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Reference ( gi|108118 )       : CACTTGGT-GTG-CTGC-GTCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
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gi|108120                     : CACTTGGT-GTG-CTGC-GTCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGG---TC-TTGAAGAT
gi|108121                     : CACTTGGT-ATG-CTGC-GTTGAGGG-ACG-GT-G-GTGGTTG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---A-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
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Reference ( family-877 )      : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
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Reference ( family-877 )      : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108118                     : CACTTGGT-GTGCTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
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finalCons                     : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT





Alignments
lowQualScore                  :         2      2  2           2  2 2       2   2       2  2  33   2 4444  666 2             2        
lowQualScore                  :         .      .  .           .  . .       .   .       .  .  ..   . ....  ... .             .        
lowQualScore                  :         4      4  4           2  2 2       1   1       0  2  11   2 7777  111 2             7        
consensus                     : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
Reference ( family-877 )      : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108118                     : CACTTGGT-GTGCTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108119                     : CAGTTGGT-GTGCTG-CG-TCGAAGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AA---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108120                     : CACTTGGT-GTGCTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGG---TC-TTGAAGAT
gi|108121                     : CACTTGGT-ATGCTG-CG-TTGAGGG-ACG-GT-G-GTGGTTG-ACC-CTCGGATCCC-CT--GGA-A----AC---A-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108122                     : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TCGAGGTGACG-GT-G-GTGGTTG-ACC-CTCAGAT-CC-CT--GGA-A----AC---A-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108123                     : CACTTGGT-GTGTTG-CG-TTGAGGGGACG-GT-G-ATGGTCG-ACC-CTCGGATTCC-TT--GGA-A----AC---A-GGGGCGGGTCTTC-TTGAGGAT
gi|108124                     : CACTTGGT-CTGTTG-CG-TCGAGAAG-CG--T-G-GTGGTCGGACC-TTCAGATCC---T--GGG-A----AC---G-GGGACGAGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108125                     : CACTTGGT-GTGATG-TG-TCGAGGGGACA-GT-G-ATGGTCG-ACC-CTCAGATCCC-CT--GGA-A----AC---G-GGG
gi|108126                     : CACTTGGT-CTGTCG-CG-TCGAGAAGTCA-AT-G-GTGATCG-GCC-CTCGGATGCC-CC--GGG-A----AC---G-TGGACAGGTCTTC-CTGAAGAT
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gi|108128                     : CACTTGGT-ATGTTG-CA-GCAAGGTGCTG-AT-G-GTGGTCA-ACC-CTCAAATCCC-TT--GGG-A----AC---G-
gi|108129                     :  ACTTGGT-GTGCTG-CGGTCGAGGG-ACGAGT-GAGTT-TCG-ACC-CTCGAATCCCTCT--GGA-ATATCAC-----GGGATGGG
gi|108130                     :   CTTGGT-GTGTTG-TG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTATTCG-ACCTCTTGGATCCC-TT--GGA-A----AC---G-GTGATGGGTCTCC-GTGAAGAT
gi|108131                     :   CTTGGTCGTGTCGGCG-TCGAGAAGTCA-ATTG-GTGATCG-GCC-CTCGGATGCC-CC--GGA-A----ACT--GTGGTACAGGTCTTC-CTGAAGA
gi|108132                     :    TTGGT-GT-CTG-CG-TCGAGGGGACG-GT-G-GTGGTCG-ACC-CTCGGAT-CC-CT--GGA-A----CA---G-GGGACGGGTCTTCTTTGAAGAT
gi|108133                     :    TTAGT-GCGTTG-CG-TCGAGAGGACT-GT-G-GTGATGT-ACT-CTCGGATACC-CT--GGA-A----AC---G-GGAATAAGTCTTC-TCAAAGAT
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gi|108135                     :                             CG-GT-G-ATTGTCG-ACC-TTCGGATCTC-CT--GGA-A----AC---G-GGGACGGGTCTTC-TTGAAGAT
gi|108136                     :                                      TGATCG-ACC-CTCGGATCTC-CTCAGTATA----ATTGGG-GAGACGGGTCTTC-TAGAAGAT