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Reference ( gi|27705 )        : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAAACT-----------TT--GT-G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAACAGCGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AG-AGTT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TCCTA-AATG-GCGATCG-TTCAC--TGGT--C--AACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-C-G-TG-ACCTATAT----TAC--CTG--T-G---T-CA--GGCA-GGTAATA-T-GG-TCTCAT-GATAACGGCAAA
gi|27704                      : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAAACT-----------TT--GT-G-T-T--C--ATCTG-CCC-TCGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAACAGTGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-TAT-A-AG-AATT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TCCAA-GATG-GCAATCG-TTTTC--------C--AACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-C-G-TG-ACCTATAT----TAC--CTG--T-C---T-CA--GGCA-GGTAATA-T-GC-TCTCAT-AATAACGGCAAA
gi|27707                      : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAAACT-----------TT--GT-G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTAT-AAT-AT-ATTCTTT--ATGC--AAAC--TGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AA-AGTT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TCCAA-AATG-GCGATCG-TTCAC--------C--AACGA----A-TTCAT---CAC---AGA-AAGATCA-C-G-TG-ACCTATAT----CAC--CTG--T-A---T-CA--GGCA-GGTAATA-T-AG-TCTCAT-AATAACGGCAAA
gi|27708                      : ATTTTC-ACT--GTTT-ACAAACT-----------TT--GT-G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAACAGTGTGATT-G-C-A-TC--AA--A-C-TT-CAT-G-AG-AGTT-GTTCAAAACTT-------CA-A--AG-C--GAG-TCCAA-AATC-GCGAGCG-TTCAC--------C--AATG-------TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-C-G-TG-ATCTATAT----TAC--CTG--T-C---T-CA--GGCA-GGTGATA-T-GG-TCTCAT-AATAACGGCTAA
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gi|27712                      : ATTTTC-ACT--GTTT-ACAAACTTTGTATCAACGTT--GT-G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-A
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Alignments
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lowQualScore                  :     5 1   22    1         33  77777777777 1 1 22 22     1  66  7 1   1  7       77 77 33    7         5 4 4 4  22  22 7 4  4   666  2  4  7 55555555  0000000  4 22  4444   4  4      99    5555 111 4  4   0000 22 22222    0000 4     111   111   1       4  7  5 1        0000  7  4  4 7      4       5   5    999         0  
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Reference ( family-850 )      : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAAACTTT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AG-AG-TT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TC-CAAAATN-GCGAT---C---G-TT-CAC----C--A-----ACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ACCTATATTA----CC-TG-TC-T-CAGGCA-GGTAATA-TGG-TCTCGT-AATAACGGCNAA
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gi|27706                      : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAATATTT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCC-TGGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-CA-CAT-A-CG-AG-TT-G--------TT-------CA-A--AA-C--AAG-TC-CAAAACT-TCGAT---C---G-TT-TAC----C--A-----ACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-AG-TG-ACTTATATTA----CT-TG-TC-T-CAGACA-GGAAATA-TGG-TCTGAT-AATAACGGCAAA
gi|27707                      : ATTTGC-ACT--GTTT-ACAAACTTT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTAT-AAT-AT-ATTCTTT--ATGC--AAAC---TGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AA-AG-TT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TC-CAAAATG-GCGAT---C---G-TT-CAC----C--A-----ACGA----A-TTCAT---CAC---AGA-AAGATCA-CG-TG-ACCTATATCA----CC-TG-TA-T-CAGGCA-GGTAATA-TAG-TCTCAT-AATAACGGCAAA
gi|27708                      : ATTTTC-ACT--GTTT-ACAAACTTT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-A-TC--AA--A-C-TT-CAT-G-AG-AG-TT-GTTCAAAACTT-------CA-A--AG-C--GAG-TC-CAAAATC-GCGAG---C---G-TT-CAC----C--A-----ATG-------TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ATCTATATTA----CC-TG-TC-T-CAGGCA-GGTGATA-TGG-TCTCAT-AATAACGGCTAA
gi|27709                      : ATTTCC-ACT--GTTT-ACAAACTAT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCC-TT---AAT-AC-ATTCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-T-TT-CAT-A-AG-AT-TT-G--------TT-------CA-A--AC-C--AAG-TC-CAAAATC-TCGAG---C---G-TT-CAC----C--A-----ACGT----A-TTAGT---CAC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ATCTATATTA----CC-TG-TC-T-CAGGCA-AGTAATA-TGG-TATCAT-AATAACGGCTAA
gi|27710                      : ATTTGC-ACT--GTTTTACAAA-TTT--GT-----------G-T-T--C--ATCTG-CCA-TTATTAAT-AC-ATTCTTT--A--CC-AAAC-AGTG--ATT-G-C-T-TC--AGGCA-C-TA-CAT-A-AG-AA-TT-G--------T--------CA-A--AG-C--GAG-TC--AAAATC-GCGAG---C---A-TT-C-C----C--A-----ACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-CGCTG-ATCTATAATA----CCTTGTTC-T-CA-GCA-GGTAATA-TAG-TCTCAT-AATAACGGCTAA
gi|27711                      : ATTTGC-AC---GTTT-ACAA-CTTT--GTT----------G-T-T--C-----TGGCCC-TCGT-AAT-AC-ATTCTT---A--C--AAAC-AATGTG-TT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AG-AG-TT-T--------TT-------CA-A--A--C--GAG-TC-CAAAATG-GCAGT---C---G-TT-TTT----CCAA-----ACGT----ATTTCGT---CAC---AGTAAAGATCA-CG-TG-A-CTATATTA----CC-TG-TCTT-CAGGCA-GGTAATA-TAGTTCTCATAAATAACGGCAAA
gi|27712                      : ATTTTC-ACT--GTTT-ACAAACTTT--GTATCAACGTTGTG-T-T--C--ATCTG-CCC-TTGT-AAT-AC-A
gi|27713                      : ATTTTC-ACT--GTTT-ACAAACTTTT-GT-----------G-T-T--------------------AAA-AC-TATCTTT--A--C--AAAC-AGTATGATTTG-C-A-TC--AG--AAC-TT-CAT-T-AG-AA-TT-G--------TTT------CA-A--AA-----AA-TT-CAAAATC-GCGAG---C---A-TT-CAC----C--A-----ACGT----A-TTCGT---CAC---AGT-AATATCA-CG-TG-ATCTATAATA-----C-TG-TC-T-CAGGCAGGGTAATA-TAG-T
gi|27714                      : ATTT-C-ACTAAGTTT-ACAAACTTT--GT-----------G-T-TTTC--AT-TG-CCCCTTGT-AAT-GC-ATTTTTTTAA--CGAAAAC-AGTGCGATT-G-C-A-TTCGAG--A-CTTA-CATGA-AGAAG-TT-G---------T-------CA-ATTAG----GAG-TC-AAAAAT---CGATGTACGCAG-TT-CA-----C--A-----ACGTGTCGA-TTCGT---CAC---AGT-AA-ATCT-AT-TG-ATCTATAATA----CTATG-TC-G-CCGGCA---TAATA-TAT-TCTAA--AATAATGGC
gi|27715                      : ATTTGCGACT--GTTT-ACAAACTTT--TT-----------GAT-T--CGAATCCG-CC--TTAT-A-T-ACTGTGCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-CTA-TC--AG--AGC-TATCAT-A-AG-AG-TTAG--------TT-------CA-A--AGTC--GAG-TCTCATAAT--GCGAT---C---G-TT--AT----C--A-----AT-T----A-TTAG----CACTCGAGTAAAGATCA-CG-T
gi|27716                      :       -ACT--GTT--ACAAACTTTAAGT-----------G-TAT--C--G-CTG-CA--TTAT-AATTAC-ATTCTTT--A--A--AAAC-A-TGTATTT-G-C-T-TC--AG--A-C-TA-CAT-ACAG-AAATT-G--------TC-------AA-A--AG-CCAGAG-TC-CAAA-TC-GCGAG---C---A-TTTCAC----C--AG----ACGT----A-CTCGT---C-C---AGTCAAG--CA-CGGTGCATCT-TATTAAATACC-TG-TC-T-CAGGCA--GTAATACTAG-T-TCATAAATAAC
gi|27717                      :                                                                        C-ATTATTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-A-TC--AG--A-C-TA-CAT-A-AG-A
gi|27718                      :                                                                         -ATTCTTT--A--C--AAAC-AGTGTGATT-G-C-AGTC--AG--A-C-TT-CAT-G-AG-AG-TTTG--------TT-------CA-A--AG----GAG-TC-AAAAATTCGCGAG---C---A-TT-CAC----C--A-----ACGT------TTCGT---CAC---CGT-AAGATCAACG-TG-ATCTATAATA----CC-TG-TC-T-CAGGCA-GGTAATA-TAG-TCT-AT-AATAACGGCTAAa
gi|27719                      :                                                                            TCTTT--T--T--AAATTAGTGGG--T-G-G-A-TC--G----------CAT-C-AG-AG-TT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAGATC-CAAAATG-GCGAC---C---G-TT-CAT----C--C-----ACGT----A-T-----------------------A-CG-T---CCTATATTA----AC-TG-TC-TGCAGGCA-GGTAAAA-TGG--CTAAT-AA
gi|27720                      :                                                                                                   GATT-GTC-A-TC--AG--A-C-GA-CAT----G-AG-TT-G--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TC-CAAAATG-GCGAT---C---G-TT-CAC----C--A-----ACGT----A-TCCGT---CAC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ACCTATATTA----CC-GG-TC-T----GCA-TGTAAAC-TGG-T
gi|27721                      :                                                                                                         -C-A-TC--A---A-T-CA-CAT-A-AT-AG-TT-T--------TT-------CA-A--AG-C--GAG-TC-CAAAATG-GCGAT---C---G-TT-CAC----C--A-----ACGC----A-TTCGT---CAC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ACTTATATTA----CC-TG-TC-T-CAGGCA-GGTAATA-TAG-TCTCAT-AATAACGGCGAA
gi|27722                      :                                                                                                                                -A-AG-AG-CT-G--------TTTTTGAGACATA--AG-C--GAG-TC--AAAATG-GCGAT---C---GGTT-CAC----C--ATGGCAACGT----A-TTCGTGTTTGC---AGT-AAGATCA-CG-TG-ATCTATATTA----CC-TG-TC-TGCAAAGA-GGT
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blockSeqs                     :     G G   AA    T         AA  ATCAACGTTGT A A TT GA     G  CC    T   T  T       TA TG GA    T         T T T G  CG  GC A T  T   GA   A  A  A TTCAAAAC  TTTGAGA  T TT  CCA    A  T      TC    TGTA GCA G  T   TGGT CA TGGCA    GTCG T     GTT   TCG   A       A  C  C C        AATA  T  T  T G      G       C   T      A         A
blockSeqs                     :     G .   .     .         T   T           . . .  .      .  C     .   .  .       .  .  C     .         . . . .  .   .  G .  .   AC   .  .  T .         T        . .   TC     .  .      G     T    .   .  .   .    .  G        .    .     .     .     A       .  G  . C        .     A  .  . G      .       .   .      A         A
blockSeqs                     :     G .   .     .         .   .           . . .  .      .  C     .   .  .       .  .  .     .         . . . .  .   .  . .  .   A    .  .  . .         .        . .   C      .  .      T     T    .   .  .   .    .  .        .    .     .     .     C       .  .  . C        .     .  .  . .      .       .   .      .         A
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blockSeqs                     :     T .   .     .         .   .           . . .  .      .  C     .   .  .       .  .  .     .         . . . .  .   .  . .  .   A    .  .  . .         .        . .   C      .  .      G     T    .   .  .   .    .  .        .    .     .     .     .       .  .  . T        .     .  .  . .      .       .   .      .         T
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blockSeqs                     :     G .   .     .         .   .           . . .  .      .  .     .   .  .       .  .  .     .         . . . .  .   .  . .  .   T    .  .  . .         .        . .   C      .  .      C     T    .   .  .   .    .  .        .    .     .     .     .       .  .  . T        .     .  .  . .      .       .   .      .         T
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