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Reference ( gi|122035 )       : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACT-GT-T--TGAA-C---G-TCCA-GTC-CCTG-CT--A------C-GGTGTTT----CTTTAGTCGG-ACAT-T-AA--T----GA--AC-A----------ATGAG-A---TTATTG-TTG-AG---------TA------------GTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
gi|122036                     : CGGAGAGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACT-GT-T--TGAA-C---G-TCCA-GTC-CTTG-CT--A------C-AGTGTTTC---CTTTAGTCCG-ACCT-T-AA--T----G---AC-A----------A-GAG-A---TTATTGTTTG-AG---------TA------------GTGTG-AATG--T---------TAGCTGTTTTC
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Reference ( family-853 )      : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----GA--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTTAC
gi|122035                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-T-A------CG-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---TAAT----GA--AC-A-----AT-GAG-A---TTATTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
gi|122036                     : CGGAGAGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CTTG--C-T-A------CA-GTGTTTCCTTTAGTCCG-ACCT---TAAT----G---AC-A-----A--GAG-A---TTATTGTTTG-A---------G------------TAGTGTG-AATG--T---------TAGCTGTTTTCA
gi|122037                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---AT-TCTGT-T--TGAA-C--------G-TC-A-------GTC-CCGC--C-T-A------CG-GTGTTT-CTTTAGTCAG-ACATT--AAAT----GA---C-A-----AT-GAG-A---TTATTG-TTG-A---------G------------TAGTGTG-AATGT-T---------TAGCTGTTTTCAC
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gi|122045                     :   GAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGTA-CCTGCAATAG-TGCAACTGTTTATC-CCTG--C-A-A------TA-GTGTT----------------T---AAAT----G---AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAACTG--A---------TAGCTGTTTTTAC
gi|122046                     :   GAGCGTG-AAGAAAC-GTGCTACATGTAA---TT-ACTGT-T--TGAG-CTAT-----G-T----------GTC-CCTG--C-C-A------CT-GTGTTT-ATTTAGTCGA-ACCT---ACA-----GA--AG-A-----AT-AAG-A---TCATTG-TTG-A---------GTACTATCAAGATTAGTGTAAAATG--C---------TAGCTGTTT
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gi|122048                     :   GAGCAT---AGAAAACGTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TG-A-C--------T-TCGT-------ATCACCAA--CAA-A------CAGGTGTTT-ATTTATTCGGAACAT---AAAT----GA--A--A-----AT-AAA-A---TCACTG-GTG-A---------G------------TACTATTAAATA--T---------TAGTT
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lowQualScore                  :          .      ...     ...... ...  .     . ..    . .....................   .    .. ... ......  .      .          .    ...   ......... .. .....  .   . ...      .   . ......... ............       .    ............          .  
lowQualScore                  :          5      444     222222 444  0     5 44    2 333333333333333333333   2    99 000 111111  0      0          0    555   222222222 88 00000  0   0 555      0   1 444444444 888888888888       2    888888888888          4  
consensus                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----GA--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
Reference ( family-853 )      : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----GA--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
gi|122035                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-T-A------CG-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---TAAT----GA--AC-A-----AT-GAG-A---TTATTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
gi|122036                     : CGGAGAGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CTTG--C-T-A------CA-GTGTTTCCTTTAGTCCG-ACCT---TAAT----G---AC-A-----A--GAG-A---TTATTGTTTG-A---------G------------TAGTGTG-AATG--T---------TAGCTGTTTTCA
gi|122037                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---AT-TCTGT-T--TGAA-C--------G-TC-A-------GTC-CCGC--C-T-A------CG-GTGTTT-CTTTAGTCAG-ACATT--AAAT----GA---C-A-----AT-GAG-A---TTATTG-TTG-A---------G------------TAGTGTG-AATGT-T---------TAGCTGTTTTCAC
gi|122038                     : CAGAGCGTG-AAG-----GTGCTA------A---TT-ACTCT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-T-A------CA-GAGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAACTTTAGG--AC-A-----AT-AAG-A---TAACTG-TTG-A---------G------------CAGTGTGAACTG--T---------TAGCTGTTTTTAC
gi|122039                     : CGGAGCGGG-AAGAAAG--TGCTA------A---TTTGTTGT-TATTAAAAC--------G-TCCA-------GTT-CCTG--T-T-A------CA-G-GTTT-CTTTAGTCAG-TCAT---AAA-----GA--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAA-G--T---------TTGCTGTTTTTAC
gi|122040                     : CGGAACGTG-AGGAAAG--TGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------A-TTGT-------GTC-CCCG--C-A-A------CA-GTGTTT-TTATAGTCAG-ACAC---AAAT----G---AC-G-----AT-AAG-A---TTACTA-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------
gi|122041                     : CAGAGCATG-CAGAAA------------------TT-ACCAT-T--TGAA-C----------TCCAT------GTC-ACTG--C-T-T------CA-GTGTTT-CTTTAATCGT-GCAT---A-------GT--A--A-----AT-AAA-A---TCACTG-TTG-A---------G------------TACTGT-CAATA--T---------TAGC
gi|122042                     :  GGAGCGTA-AAGAAAA-GTGATA------AAATTT-GCTGT-T--TGAA-C--------G-GCGA-------GTC-CCTG--C-A-A------CA-GTGTTT-TTTTAGTCGG-ACAT---ATGTACA-GG--AC-AATATTAT-AAG-A---TTACTG-TTG-G---------G------------TAGTGTGAAATG--TTACTTTGAATAGCTGTTTT
gi|122043                     :  GGAGAGAG-AAGGAAC-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C----------TCCGT------GTC-ACCG--C-A-A------CA-G----T-CTTCAAATGA-TCAC---TGTT----GAGTAC-T-----ATCAAA-A---T------TTG-G---------C------------TAGTGTGAACTA--T---------GAGCTGTT
gi|122044                     :  GGA-CGTGCAAGACAG--TGCTC------A---TTTA--GTAT--TGAA-C--------GCTAGA-------GGC-TCTG--C-TCA------CA-GT-TTT-CTTTAAGCGG-ACAC---GAAT----AG--ACAA-----AT-AAA-AGATTTACTG-TTG-A---------G------------TAG
gi|122045                     :   GAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGTA-CCTGCAATAG-TGCAACTGTTTATC-CCTG--C-A-A------TA-GTGTT----------------T---AAAT----G---AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAACTG--A---------TAGCTGTTTTTAC
gi|122046                     :   GAGCGTG-AAGAAAC-GTGCTACATGTAA---TT-ACTGT-T--TGAG-CTAT-----G-T----------GTC-CCTG--C-C-A------CT-GTGTTT-ATTTAGTCGA-ACCT---ACA-----GA--AG-A-----AT-AAG-A---TCATTG-TTG-A---------GTACTATCAAGATTAGTGTAAAATG--C---------TAGCTGTTT
gi|122047                     :   GAGCAT---AGAAAC-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------T-TCGT-------ATCACAAA--C-A-A------CG-GTGTTA-ATTTAGTCGA-ACAT---AAAT----GA--A--A-----AT-AAA-A---TCACTG-TTG-A---------G------------TACTAT-AAATA--T---------TAGTT
gi|122048                     :   GAGCAT---AGAAAACGTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TG-A-C--------T-TCGT-------ATCACCAA--CAA-A------CAGGTGTTT-ATTTATTCGGAACAT---AAAT----GA--A--A-----AT-AAA-A---TCACTG-GTG-A---------G------------TACTATTAAATA--T---------TAGTT
gi|122049                     :     GCGTG-GAGACAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TTGA-------GTC-CCTG-----------------TGTTT-CTTTAGTCGG----T---AAAA----GG--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAACTG--T---------TTGCTGTTTTGAC
gi|122050                     :       GTG-ATGAAAT-GTGTTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C----------TCCGT------GTC-ATTGCTC-C-AACCCTCCA-GTGTTT-CCTTAAACGC-ATAT---AAAT----GA--A--A-----AT-AA--A---TCTCTG-TT
gi|122051                     :                                                GAA-A--------G-TC-A-------GTC-CCTG--C-T-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----G---AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGGGTG-AATGT-T---------TTGCTGTTTT
gi|122052                     :                                                GAA-A--------G-TCCA-------GTC-C-TG--C---A------CA-GTGTT--CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----G---AC-A-----AT-AAGAA---TTACTG-TTGAA---------G------------TAGGGTG-AATGTTT---------TTGCTGTTTT
gi|122053                     :                                                                                                A-GTGTTT-CTTTAATCAT-GCATATAAAAT----GA--A--A-----AT-AAG-A---TCACCG-TTG-GGAACTACATG------------TAGTTTGAACTG--T---------AAACTGTTTT
gi|122054                     :                                                                 tccaaccctctC-CCTA--C-A-A------CA-GTGTGT-CTTTCGTCGG-ACAT---ACA-----GG--AC-A-----CT-AAG-A---TTATTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGA


blockSeqs                     :          C      ACG     CATGTA AAT  T     A AT    A CTGCAATAGTGCAACTGTTT    A    CT TC  ACCCTC  G      C          A    ATA   CTTTAGG   CA ATATT  C   A GAT      T   A GAACTACAT TACTATCAAGAT       A    TTACTTTGAA  
blockSeqs                     :          .      GG      .      .    T     . .     . GCTAGA                  A    .  AA  .       .      .          .    T     TACAGG    C  .      .   . .        .   . .         .                  A    TTT         
blockSeqs                     :          .      GG      .      .    .     . .     . GTCCA                   .    .  T   .       .      .          .    .     TGAGT     C  .      .   . .        .   . .         .                  A    TT          
blockSeqs                     :          .      AG      .      .    .     . .     . GTCCA                   .    .  T   .       .      .          .    .     TGA       C  .      .   . .        .   . .         .                  C    TT          
blockSeqs                     :          .      CG      .      .    .     . .     . GTCCA                   .    .  T   .       .      .          .    .     TAG       C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      GG      .      .    .     . .     . ATTGT                   .    .  T   .       .      .          .    .     TGA       C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      CG      .      .    .     . .     . TCCAT                   .    .  A   .       .      .          .    .     TGA       C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      CG      .      .    .     . .     . GGCGA                   .    .  T   .       .      .          .    .     AGG       C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      GG      .      .    .     . .     . TCCGT                   .    .  A   .       .      .          .    .     TGA       C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      TG      .      .    .     . .     . TATGT                   .    .  A   .       .      .          .    .     TGA       G  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      G       .      .    .     . .     . TTCGT                   .    .  A   .       .      .          .    .     TG        C  .      .   . .        .   . .         .                  A    A           
blockSeqs                     :          .      G       .      .    .     . .     . TTCGT                   .    .  C   .       .      .          .    .     GA        C  .      .   . .        .   . .         .                  A    C           
blockSeqs                     :          .      G       .      .    .     . .     . GTTGA                   .    .  A   .       .      .          .    .     TG        C  .      .   . .        .   . .         .                  A    T           
blockSeqs                     :          .      G       .      .    .     . .     . TCCGT                   .    .  C   .       .      .          .    .     GT        C  .      .   . .        .   . .         .                  .    T           
blockSeqs                     :          .      .       .      .    .     . .     . GTCCA                   .    .  T   .       .      .          .    .     TG        .  .      .   . .        .   . .         .                  .    T           
blockSeqs                     :                                                   . GTCA                    .    .  A   .       .      .          .    .     GA        .  .      .   . .        .   . .         .                  .    T           
blockSeqs                     :                                                   . GTCA                    .    .  .   .       .      .          .    .     TG        .  .      .   . .        .   . .         .                  .                
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originalCons                  : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAAT----GA--AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
finalCons                     : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACAT---AAATGG------AC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC





Alignments
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Reference ( family-853 )      : CGGAGCGTG-AAGAAAG-GTGCTA------A---TT-ACTGT-T--TGAA-C--------G-TCCA-------GTC-CCTG--C-N-A------CA-GTGTTT-CTTTAGTCGG-ACA----T-A---AAT----GGAC-A-----AT-AAG-A---TTACTG-TTG-A---------G------------TAGTGTGAAATG--T---------TAGCTGTTTTCAC
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