lowQualScore : 111111 1111
lowQualScore : 2 2 5 33 2 2 99 2 66 2 8 66 000000 33 66 2 777777 2 2 444 444 777 2 2 4 33 2 2 2 2 33 2 2 7777777 6666 55555 7777777 66 33 5 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. . .. . . .. ...... .. .. . ...... . . ... ... ... . . . .. . . . . .. . . ....... .... ..... ....... .. .. . . .
lowQualScore : 7 7 3 77 7 7 00 7 33 7 0 33 333333 77 33 7 777777 7 7 777 777 000 4 4 7 22 4 4 4 2 11 2 2 2222222 9999 99999 3333333 99 44 0 5 5
consensus : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
Reference ( gi|100448 ) : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-C--C-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100449 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGC--T-T-GA--AA-ATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AGGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100450 : TAAGGTG-GAT-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TTT-GCG------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-TCT-A-------AAC-A--C-----AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100451 : TAAGGTG--AA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-AATA-T-T-TT--GGC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-TA--AAGA-TG-GCAAA-CA--G--CT-A-------AAC-A--C-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100453 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GAAACA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-CATT-GAT-GA--AAGATTG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAA-CATC-----AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-TATTTTAG
gi|100452 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-G--------T--T-T-TT--GCCC-----TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GATGGA--AAGA-TGAAC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TTAT-TTTTTTAG
gi|100455 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GA--CA-ATT--T-TATT--GCC------TA--TGA--A-TTC------AAG-TC---AT---AA-T-TA-TTGATTGA--AAGA-TG--C-AA-CA--GGCCT-A-------AAC-A--C-----AATAC------CTTC--AA--CTGATT-TAATTTTTAG
gi|100454 : TACGGTG-GAA-TGAAA-----------------ATT--T-T--T--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAC------CTTA--AA--CGG-TT-T-ATTTTTA
gi|100457 : TAAGGTG-GAAATGAAA-CGG--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TA---AT---AA-TCTA-T-GTT-GA--AACA-T--GC-AATCAGGG-CCT-C-------AACAC--A-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100456 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-TCC--T-T-TA--CA-TTT--T-T-TT--GCA------TG--TGG--A-TTC------A-G-CC---AT---AA-G-TA-T-GAT-GA--AAGC-TG-GC-GA-CA--T-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100458 : TAAGGTT-GGA-TGAAA-CGT--T-T-G---CA-TTT--G-T-TT--GCC------TA--TGAG-A-GTC--------G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GA--AAGA-GT-GC-AA-CA--G-CCT-A-------TTT-CA-C-----AATAC------GTTC--AA--CTG--T-T-ATTTTTAG
gi|100459 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-TAGA--TT-TTT--T-T-TTTTGCA------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AAGTGTA-T-GAT-GA--AAAA-TG-AC-AA-CA--G-CCTCA-------AAC-
gi|100460 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-CAT--T-T-GA--CA-ATT--------------------------------C------A-G-TC---AT---AC-A-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--G-----AATAa
gi|100461 : AGGGTG-GAT-TGAA--CGT--TGT-AAA-CATATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--AGTTC------A-GCTC---AT---AA-T-TA-T-GAT-------AA-TG-GC--A-CA--G-CCT---------AAC-A--C-----AATAT------CTTC--AAAGCTGTTT-T-ATTTTT
gi|100462 : AGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TAGATGA--A-TTC------A-G-TC---ATTATAA-G-TA-T-GAT-GA--AAGA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATACCGGTATCTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100463 : AAGTGTGAA-TGAAA-CGTGTT-T-GAA-TA-ATTGTTAT-TT--GCCCACTTTTA--TGAGAA-TTCCAGTGTA-G-TTTCTAT---AAAC-TA-T-AAT-GATGAATA-TG-GC-AA-CA--G-CCT-AATCCATCAAC-C--CACGGGAATG---------TC--AA--CTG-TT-T-ATTTTT
gi|100465 : -TA-T-TAT-GA--AACA-TG-AC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100464 : -TA-T-TAT-GA--AACA-TG-AC-AA-CA--G-CCT-A-------AAC-A--C-----AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100466 : -CA--G-CCT-A-------AAT-A--C-----AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATCTTTAG
Alignments
lowQualScore : 2 2 5 33 2 2 88 2 55 2 7 55 999999 33 55 2 777777 2 2 444 444 666 2 2 2 2 33 2 2 2 2 22 2 4 2 333 666666 2 666 666666 66 33 4 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. . .. . . .. ...... .. .. . ...... . . ... ... ... . . . . .. . . . . .. . . . ... ...... . ... ...... .. .. . . .
lowQualScore : 5 5 0 44 5 5 44 5 99 5 5 99 777777 44 99 5 222222 5 5 444 444 000 2 2 2 2 11 2 2 2 1 99 1 2 1 777 111111 1 111 888888 55 22 7 4 4
consensus : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
Reference ( family-865 ) : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100448 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CC-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100449 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGC--T-T-GA--AA-ATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AGGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100450 : TAAGGTG-GAT-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TTT-GCG------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-TCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100451 : TAAGGTG--AA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-AATA-T-T-TT--GGC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-T-A--AAGA-TGG-CAAA-CA--G--CT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100452 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-G--------T--T-T-TT--GCCC-----TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GGA--AAGA-TGAAC-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TTAT-TTTTTTAG
gi|100453 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GAAACA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-CATT-GAT-G-A--AAGATTGG-C-AA-CA--G-CCTAA-A---A------CATC---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-TATTTTAG
gi|100454 : TACGGTG-GAA-TGAAA-----------------ATT--T-T--T--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTA--AA--CGG-TT-T-ATTTTTA
gi|100455 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GA--CA-ATT--T-TATT--GCC------TA--TGA--A-TTC------AAG-TC---AT---AA-T-TA-TTGATTG-A--AAGA-TG--C-AA-CA--GGCCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTGATT-TAATTTTTAG
gi|100456 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-TCC--T-T-TA--CA-TTT--T-T-TT--GCA------TG--TGG--A-TTC------A-G-CC---AT---AA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGC-TGG-C-GA-CA--T-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100457 : TAAGGTG-GAAATGAAA-CGG--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TA---AT---AA-TCTA-T-GTT-G-A--AACA-T-G-C-AATCAGGG-CCT-C-A---A------CA-CA--AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100458 : TAAGGTT-GGA-TGAAA-CGT--T-T-G---CA-TTT--G-T-TT--GCC------TA--TGAG-A-GTC--------G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-GTG-C-AA-CA--G-CCT-ATT---T------CA-C---AATAC------GTTC--AA--CTG--T-T-ATTTTTAG
gi|100459 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-TAGA--TT-TTT--T-T-TTTTGCA------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AAGTGTA-T-GAT-G-A--AAAA-TGA-C-AA-CA--G-CCTCA-A---A------CA-
gi|100460 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-CAT--T-T-GA--CA-ATT--------------------------------C------A-G-TC---AT---AC-A-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-G---AATA
gi|100461 : AGGGTG-GAT-TGAA--CGT--TGT-AAA-CATATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--AGTTC------A-GCTC---AT---AA-T-TA-T-GAT--------AA-TGG-C--A-CA--G-CCT---A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AAAGCTGTTT-T-ATTTTT
gi|100462 : AGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TAGATGA--A-TTC------A-G-TC---ATTATAA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATACCGGTATCTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100463 : AAGTGTGAA-TGAAA-CGTGTT-T-GAA-TA-ATTGTTAT-TT--GCCCACTTTTA--TGAGAA-TTCCAGTGTA-G-TTTCTAT---AAAC-TA-T-AAT-G-ATGAATA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-ATCCATCAACCCA-CGGGAATG---------TC--AA--CTG-TT-T-ATTTTT
gi|100464 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100465 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100466 : -CA--G-CCT-A-A---A------TA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATCTTTAG
Alignments
lowQualScore : 2 2 5 33 2 2 88 2 55 2 7 55 999999 33 55 2 777777 2 2 444 444 666 2 2 2 2 33 2 2 2 2 22 2 4 2 333 666666 2 666 666666 66 33 4 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. . .. . . .. ...... .. .. . ...... . . ... ... ... . . . . .. . . . . .. . . . ... ...... . ... ...... .. .. . . .
lowQualScore : 5 5 0 44 5 5 44 5 99 5 5 99 777777 44 99 5 222222 5 5 444 444 000 2 2 2 2 11 2 2 2 1 99 1 2 1 777 111111 1 111 888888 55 22 7 4 4
consensus : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
Reference ( family-865 ) : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100448 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CC-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100449 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGC--T-T-GA--AA-ATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AGGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100450 : TAAGGTG-GAT-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TTT-GCG------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-TCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100451 : TAAGGTG--AA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-AATA-T-T-TT--GGC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-T-A--AAGA-TGG-CAAA-CA--G--CT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100452 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-G--------T--T-T-TT--GCCC-----TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GGA--AAGA-TGAAC-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TTAT-TTTTTTAG
gi|100453 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GAAACA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-CATT-GAT-G-A--AAGATTGG-C-AA-CA--G-CCTAA-A---A------CATC---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-TATTTTAG
gi|100454 : TACGGTG-GAA-TGAAA-----------------ATT--T-T--T--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTA--AA--CGG-TT-T-ATTTTTA
gi|100455 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GA--CA-ATT--T-TATT--GCC------TA--TGA--A-TTC------AAG-TC---AT---AA-T-TA-TTGATTG-A--AAGA-TG--C-AA-CA--GGCCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTGATT-TAATTTTTAG
gi|100456 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-TCC--T-T-TA--CA-TTT--T-T-TT--GCA------TG--TGG--A-TTC------A-G-CC---AT---AA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGC-TGG-C-GA-CA--T-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100457 : TAAGGTG-GAAATGAAA-CGG--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TA---AT---AA-TCTA-T-GTT-G-A--AACA-T-G-C-AATCAGGG-CCT-C-A---A------CA-CA--AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100458 : TAAGGTT-GGA-TGAAA-CGT--T-T-G---CA-TTT--G-T-TT--GCC------TA--TGAG-A-GTC--------G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-GTG-C-AA-CA--G-CCT-ATT---T------CA-C---AATAC------GTTC--AA--CTG--T-T-ATTTTTAG
gi|100459 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-TAGA--TT-TTT--T-T-TTTTGCA------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AAGTGTA-T-GAT-G-A--AAAA-TGA-C-AA-CA--G-CCTCA-A---A------CA-
gi|100460 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-CAT--T-T-GA--CA-ATT--------------------------------C------A-G-TC---AT---AC-A-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-G---AATA
gi|100461 : AGGGTG-GAT-TGAA--CGT--TGT-AAA-CATATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--AGTTC------A-GCTC---AT---AA-T-TA-T-GAT--------AA-TGG-C--A-CA--G-CCT---A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AAAGCTGTTT-T-ATTTTT
gi|100462 : AGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TAGATGA--A-TTC------A-G-TC---ATTATAA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATACCGGTATCTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100463 : AAGTGTGAA-TGAAA-CGTGTT-T-GAA-TA-ATTGTTAT-TT--GCCCACTTTTA--TGAGAA-TTCCAGTGTA-G-TTTCTAT---AAAC-TA-T-AAT-G-ATGAATA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-ATCCATCAACCCA-CGGGAATG---------TC--AA--CTG-TT-T-ATTTTT
gi|100464 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100465 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100466 : -CA--G-CCT-A-A---A------TA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATCTTTAG
blockSeqs : T A A GT G A AA T GT A T TT CACTTT GA GA G CAGTGT A C TCT TAT GTG T T T G TG T A A T GG G A T TCC TCAACC T GGG CGGTAT AA AG A A A
blockSeqs : . . A . . . A . A . A T C . G . . . . . . TC . . . . . . . . . . . C . . . . A . AA . T . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
finalCons : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
Alignments
lowQualScore : 2 2 5 33 2 2 88 2 55 2 7 55 999999 33 55 2 777777 2 2 444 444 666 2 2 2 2 33 2 2 2 2 22 2 4 2 333 666666 2 666 666666 66 33 4 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. . .. . . .. ...... .. .. . ...... . . ... ... ... . . . . .. . . . . .. . . . ... ...... . ... ...... .. .. . . .
lowQualScore : 5 5 0 44 5 5 44 5 99 5 5 99 777777 44 99 5 222222 5 5 444 444 000 2 2 2 2 11 2 2 2 1 99 1 2 1 777 111111 1 111 888888 55 22 7 4 4
consensus : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
Reference ( family-865 ) : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100448 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CC-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100449 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGC--T-T-GA--AA-ATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AGGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100450 : TAAGGTG-GAT-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TTT-GCG------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-TCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100451 : TAAGGTG--AA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-AATA-T-T-TT--GGC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-T-A--AAGA-TGG-CAAA-CA--G--CT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100452 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-G--------T--T-T-TT--GCCC-----TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-GGA--AAGA-TGAAC-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TTAT-TTTTTTAG
gi|100453 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GAAACA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-CATT-GAT-G-A--AAGATTGG-C-AA-CA--G-CCTAA-A---A------CATC---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-TATTTTAG
gi|100454 : TACGGTG-GAA-TGAAA-----------------ATT--T-T--T--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTA--AA--CGG-TT-T-ATTTTTA
gi|100455 : TAAGGTG-GAA-TGAAAACGT--T-T-GA--CA-ATT--T-TATT--GCC------TA--TGA--A-TTC------AAG-TC---AT---AA-T-TA-TTGATTG-A--AAGA-TG--C-AA-CA--GGCCT-A-A---A------CA-C---AATAC------CTTC--AA--CTGATT-TAATTTTTAG
gi|100456 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-TCC--T-T-TA--CA-TTT--T-T-TT--GCA------TG--TGG--A-TTC------A-G-CC---AT---AA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGC-TGG-C-GA-CA--T-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATATTTAG
gi|100457 : TAAGGTG-GAAATGAAA-CGG--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TA--TGA--A-TTC------A-G-TA---AT---AA-TCTA-T-GTT-G-A--AACA-T-G-C-AATCAGGG-CCT-C-A---A------CA-CA--AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATTTTTAG
gi|100458 : TAAGGTT-GGA-TGAAA-CGT--T-T-G---CA-TTT--G-T-TT--GCC------TA--TGAG-A-GTC--------G-TC---AT---AA-T-TA-T-GAT-G-A--AAGA-GTG-C-AA-CA--G-CCT-ATT---T------CA-C---AATAC------GTTC--AA--CTG--T-T-ATTTTTAG
gi|100459 : TAAGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-TAGA--TT-TTT--T-T-TTTTGCA------TA--TGA--A-TTC------A-G-TC---AT---AAGTGTA-T-GAT-G-A--AAAA-TGA-C-AA-CA--G-CCTCA-A---A------CA-
gi|100460 : TAAGGTG-GAA-TGGAA-CAT--T-T-GA--CA-ATT--------------------------------C------A-G-TC---AT---AC-A-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-G---AATA
gi|100461 : AGGGTG-GAT-TGAA--CGT--TGT-AAA-CATATT--T-TTTT--GCC------TA--TGA--AGTTC------A-GCTC---AT---AA-T-TA-T-GAT--------AA-TGG-C--A-CA--G-CCT---A---A------CA-C---AATAT------CTTC--AAAGCTGTTT-T-ATTTTT
gi|100462 : AGGTG-GAA-TGAAA-CGT--T-T-GA--CA-ATT--T-T-TT--GCC------TAGATGA--A-TTC------A-G-TC---ATTATAA-G-TA-T-GAT-G-A--AAGA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATACCGGTATCTTC--AA--CTG-TT-C-ATTTTTAG
gi|100463 : AAGTGTGAA-TGAAA-CGTGTT-T-GAA-TA-ATTGTTAT-TT--GCCCACTTTTA--TGAGAA-TTCCAGTGTA-G-TTTCTAT---AAAC-TA-T-AAT-G-ATGAATA-TGG-C-AA-CA--G-CCT-A-ATCCATCAACCCA-CGGGAATG---------TC--AA--CTG-TT-T-ATTTTT
gi|100464 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100465 : -TA-T-TAT-G-A--AACA-TGA-C-AA-CA--G-CCT-A-A---A------CA-C---AATAT------CTTCAAAA--C-G-TT-T-AATTT
gi|100466 : -CA--G-CCT-A-A---A------TA-C---AATAC------CTTC--AA--CTG-TT-T-ATCTTTAG