lowQualScore : 333333333333333333 11111 11111 2
lowQualScore : 33 2 555 66 33 66666 333333333333333333 2 5555 2 666 2 2 2 2 2 2 2 2 4 33 00000 2 55 2 888888 444 88 1 2 4 2 2 2 2 44444 2 33 2 2 2 4 4444 33 1 555555 1 666 333 333 1 3 22 22 5 2
lowQualScore : .. . ... .. .. ..... .................. . .... . ... . . . . . . . . . .. ..... . .. . ...... ... .. . . . . . . . ..... . .. . . . . .... .. . ...... . ... ... ... . . .. .. . .
lowQualScore : 99 9 000 88 77 55555 333333333333333333 7 7777 7 999 5 5 5 5 5 4 4 4 7 22 66666 4 66 4 666666 111 88 1 4 7 4 4 4 5 66666 5 22 4 2 2 4 7777 11 9 555555 9 222 333 333 9 8 66 66 9 4
consensus : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-TA--N--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTTT
Reference ( gi|101248 ) : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-TA--A--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--G-T-CATTTT
gi|101251 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA----GTG-AG-T-G-GCTTGG-CATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--T-AAT-T---TAAACAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-GTT-T-TA--T--GAAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGCTT-T---TTGC---AAAGAGC-ATT--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101252 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTTA-CAA--TAG----AT--T-CA-------TA---TTT-C----ACG-AGAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-------A--C-AAT-TA--TAAAAAA---AAAATTCAA-T-G-ACAG---TT-T-TAT-G--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101249 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTTT-A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-TA--T--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT----T-CAATTT
gi|101253 : TTCAATAATTAAATCC-TAG---CTT--CAAAATAG----TT----CA-------TGA--TTT-C----ACG-AAAT---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACTAA--CAT----C-A--C--AT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-AC-GG-CTT-T-TA--A--G-AAAAT--AT-GAA--TAT-G--A----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101254 : TTCAATAATTAA--TCCTAG---CTT--CAA--TAG-----T--T-CA-------T----ATT-C----ACG-AAAT---GGTG-AGTT-G-GCTTGG-TATC--TTT-ACT-A--CA-----C-AT-C-CAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-GCACGGC-GTT-T-TA--A--G-AAAAT--AT-GAA--TAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGCTT-T---TTGC---AAAGCGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101250 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTT--A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-TA--T--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT--T-T-CAATTT
gi|101255 : TTCA-TAATTAA--TC-TAG---C-T--CAA--TAG-----T--T-CAT------T----TTT-C----ACGAAAAA---GGTG-AG-T-G-GGTTGA-TATC-TTTT-ACT-AACCA-----CGA--C-ATT-T---TAAAAAA---AA--TTGAA-T---AC-AG-TTT-T-TA--AATG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-A-TA----CT--TAG-AA------AA-TGC---A---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101256 : TTCAATAAGTAA--TC-TAG---CT---CAA--TAT----TT--T-C---------------T-C-----CG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GGATAGATATC-TT---ACT-A--C------C-A--C-CAT-A----AAAAAA---AA--TTCAAAT-G-ACGGG-TTT-TATA--T--G-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AGAGAT----T--TTTTT--GTT-CAATTT
gi|101257 : TTCAATTATTAA--TC-TAAAGCCTT--CAG--TAG----TT----CA-------TATGCTTT-C----A-G-AAAGAAGGGTG-AG-TTG-GATTGG-TATT-TCT---CT-A--CA-----T----C-AAT-TAAAGAAAAGA---AA--T--AA-T-G-AAGGG-TTTAT-TA--A--G-AAAGT--ATTGAG-TTAT-GATG----CT--GAG-AA------AA-TGC-TGT---TTGT---AAAGAGC-A-TGATTTTT--GTT-CATTT
gi|101258 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---GCT--CAT--TAGTTCATT--T-TA-------T----TTT-CTTAAACG-AAAA---GGTG-AC-T-G-TCTT---TGTT-GTTT-ACTGA--CA-----C-A--C-ATC-T---TAAAGAAAATAA--TTCAA-TGG-ACGGG-TTT-T-TATTG--T-AAAAT---T-G-A-TTAT-GTTA----CT--G--------------TTT-T-T---TTGT------TTGC-ATT--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101259 : TCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT----CA-------T----ATT-C----ACG-AGAA---GGTGTAG-T-GAGCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-AACC-AAT-T---AAAAAAA---AAA-TTCAA-TTG-ACAGG-TTT-T-AT--G--G-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAGAAA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--G-T-
gi|101260 : TCAATAATTAA--TC-TAG----TT--CAA--TAG----TTATT-CA-------T----TTTGC----ACG-AAA----GGTG-AG-T-G-GCTCGG-TAT--TTTT-ACT-A--CAT----C-A--CGAAT-T---TTCAAAA---AA--ATCAA---G-ACGGGTTTT-T-TA--T--G---AAT--AT-G-A-TTAT-G-TA-----T--GAG--A------AA-TGC-T-T---TTGC----AAGAGC-T-T--TTTTT--t
gi|101261 : AACAATTAA--AT-CAG---CT---CAA--TA------T--A-CA-------TAC--TTT-C----ACA-AAAAA--GGTG-AG-G-G-G--TGA-TATT-TTTTTACT-A--CA-----C-A--C-AAT------AAAAAA---AA--TG-AA-T-G-ACAGG-TTT-T-TA--T--G-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--TAG-AA------AAATGG-C-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT----T-CATTTttt
gi|101262 : ATAAA--TC-TAG---CTTTTCAA--TAG----TT----CAAAATTTTT----TTT-C----ACC-AAAA---GGT--AG-T-G-GCTTGG-TATCCTTTT-CCT-A--CATACAAC-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AAATTTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-TA--A--G-AAAATTAAT-GAATTTATCG-TGCCCCCT--GAG-AAATAAACAA-TGC-T-T---TTGCCAAAAGGAGC-A-T--TTTTT--
gi|101263 : AA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GATA-AG-T-G-ACTCGG-TATC-TTTT-GCT-A--CA-----C-A--C-AATGT---TAAAA-----AA--TTCAA-T-G-TCGAG-TTT-T-TA--T--T-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--AAG-AA------AA-TGC-T-TAAATTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101264 : AA---GGCA-AG-T-G-GGTAAG-TATC-TTTC-ACT-A--CT-----T-A----GAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACAGG-TTT-T-TA--A--G-AAAAG--AT-GAA-TTAT-A-TT----CT--TAG-AA------AA--GC-T-T---CAGC---AAAAAGCAA-T--TTTTG--G-TACATTT
gi|101265 : TTGA-TATC-TTTT-ACT-A--TA-----C-A--C-AA--T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-
gi|101266 : AAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----TT--TAG-AA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-G--TTTTT--GTT-CATTT
gi|101267 : A-TTAT-G-TA----CTTTAAA-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGGGC-A-T--TGTTT--GTT-CATTT
gi|101251 : AA-AA------AA-TGC-TCT---TTGC---AAAAAGC-A-T--TTTCT--
gi|101253 : ttcaataattaatctagcttcaatagttcatattttcacgaaaagtgagtggcttggcatcttttactacacataatttaaacaaaattcaatgacggggttttatgaaaaatatgaattatgtactgAA-AA------AA-TGC-TCT---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTCTCAG-T-CATATTtgttcattt
gi|101254 : ttcaataattaaatcctagcttcaaaatagttcatgatttcacgaaatggtgagtggcttggtatcttttactaacatcacatttaaaaaaaattcaatgacggcttttaagaaaatatgAA-AA------AA-TGCGC-T---TTGC---AAAAAGC-A-T--TTTCT--gttcattt
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 11111
lowQualScore : 33 2 444 66 33 55555 888888888888888888 2 5555 2 666 2 2 2 2 1 2 2 2 4 33 00000 2 55 2 777777 333 88 0 2 4 2 2 2 2 33 33 7 33 2 2 2 4 4444 22 2 666666 2 4 2 333 333 2 4444
lowQualScore : .. . ... .. .. ..... .................. . .... . ... . . . . . . . . . .. ..... . .. . ...... ... .. . . . . . . . .. .. . .. . . . . .... .. . ...... . . . ... ... . ....
lowQualScore : 77 7 777 33 44 66666 999999999999999999 5 3333 5 555 4 4 4 4 8 2 2 2 4 11 00000 2 33 2 111111 999 33 5 2 4 2 2 2 4 22 44 1 11 2 1 1 2 5555 99 1 111111 1 2 1 777 777 1 5555
consensus : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
Reference ( family-854 ) : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-NG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
gi|101248 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTG-TCATTTT
gi|101249 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTTT-A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCAATTT
gi|101250 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTT--A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT-TTCAATTT
gi|101251 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA----GTG-AG-T-G-GCTTGG-CATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--T-AAT-T---TAAACAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-GTT-T-T--A-TGAAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGCTT-T---TTGC---AAAGAGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101252 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTTA-CAA--TAG----AT--T-CA-------TA---TTT-C----ACG-AGAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-------A--C-AAT-TA--TAAAAAA---AAAATTCAA-T-G-ACAG---TT-T-T--A-TGGAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101253 : TTCAATAATTAAATCC-TAG---CTT--CAAAATAG----TT----CA-------TGA--TTT-C----ACG-AAAT---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACTAA--CAT----C-A--C--AT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-AC-GG-CTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA--TAT-G--A----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101254 : TTCAATAATTAA--TCCTAG---CTT--CAA--TAG-----T--T-CA-------T----ATT-C----ACG-AAAT---GGTG-AGTT-G-GCTTGG-TATC--TTT-ACT-A--CA-----C-AT-C-CAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-GCACGGC-GTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA--TAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGCTT-T---TTGC---AAAGCGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101255 : TTCA-TAATTAA--TC-TAG---C-T--CAA--TAG-----T--T-CAT------T----TTT-C----ACGAAAAA---GGTG-AG-T-G-GGTTGA-TATC-TTTT-ACT-AACCA-----CGA--C-ATT-T---TAAAAAA---AA--TTGAA-T---AC-AG-TTT-T-TAAA-TG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-A-TA----CT--TAG-AA------AA-TGC---A---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101256 : TTCAATAAGTAA--TC-TAG---CT---CAA--TAT----TT--T-C---------------T-C-----CG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GGATAGATATC-TT---ACT-A--C------C-A--C-CAT-A----AAAAAA---AA--TTCAAAT-G-ACGGG-TTT-TAT--A-TG-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AGAGAT----T--TTTTTGTTCAATTT
gi|101257 : TTCAATTATTAA--TC-TAAAGCCTT--CAG--TAG----TT----CA-------TATGCTTT-C----A-G-AAAGAAGGGTG-AG-TTG-GATTGG-TATT-TCT---CT-A--CA-----T----C-AAT-TAAAGAAAAGA---AA--T--AA-T-G-AAGGG-TTTAT-T--A-AG-AAAGT--ATTGAG-TTAT-GATG----CT--GAG-AA------AA-TGC-TGT---TTGT---AAAGAGC-A-TGATTTTTGTTCATTT
gi|101258 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---GCT--CAT--TAGTTCATT--T-TA-------T----TTT-CTTAAACG-AAAA---GGTG-AC-T-G-TCTT---TGTT-GTTT-ACTGA--CA-----C-A--C-ATC-T---TAAAGAAAATAA--TTCAA-TGG-ACGGG-TTT-T-T--ATTGTAAAAT---T-G-A-TTAT-GTTA----CT--G--------------TTT-T-T---TTGT------TTGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101259 : TCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT----CA-------T----ATT-C----ACG-AGAA---GGTGTAG-T-GAGCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-AACC-AAT-T---AAAAAAA---AAA-TTCAA-TTG-ACAGG-TTT-T-A--T-GG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAGAAA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTT
gi|101260 : TCAATAATTAA--TC-TAG----TT--CAA--TAG----TTATT-CA-------T----TTTGC----ACG-AAA----GGTG-AG-T-G-GCTCGG-TAT--TTTT-ACT-A--CAT----C-A--CGAAT-T---TTCAAAA---AA--ATCAA---G-ACGGGTTTT-T-T--A-TG---AAT--AT-G-A-TTAT-G-TA-----T--GAG--A------AA-TGC-T-T---TTGC----AAGAGC-T-T--TTTTTTTT
gi|101261 : AACAATTAA--AT-CAG---CT---CAA--TA------T--A-CA-------TAC--TTT-C----ACA-AAAAA--GGTG-AG-G-G-G--TGA-TATT-TTTTTACT-A--CA-----C-A--C-AAT------AAAAAA---AA--TG-AA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--TAG-AA------AAATGG-C-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCATTT
gi|101262 : ATAAA--TC-TAG---CTTTTCAA--TAG----TT----CAAAATTTTT----TTT-C----ACC-AAAA---GGT--AG-T-G-GCTTGG-TATCCTTTT-CCT-A--CATACAAC-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AAATTTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAATTAAT-GAATTTATCG-TGCCCCCT--GAG-AAATAAACAA-TGC-T-T---TTGCCAAAAGGAGC-A-T--TTTTT
gi|101263 : AA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GATA-AG-T-G-ACTCGG-TATC-TTTT-GCT-A--CA-----C-A--C-AATGT---TAAAA-----AA--TTCAA-T-G-TCGAG-TTT-T-T--A-TT-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--AAG-AA------AA-TGC-T-TAAATTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101264 : AA---GGCA-AG-T-G-GGTAAG-TATC-TTTC-ACT-A--CT-----T-A----GAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAG--AT-GAA-TTAT-A-TT----CT--TAG-AA------AA--GC-T-T---CAGC---AAAAAGCAA-T--TTTTGGTACATTT
gi|101265 : TTGA-TATC-TTTT-ACT-A--TA-----C-A--C-AA--T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-
gi|101266 : AAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----TT--TAG-AA------AA-TGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-G--TTTTTGTTCATTT
gi|101267 : A-TTAT-G-TA----CTTTAAA-AA------AA-TGC-T-T---TTGC---AAAGGGC-A-T--TGTTTGTTCATTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 11111
lowQualScore : 33 2 444 66 33 55555 888888888888888888 2 5555 2 666 2 2 2 2 1 2 2 2 2 55 00000 2 55 2 777777 333 88 0 2 4 2 2 2 2 33 22 9 33 2 1 2 2 4 4444 22 4 666666 4 2 333 333 2 4444
lowQualScore : .. . ... .. .. ..... .................. . .... . ... . . . . . . . . . .. ..... . .. . ...... ... .. . . . . . . . .. .. . .. . . . . . .... .. . ...... . . ... ... . ....
lowQualScore : 77 7 777 33 44 66666 999999999999999999 5 3333 5 555 4 4 4 4 8 2 2 2 2 33 00000 2 33 2 111111 999 33 5 2 4 2 2 2 4 22 55 4 11 2 9 1 1 2 5555 99 2 111111 2 1 777 777 1 5555
consensus : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
Reference ( family-854 ) : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
gi|101248 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTG-TCATTTT
gi|101249 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTTT-A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCAATTT
gi|101250 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTT--A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT-TTCAATTT
gi|101251 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA----GTG-AG-T-G-GCTTGG-CATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--T-AAT-T---TAAACAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-GTT-T-T--A-TGAAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGAGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101252 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTTA-CAA--TAG----AT--T-CA-------TA---TTT-C----ACG-AGAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-------A--C-AAT-TA--TAAAAAA---AAAATTCAA-T-G-ACAG---TT-T-T--A-TGGAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101253 : TTCAATAATTAAATCC-TAG---CTT--CAAAATAG----TT----CA-------TGA--TTT-C----ACG-AAAT---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-AA-CAT----C-A--C-A-T-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGG--CTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA-T-AT-G--A----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101254 : TTCAATAATTAA--TCCTAG---CTT--CAA--TAG-----T--T-CA-------T----ATT-C----ACG-AAAT---GGTG-AGTT-G-GCTTGG-TATC--TTT-ACT-A--CA-----C-AT-C-CAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-GCACGGC-GTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA--TAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGCGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101255 : TTCA-TAATTAA--TC-TAG---C-T--CAA--TAG-----T--T-CAT------T----TTT-C----ACGAAAAA---GGTG-AG-T-G-GGTTGA-TATC-TTTT-ACT-AACCA-----CGA--C-ATT-T---TAAAAAA---AA--TTGAA-T---AC-AG-TTT-T-TAAA-TG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-A-TA----CT--TAG-AA------AATGC---A---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101256 : TTCAATAAGTAA--TC-TAG---CT---CAA--TAT----TT--T-C---------------T-C-----CG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GGATAGATATC-TT---ACT-A--C------C-A--C-CAT-A----AAAAAA---AA--TTCAAAT-G-ACGGG-TTT-TAT--A-TG-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AGAGAT----T--TTTTTGTTCAATTT
gi|101257 : TTCAATTATTAA--TC-TAAAGCCTT--CAG--TAG----TT----CA-------TATGCTTT-C----A-G-AAAGAAGGGTG-AG-TTG-GATTGG-TATT-TCT---CT-A--CA-----T----C-AAT-TAAAGAAAAGA---AA--T--AA-T-G-AAGGG-TTTAT-T--A-AG-AAAGT--ATTGAG-TTAT-GATG----CT--GAG-AA------AATGC-TGT---TTGT---AAAGAGC-A-TGATTTTTGTTCATTT
gi|101258 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---GCT--CAT--TAGTTCATT--T-TA-------T----TTT-CTTAAACG-AAAA---GGTG-AC-T-G-TCTT---TGTT-GTTT-ACTGA--CA-----C-A--C-ATC-T---TAAAGAAAATAA--TTCAA-TGG-ACGGG-TTT-T-T--ATTGTAAAAT---T-G-A-TTAT-GTTA----CT--G-------------TTT-T-T---TTGT------TTGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101259 : TCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT----CA-------T----ATT-C----ACG-AGAA---GGTGTAG-T-GAGCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-AACC-AAT-T---AAAAAAA---AAA-TTCAA-TTG-ACAGG-TTT-T----A-TGGAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAGAAA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTT
gi|101260 : TCAATAATTAA--TC-TAG----TT--CAA--TAG----TTATT-CA-------T----TTTGC----ACG-AAA----GGTG-AG-T-G-GCTCGG-TAT--TTTT-ACT-A--CAT----C-A--CGAAT-T---TTCAAAA---AA--ATCAA---G-ACGGGTTTT-T-T--A-TG---AAT--AT-G-A-TTAT-G-TA-----T--GAG--A------AATGC-T-T---TTGC----AAGAGC-T-T--TTTTTTTT
gi|101261 : AACAATTAA--AT-CAG---CT---CAA--TA------T--A-CA-------TAC--TTT-C----ACA-AAAAA--GGTG-AG-G-G-G--TGA-TATT-TTTTTACT-A--CA-----C-A--C-AAT------AAAAAA---AA--TG-AA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-G-TA----CT--TAGAAA------AATGG-C-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCATTT
gi|101262 : ATAAA--TC-TAG---CTTTTCAA--TAG----TT----CAAAATTTTT----TTT-C----ACC-AAAA---GGT--AG-T-G-GCTTGG-TATCCTTTT-CCT-A--CATACAAC-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AAATTTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAATTAAT-GAATTTATCG-TGCCCCCT--GAG-AAATAAACAATGC-T-T---TTGCCAAAAGGAGC-A-T--TTTTT
gi|101263 : AA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GATA-AG-T-G-ACTCGG-TATC-TTTT-GCT-A--CA-----C-A--C-AATGT---TAAAA-----AA--TTCAA-T-G-TCGAG-TTT-T-T--A-TT-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--AAG-AA------AATGC-T-TAAATTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101264 : AA---GGCA-AG-T-G-GGTAAG-TATC-TTTC-ACT-A--CT-----T-A----GAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAG--AT-GAA-TTAT-A-TT----CT--TAG-AA------AA-GC-T-T---CAGC---AAAAAGCAA-T--TTTTGGTACATTT
gi|101265 : TTGA-TATC-TTTT-ACT-A--TA-----C-A--C-AA--T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-
gi|101266 : AAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----TT--TAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-G--TTTTTGTTCATTT
gi|101267 : A-TTAT-G-TA----CTTTAAA-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGGGC-A-T--TGTTTGTTCATTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222 11111
lowQualScore : 33 2 444 66 33 55555 888888888888888888 2 5555 2 666 2 2 2 2 1 2 2 2 2 55 00000 2 55 2 777777 333 88 0 2 4 2 2 2 2 33 22 9 33 2 1 2 2 4 4444 22 4 666666 4 2 333 333 2 4444
lowQualScore : .. . ... .. .. ..... .................. . .... . ... . . . . . . . . . .. ..... . .. . ...... ... .. . . . . . . . .. .. . .. . . . . . .... .. . ...... . . ... ... . ....
lowQualScore : 77 7 777 33 44 66666 999999999999999999 5 3333 5 555 4 4 4 4 8 2 2 2 2 33 00000 2 33 2 111111 999 33 5 2 4 2 2 2 4 22 55 4 11 2 9 1 1 2 5555 99 2 111111 2 1 777 777 1 5555
consensus : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
Reference ( family-854 ) : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
gi|101248 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTG-TCATTTT
gi|101249 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTTT-A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCAATTT
gi|101250 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTA-AA-T-G-GATTGA-TATC-TTT--A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT-TTCAATTT
gi|101251 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA----GTG-AG-T-G-GCTTGG-CATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--T-AAT-T---TAAACAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-GTT-T-T--A-TGAAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGAGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101252 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTTA-CAA--TAG----AT--T-CA-------TA---TTT-C----ACG-AGAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-------A--C-AAT-TA--TAAAAAA---AAAATTCAA-T-G-ACAG---TT-T-T--A-TGGAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101253 : TTCAATAATTAAATCC-TAG---CTT--CAAAATAG----TT----CA-------TGA--TTT-C----ACG-AAAT---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-AA-CAT----C-A--C-A-T-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGG--CTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA-T-AT-G--A----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101254 : TTCAATAATTAA--TCCTAG---CTT--CAA--TAG-----T--T-CA-------T----ATT-C----ACG-AAAT---GGTG-AGTT-G-GCTTGG-TATC--TTT-ACT-A--CA-----C-AT-C-CAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-GCACGGC-GTT-T-T--A-AG-AAAAT--AT-GAA--TAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGCGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101255 : TTCA-TAATTAA--TC-TAG---C-T--CAA--TAG-----T--T-CAT------T----TTT-C----ACGAAAAA---GGTG-AG-T-G-GGTTGA-TATC-TTTT-ACT-AACCA-----CGA--C-ATT-T---TAAAAAA---AA--TTGAA-T---AC-AG-TTT-T-TAAA-TG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-A-TA----CT--TAG-AA------AATGC---A---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101256 : TTCAATAAGTAA--TC-TAG---CT---CAA--TAT----TT--T-C---------------T-C-----CG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GGATAGATATC-TT---ACT-A--C------C-A--C-CAT-A----AAAAAA---AA--TTCAAAT-G-ACGGG-TTT-TAT--A-TG-AAAAT--AT-GA--TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AGAGAT----T--TTTTTGTTCAATTT
gi|101257 : TTCAATTATTAA--TC-TAAAGCCTT--CAG--TAG----TT----CA-------TATGCTTT-C----A-G-AAAGAAGGGTG-AG-TTG-GATTGG-TATT-TCT---CT-A--CA-----T----C-AAT-TAAAGAAAAGA---AA--T--AA-T-G-AAGGG-TTTAT-T--A-AG-AAAGT--ATTGAG-TTAT-GATG----CT--GAG-AA------AATGC-TGT---TTGT---AAAGAGC-A-TGATTTTTGTTCATTT
gi|101258 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---GCT--CAT--TAGTTCATT--T-TA-------T----TTT-CTTAAACG-AAAA---GGTG-AC-T-G-TCTT---TGTT-GTTT-ACTGA--CA-----C-A--C-ATC-T---TAAAGAAAATAA--TTCAA-TGG-ACGGG-TTT-T-T--ATTGTAAAAT---T-G-A-TTAT-GTTA----CT--G-------------TTT-T-T---TTGT------TTGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101259 : TCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT----CA-------T----ATT-C----ACG-AGAA---GGTGTAG-T-GAGCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-AACC-AAT-T---AAAAAAA---AAA-TTCAA-TTG-ACAGG-TTT-T----A-TGGAAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAGAAA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTT
gi|101260 : TCAATAATTAA--TC-TAG----TT--CAA--TAG----TTATT-CA-------T----TTTGC----ACG-AAA----GGTG-AG-T-G-GCTCGG-TAT--TTTT-ACT-A--CAT----C-A--CGAAT-T---TTCAAAA---AA--ATCAA---G-ACGGGTTTT-T-T--A-TG---AAT--AT-G-A-TTAT-G-TA-----T--GAG--A------AATGC-T-T---TTGC----AAGAGC-T-T--TTTTTTTT
gi|101261 : AACAATTAA--AT-CAG---CT---CAA--TA------T--A-CA-------TAC--TTT-C----ACA-AAAAA--GGTG-AG-G-G-G--TGA-TATT-TTTTTACT-A--CA-----C-A--C-AAT------AAAAAA---AA--TG-AA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-G-A-TTAT-G-TA----CT--TAGAAA------AATGG-C-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCATTT
gi|101262 : ATAAA--TC-TAG---CTTTTCAA--TAG----TT----CAAAATTTTT----TTT-C----ACC-AAAA---GGT--AG-T-G-GCTTGG-TATCCTTTT-CCT-A--CATACAAC-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AAATTTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-AG-AAAATTAAT-GAATTTATCG-TGCCCCCT--GAG-AAATAAACAATGC-T-T---TTGCCAAAAGGAGC-A-T--TTTTT
gi|101263 : AA--TAG----TT--CATA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GATA-AG-T-G-ACTCGG-TATC-TTTT-GCT-A--CA-----C-A--C-AATGT---TAAAA-----AA--TTCAA-T-G-TCGAG-TTT-T-T--A-TT-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--AAG-AA------AATGC-T-TAAATTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101264 : AA---GGCA-AG-T-G-GGTAAG-TATC-TTTC-ACT-A--CT-----T-A----GAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-AG-AAAAG--AT-GAA-TTAT-A-TT----CT--TAG-AA------AA-GC-T-T---CAGC---AAAAAGCAA-T--TTTTGGTACATTT
gi|101265 : TTGA-TATC-TTTT-ACT-A--TA-----C-A--C-AA--T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-
gi|101266 : AAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----TT--TAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-G--TTTTTGTTCATTT
gi|101267 : A-TTAT-G-TA----CTTTAAA-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGGGC-A-T--TGTTTGTTCATTT
blockSeqs : AT C AGC TT AA TTCAT CAAAATTTTT G TTAA A AAG T T T A A A C T G AC TACAA G AC G TAAAG AAT AA A G C T A A AA TT A TA T A T C A CCCC TT A ATAAAC T G AAA CAA A TGA
blockSeqs : . . . A . T CATATGC . . . A . . . . A . . . . A T . T . TAT . AT . T . . . . . T G . . A . . T . . A . T . . . . TT
blockSeqs : . . . . . T ATTCAT . . . . . . . . C . . . . . T . . . GTT . A . . . . . . . T T . . A . . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . . . T ACATAC . . . . . . . . C . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . T G . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A CATAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T CATAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T CATAT . . . . . . . . G . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T TCATA . . . . . . . . G . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T CATGA . . . . . . . . A . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T TCATT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T CATAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T TCAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . TTAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . CAT . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . G . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CATAT*************
originalCons : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TT--T-CA-------T----TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
finalCons : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG----TTCATAT-------------TTT-C----ACG-AAAA---GGTG-AG-T-G-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-TG-AAAAT--AT-GAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 33 2 444 777 33 2 444 33 99999999 2 5555 2 444 2 2 4 2 1 2 2 2 4 33 00000 2 55 2 999999 333 66 0 4 2 2 2 2 2 33 444 7 33 2 1 2 2 4 4444 22 4 666666 4 2 333 333 2 4444
lowQualScore : .. . ... ... .. . ... .. ........ . .... . ... . . . . . . . . . .. ..... . .. . ...... ... .. . . . . . . . .. ... . .. . . . . . .... .. . ...... . . ... ... . ....
lowQualScore : 77 7 777 111 44 5 444 44 44444444 5 3333 5 444 4 4 7 4 8 2 2 2 4 11 00000 2 33 2 333333 999 11 5 4 2 2 2 2 4 22 999 1 11 2 9 1 1 2 5555 99 2 111111 2 1 777 777 1 5555
consensus : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GGTG-AG-TG-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-T-G-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
Reference ( family-854 ) : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GGTG-AG-TG-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-T-G-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTTT
gi|101248 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTT----C--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GGTG-AG-TG-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-A-G-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTG-TCATTTT
gi|101249 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GGTA-AA-TG-GATTGA-TATC-TTTT-A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-T-G-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCAATTT
gi|101250 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GGTA-AA-TG-GATTGA-TATC-TTT--A-T-A--TA-----C-A--C-AAT-A---AAAAAAA---AA--T-CAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-T-G-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTGT-TTCAATTT
gi|101251 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-G-TG-AG-TG-GCTTGG-CATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-A--T-AAT-T---TAAACAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-GTT-T-T--A-T-GAAAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGAGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101252 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---CTTA-CAA--TAGATTCA---T--A-----T--TT--C----ACG-A---GAA-GGTG-AG-TG-GCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-------A--C-AAT-TA--TAAAAAA---AAAATTCAA-T-G-ACAG---TT-T-T--A-T-GGAAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101253 : TTCAATAATTAAATCC-TAG---CTT--CAAAATAG-TTCA---T--G-----A--TTT-C----ACG-A---AAT-GGTG-AG-TG-GCTTGG-TATC-TTTT-ACTAA--CAT----C-A--C--AT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-AC-GG-CTT-T-T--A-A-G-AAAAT--A-TGAA--TAT-G--A----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101254 : TTCAATAATTAA--TCCTAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A---------TT-C----ACG-A---AAT-GGTG-AGTTG-GCTTGG-TATC--TTT-ACT-A--CA-----C-AT-C-CAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-GCACGGC-GTT-T-T--A-A-G-AAAAT--A-TGAA--TAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGCTT-T---TTGC---AAAGCGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101255 : TTCA-TAATTAA--TC-TAG---CT---CAA--TAG-TTCA---T--------T--TTT-C----ACGAA---AAA-GGTG-AG-TG-GGTTGA-TATC-TTTT-ACT-AACCA-----CGA--C-ATT-T---TAAAAAA---AA--TTGAA-T---AC-AG-TTT-T-TAAA-T-G-AAAAT--A-TG-A-TTAT-A-TA----CT--TAG-AA------AATGC---A---TTGC---AAA-AGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101256 : TTCAATAAGTAA--TC-TAG---CT---CAA--TA--TT--------------T--TCT-C-----CG-A---AAA-GGTG-AG-TG-GGATAGATATC-TT---ACT-A--C------C-A--C-CAT-A----AAAAAA---AA--TTCAAAT-G-ACGGG-TTT-TAT--A-T-G-AAAAT--A-TGA--TTAT-G-TA----CT--GAG-AA------AATGC-T-T---TTGC---AGAGAT----T--TTTTTGTTCAATTT
gi|101257 : TTCAATTATTAA--TC-TAAAGCCTT--CAG--TAG-TTCA---T--A-----TGCTTT-C----A-G-AAAGAAG-GGTG-AGTTG-GATTGG-TATT-TCT---CT-A--CA-----T----C-AAT-TAAAGAAAAGA---AA--T--AA-T-G-AAGGG-TTTAT-T--A-A-G-AAAGT--ATTGAG-TTAT-GATG----CT--GAG-AA------AATGC-TGT---TTGT---AAAGAGC-A-TGATTTTTGTTCATTT
gi|101258 : TTCAATAATTAA--TC-TAG---GCT--CAT--TAG-TTCATTTT--A-----T--TTT-CTTAAACG-A---AAA-GGTG-AC-TG-TCTT---TGTT-GTTT-ACTGA--CA-----C-A--C-ATC-T---TAAAGAAAATAA--TTCAA-TGG-ACGGG-TTT-T-T--ATT-GTAAAAT----TG-A-TTAT-GTTA----CT--G-------------TTT-T-T---TTGT------TTGC-ATT--TTTTTGTTCATTT
gi|101259 : TCAATAATTAA--TC-TAG---CTT--CAA--TAG-TTCA---T--A---------TT-C----ACG-A---GAA-GGTGTAG-TGAGCTTGG-TATC-TTTT-ACT-A--CA-----C-AACC-AAT-TA--AAAAAAA---AA--TTCAATT-G-ACAGG--TT-T-T--A-TGG-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--GAGAAA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTT
gi|101260 : TCAATAATTAA--TC-TAG----TT--CAA--TAG-TT-A---TTCA-----T--TTTGC----ACG-----AAA-GGTG-AG-TG-GCTCGG-TAT--TTTT-ACT-A--CAT----C-A--CGAAT-T---TTCAAAA---AA--ATCAA---G-ACGGGTTTT-T-T--A-T-G---AAT--A-TG-A-TTAT-G-TA-----T--GAG--A------AATGC-T-T---TTGC----AAGAGC-T-T--TTTTTTTT
gi|101261 : AACAATTAA--AT-CAG---CT---CAA--TA--TACA---T--A-----C--TTT-C----ACA-A---AAAAGGTG-AG-GG-G--TGA-TATT-TTTTTACT-A--CA-----C-A--C-AAT------AAAAAA---AA--TG-AA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-T-G-AAAAT--A-TG-A-TTAT-G-TA----CT--TAGAAA------AATGG-C-T---TTGC---AAAGAGC-A-----TTTTGTTCATTT
gi|101262 : ATAAA--TC-TAG---CTTTTCAA--TAG-TTCA---A--AATTTTT--TTT-C----ACC-A---AAA-GGT--AG-TG-GCTTGG-TATCCTTTT-CCT-A--CATACAAC-A--C-AAT-T---TAAAAAA---AAATTTCAA-T-G-ACGGG-TTT-T-T--A-A-G-AAAATTAA-TGAATTTATCG-TGCCCCCT--GAG-AAATAAACAATGC-T-T---TTGCCAAAAGGAGC-A-T--TTTTT
gi|101263 : AA--TAG-TTCA---T--A-----T--TTT-C----ACG-A---AAA-GATA-AG-TG-ACTCGG-TATC-TTTT-GCT-A--CA-----C-A--C-AATGT---T--AAAA---AA--TTCAA-T-G-TCGAG-TTT-T-T--A-T-T-AAAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----CT--AAG-AA------AATGC-T-TAAATTGC---AAAGAGC-A-T--TTTTTGTTCATTT
gi|101264 : AA-GGCA-AG-TG-GGTAAG-TATC-TTTC-ACT-A--CT-----T-A----GAT-T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACAGG-TTT-T-T--A-A-G-AAAAG--A-TGAA-TTAT-A-TT----CT--TAG-AA------AA-GC-T-T---CAGC---AAAAAGCAA-T--TTTTGGTACATTT
gi|101265 : TTGA-TATC-TTTT-ACT-A--TA-----C-A--C-AA--T---TAAAAAA---AA--TTCAA-T-G-ACGGG-TTT-
gi|101266 : AAAT--A-TGAA-TTAT-G-TA----TT--TAG-AA------AATGC-T-T---TCGC---AAAGAGC-A-G--TTTTTGTTCATTT
gi|101267 : A-TTAT-G-TA----CTTTAAA-AA------AATGC-T-T---TTGC---AAAGGGC-A-T--TGTTTGTTCATTT