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Reference ( gi|113301 ) : CACTA-TCGCTTT--G---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATTT--C---A----TACACAT-GTT-TTA-AT---T-TT-A----TC-GACATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CG-AA--AGC-GTGTT-GC-GT--GGG-ACACC--GTA-T-TTCT--------C--G--C----GAT---G-A-C-GG-C---TT-----TT--GAT-A---GTTCAC---C-TTT--CT-T-CACATCAT-TT-----ACTGCT-T-GAATTTTTA-GTTT-C-TA-T-GG--T---A--T---G-A-A-CTT-T--CAATTTC--CG--TTTAAC-AC--C-----T-----------CCAG-ATA-ATCC---AACT--ATCCCC
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gi|113315 : TT--G---G----GCCA-AA-C-GCT---A-CTC----TGT--C---A----TAC-CATCG---TTA-AT---TCTT-A----TCAAACATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CGTAA--AGC-GTGTT-GC-GT---TG-ACACC---TA-T-TTCT--------C--G--G----CATATGG-G-C-AG-C---TT-----TTTGGAT-ACAGATTTAA---C-TTT--Cc
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Alignments
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Reference ( family-841 ) : CACTA-TCGCTTT--G---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATTT--CA----TA-CGCA-TCGTN-TTA-AT---T-TTATC----GA-CATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CG-AA--AGC-GTGTT-GC-GT--GGG-ACACC-G--TA-T-TTCT--------C--G--C----G--AT---GG-C-GG-C---TT--TT--GAT-A---GTTCAC---C-TTT--CT-T-CACATCAT-TT-----ACTGCT-TGAAAATTTA-GTTT-C-TA-T-GG--T---A--T---G-A-A-CTT-T--CAATTTC--CG--TTTAAC-AC-------------C----NCCAG-----ATA-ATCC---AACT--ATCCCC
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gi|113312 : CACTA-TCTCTTT--G---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATT
gi|113313 : TA-TCGCTTT--G---G------CA-AA---G-TCTAA-CT----ATTT--CA----TA-CAAAATCGT---TA-AT---T-T-ATC----GA-CATT---TT---TTC-G-CC-AATG-T-CG-AA--AGC-ATGTT-GC-GT--GGG-ACACC-G--TA-T-TTCT--------CAGG--C----G--AT---GA-C-GG-C----T--TT--GATAA---GTTCAC---C-ATT--CT-T-CACATCA
gi|113314 : CGCTTTCTG---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATTT--CA----TA-CGCA-TCGT---TA-AT---T-TTATC----GA-CATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CG-AA--AGC-GTGTT-GC-GT---GG-ACACC-G--TA-T-TTCTG-------G--G--C----G--AT---GT-C-TG-C---CT--TT--GAT-A---GTTCAC---C-TTT--CTCT-CACATCAT-TC-----ACTGCT-TGAAAATTTA-GTTT-C-TA-T-GG--T---A--T---G-G-A-CTT-T--CAATTTC--CG---TTAAC-AC-------------C----ACCAG-----ATA-ATCC---AACT--ATCCCC
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CG C . TA . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . GGGCG . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . TC . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C C . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . .
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lowQualScore : 1 77 777 7777 5 5 5 5 444 5 444 44 3333 5 99 5 777 44 22222222222 5 5 7 3333 5 444 444 5 5 0 5 5 5 5 44 5 5 7 222 7 33 7 7 9999999 888888888 7 777 7 7 777 44 44 5 444 444 0 44 7 7 2 77777 1 2 1 1 66 1 2 22 000 22 444 7 7 7 7 33 77 111 5 0000000000000000000 88888 0 333 44
consensus : CACTA-TCGCTTT--G---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATTT--CA----T-ACGCA-T--CG--T------T--A-AT-T-TTA----TCGA-CATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CG-AA--AGC-GTGTT-GC-GT--GGG-ACACC--GTA-T-TTCT-----C-GGC------G--AT-G-G-C-GG-C---TT--TT--GAT-A---GTTCAC---C-TTT--CT-T-CACATCAT-TT-----ACTGCT-TGAAAATTTA-GTTT-C-TA-T-GG--T---A--T---G-A-A-CTT-T--CAATTTC--CG--TTTAAC-AC-------------C----NCCAG-----ATA-ATCC---AACT--ATCCCC
Reference ( family-841 ) : CACTA-TCGCTTT--G---G----GCCA-AA-C-G-T---A-CTC---ATTT--CA----T-ACGCA-T--CG--T------T--A-AT-T-TTA----TCGA-CATT---TT---TCA-G-CC-A-TG-T-CG-AA--AGC-GTGTT-GC-GT--GGG-ACACC--GTA-T-TTCT-----C-GGC------G--AT-G-G-C-GG-C---TT--TT--GAT-A---GTTCAC---C-TTT--CT-T-CACATCAT-TT-----ACTGCT-TGAAAATTTA-GTTT-C-TA-T-GG--T---A--T---G-A-A-CTT-T--CAATTTC--CG--TTTAAC-AC-------------C----NCCAG-----ATA-ATCC---AACT--ATCCCC
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gi|113315 : -A-A-CTT-T--CAATTCT--GG--TTTAAC-AC-------------C----TCCAG-----ATA-ATCC---AACT--ATGCCCaattctggtttaacacctccagataatccaactatgcccagg
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gi|113317 : TT--CA----T-ATACA-T--CG--TGATGAAT--ACAT-G-TTA----TCGA-CATTATGTC---TCACG-CC-A-GG-TTCG-TACGAGC-GTGT--GC-GA--TGG-ACACCC-GTT-A-TTC------C-GGC---------AT-G-A-C-AG-----TT--TT--GAT-G---GTTTAC---C-TT---CT-T-CACATCAT-TT-----ACTGCT-TG-GAATTTA-GTTT-C-TA-T-GG--TAAAA--T---G-A-A-CTTAT--CCATTTC--CGC-TTTAAC-AC-------------T----TCCCG-----ATAGATCCAAAAACT--ACCCCC
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gi|113319 : -A-A-CTT-T--CAATTTC--CG--TTTAAA-AC-------------C----ACCAG-----ATA-ATCC---TACT--ATCCCc
gi|113320 : TTAAC-AC-------------C----ACCAA-----ATA-ATCC---AACT--ATCCCC