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Reference ( gi|113069 )       : AATA-CATTT-TCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--A-G--------AAG---T--GC-A-A-TA--G-ATTT-A------G-AAA-TAAT--AC-A-TT--T-G-A-A-----GTT--C-TGTT----TGTTT-C--A-----T-A--T-T--TT-TGT-T----T-GG-GC-A-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--C--GG--G-CA-ACC-T-AA-----G-A-TCAG-T-A-T-TT-C-GG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CGA-G-T-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
gi|113070                     : AATG-CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--AAG--------AAG---T--GC-A-A-TA--G-ATTT-A------G-AAAATAAT--ACCA-TT--T-G-A-A-----GTT--C-TGTT----TGTTT-C--A-----T-A--T-G--TT-TGT-T----T-GG-GC-A-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--C--GG--G-CA-ACC---AA-----G-A-TCAG-T-ATT-TT-C-GG-TTGCCT--CC-G-A--A--T-AG-CGA-G-T-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-GG-GTCG-AACACCTG
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lowQualScore                  :     .     .   .  ..   .   ..       .... ........  .... ..  . . .  ..     . ...... .   ..   . .. . .  .. .  . .....   .. . .  ....     . ..................  .   . .... .  .   . .....    ..  . ......... .  .   ..    .  .    .    .    .  . .  .   .    ....  . . .. .. .  .   . . .       ...  .. .  . . .  .    .   .    
lowQualScore                  :     9     7   7  77   3   33       2222 11111111  6666 99  5 5 5  99     5 222222 5   88   0 44 0 5  44 0  5 22222   33 5 4  3333     4 444444444444444444  4   4 0000 4  4   4 22222    44  5 000000000 5  5   99    5  5    5    4    5  4 4  7   4    2222  4 4 22 22 4  4   4 4 4       111  22 4  4 4 4  5    5   5    
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Reference ( family-864 )      : AATA-CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--A-G--------AAG---T--GC-A-A-TA--GATTT-A------G-AAA-TAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GTT--C-TNTT----TGTTT-C--A-----T-A--T-T--TT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CGGG-CA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TT-CGG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CGA-G-T-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
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Reference ( family-864 )      : AATA-CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--A-G--------AAG---T--GC-A-A-TA--GATTT-A------G-AAA-TAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GTT--C-TNTT----TGTTT-C--A-----T-A--T-T--TT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CGGG-CA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TT-CGG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CGA-G-T-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
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gi|113073                     : AATA-CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAA-----------------------------------GATTT-A------G-AAA-TAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----ATT--C-TTTT----TATTT-C--A-----T-A--C-T--TT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CGGG-CA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TT-CGG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CGA-G-T-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCA-AAC-CGTG
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gi|113075                     : AATA-CATTT-CCT-AT--TTG-AAA---TGAAAA--A-G------------------C-A-A-TA--AATTT-A------G-AAA-CAAT-AAAC-A-TT--T-GA-A-----GTT--C-CTTT----T-------------------------T-TGT-T----T-GG-GCA------------------------------------------A-ACCT-GAGA-TCAG-TA-C-TT-CGG-TTGC----CC-G----A--T-GG-CGA-G-T-CCGAATT---CT--G-AC-GAA-GTGGTCG-AAC-CCTG
gi|113076                     : AATAGCATTT-CTT-AT--TTG-AAAAGCTGACAA--A-G--------AGGAAAT--GC-A-A-TAG-GAGTT-T------G-AAA-T-AT-A--C-A-TTGGTGGA-A-----GTTTCC-TTTT----TTGTT-C--AGCAGTT-G--T-T--GTATGT-T----T-GG-GAA-A-----CCTGGAAG-A---------T-CC-GTTG-CGGG-CAGACCT-AAGAGTCAGTTA-TGTT-CGG-TTGCGGGGGC-G-ATTAATT-GG-CGA-G-TGCGAAATTTTCCT--G-AC-G-ACGT-GTCGAAAC-CCT
gi|113077                     :  ATA-TCTTT-CCG-GA--TTG-AAC--CTGAAAACAA-G--------AAG---T--GT-C-A-TA--GATTA-A------G-AAA--ATT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GCTATC-TGTT----TGTTT-C--ACT---T-A--T-T--TT-TGT-T----T-GG-GCA-AT----CCTG--AACA---------TTCC-GTTGTCGGGGCA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TG-CAG-TTGC----CT-G-A--A--T-AA-CGA-G-T-CAAACTT---CT--G-AT-G-A-GG-GTCG-AAC-CCTG
gi|113078                     :   TA-GATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--A-G--------AAG---T--GC-A---TA--GATT--A------G-AAA-AAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GTTATC-TGTT----TGTTTTC--A-----C-A--A-T--TT-TGT-T----T-GGCGCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CGGG-CA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TTATGG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CAA-G---CAAAATT---CT--G-ACAG-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
gi|113079                     :   TA-CATTT-CCTTAT--TTG-AAA-------AA--T-G--------AAA---T--GC-ACA-TA--GATTT-A------G-AAA-C--T-A--C-A-GT--T-GA-A-----ATT--C-T--------------------------------TT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CGGG-CA-GCTG-AATA-TCAG-TA-C-TT-CGG-CTGC----CC-G-A--A--T-GG-CGA-G-T-CCGAATT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCG-AAC-
gi|113080                     :    A-CATTT-CCT-ATATCTG-AAAGCTTGAAAA--A-G--------AAA---TTTGC-A-A-TA--GATAT-A------G-AAA-TAAT-A--C-ACTT--T-GA-AAGTTTGTT--CTTTTT----TATTT-C--A-----T-A--TCT--TT-TGT-TTATCT-GG-GCT-ACTTTTCCTG--AA-ACTCTTATTCT-CC-GTT-----G-CA-ATCA-AACA-T
gi|113081                     :     -CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA--A-A--------GAA---T--GCGA-A-TA--GATTT-A------G-AAA-TAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GTT--C-TGTT----TGTTT-CT-A-----T-ATTT-T--TT-TGT-T----T-GG-CCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--C-GG-CA-ACCT-AAGA--CAG-TA-T-TT-CGG-TTGC----CCAG-A--C--T-AG-CGA-GAT-CAAAATT---CT--G-AC-G-A-G--GTCG-AAC-CCTG
gi|113082                     :     -CATTT-CCT-AT--TTG-AAA--CTGAAAA----G--------AAT---T--GC-A-A-TA--GATTT-A------G-AAA-TAAT-A--C-A-TT--T-GA-A-----GTT--C-TTTT----TGTTT-CTCA-----T-A--T-G--TT-TGG-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-TCTGTT--CGGG-CA-ACCT-AAGA-TCAG-TA-T-TT-CGG-TTGC----CC-G-A--A--T-GG-CAAGG-T-CAAATTT---CT--G-AC-G-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
gi|113083                     :       ATTT-CCT-AT--TTGAAAA--CTGAAAA--A-AGAATCTTTAAG---T--GC-A-ATTATTGATTT-A------GAAAA-AAATAA--CGA-TT--T-GATA-----GTT--C-TGTTTTTATGTTT-C--A-----TGA--T-TGGTT-TGT-T----TGGG-GCA-A-----CCT
gi|113084                     :                                 AAA--A-G--------AAA---T--GC-A-A-TA--GATTC-ACAATCAG-AAA-TAAT-A--C-A-GC--T-GA-G-----GTC--C-TTTT----TGTTT-T--A-----T-A--T-T--AT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CCTG--AA-A---------T-CC-GTT--CAGG-CA-ACTT-GAGA-TCA---------------------------------------GA-G-T-CCAAATT---CT--G-AC-A-A-GT-GTCG-AAC-CCTG
gi|113085                     :                                                                                                                                    TTT-C--A-----T-A--T-A--TT-TGT-T----T-GG-GCA-A-----CATG--AA-A---------T-CC-GTT--TGGG-CA-ACCT-GAGA-TCAG-TA-C-TT-AGG-TTAC----CC-G-A--A--T-GG-TGA-G-T-CCAAATT---CT--T-AC-A-A-
gi|113086                     :                                                                                                                                                                                                                                   A-TCAG-C--T-TT-CTG-TTGC----CC-C-A--A--T-GG-CGA-G-T-TGAATTT---CT--GAAT-G-A-AT-GGCA-AAC-CC
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blockSeqs                     :     G     A   T  AT   G   AG       CAA  GAATCTTT  GAAA TT  G C T  TT     T CAATCA A   AT   T AA C C  GG T  T AGTTT   TC T G  TTTA     T TCATATGTAA          A   C TATC G  C   G CTTTT    GA  C CTCTTATTC T  T   GT    G  G    A    G    T  T G  A   T    GGGG  A C TT AT C  C   G A G       TTC  AA A  A A C  G    A   A
blockSeqs                     :     .     .   .  .    A   GC       AA   .         G    C   . . .  G      . .      .   T    A .  G .  .  G  . .       AT . T  .        . AGCAGTTGTT          .   . .    .  .   . T        .   . .         .  .   G     .  .    .    .    .  . .  A   .    CT    . . .  .  .  .   . . .       .    .  .  . . .  .    .   .
blockSeqs                     :     .     .   .  .    .   .        A    .         T    .   . . .  .      . .      .   T    . .  . .  .  .  . .       AT . G  .        . TATATTTT            .   . .    .  .   . .        .   . .         .  .   .     .  .    .    .    .  . .  .   .    .     . . .  .  .  .   . . .       .    .  .  . . .  .    .   .
blockSeqs                     :     .     .   .  .    .   .        A    .         G    .   . . .  .      . .      .   T    . .  . .  .  .  . .       .  . T  .        . ATGATTGG            .   . .    .  .   . .        .   . .         .  .   .     .  .    .    .    .  . .  .   .    .     . . .  .  .  .   . . .       .    .  .  . . .  .    .   .
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