lowQualScore : 2 111111 111 3333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 2 33 333 55 2 2 6 4 6 2 55 2 4 2 33 2 22 5 2 33 777777 4 2 9999 33 33 88 2 5 2 2 666 33 555 2 55 33 33 5 1111111111111111111111111 2 5 6666666 5 66 2 2 5 2 33 2 2
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . . .. . . . .. . .. . . .. ...... . . .... .. .. .. . . . . ... .. ... . .. .. .. . ......................... . . ....... . .. . . . . .. . .
lowQualScore : 4 11 999 33 2 2 7 4 7 2 33 2 4 2 11 2 11 5 4 22 111111 7 5 4444 44 44 66 5 0 5 5 999 44 000 5 99 44 44 0 3333333333333333333333333 7 3 6666666 3 33 7 7 3 7 77 7 7
consensus : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAATTT-TTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-G--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-----------TC------T--TTTTAAA-A-TG-----T-T-TT--A-TT-CAATT-T-A--T-G-CGTAT
Reference ( gi|120792 ) : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAATTTATTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-G--T--T--G-CCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CG--C-AC--T--T--C-TAG-----------TC------G--TTATAAA-A-TG-----T-T-TT--A-TT-CAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120776 : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAATTTTTTTT-CCTTT--AAA------TTT-TG-A-G--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-ACTTT--T--C-TAG-----------TC------T--TTTTAAA-A-TGTTAAAT-T-TT--A-TT-AAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120791 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CA-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAAATT-TTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-G--T--T--G-TCT-C--TCAT-CAC-A---A--CA--C-ACT-T--T--C-TAA-----------TC------T--TTTTAAA-A-TG-----T-T-TT--A-TT-CAATT-T-A--T-A-CGTAT
gi|120780 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTTTCGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-C-ATTT-TTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-C--T--T--G---T-C-TTCATGCAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-----------TC------T--TT-TAAA-A-GG-----T-T-TT--A-TT-CAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120779 : ttTTT-T--A---AAA-T-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-TA-TTT-TTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-G--C--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CAC-C-AC--T--T--C-TAG-----------GC------T--TT-TAAA-A-TG-----T-T-TTA-A-TT-CAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120777 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAATTTTTTTT---TTT--AAA------TTT-CG-A-G--T--T--G-CCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C--AGT----------TC------T--TTTTATA-A-TG-------T-TT--A-TT-CAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120778 : ttTTTAT--A---AC--C-GA-CCCGAGTT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAATT-ATTTT-TCTTT--AAT------TTT-CG-A-G--T--T--G-CCT-C-TTCAT-CA--A---A--CA--C-TC--T--T--C-TAG-----------TC------T--TT-TATA-A-TG-------T-TT--A-TT-CAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120781 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA--C-TTT--C-A-CGGGA--TA-CAATTTTTTTT-CTTTT--AAAAT----TTT-TG-A-G--TAAT--GTTCT-C-TTCA--CAC-A---A--CA--CAAC--T--T--C-TAG-----------TC------T--TTTTAAA-A-TG-------T-TT--A-TT-CAATT-TAA--T-GTCGTA
gi|120783 : ttTTT-T--A---AAGAC-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GCA--TACCAATTT-TTTG-CCTTT--AAAT-----TTT-CG-A-------T--G-TCT-C-TTCA--CAC-A---AACCA--C-AC--T--T--CGCAG-----------TC------T--TTTTAAA-A-TG-----T-TATT--ATTT-CAATT-T-A--T-G-CGTGT
gi|120782 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAAATC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CATTTTTTTCC-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-G--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CAC-C-AC--T--TACT-TAG-----------TC------T--TT
gi|120784 : ttTTT-T--A---AA--CCGC-CC-GA-TT-CGAA-TC-TT---C-A-C-GGA--TA-CAATTT-TTTT-CCTTT--AAA------TTTCCGTA-C--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-----------TC------C--T--------------------------TT-CAATT-T-A--T-G-CGTATtttggatatacagttatttaat
gi|120785 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTG-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GAG--TA-C-ATT--TTTT-TCTTT--AAAT-----TTT-CG-A-AGTT--T--G-TCTAT-TTCAT-CACAA---A--CATCC-AC--T--T--CATAG-----------TC------T--TTTTAAA-ATTA-----T-TCTT--A-TT-CAATT-G-A--TAA-CGTAT
gi|120786 : ttTTT-T--A---G-----GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--CTA-C--GA--TA-C-ATTT-TTTT-CTTTT--AAAT-----TTT-CG-AGG--C--T--G-TCT-CTTTCAT-CAC-AC--A--CA--C-AC--TGCT--C-TAG-----------GC------T--TTTTAAACACTG-----T-T-TT--A-TT-CAATT-T-T--A-G-CGTAT
gi|120793 : ttTTT-T--ATGTAA--C-GAACCAGAGTT-CGAACTCATTT--C-AAT-GGAATTA-CAGTTT-TTTT-CCTTT--AAA------TTTTCT-A-T--C--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-----------T-------GTTTTTTAAA-A-TT-----G-T-TT--A-TT-CAATTAT-ATTT-G-CGT
gi|120788 : TTT-T--T---AA--C-GA-CCCGAGTTTCGGA-CT-TTTGTC-AAC-GGA--T--CAATTT-TTTT-CCTTT--AGAATTTTTTTT-CG-A-C--T--TTTG-TCT-CGTCCAT-CAT-ACAAA--CA--C-AC--T-----C-TAG-----------TCTTTTTTG--TT-TAAA-A-TG-----T-T-TTTTA-TTTCAATT-T-A--T-G-CGT
gi|120789 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTG--C-A-C-GGA--TG-C-ATTTTTTTT-CCTTT--AAA------TTT-
gi|120790 : ttTTT-TGAA---AA--C-AA-CC-GTGTT-CGAA-TC-CCT--C-A-C-GGA--TA-CAA
gi|120787 : ttTT-G--A---AA--C-GA-C--GAGTT-CGAAATC-TTTT-C-A-C-GGA--TA-CA--TTGTTTTACCTTTTAAAA------TTT-CG-A-T--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CT--C-AC--T--T--C-TAGTTCTTTTTTTTTT------T--TTAT------TG-----TAT-TT--A-TT-CAATTAT-A--T-G-CGTgatcttttt
gi|120794 : ttttttaac--A---AA--C-AA-CC-GAGTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CATTTTTTTTT-CCTTT--AAA------TTT-CG-A-C--T--T--G-TCT-C-TTCAT-CAC-A---A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-----------TC------T--TTTTAAA-A-TG-------T-TT--A-TT-CAATT-T-A--T-G-CGTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 222222222
lowQualScore : 2 22 333 55 2 2 6 2 2 6 2 55 2 4 2 22 2 8888 2 2 33 33 666666 2 2 2 11111 33 2 2 4 2 666 2 33 77 2 55 33 33 4 2 2 99999999 55555 2 4 000000000 4 2 4 5 2 33 2 2
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . . . .. . . . .. . .... . . .. .. ...... . . . ..... .. . . . . ... . .. .. . .. .. .. . . . ........ ..... . . ......... . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 99 777 00 1 1 3 1 1 3 1 00 1 2 1 99 1 2222 1 1 11 11 111111 2 4 4 55555 22 4 4 7 4 555 4 22 99 4 66 22 22 7 4 4 66666666 99999 4 7 999999999 7 4 7 0 5 44 5 5
consensus : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
Reference ( family-876 ) : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120776 : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-T-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-ACTTT--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TGTTAAAT---T-TT-A-TTAAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120777 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTT---TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C--AGTT-C-------TT-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120778 : ttTTTAT--A---AC--C-GA-CCCGAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTA-T-TTTTC--TTT--AAT------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CA----A-A--CA--C-TC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120779 : ttTTT-T--A---AAA-T-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-T---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--T--C-TAG-G-C--------T-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TTAA-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120780 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-C---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG---T-C-TTCATGCAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTAAA-A-GG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120781 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA--C-TTT--C-A-CGGGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCT--TTT--AAAAT----TTT-T-G-A--G--TAATGTTCT-C-TTCA--CAC---A-A--CA--CAAC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-TAA--T-GTCGTA
gi|120782 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAAATC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA----TTT-T-TTTCCCCTTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--TACT-TAG-T-C-------TT-----TTTTGG-A-TA-----TACAG-TT-A-TTTAAT
gi|120783 : ttTTT-T--A---AAGAC-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GCA--TACCA--A-TTT-T-TTGCC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--------TG-TCT-C-TTCA--CAC---A-AACCA--C-AC--T--T--CGCAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---TATT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGTGT
gi|120784 : ttTTT-T--A---AA--CCGC-CC-GA--TT-CGAA-TC-TT---C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-CCGTA--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------CT--------------------------------TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120785 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TG-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GAG--TA-CA-----TT-T-TTTTC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--AGTT--TG-TCTAT-TTCAT-CACA--A-A--CATCC-AC--T--T--CATAG-T-C-------TT-----TTTAAA-ATTA-----T---TCTT-A-TTCAATT-G-A--TAA-CGTAT
gi|120786 : ttTTT-T--A---G-----GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--CTA-C--GA--TA-C---A-TTT-T-TTTCT--TTT--AAAT-----TTT-C-G-AG-G--C--TG-TCT-CTTTCAT-CAC---ACA--CA--C-AC--TGCT--C-TAG-G-C-------TT-----TTTAAACACTG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-T--A-G-CGTAT
gi|120787 : ttTT-G--A---AA--C-GA-C--GAG-TT-CGAAATC-TTTT-C-A-C-GGA--TA-CA--T-TGT-T-TTACC--TTTTAAAA------TTT-C-G-A--T--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CT--C-AC--T--T--C-TAG-T-TCTTTTTTTT-----TTTTTA-T-TG-----TA--T-TT-A-TTCAATTAT-A--T-G-CGT
gi|120788 : ttttttaacTTT-T--T---AA--C-GA-CCCGAG-TTTCGGA-CT-TTTGTC-AAC-GGA--T--CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AGAATTTTTTTT-C-G-ACTT--T--TG-TCT-CGTCCAT-CATACAA-A--CA--C-AC-----T--C-TAG-T-C-------TTTTTTGTTTAAA-A-TGTT---T---T-TT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGT
gi|120789 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTG--C-A-C-GGA--TG-CA--T-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-
gi|120790 : ttTTT-TGAA---AA--C-AA-CC-GTG-TT-CGAA-TC-CCT--C-A-C-GGA--TA-CAAGA-TCT-T-TTT
gi|120791 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CA-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-ATT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C--TCAT-CAC---A-A--CA--C-ACT-T--T--C-TAA-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-A-CGTAT
gi|120792 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTTAT-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CG--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------GT-----TATAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120793 : TTT-T--ATGTAA--C-GAACCAGAG-TT-CGAACTCATTT--C-AAT-GGAATTA-CA--G-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTTTC-T-A--T--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-TGT-------TT-----TTTAAA-A-TT-----G---T-TT-A-TTCAATTAT-ATTT-G-CGT
gi|120794 : --A---AA--C-AA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--T-TTT-TTTTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 222222222
lowQualScore : 2 22 333 55 2 2 6 2 2 6 2 55 2 4 2 22 2 8888 2 2 33 33 666666 2 2 2 11111 33 2 2 4 2 666 2 33 77 2 55 33 33 4 2 2 99999999 55555 2 4 000000000 4 2 4 5 2 33 2 2
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . . . .. . . . .. . .... . . .. .. ...... . . . ..... .. . . . . ... . .. .. . .. .. .. . . . ........ ..... . . ......... . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 99 777 00 1 1 3 1 1 3 1 00 1 2 1 99 1 2222 1 1 11 11 111111 2 4 4 55555 22 4 4 7 4 555 4 22 99 4 66 22 22 7 4 4 66666666 99999 4 7 999999999 7 4 7 0 5 44 5 5
consensus : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
Reference ( family-876 ) : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120776 : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-T-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-ACTTT--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TGTTAAAT---T-TT-A-TTAAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120777 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTT---TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C--AGTT-C-------TT-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120778 : ttTTTAT--A---AC--C-GA-CCCGAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTA-T-TTTTC--TTT--AAT------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CA----A-A--CA--C-TC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120779 : ttTTT-T--A---AAA-T-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-T---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--T--C-TAG-G-C--------T-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TTAA-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120780 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-C---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG---T-C-TTCATGCAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTAAA-A-GG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120781 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA--C-TTT--C-A-CGGGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCT--TTT--AAAAT----TTT-T-G-A--G--TAATGTTCT-C-TTCA--CAC---A-A--CA--CAAC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-TAA--T-GTCGTA
gi|120782 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAAATC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA----TTT-T-TTTCCCCTTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--TACT-TAG-T-C-------TT-----TTTTGG-A-TA-----TACAG-TT-A-TTTAAT
gi|120783 : ttTTT-T--A---AAGAC-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GCA--TACCA--A-TTT-T-TTGCC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--------TG-TCT-C-TTCA--CAC---A-AACCA--C-AC--T--T--CGCAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---TATT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGTGT
gi|120784 : ttTTT-T--A---AA--CCGC-CC-GA--TT-CGAA-TC-TT---C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-CCGTA--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------CT--------------------------------TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120785 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TG-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GAG--TA-CA-----TT-T-TTTTC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--AGTT--TG-TCTAT-TTCAT-CACA--A-A--CATCC-AC--T--T--CATAG-T-C-------TT-----TTTAAA-ATTA-----T---TCTT-A-TTCAATT-G-A--TAA-CGTAT
gi|120786 : ttTTT-T--A---G-----GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--CTA-C--GA--TA-C---A-TTT-T-TTTCT--TTT--AAAT-----TTT-C-G-AG-G--C--TG-TCT-CTTTCAT-CAC---ACA--CA--C-AC--TGCT--C-TAG-G-C-------TT-----TTTAAACACTG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-T--A-G-CGTAT
gi|120787 : ttTT-G--A---AA--C-GA-C--GAG-TT-CGAAATC-TTTT-C-A-C-GGA--TA-CA--T-TGT-T-TTACC--TTTTAAAA------TTT-C-G-A--T--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CT--C-AC--T--T--C-TAG-T-TCTTTTTTTT-----TTTTTA-T-TG-----TA--T-TT-A-TTCAATTAT-A--T-G-CGT
gi|120788 : ttttttaacTTT-T--T---AA--C-GA-CCCGAG-TTTCGGA-CT-TTTGTC-AAC-GGA--T--CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AGAATTTTTTTT-C-G-ACTT--T--TG-TCT-CGTCCAT-CATACAA-A--CA--C-AC-----T--C-TAG-T-C-------TTTTTTGTTTAAA-A-TGTT---T---T-TT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGT
gi|120789 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTG--C-A-C-GGA--TG-CA--T-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-
gi|120790 : ttTTT-TGAA---AA--C-AA-CC-GTG-TT-CGAA-TC-CCT--C-A-C-GGA--TA-CAAGA-TCT-T-TTT
gi|120791 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CA-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-ATT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C--TCAT-CAC---A-A--CA--C-ACT-T--T--C-TAA-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-A-CGTAT
gi|120792 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTTAT-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CG--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------GT-----TATAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120793 : TTT-T--ATGTAA--C-GAACCAGAG-TT-CGAACTCATTT--C-AAT-GGAATTA-CA--G-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTTTC-T-A--T--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-TGT-------TT-----TTTAAA-A-TT-----G---T-TT-A-TTCAATTAT-ATTT-G-CGT
gi|120794 : --A---AA--C-AA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--T-TTT-TTTTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
blockSeqs : A GA TGT GA C A C T T A A GT T A G AT C AGA A T CC TA ATTTTT T C T AGT AA T A T G ACA C AC TC A T GC AC G T G CTTTTTTT TTTTG C T TACA A A T A A TT A T
blockSeqs : . . . A . . C . . A . T . A . . . AT . . . . AT . . . CTT . . . G . A . . C . . . . A . . T . . C TTT C . T A . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . C . . . . . . . A . . . . T . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A*** ** T********
originalCons : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
finalCons : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CAA---TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TGT--------T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 222222222
lowQualScore : 2 22 333 55 2 2 6 2 2 6 2 55 2 4 2 22 2 8888 2 2 33 33 666666 2 2 2 11111 33 2 2 4 2 666 2 33 77 2 55 33 33 4 2 2 99999999 55555 2 4 000000000 4 2 4 5 2 33 2 2
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . . . .. . . . .. . .... . . .. .. ...... . . . ..... .. . . . . ... . .. .. . .. .. .. . . . ........ ..... . . ......... . . . . . .. . .
lowQualScore : 2 99 777 00 1 1 3 1 1 3 1 00 1 2 1 99 1 2222 1 1 11 11 111111 2 4 4 55555 22 4 4 7 4 555 4 22 99 4 66 22 22 7 4 4 66666666 99999 4 7 999999999 7 4 7 0 5 44 5 5
consensus : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
Reference ( family-876 ) : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120776 : TTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-T-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-ACTTT--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TGTTAAAT---T-TT-A-TTAAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120777 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTT---TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C--AGTT-C-------TT-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120778 : ttTTTAT--A---AC--C-GA-CCCGAG-TT-CGAA-AC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTA-T-TTTTC--TTT--AAT------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CA----A-A--CA--C-TC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTATA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATG-T-A--T-G-CGTAT
gi|120779 : ttTTT-T--A---AAA-T-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-T---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--T--C-TAG-G-C--------T-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TTAA-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120780 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAGTTT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-C---A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG---T-C-TTCATGCAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C--------T-----TTTAAA-A-GG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120781 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA--C-TTT--C-A-CGGGA--TA-CA--ATTTT-T-TTTCT--TTT--AAAAT----TTT-T-G-A--G--TAATGTTCT-C-TTCA--CAC---A-A--CA--CAAC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-TAA--T-GTCGTA
gi|120782 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAAATC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA----TTT-T-TTTCCCCTTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CAC-C-AC--T--TACT-TAG-T-C-------TT-----TTTTGG-A-TA-----TACAG-TT-A-TTTAAT
gi|120783 : ttTTT-T--A---AAGAC-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GCA--TACCA--A-TTT-T-TTGCC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--------TG-TCT-C-TTCA--CAC---A-AACCA--C-AC--T--T--CGCAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---TATT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGTGT
gi|120784 : ttTTT-T--A---AA--CCGC-CC-GA--TT-CGAA-TC-TT---C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-CCGTA--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------CT--------------------------------TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120785 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TG-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GAG--TA-CA-----TT-T-TTTTC--TTT--AAAT-----TTT-C-G-A--AGTT--TG-TCTAT-TTCAT-CACA--A-A--CATCC-AC--T--T--CATAG-T-C-------TT-----TTTAAA-ATTA-----T---TCTT-A-TTCAATT-G-A--TAA-CGTAT
gi|120786 : ttTTT-T--A---G-----GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--CTA-C--GA--TA-C---A-TTT-T-TTTCT--TTT--AAAT-----TTT-C-G-AG-G--C--TG-TCT-CTTTCAT-CAC---ACA--CA--C-AC--TGCT--C-TAG-G-C-------TT-----TTTAAACACTG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-T--A-G-CGTAT
gi|120787 : ttTT-G--A---AA--C-GA-C--GAG-TT-CGAAATC-TTTT-C-A-C-GGA--TA-CA--T-TGT-T-TTACC--TTTTAAAA------TTT-C-G-A--T--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CT--C-AC--T--T--C-TAG-T-TCTTTTTTTT-----TTTTTA-T-TG-----TA--T-TT-A-TTCAATTAT-A--T-G-CGT
gi|120788 : ttttttaacTTT-T--T---AA--C-GA-CCCGAG-TTTCGGA-CT-TTTGTC-AAC-GGA--T--CA--A-TTT-T-TTTCC--TTT--AGAATTTTTTTT-C-G-ACTT--T--TG-TCT-CGTCCAT-CATACAA-A--CA--C-AC-----T--C-TAG-T-C-------TTTTTTGTTTAAA-A-TGTT---T---T-TT-ATTTCAATT-T-A--T-G-CGT
gi|120789 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTG--C-A-C-GGA--TG-CA--T-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-
gi|120790 : ttTTT-TGAA---AA--C-AA-CC-GTG-TT-CGAA-TC-CCT--C-A-C-GGA--TA-CAAGA-TCT-T-TTT
gi|120791 : ttTTT-T--A---AA--C-GA-CA-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-ATT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-TCT-C--TCAT-CAC---A-A--CA--C-ACT-T--T--C-TAA-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-A-CGTAT
gi|120792 : tTTT-T--A---AA--C-GA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--A-TTTAT-TTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--G--T--TG-CCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CG--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------GT-----TATAAA-A-TG-----T---T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT
gi|120793 : TTT-T--ATGTAA--C-GAACCAGAG-TT-CGAACTCATTT--C-AAT-GGAATTA-CA--G-TTT-T-TTTCC--TTT--AAA------TTTTC-T-A--T--C--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-TGT-------TT-----TTTAAA-A-TT-----G---T-TT-A-TTCAATTAT-ATTT-G-CGT
gi|120794 : --A---AA--C-AA-CC-GAG-TT-CGAA-TC-TTT--C-A-C-GGA--TA-CA--T-TTT-TTTTTCC--TTT--AAA------TTT-C-G-A--C--T--TG-TCT-C-TTCAT-CAC---A-A--CA--C-AC--T--T--C-TAG-T-C-------TT-----TTTAAA-A-TG---------T-TT-A-TTCAATT-T-A--T-G-CGTAT