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Reference ( family-863 )      : ATAGGCAGGATGCGGTATTAATTCATAC-CCGTTTCGCTCTA--CAGCATCCATTGC-AAC-TT---G--A---GT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTTTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T--CG------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--N-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTGGGTA-AAAAGTCCA-AC---AT----A---A---C--GCCTTTT-GCGTCCCAAAAT-ACTGTGG-CCATCACCTTGCCAGCAGAT-GGTTGCGTCTTGAA--T---CTTTGGCCTCGG----GGACCCGGGCCCTA--CCCACTGACCGAC-TCTGAGCTTTATT-TCT-TG-CTCATAATAATGAACCC-A-AGTCTCATCTACAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCA-TCTTTTGAC-C-T-AA-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CTGCATACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAT-CGCTAAGGGATTTACCGGTAAGGACCCAACGGGC
gi|42915                      : ATAGGCAGGATGAAGTATTAATTCATAC-CTGATTCGCTCTATACAGCATCCATTGC-AAC-TT---G--A---GT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTGTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T---G------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAAT--T-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTTGGTA-AAAACTCCA-AT---AT----A---A---C--GCCTGTT-GAGTCCCAAAAT-ACGGTGG-CCATCATCTTGCC-GCAGAT-GGTTGCG---------T---TTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CGCACTGACCGAC-TCTGAGCGTTATTATCT-TG-CTCATAATAGTGAACCC-A-AGTCTTATCT-CAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCT-TCTTTTGAC-C-T-AG-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CGGCGTACTGAAGCTCTGGTTTCCA-----TTGCTCAT-CGCTGAGGGATTTACCGGTAAGGACTCAACGGAC
gi|42916                      : ATAGGCAGGATGAAGTATTAATTCATAC-CTGATTCGCTCTATACAGCATCCATTGC-AAC-TT---G--A---GT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTGTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T---G------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAAT--T-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTTGGTA-AAAACTCCA-AT---AT----A---A---C--GCCTGTT-GAGTCCCAAAAT-ACGGTGG-CCATCATCTTGCC-GCAGAT-GGTTGCG---------T---TTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CGCACTGACCGAC-TCTGAGCGTTATTATCT-TG-CTCATAATAGTGAACCC-A-AGTCTTATCT-CAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCT-TCTTTTGAC-C-T-AG-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CGGCGTACTGAAGCTCTGGTTTCCA-----TTGCTCAT-CGCTGAGGGATTTACCGGTAAGGACTCAACGGAC
gi|42917                      : ATAGGCAGGATGAAGTATTAATTCATAC-CTGATTCGCTCTATACAGCATCCATTGC-AAC-TT---G--A---GT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTGTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T---G------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAAT--T-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTTGGTA-AAAACTCCA-AT---AT----A---A---C--GCCTGTT-GAGTCCCAAAAT-ACGGTGG-CCATCATCTTGCC-GCAGAT-GGTTGCG---------T---TTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CGCACTGACCGAC-TCTGAGCGTTATTATCT-TG-CTCATAATAGTGAACCC-A-AGTCTTATCT-CAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCT-TCTTTTGAC-C-T-AG-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CGGCGTACTGAAGCTCTGGTTTCCA-----TTGCTCAT-CGCTGAGGGATTTACCGGTAAGGACTCAACGGAC
gi|42918                      : ATATGCAAAATGTGGTATTGAATCATAC-CTGTT-CGCTTTA--CAGCATCCATTGC-AAC-TT--------------TG------CA----AGT----------AC-AGCAAATCATCTTTATAGAGTTTACACCTGCGTTTTTCA------------C-TGATG------------------------GCG-G-TTCTCAGCTGGT-----------------GTAAC---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--A-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTGGGTA-AAAAGTCAT-AC---AT----A---A---C--CCATTTT-GCGTTCCAAAAT-ACTGTGG-CCATCA-CTTGCCAGCAGAT-GGTTGCGTCTTGAAGCT---CTTTGGTCTCGG----GGACCCGGGTCCTA--CCCACTGA---------------------------CTCATAATAATGAACCCTATAGTCTCATCTACAGTCAGTAGACGT--AAC-AAAATAA-TATTTTGAC-C-TAAA-ACGCTT----CA-ACAC--GGCG---CTGCATACCAATGCTCTGGTTGCCA----TTTACTCAC-CGCTAAGGTGTTT--TG----GGATTCAACGGGC
gi|42919                      : ATAGACAGAATATGGTTTTAATTTATAC-CCGTTTTGTTCTA--CAGCATTCATTGCCAACATC---GCAA---GTTGTGGACTCTCG----CGTTGTCCT--------------------TG-AGAATTTAC--------------------------G-T--CA------------------------GCGTT-TT---------TTACGGATG---------G---C---------G------ATTCTCG----ATTT---------GGTC----TAGT--A-A----G-------A----GTTTGCT-TATACAATCTCTTGGCTA-AAATGTCCA-AA---AT----A---ATCAC--GCCTTTTTGCGCCCCAAAAT-ACTGTGG-CCATCACCTT-CCAGCAGAT-GGTTGCGTTTTAAAATT---CTTTGGCCTCGA----GAACCCAG-CCCTA--TCCACTGAT--AC-TCTGAGCTTTATC-TCT--G-CTCATAATAATGAACCC-A-AGTTTCATCTGCAGTCAAGAGACGCAAAAG-AAAATAA--CTTTTGACGT-T-AA-ACGCTT----CCTATAAGCGGCG---CTGCATACTGATGATCCGGTTGCCATGTCTTTTCTCATCCACTAAGGAATTT--TG----GGACCCAACG
gi|42920                      : ATAGGCAGGATGTGGTATTAGTTCATAT-TAGTTCCACTCTA--CAGCATCCATTGC-AGC-TTCGCA--A---GT-GTGGACTCTCGATCGCGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTTTAGAGAGTTTAC--------------------------C-T--CG------------------------ACGTT-TT---------TCACAGATG---------G---C---------G------ATTCTCAGCTGGTCTACCAAGTTTG--C--A-TAGT--A-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTGGGTA-AGAAGTCCA-AC---AT----A---A---CAAGCATTCT-G
gi|42921                      : ATAGGCAAGATGTGGTATTAATTTATAT-CCG--------------GCATCCATTGC-AAC-TTTGCA--A---GT-GTGGACTTTCG----CGTCGTCCTG-TTGC-AAAAATACACCTTGAGAGATTCTAC--------------------------C-A--CG------------------------GCGTT-TT---------T-----------------T---C---------A------ag
gi|42922                      : ATAGGCAGGATGCG-TATTAACT-ATAT-CCCTTTCGCTCTG--CA-CA-CCAT-GT-AA--------------AT-GTGGACTCTAG----CATTTTCCTC-TTGCCAGCAAAACATCTTT--AATGTTTAC--------------------------C-T--CGCATTTTTCATGAGTAATGTTCCAGGCGTGGTC---------TA----------------G---A---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAG---A-C----AC---T--A----GTT--AT-TTTGCT-TCTCTT-TGTACAAAAATCCATACATGAT----A---A---C--ACC-TTT-GCGTCCCCAAAT-ACTGTGGTTCATCACAT---CAGCAGAGAGGAT-CGT-TTGAA--TTG-TTTTGGCCTTGGGGGCGGACCCGGGCATTA---TCATTG-C---------ATATTTATT-TCT-GG-CTC---ATAATGAACCC-A-------ATCTACA--------ACACAAAAATAAAATCA-TCTTCTGAT-CAC-AA-ACACTT----CATATTA--GG-GAAACTACATA-TGATGATTT-GTTGCCA----TTTGCTCAC-CGTT
gi|42923                      : ATAGGCAGGATGCG-TATTAATT-ATCT-CCGTTTCGCTCTG----ACATCCAT-GT-AA--------------AT-GTGGACTCTAG----CATT-TCCTC-TTGC-AGCAAAACA--TTTTAATAGTTTAC--------------------------CAT--CG------------------------GCATT-TT---------TTCATGAGTAATGTTCCAG---CTGGTCTAGAA------A----------GTTT---------G--C--A-TAG---A-A----AC---T--A----GTT--ATGTTTGCT-TCTCTTTGGTA-CAAAATCCATAC---ATGATAA---A---C---CGTTTT-GCGTCCCCAAATAATTGTGGTTCATCACAT---CAGCAGAGAGGT--CGTTTTGAA--TATGTTTTGGCTTTGGGC--GGACCCGGG-CTTA---TCATTGG-CGATATC------TTATT-TTTCTG-GTC----TAATGAACCC-A-------ATCTACAA---------ACAAAAT-AAAATCACTCTTCTGAT-A-C-AA-CCACTT----CA-
gi|42924                      : ATAGGCAGGATATGGTAATAATTCAAAC-CCATTTCGCTCTA--CAGCATCTATTGC-AAC-TTTACA--A---GT-ATGGACTCTCA----AGTTGATCTG-TTGC-AGCAAAACACCT
gi|42925                      :  TAGGCAGGAAGTGGTCTTCATTCATATGCTGTTTAGCTCTA--CAACAGCCATGGC-AA--------------GT-TTGGACCTTCG----CGTTGCCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTTTAAATACTTTAA--------------------------C-T--CG------------------------GCGTT-TT---------TCGCGAAAT---------G---C---------AGTTATCA----------GTTT---------G--C--A-TAGT--A-C----AC---TTCA----GTC--AT-TGTACT-TCTCTTGGGCA-AAAAGACCA-AC---AT----AATTA---C--ACATTTT-GCGTCACAAAAT-GCTGTGG-TTATCACCTTTCCAGCTGAT-GGTTGCGTCTTAAATTT---CTTTGGCCTCAG----GAACTATGGTCCTA--CCTACT----GAC-TC------TTAT----------------TAATGAATCA-T-AATCTCATCTACGGTCAACAGACACAAGAG-GAAATTG-CATTTTGAC-C-TAAA-ACTTTT----CA-CAAA--GGCG---CTACATAATGATGCTCTGGCTGCCA----TTTGCTCAT-TGCCACGGGATTT
gi|42926                      :                                                  TCCATTGC-AAC-TT---T--ACATGT-GTGAGCTCTCG----TGTTGTCCTGGTTGC-ATCAAATCATCTTTTGAGGGTTTACCTTTGCGTTTTTAAAGAACGGCCGTTC-T--CA------------------------GC-TG-TTC--------T-----------------AT--C---------A------A----------GTAT---------G--C--A-TACT--TAC----AG---CCCA----TTT--AC-TGTACT-TCTCTTGGATA-AAAAGCACA-ACATAAT----A---A---C--GCCTTTT-GCGTCCAATAAT-AC
gi|42927                      :                                                                                         ----CGTTGTTCTG-TTGC-AGCAAAACAACTTTAAAGAATTTAA--------------------------T-T--TG--------------------------GTG-TT---------T---------------------T---------A------A----------ATTC---------GA-CGGA-TGGTGAT-CCTTGACTTTTCCAGCACGTT--GT-TGCACT-TCTCTTGGGTA-AAACGTTTA-ACATAAT----A---A---C--ACCTTTT-GCGTTCAAATAT-ACTGTGG-TTATCATTTTGTCAGCAGAG-AGATACGTCTTGAAT-T---CTTTGGTCTCAG----GGACCCAGGCTC-AGTCCCAAGAA--GAC-CCTGGGCTTTATT-TTT-TGTCTCATAATAATGAACAC-A-AGTTTTGTATACAATCATCAGGGTCAAAAG-AAAAT
gi|42928                      :                                                                                                                                                                                                                 -----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--T-C----AC---TCAA----TTT--AT-TGTACT-T
gi|42928                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTTTT-GCGTCCCAATAT-ACTGTGG-CCATCATCTTGCCAGTGGAT-GGTTGTGTCTTGAACTT---CTTTGGCCTCGT----GGACCCACGCCCTA--ACCACTGA-CGAT-TTTGAGCTTTGTTCTCT-GG-TTCATAATAACGAACTC-A-AGT-TTATCTACAGTCACCAAAC-CAAGAG-AAAACCA-TC---TG-----T-AA-ACGCTT----CA-AAAA--TGAG---CTGCATTCTGATGCTCTttgcgtcccaatatactgtggccatcatcttgccagtggatggttgtgtcttgaacttctttggcctcgtggacccacgccctaaccactgacgattttgagctttgttctctggttcataataacgaactcaagtttatctacagtcaccaaaccaagagaaaaccatctgtaaacgcttcaaaaatgagctgcattctgatgctct
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lowQualScore                  :             .          .    .   .         ..          .  .  ..............  .           ....          .    .         .    ..         ............................................................................................................................    ......... .. .. .    .........  ... .  ....   ..  .      .      .    .         .  ...  .... ... ... ...      .            .       .      .   .  .      .       ..  .  ......            ....              ...       ..   .........     .   ....   .             . .   . .    .      .     .      .       .    .   ......  .      ....  .    ..    ... .  .                    .....        .             ........             
lowQualScore                  :             5          0    6   5         00          2  3  55555555555555  3           5555          1    1         4    33         4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    333333333 33 22 1    999999999  444 8  5555   22  1      1      5    3         7  222  5555 444 888 666      9            1       7      2   8  2      7       33  2  555555            7777              777       00   333333333     7   6666   2             1 1   4 9    5      1     6      9       9    9   444444  9      1111  7    22    888 2  7                    11111        6             44444444             
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Reference ( family-863 )      : ATAGGCAGGATGCGGTATTAATTCATAC-CCGTTTCGCTCTA--CAGCATCCATTGC-AAC-TT---G--A---GT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTTTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T--CG------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--N-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTGGGTA-AAAAGTCCA-AC---AT----A---A---C--GCCTTTT-GCGTCCCAAAAT-ACTGTGG-CCATCACCTTGCCAGCAGAT-GGTTGCGTCTTGAA--T---CTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CCCACTGACCGAC-TCTGAGCTTTATT-TCT-TG-CTCATAATAATGAACCC-A-AGTCTCATCTACAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCA-TCTTTTGAC-C-T-AA-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CTGCGTACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAT-CGCTAAGGGATTTACCGGTAAGGACCCAACGGGC
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gi|42924                      : ATAGGCAGGATATGGTAATAATTCAAAC-CCATTTCGCTCTA--CAGCATCTATTGC-AAC-TTTACA--A---GT-ATGGACTCTCA----AGTTGATCTG-TTGC-AGCAAAACACCT
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gi|42926                      :                                                  TCCATTGC-AAC-TT---T--ACATGT-GTGAGCTCTCG----TGTTGTCCTGGTTGC-ATCAAATCATCTTTTGAGGGTTTACCTTTGCGTTTTTAAAGAACGGCCGTTC-T--CA------------------------GC-TG-TTC--------T-----------------AT--C---------A------A----------GTAT---------G--C--A-TACT--TAC----AG---CCCA----TTT--AC-TGTACT-TCTCTTGGATA-AAAAGCACA-ACATAAT----A---A---C--GCCTTTT-GCGTCCAATAAT-AC
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gi|42928                      :                                                                                                                                                                                                                 -----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--T-C----AC---TCAA----TTT--AT-TGTACT-T
gi|42928                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTTTT-GCGTCCCAATAT-ACTGTGG-CCATCATCTTGCCAGTGGAT-GGTTGTGTCTTGAACTT---CTTTGGCCTCGT----GGACCCACGCCCTA--ACCACTGA-CGAT-TTTGAGCTTTGTTCTCT-GG-TTCATAATAACGAACTC-A-AGT-TTATCTACAGTCACCAAAC-CAAGAG-AAAACCA-TC---TG-----T-AA-ACGCTT----CA-AAAA--TGAG---CTGCATTCTGATGCTCTttgcgtcccaatatactgtggccatcatcttgccagtggatggttgtgtcttgaacttctttggcctcgtggacccacgccctaaccactgacgattttgagctttgttctctggttcataataacgaactcaagtttatctacagtcaccaaaccaagagaaaaccatctgtaaacgcttcaaaaatgagctgcattctgatgctct
gi|42929                      :                                                                                                                                                                                                   gcaagtttgcatagttcactcaatttattgta---C---------A------A----------GTTT---------G--C--CCTGGC--C-T----AC---TCCA----GTT--GT-TGTACT-TCACTTGA-TA-AAAAGTCCA-AT---AT----A---ATAAC--CCCTTTT-GCGTACCATAAT-ACTGTGG-CCACCATCTTACCAGTAATT-GGTTGCGTCTTGAACTT---CTTTGGCCACAG----GGACCCAGGCCCTA--TCCACTGAC-GAC-C--GAGGTTTATTCTCT-GG-CTTATAATGATAAAACC-A-AGTCTCATCTACAGCCACC---------AG-AAAATCA-TCGT---A------AA-ACGCTTTAAACA-ACAA--GGCT---CTGTATACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAA-TGCTAAGAAATTT---GG---GAACCCAGCGGGC
gi|42930                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---AT----A---A---C--GCCTTTT-GCATCCCAAAAT-CCTGGGG-CCATCACCATGTCAGCAGAT-GGTTGTGTCTTAAA--CTC-CTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CCCACTGAC-AAT-TCTTGGCTTT-TT-TCTCTGACTCATAATAATGAACCC-A-AGTT--ATTTATAGTTACCAGGCACAAAAG-TAAATAA-TCTTTTGAC-C-T-AA-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CAGCATACTGATGCCCTTCCTGCCA----TTTGCTTAC-CGC-AAGGGATTT---GG---GAACCCAACGGGC
gi|42931                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAATAATGAACGC-A-AGTCTCATCCACAGTGGTCAGATGCA-----AAAATTA-TATTTGGAC-CTT-AA-GCGCTT----CA-ACAA--GGC
gi|42932                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AG-AAAATCA-TCGT---A------AA-ACGCTTTAAACA-ACAA--GGCT---CTGTATACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAA-TGCTAAGAAATTT---GG---GAACCCAGCGGGC
gi|42933                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TCTTTTGAC-C-T-AAGACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CGGCGTACTGAAGCTCTGGTTTCCA----TT-GCTCAT-CGCTGAGGGATTTACCGGTAAGGACTCAACGGAC


blockSeqs                     :             A          C    G   A         TA          T  C  CATCGCAA        T           ATCG          G    C         C    GG         ACCTGCGTTTTTCACTGATGGCGGTTCTCAGCTGGTGTAACAA                                                                                     ACCAAGTTT GT GG C    GATCCTTG   TTT    GCAC   TG  G      A      T    C         T  ATG  GATA ATT TCA AAG      T            A       T      T   G  A      A       TC     TATG              GGGC              GTC       CC   TCTGAGCG      A   CTGA   A             T T   C T    A      C     G      T       C    T   CCTA    G      TAAA  T    GC    AAA G                       TGTCT        C             ACCGGTAA
blockSeqs                     :             A          C    .   A         TA          T  .  CTTCGCAA        .           .             .    .         C    GG         CATCGGCATTTTTTCATGAGTAATGTTCCAGCTGGTCTAGAAA                                                                                     .         A  .  .    TAC        .      .      .   .      .      T    .         T  ATA  .    .   TAA G        .            .       T      T   G  A      A       TT     GCT               GC                C         CC   TCTGAGCG      A   CTG    A             . .   C T    G      C     G      .       .    T   CGTT    .      TAAA  T    .     .   G                       T            .             ACCGGTAA
blockSeqs                     :             T          C    .   T         .           T  .  CTTTGCAA        .           .             .    .         T    AT         CTTTGCGTTTTTAAAGAACGGCCGTTCTCAGCTGTTCTATCAA                                                                                     .         .  .  .    TC         .      .      .   .      .      G    .         .  ATA  .    .   .   G        .            .       .      C   G  A      .       TT     ATT               .                 C         T    TCTGAGCT      C   TGT    A             . .   C C    A      G     G      .       .    T   TCAC    .      .     .    .     .   T                       T            .             ACCGGTAA
blockSeqs                     :             T          T    .   T         .           T  .  CTTTACAA        .           .             .    .         C    AG         CTCGCATTTTTCATGAGTAATGTTCCAGGCGTGGTCTAGAAA                                                                                      .         .  .  .    TC         .      .      .   .      .      G    .         .  .    .    .   .   C        .            .       .      C   T  A      .       TC     TTG               .                 C         C    CCTGGGCT      C   TG     A             . .   T C    A      A     G      .       .    T   CCTA    .      .     .    .     .   T                       T            .             TG      
blockSeqs                     :             T          C    .   T         .           T  .  CTTTACAT        .           .             .    .         C    AG         CTCGACGTTTTTCACAGATGGCGATTCTCAGCTG                                                                                              .         .  .  .    AC         .      .      .   .      .      G    .         .  .    .    .   .   G        .            .       .      C   G  A      .       TC     TTT               .                 T         C    TTTGAGCT      .   TG     A             . .   C C    A      A     A      .       .    C   CCTT    .      .     .    .     .   T                       T            .             TG      
blockSeqs                     :             T          T    .   T         .           T  .  CTTGA           .           .             .    .         T    TA         GTCAGCGTTTTTTACGGATGGCGATTCTCG                                                                                                  .         .  .  .    AA         .      .      .   .      .      T    .         .  .    .    .   .   A        .            .       .      C   G  A      .       TC     CTT               .                 C         C    TCTTGGCT      .   GG     A             . .   T T    A      T     A      .       .    C   CCT     .      .     .    .     .   T                       T            .             GG      
blockSeqs                     :             C          C    .   T         .           T  .  CTTGA           .           .             .    .         C    AA         CTCGGCGTTTTTCGCGAAATGCAGTTATCA                                                                                                  .         .  .  .    AC         .      .      .   .      .      G    .         .  .    .    .   .   A        .            .       .      T   A  A      .       TC     CTT               .                 A         C    CGAGGT        .   GG     A             . .   C T    A      C     A      .       .    T   CCT     .      .     .    .     .   T                       T            .             GG      
blockSeqs                     :             C          C    .   T         .           G  .  CTT             .           .             .    .         C    TG         CTGGCGTGTTTGCAA                                                                                                                 .         .  .  .    AC         .      .      .   .      .      G    .         .  .    .    .   .   G        .            .       .      T   G  A      .       TC     CTC               .                 T         C    ATAT          .   GG     A             . .   T C    A      C     T      .       .    T   TAC     .      .     .    .     .   T                       T            .             GG      
blockSeqs                     :             T          .    .   T         .           T  .  .               .           .             .    .         T    AA         CTGGCGTGTTTGCAA                                                                                                                 .         .  .  .    AA         .      .      .   .      .      G    .         .  .    .    .   .   A        .            .       .      T   .  A      .       T      TT                .                 C         .    ATC           .   G      .             . .   C C    A      C     A      .       .    T   CCT     .      .     .    .     .   A                       .            .                     
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Reference ( family-863 )      : ATAGGCAGGATGCGGTATTAATTCATAC-CCGTTTCGCTCTA--CAGCATCCATTGC-AACTT--CG--AGT-GTGGACTCTCG----CGTTGTCCTG-TTGC-AGCAAAACACCTTTGGAGAGTTTAC--------------------------C-T--CG------------------------GCGTG-TT---------T-----------------G---C---------A------A----------GTTT---------G--C--A-TAGT--N-C----AC---TCCA----GTT--AT-TGTACT-TCTCTTGGGTA-AAAAGTCCA-AC---AT----AA---C--GCCTTTT-GCGTCCCAAAAT-ACTGTGG-CCATCACCTTGCCAGCAGAT-GGTTGCGTCTTGAAC-TTCTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CCCACTGA-CGAC-TCTGAGCTTTATT-TCT-TG-CTCATAATAATGAACCC-A-AGTCTCATCTACAGTCACCAGACGCAAAAG-AAAATCA-TCTTTTGAC-C-T-AA-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CTGCGTACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAT-CGCTAAGGGATTT---GG---GGACCCAACGGGC
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gi|42929                      :                                                                                                                                                                                               gcaagtttgcatagttcactcaatttattgta---C---------A------A----------GTTT---------G--C--CCTGGC--C-T----AC---TCCA----GTT--GT-TGTACT-TCACTTGA-TA-AAAAGTCCA-AT---AT----AATAAC--CCCTTTT-GCGTACCATAAT-ACTGTGG-CCACCATCTTACCAGTAATT-GGTTGCGTCTTGAAC-TTCTTTGGCCACAG----GGACCCAGGCCCTA--TCCACTGA-CGA---CCGAGGTTTATTCTCT-GG-CTTATAATGATAAAACC-A-AGTCTCATCTACAGCCACC---------AG-AAAATCA-TCGT---A------AA-ACGCTTTAAACA-ACAA--GGCT---CTGTATACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAA-TGCTAAGAAATTT---GG---GAACCCAGCGGGC
gi|42930                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AT----AA---C--GCCTTTT-GCATCCCAAAAT-CCTGGGG-CCATCACCATGTCAGCAGAT-GGTTGTGTCTTAAAC-TCCTTTGGCCTCGG----GGACCCAGGCCCTA--CCCACTGA-CAAT-TCTTGGCTTT-TT-TCTCTGACTCATAATAATGAACCC-A-AG--TTATTTATAGTTACCAGGCACAAAAG-TAAATAA-TCTTTTGAC-C-T-AA-ACGCTT----CA-ACAA--GGCG---CAGCATACTGATGCCCTTCCTGCCA----TTTGCTTAC-CGC-AAGGGATTT---GG---GAACCCAACGGGC
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gi|42932                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AG-AAAATCA-TCGT---A------AA-ACGCTTTAAACA-ACAA--GGCT---CTGTATACTGATGCTCTGGTTGCCA----TTTGCTCAA-TGCTAAGAAATTT---GG---GAACCCAGCGGGC
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