--AAAA--TATC--------A--G-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--AA--TA-TA-TG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
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gi|8777                       : CCTCTCC--ATTTG-C-A-TAC--AAAACT-ATTT--G-T-----TG-AC----AA-G-TTAAGC-GCAAA--AA--T---GT-ATAC--G--TA------GACAT-GAA---GA-CAGA-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TTT--CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-TTAGGT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-G---A--A-AG--AAAT--TATC--------A--G-AA--AGA-T-CG--T-TT-C-TTT--AT-T---A-TA-TC---C-G---G-C-AGT--AA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--AAATTA-TA-T---TAA-TGGATG--ATAG-CA
gi|8778                       : CCT-TCC--ATTTA-C-A-TAC--ACT-C--ATTT--G-TA-T--TGGAA----AA-G-TTAAGCAGGAAA--G---TTGTGT-ATA---GGGTA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-CA-CAAAA--TTCTTATTTT---CAGT-GT----AGC-TA-ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAGTG--AA-AA-A--CAT-GATCT--A-AT--AAAT--TA-G--------A--G-AA--A-A-T-CG--T-CTGT-TTT--AT-TTGAA-TA-TC---A-G---A-CGAG---GATAA--AC--CCA---A-C-TG-C--AA--TAGTT-TG--TAA-TGGA-G--A-AG-CAC
gi|8779                       : CCT-TCT--ATT-A-T-A-TAC--AAA-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-A-AA-AA-CAACA--TTA-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--TATAT--TT-C---AT--TTT-GAG-G--GA-AA-A--AAT-G
gi|8780                       : CTT-TCC--ATT-A-C-A-TAC---CT-CT-ATTT--GGTA-T--TG-AA-------G-TTAGG--GCAAAGTA---T---GT--TA---G----------GA--T-GAA---GAGCA-C-T-G-AA----CAAGT--GTC-TA--T----CAGTTGT----A-CAT--ATTAT--TT-T---AT--TT--GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--C--A-AATGAAGA--TATT--------ATAG-AATGA-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-G---A-TA-TC---AGG---A-CTAG---GA-AA--TT--CCCGATA-T-CG-G---A--TA-TATTG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8781                       : CCT-TCC--ATT-AGC-A-TACTTATA-TT-TCTT--G-TA-T--TG-AG----AA-GGTTAAG--GCAAA--AAA-T---GT-TAA---G--TAA-----GT--T-GAA---GA-CA-AAT-GCAA-AA-CAAAA--TT--TA--AT---CAGC-GTGGTAA-C-T--GTTATATTTAT---AT--TTT-GTG-GTAAA-AA-ATTCATTGA--A--A-AA--AT----TATC--------A--G-GA--A-A-T-CG--T-CT-TGTTT--ATGC---A-TA-TC---ACG---T-T-AG---GA-AA--CC--CC----C-C-TG-G--AA--TA-TC-TG--TAATTGGA-GAAA-AG-CACA
gi|8782                       : CCT-TCC--AAT-A-C-A-TAC--ACA-CC-ATTC--A-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--TCAAA--A---C---NT-A
gi|8783                       :   T-TCCCTATT-A-C-AGTAC--ACT-CTTATCTCTG-TA-TCTTG-AATTTGAA-G-TTA-G--GCAAA--AATAC---AT-ATA---G--TGATTCATGA--T-GGAATAGA-CA-A-TAG-AA-AA-CAAAAATCTC-TA--TTGCATAGT-GTT---A-C-TTTATTAT--CT-TTCAAT--TTTTGAG-G--AA-AA-A--CAT-GG--ACGACAA--AAAC--TATCCCACCCGAA--A-AA--A-A-TGCGAATACT-T-TTTAAAT-TAA-A-TA-TC---A-AGATA-C-AAGTTGA-AT--ACAACC----ATC-TG-G--AAATTA-TT-AA--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
gi|8784                       :      CC--CTT-C-C-A-TAC--AAA-CC-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GG--T-ATG---GA-CA-A-C-G-AA-AA-CAATA--TTC-TA--TT---TAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---CT--TTT-GAT-G--AA-AA-A--CTT-G--------AA--AAAA--TATC--------A--G-GA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-C---A-TA-TC---A-G---G-C-AG---GA-AC--AC--CC----A-C-TG-G--AA--TA-TT-TG--TAA-TAGA-G--A-AG-CACA
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lowQualScore                  :    9   77   3 7 7 7   77  33  7    33 3  3 77  7  7777  7 7     33     555555 777  7   999 99  111111  99 7   999  9  9 9 9 9  9  9     99   9  33  333    3  3333 7 7 00     44  5 888  44   5   5 44  4  4 22   4 111111 5  44  1111    11111111 44 5  99 5 5 5  99 5  5 5   44  00000 5  5  444 0 4444444  999  5  44  44  8888 5 5  5 44  99  5 77 222   7    7 77 7  9    
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Reference ( family-879 )      : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACN-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--A--A-AA--AAAA--TATC--------A--G-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--AA--TA-TA-TG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
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gi|8782                       : CCT-TCC--AAT-A-C-A-TAC--ACA-CC-ATTC--A-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--TCAAA--A---C---NT-A
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blockSeqs                     :    C   CT   T G G G   TT  TT  T    CT G  A CT  G  TTTG  A G     CA     AATA   TGT  T   TCA GG  ATTCAT  CA T   ATA  G  G A A C  G  A     AT   T  TT  GCA    T  GGTA G A TT     AT  A TAG  CA   T   T TA  T  T TT   T ATCT   C  TG  AATG    CCACCCGA TA A  TG G T G  AA A  G G   AA  TTGA  G  T  TCA G GATAC    GTT  T  AC  AA  CGAT T T  C GA  AT  G AT GAT   T    T AA T  C
blockSeqs                     :    .   .    T . . .   .   AA  .    T  G  A .   .  .     . .     C      GTA    .    .   C   .   A       .  T   CT   .  . . . .  .  .     .    .  G   T      T  T    . . T      .   . TCA  .    .   . .   .  . .    . GACG   .  .   AA      .        .  .  T  . . .  T  .  . .   .   TAA   .  .  .   C ATC      T    .  .   .   A    . .  . .   AT  . A  A     .    . .  .  .
blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   A   .    .  .  . .   .  .     . .     .      AAA    .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . A      .   . .    .    .   . .   .  . .    . AC     .  .   TA      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   GT    .  .  .   . ACG      .    .  .   .   .    . .  . .   .   . A  G     .    . .  .  .
blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   T   .    .  .  . .   .  .     . .     .      AA     .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . .      .   . .    .    .   . .   .  . .    . GG     .  .   AT      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   TA    .  .  .   . ACT      .    .  .   .   .    . .  . .   .   . C  A     .    . .  .  .
blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   A   .    .  .  . .   .  .     . .     .      A      .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . .      .   . .    .    .   . .   .  . .    . AC     .  .   AA      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   GC    .  .  .   . AC       .    .  .   .   .    . .  . .   .   . A  G     .    . .  .  .
blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   T   .    .  .  . .   .  .     . .     .      A      .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . .      .   . .    .    .   . .   .  . .    . AC     .  .   AT      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   TA    .  .  .   . AC       .    .  .   .   .    . .  . .   .   . A  G     .    . .  .  .
blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   T   .    .  .  . .   .  .     . .     .      A      .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . .      .   . .    .    .   . .   .  . .    . AC     .  .   AT      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   T     .  .  .   . GC       .    .  .   .   .    . .  . .   .   . A  G     .    . .  .  .
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blockSeqs                     :    .   .    . . . .   .   A   .    .  .  . .   .  .     . .     .      A      .    .   .   .   .       .  .   .    .  . . . .  .  .     .    .  .   .      .  .    . . .      .   . .    .    .   . .   .  . .    . A      .  .   TA      .        .  .  .  . . .  .  .  . .   .   G     .  .  .   . GC       .    .  .   .   .    . .  . .   .   . T  .     .    . .  .  .
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lowQualScore                  :    9   77   3 7 7 7   77  33  7    33 3  3 77  7  7777  7 7     33     555555 777  7   999 99  111111  99 7   999  9  9 9 9 9  9  9     99   9  33  333    3  3333 7 7 00     44  5 888  44   5   5 44  4  4 22   4 111111 5  44  1111    11111111 44 5  99 5 5 5  99 5  5 5   44  00000 5  5  444 0 4444444  999  5  44  44  8888 5 5  5 44  99  5 77 222   7    7 77 7  9    
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Reference ( family-879 )      : CCT-TCC--ATT-A-C-A-TAC--ACN-CT-ATTT--G-TA-T--TG-AA----AA-G-TTAAG--GCAAA--A---T---GT-ATA---G--TA------GA--T-GAA---GA-CA-A-T-G-AA-AA-CAAAA--TTC-TA--TT---CAGT-GT----A-C-T--ATTAT--TT-T---AT--TTT-GAG-G--AA-AA-A--CAT-GA--A--A-AA--AAAA--TATC--------A--G-AA--A-A-T-CG--T-CT-T-TTT--AT-T---A-TA-TC---A-G---A-C-AG---GA-AA--AC--CC----A-C-TG-G--AA--TA-TA-TG--TAA-TGGA-G--A-AG-CACA
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