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Reference ( family-875 )      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA
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gi|95058                      :    CA-GTTATTCC-GTT-TGATCG-CC---AT----C-GGG-TATCA--A-GG-AAAT-CT---A-TC-GG-TA--T--CCGAGAT---A-AT-T-CTAA---AATCCT-AAATGT-G-AAA--A----------TT-A--C-GGAA------------TAC-TTTC-CGCA-A-C-TT-TCTT-T-CG-TGTTTGG-TT---T-AAG-A-CGGACTGAT--T-TTTCT-AGGAAT-G-GA-GGAATCGACAA-------------A
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Reference ( family-875 )      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA
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blockSeqs                     :      .        .   . .    T       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                     .
blockSeqs                     :      .        .   . .    T       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                     .
blockSeqs                     :      .        .   . .    C       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . G                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                     .
blockSeqs                     :      .        .   . .    T       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                     .
blockSeqs                     :      .        .   . .    T       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                      
blockSeqs                     :      .        .   . .    T       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .    A                      
blockSeqs                     :      .        .   . .    .       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . A                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .                           
blockSeqs                     :                   . .    .       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . .                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .  .      . .  .    .                           
blockSeqs                     :                   . .    .       .    .   .      . .  .   .   .   .  .  .  .  .  .     .   .  . . .  .      . .  .   . .   .  .           . .  . .                 .    .    . . .  .    . .  . .   . .  .   .   . .  .   .  .  .  .                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .    . .                                                                                                   


blockSeqCons                  : 
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finalCons                     : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA





Alignments
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lowQualScore                  :      2        2   2 4    999999  4444 2   2      2 2  2   55  666 2  2  2  33 55 4444  111 2  2 2 33 333    4 2  33  2 2   33 9999999999  2 55 2 777777777777777   2    2    2 2 2  4    2 4  2 4   2 2  666 2   2 2  33  2  33 2  33 2      2 4  2    2    666666666666666       3    
lowQualScore                  :      .        .   . .    ......  .... .   .      . .  .   ..  ... .  .  .  .. .. ....  ... .  . . .. ...    . .  ..  . .   .. ..........  . .. . ...............   .    .    . . .  .    . .  . .   . .  ... .   . .  ..  .  .. .  .. .      . .  .    .    ...............       .    
lowQualScore                  :      5        5   2 4    444444  7777 2   2      2 2  2   33  999 2  2  2  11 33 7777  777 2  2 2 11 999    4 2  11  2 2   11 7777777777  2 33 2 888888888888888   2    1    1 1 2  4    2 4  2 4   2 2  111 2   2 2  11  2  11 2  11 4      4 7  4    4    777777777777777       1    
consensus                     : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA
Reference ( family-875 )      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA
gi|95043                      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--CAG--A------------TAC-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--TAAGGAAT-C-GA-GGAA-AGACAA-------------AAAACAA-TAAA
gi|95044                      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CG---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-TAAA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G---------------TA--TTTT-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---A-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-AGAC-A-------------AAAACAA-TAAA
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gi|95047                      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A-TC-GG-GAAGT--C----AT---ATAT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-AG-C-G--A------------TAC-TTT--CGAA-A-G-CT-TCATAT-CG-TCTTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA-ATAC-A-------------AAAACAA-TAAA
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gi|95049                      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TCTTCT-C-GG-AAA--GTTG-A-TC-GG-GA--T--C----ATTATA-AT-T-T--A---TAAA-T-AC--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TCTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-TTCG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--AT-AT--T-TT--T-AGGAAT-G-GA-GGAA-ATACAA-------------AAAAATA-TAAAttaataaa
gi|95050                      : TATCA-GGTTTTCC-GTT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATTCT-C-GG-AAA--TT---ACTC-GG-GA--T--C----ATTTAA-AT-T-T--ATAAGATA-C-AC--GG-A-AAA--A----------ATTA--C-G--GGGGGGGGGGGGGTAC-TCTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--AT-AT--T-TT--A-GGGAAT-G-GA-GGAA-ATAC-A-------------AAAACAA-TAAA
gi|95051                      : TATCA-G--TTTCC-GTT-T-G---------AT----C-GTG-TCTTCT-C-GG-AAAGTCTGACA-TC-GG-GA--T--C----ATTATA-AT-TAT--A---AAT----AC--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TAC-TCTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-TG-T-TTT-G-TC---A-TAG-A-AG--AT-AT--T-TT--T-AGGAATGC-GA-GGAA-ATAC-A-------------AAAACAATTAAA
gi|95052                      : TATCA-GGTCTGTC-TTT-T-ATCGAT----AT----C-GTG-TATCTT-TTGG-AAA--CT-----TC-GG-GA-----C----AT---A-AT-T-T--A---AATG-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-ATCT-G--A------------TAC-TTTC-CGAATA-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TCA--T-AAG-ATAG--AT-AT--C-TT--
gi|95053                      : TATCA----TTT----TT-T-ATCG-T----AT----CAGTG-TATCTT-C-GG-AAA--CT---A--C-GG-GA--T--C-----T---A-AT-T-T--G---AAAG-T-AG--G----AAA--A----------GT-A--C-A--G------------AAC-TTTC-CGAA-A-G-CTGTCAT-T-CG----TT-G-TC---TAAAG-A-AG--C--AT--TGGT--T-AGGATA-C-GA-GG-A-ATACAA-------------AAAAAAA-TAAA
gi|95054                      : TATCG-TGTTTGCT-TTT-T-ATCA------ATTTTCC-GTG-T----T-C-GG-AAA--CT---A-TC-G---A--T--T----AT---A-AAAT-C--A---AATC-G-AA--GG-A-AAA--A-----------T-A--C-C---------------TAC-TC-C-TGAA-A-G-GT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TCTATT-AAG-A-AG--TT-ATTGT-TT--T-CGGAAT-C-AA-GGAA-AGACA
gi|95055                      : TATCAAGGTTTTCCAGGT-T-ATC--C----AT----C-GTG-TATCTT-C-GGAAAA--CT---A-TC-GGAGG--TG-T----AT---A-A--T-T--A---AATCAT-AA--GG-A-AAA--AAAAAATATAGAT-G--C-G--A------------TGC-TTTCGCGAA-A-GACTATCAT-TGCG-T-TTT-G-TC---T-AG-----------AT------------GAAT-C-GA-GG-A-AGAGAA-------------AGACCAA-TA
gi|95056                      :  ATCA-GGTTTTCC-ATT-T-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GA-AAA--CT---A-TC-GG-GA--T--C----AT---T-A--T-T--A---AATC-T-AA--GGAA-AAA--A----------GT-A--C-GA-A------------TAC-TTGT-CGAA-A-G-GT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAC-CGGA-GGAA-AGACAATTATACTCGAAGGAAAACAA-TAAA
gi|95057                      :   TCA-GGTTTTTC-GTTGT-ATCG-T----AT----C-GTG-TATCTT-C-GG-AAA--CG---A-TC-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAAAGA----------GT-A--C-G--A------------TACATTTT-CGAA-AGG-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---A-AAGAA-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-CAGA-GGAA-AG-C-A-------------AAAACAA-TCAA
gi|95058                      :    CA-GTTATTCC-GTT-TGATCG-CC---AT----C-GGG-TATCA--A-GG-AAAT-CT---A-TC-GG-TA--T--CCGAGAT---A-AT-T-CTAA---AATCCT-AAATGT-G-AAA--A----------TT-A--C-GGAA------------TAC-TTTC-CGCA-A-C-TT-TCTT-T-CG-TGTTTGG-TT---T-AAG-A-CGGACTGAT--T-TTTCT-AGGAAT-G-GA-GGAATCGACAA-------------A
gi|95059                      :                 TT-T-AT-G-T----AT----C-GT--TATCTTTC-GA-AAA--C----G-TC-GG--A--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--GG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------T-C-TTTC-CGAA-A-G-CT-TCAT-T-CG-T-TTT-G-TC---T-AAG-A-AG--CT-AT--T-TT--T-AGGAAT-C-GA-GGAA---ACAA-------------AAAACAA-TAA
gi|95060                      :                   -T-ATCG-CGAAAAT----C-GTA-TAACTT-C-GG-AAA--TT---A-AA-GG-GA--T--C----AT---A-AT-T-T--A---AATC-T-AA--TG-A-AAA--A----------GT-A--C-G--A------------TGC-TATA-CAAA-A-
gi|95061                      :                                                                                                                                                                       TC-CGAA-A-G-CT-TTAT-T-CA-T-TTT-G-TC---C-GAT-A-AG--TT-AT--T-TT--T-AGTACT-C-GG-GGAA-