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gi|16153                      :                   -------CG-CTA---GTCCGGTAGCCCGA-G--G-CTA--G---TAAATTTTG-TCCCGGACTACCAAAA---TA-TCATTTATA--AGTA--GTCC-GGTGGACTACT-AAATA--------A--------T-------
gi|16154                      :                   -------CG-CTA---GTCCGGTAGCCCGA-G--G-CTA--G---TAAATTTTG-TCCCGGACTCCA-AAA---TA-TCATTTATA--AGTA--GTCC-GGTGGACTACT-AAATA--------A--------T-------





Alignments
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lowQualScore                  :        9          8888888  1   777      22      1 99 1   333333        444           2   666  1  555    33333333    1           4     11111111111111111 7777777 1  55555555555555555555555555    0     444           7       
consensus                     : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACGA---T----------ATG-T-TGGTA-AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA
Reference ( family-874 )      : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACGA---T----------ATG-T-TGGTA-AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA
gi|16136                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTCCGAT-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TCAAATATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AGAAA--------A--------T-------GTGA---T----------ATG-T-------AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
gi|16137                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTC-GAT-GCCCGA-G--GGCTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TCAAGTATGC-ACTGAAGCCC-GATGGGTTAGT-AGAAA--------A--------T-------GTGA---T----------ATG-T-T-----AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
gi|16138                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTCTGAT-GCCCGAGG--G-CTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TC-AGTATGC-AAT---GCCC-GATGGGTTAGT-AAGAA--------A--------T-------GTGA---T----------ATG-T-T-----AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
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gi|16140                      : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CGCTGGGCTAGT-CAA---TT-CTGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------T--------T-------ATGA---CTTACAAAATAATGTT-TGGTATAAATTGCCTT---TAAAAATCATTGGAGATTA
gi|16141                      : CAGTCTT-AGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCTGAC-GCCCGA-G--G-CTA--T---TAGATTTCA-CGCCAGGCTAGT-AAA---TT-CTGAGTATGC-ACTG--GCCC-GAAGGGCTAGTGAAAAA--------A--------TGACTTAAACAA---TA---------ATGTT-TGGTACAAATTGTCTT---TAGAAATCATCGGAGAT
gi|16142                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTACTAGCCGGAC-GCCTGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CGCCCGGCTGTT-ATA---TT-CTGAGTATGC-ACTG--GCCC-GACGGGCTAGT-TAAAATGGGACTTA--------T-------AAAA---TA---------ATGTT-TGGTACAAATTGTCTT---TAGAGATCA
gi|16143                      : CAGTCTT-TGCGAAAATT-------CA-CTA---GCCCAAC-TCCCAA-A--G-CTA--C---TATATTTCA-GGCTGGGCTAGT-AAA----T-TCAAGT-----------------ATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACAACT-T----------ATT-T-TGGTACAAATTGTCTT---TAGAAATCATCGAAAATT
gi|16144                      : CAGTCTTTCACGAAAACT-------CAGCAA---GCCTGAT-GCCCAA-G--G-CTA--C---TGGATTTCA-CGCCGGGCTAGT--AA---TT-T-------------------C-GATGGGCTTGT-AGAAA--------ATAATTACTT-------ACGA---C----------ATG---TAATT-AAGTGATCTTAAATAG-AATCAACAGAAAT
gi|16145                      : CAGTCAT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-GCTA-CTA--CCGGTAGATTTCA-CGTC-GGCTAGT-GAA---AT-CCGAACACGTAACTG--GTCCAAACGGCCTAGT-ATAAA--------A--------T-------ATGAACTT----------ATT-TGTGGTATGAATTGTCTT---TTAAAATCGA
gi|16146                      : CAGTCTT-CACGAAAATT-------CA-GTG---GTCCGAA-GACCGA-G--G-CCA--G---TGCATTTTGAGGCTGGGCCAGT-GAA---AA-TCATAAATCC-AGGA--GTCC-GATGGGCTtag
gi|16147                      : CAGTCTT-CACGAAAAGT-------CG-GTG---GTCCGAA-GACCGA-G--G-CCA--G---TGCATTTTGAGGTCGGGCCAAT-GAA---AA-TCAAAAATTA-AGAA--GTCC-AATGGGCT
gi|16148                      :  AGTCTT-CG---AAATTATTAAAGCG-GTA---GCCCGAT-GACCGT-G--G-CTA--G---TAAAATCGG-GATCGGGCTACC-AAAAA-TTATTGA---CGC-ACAT--GCCC-GATGGGCCAGT-AA
gi|16149                      :   GTCTT-TGCAAACACT-------CA-CAA---GCCC-AT-GGCTAC-G-----TA--C---TAGATTACA-TGTCAGGCTAGT-AAA---TT-CTGAATATGT-GATA--GCCT-AATGGGCAAGT-AAAAA--------A--------T-------ACGA---
gi|16150                      :            GAAAACT-------CA-CTA---GCCCAAT-GC-----------TA--C---TTTATTTCA-TGCCGGGCAAGT-AAA---TT-TCAAATATGC-ATTG--GCCC-AAAGGGCTAGT-AGAAA--------A--------T-------ATGA---C----------ATG-T-------AAGTGATCTT---CAGAAATCAACAGATATc
gi|16151                      :          atGAAATCC-------CA-TTG-----CCGAC-GCCCGG-G--G-CGAGGC---T---TTTCG--ATCGGGCAAGT-AAAAAATT----AGTATGA-ACTT--GCCC-GGTGGGCTAGT-
gi|16152                      :                 at-------CG-CTA---GTCCGGTAGCCCGA-G--G-CTA--G---TAAATTTTG-TCCCGGACTACCAAAA---TA-TCATTTATA--AGTA--GTCC-GGTGGACTACT-AAATA--------A--------T-------
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blockSeqs                     :        T          ATTAAAG  G   CTA      TA      G CT G   CCGG          GAG           A   AAA  A  AAG    CACTGAA     A           G     TGGGACTTA         GACTTAA    CTTACAAAATAATGTTTGGTAT        G     AAA
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blockSeqs                     :        .          .        .   .        T       . .  .   C             AC            .   .    .  GAG    CACTG       .           .     A                 .          TAATGTTTGGTAC                 T     .  
blockSeqs                     :        .          .        .   .        T       . .  .   C             AC            .   .    .  GAG    CACTG       .           .     A                 .          CTTATTTTGGTAC                 T     .  
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blockSeqs                     :        .          .        .   .        C       . .  .   T             AC            .   .    .  GAA    CAGGA       .           .     A                 .          TATGTT                        T     .  
blockSeqs                     :        .          .        .   .        C       . .  .   C             AC            .   .    .  ATA    AAGAA       .           .     A                 .          TATGTT                        G     .  
blockSeqs                     :        .          .        .   .        C       . .  .   C             AG            .   .    .  AAA    CACAT       .           .     A                 .          CATGT                         T     .  
blockSeqs                     :        .          .        .   .        C       . .  .   C             AC            .   .    .  GAA    TGATA       .           .     A                 .          CATGT                         G     .  
blockSeqs                     :        .          .        .   .        T       . .  .   G             AC            .   .    .  AAA    CATTG       .           .     A                 .                                                 
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originalCons                  : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACGA---T----------ATG-T-TGGTA-AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA
finalCons                     : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACGATAATGTTTGGTA--------------AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA





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lowQualScore                  :        .          .......  .   ...      ..      . .. .   ......        ...           .   ...  .  ...    ........    .           .     .....................................................    .     ...           .       
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consensus                     : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACG---------A--T-ATGTTTGGTA-AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA
Reference ( family-874 )      : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCG-CGCCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------A--------T-------ACG---------A--TAATGTTTGGTA-AAGTNGTCTT---TAGAAATCAACGGAGATTA
gi|16136                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTCCGAT-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TCAAATATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AGAAA--------A--------T-------GTG---------A--T-ATGT-------AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
gi|16137                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTC-GAT-GCCCGA-G--GGCTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TCAAGTATGC-ACTGAAGCCC-GATGGGTTAGT-AGAAA--------A--------T-------GTG---------A--T-ATGTT------AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
gi|16138                      : CAGTCTT-CACGAAAACT-------CA-CTA---GTCTGAT-GCCCGAGG--G-CTA--C---TAGATTTCA-CACTGGGCTAGT-AAA---TT-TC-AGTATGC-AAT---GCCC-GATGGGTTAGT-AAGAA--------A--------T-------GTG---------A--T-ATGTT------AAGTGATCTT---TAGAAATCAACAGAGATTA
gi|16139                      : CAGTCTT-CACAAAAACT-------TA-CTA---GCCAGAT-GCCTGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CAGCGGGCTAGT-AAA---TT-TCGAGTATGC-ACTG--GCCT-GATGGGCTAGT-AGAAA--------A--------T-------ACG---------A--C-ATGT-------AAGTAATATT---TATAAATCAACAGAGATCA
gi|16140                      : CAGTCTT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-G--G-CTA--C---TAGATTTCA-CGCTGGGCTAGT-CAA---TT-CTGAGTATGC-ACTG--GCCC-GATGGGCTAGT-AAAAA--------T--------T-------ATGACTTACAAAA--TAATGTTTGGTATAAATTGCCTT---TAAAAATCATTGGAGATTA
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gi|16145                      : CAGTCAT-CGCGAAAACT-------CA-CTA---GCCCGAC-GCCCGA-GCTA-CTA--CCGGTAGATTTCA-CGTC-GGCTAGT-GAA---AT-CCGAACACGTAACTG--GTCCAAACGGCCTAGT-ATAAA--------A--------T-------ATG---------AACTTATTTGTGGTATGAATTGTCTT---TTAAAATCGA
gi|16146                      : CAGTCTT-CACGAAAATT-------CA-GTG---GTCCGAA-GACCGA-G--G-CCA--G---TGCATTTTGAGGCTGGGCCAGT-GAA---AA-TCATAAATCC-AGGA--GTCC-GATGGGCTtag
gi|16147                      : CAGTCTT-CACGAAAAGT-------CG-GTG---GTCCGAA-GACCGA-G--G-CCA--G---TGCATTTTGAGGTCGGGCCAAT-GAA---AA-TCAAAAATTA-AGAA--GTCC-AATGGGCT
gi|16148                      :  AGTCTT-CG---AAATTATTAAAGCG-GTA---GCCCGAT-GACCGT-G--G-CTA--G---TAAAATCGG-GATCGGGCTACC-AAAAA-TTATTGA---CGC-ACAT--GCCC-GATGGGCCAGT-AA
gi|16149                      :   GTCTT-TGCAAACACT-------CA-CAA---GCCC-AT-GGCTAC-G-----TA--C---TAGATTACA-TGTCAGGCTAGT-AAA---TT-CTGAATATGT-GATA--GCCT-AATGGGCAAGT-AAAAA--------A--------T-------ACG---------A--
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gi|16151                      :          atGAAATCC-------CA-TTG-----CCGAC-GCCCGG-G--G-CGAGGC---T---TTTCG--ATCGGGCAAGT-AAAAAATT----AGTATGA-ACTT--GCCC-GGTGGGCTAGT-
gi|16152                      :                 at-------CG-CTA---GTCCGGTAGCCCGA-G--G-CTA--G---TAAATTTTG-TCCCGGACTACCAAAA---TA-TCATTTATA--AGTA--GTCC-GGTGGACTACT-AAATA--------A--------T-------
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