lowQualScore : 1 11
lowQualScore : 8 33 99999999 888888888 4 2 2 2 777 66 0 11 2
lowQualScore : . .. ........ ......... . . . . ... .. . .. .
lowQualScore : 8 77 77777777 666666666 4 1 1 1 999 11 1 77 4
consensus : ACAAACAAAAAA--GATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-CGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Reference ( gi|103201 ) : ACAAACAAAACA--GATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-TTACG-ATAA
gi|103202 : ACAAACAAAAAAAAGATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAA--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103200 : ACAAACAAAA-A--GATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103204 : ACAAACAAAAAA--GATATA--------CAT-------G-TG-AGTG-GGATCAG-TGT-CT-A---TTC-TTTAG--AATCCT-CTACGTATAA
gi|103203 : ACAAACAAACAA--GATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTC-TTTAG---ATTCT-CTACG-ATAA
gi|103206 : ACAAACAAAAAG--AATATT--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAAT--TTTTTTTAG--AACTCT-CTACG-ATAA
gi|103210 : ACAAACAAAA-A--AA-AGA--------GAT-------A-TA-AGTG-GGATCAG-CGT-CTAA---TTCTTTTTG--AATCCT-CTACG-ACAA
gi|103207 : ACAAACAATATA--TATATA--------TAT-------GATC-AGTG-TGATCAG-CGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103205 : ACAAAAAGAGAA--TATGTA--------CAG-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTC-TTTAG--AAT-CT-CTACG-AT
gi|103209 : ACAAATAAAAAG--AATATA--------CAT-------GGTA-AGGT-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103208 : ACAAATAAAAAG--AATATA--------CAT-------GGTA-AGGT-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103211 : ACAAACATAAAA--GATATACATTTATACAT-------G-TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TT
gi|103212 : CAAACAAAA-A--GATATA--------CATGTACATGG-TA-AGTGAAGATCAG-TGTCCTAAT--TTCTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103214 : AAAAAAAAAA--GATATA--------CAT-------G-TA-AGTG-GGATCAGCTGT-CTAA---TTCTTTAAG--AATCCT-
gi|103213 : AAGAAGATA--TATGTA--------CAT-------G-CA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103215 : aaatAACAAAAAA--GATATT--------CAT---------TA-AGTG-GGATCAG-TGT-CTAATTTTTTTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103217 : -------G-TAGAGCG-GAATCAG-CGT-TTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103216 : -------G-TAGAGGG-GGATCAG-CGT-TTAA---TTCTTCTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103218 : aaaaaatatttcttgaacagtga-AGTG-GGATCAG-CGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103219 : GTG-GGATCAG-CGT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 33 5555555555555555 999999999 2 55555 2 22 2 777 55 4 2
lowQualScore : .. ................ ......... . ..... . .. . ... .. . .
lowQualScore : 22 2222222222222222 444444444 1 00000 0 44 0 555 88 2 2
consensus : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Reference ( family-838 ) : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103200 : ACAAACAAAA---AGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103201 : ACAAACAAAA--CAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-TTACG-ATAA
gi|103202 : ACAAACAAAAAAAAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAA--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103203 : ACAAACAAAC--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG---ATTCT-CTACG-ATAA
gi|103204 : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TG-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CT-A---TTC-TTTAG--AATCCT-CTACGTATAA
gi|103205 : ACAAAAAGAG--AATATGT-------A--------CAG-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG--AAT-CT-CTACG-AT
gi|103206 : ACAAACAAAA--AGAATAT-------T--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAAT--TTTTTTTAG--AACTCT-CTACG-ATAA
gi|103207 : ACAAACAATA--TATATAT-------A--------TAT-------GATC-AGT-----G-TGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103208 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103209 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103210 : ACAAACAAAA--AAAAGAG-------A--------TAT----------A-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTTG--AATCCT-CTACG-ACAA
gi|103211 : ACAAACATAA--AAGATAT-------ACATTTATACAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TT
gi|103212 : CAAACAAAA---AGATAT-------A--------CATGTACATGG-TA-AGT-----GAAGATCAGT-GTCCTAAT--TTCTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103213 : AAG--AAGATAT-------ATGTA----CAT-------G-CA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103214 : aaatAAAAAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGCTGT-CTAA---TTCTTTAAG--AATCCT-
gi|103215 : AACAAAA--AAGATAT-------T--------CAT---------TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAATTTTTTTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103216 : AA--AAAATATTTCTTGAA--------CA--------G-TG-AGTAGAGGG-GGATCAGC-GT-TTAA---TTCTTCTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103217 : -------G-TAGAGC-----G-GAATCAGC-GT-TTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103218 : -AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103219 : GT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 33 5555555555555555 999999999 2 55555 2 22 2 777 55 4 2
lowQualScore : .. ................ ......... . ..... . .. . ... .. . .
lowQualScore : 22 2222222222222222 444444444 1 00000 0 44 0 555 88 2 2
consensus : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Reference ( family-838 ) : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103200 : ACAAACAAAA---AGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103201 : ACAAACAAAA--CAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-TTACG-ATAA
gi|103202 : ACAAACAAAAAAAAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAA--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103203 : ACAAACAAAC--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG---ATTCT-CTACG-ATAA
gi|103204 : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TG-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CT-A---TTC-TTTAG--AATCCT-CTACGTATAA
gi|103205 : ACAAAAAGAG--AATATGT-------A--------CAG-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG--AAT-CT-CTACG-AT
gi|103206 : ACAAACAAAA--AGAATAT-------T--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAAT--TTTTTTTAG--AACTCT-CTACG-ATAA
gi|103207 : ACAAACAATA--TATATAT-------A--------TAT-------GATC-AGT-----G-TGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103208 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103209 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103210 : ACAAACAAAA--AAAAGAG-------A--------TAT----------A-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTTG--AATCCT-CTACG-ACAA
gi|103211 : ACAAACATAA--AAGATAT-------ACATTTATACAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TT
gi|103212 : CAAACAAAA---AGATAT-------A--------CATGTACATGG-TA-AGT-----GAAGATCAGT-GTCCTAAT--TTCTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103213 : AAG--AAGATAT-------ATGTA----CAT-------G-CA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103214 : aaatAAAAAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGCTGT-CTAA---TTCTTTAAG--AATCCT-
gi|103215 : AACAAAA--AAGATAT-------T--------CAT---------TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAATTTTTTTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103216 : AA--AAAATATTTCTTGAA--------CA--------G-TG-AGTAGAGGG-GGATCAGC-GT-TTAA---TTCTTCTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103217 : -------G-TAGAGC-----G-GAATCAGC-GT-TTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103218 : -AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103219 : GT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
blockSeqs : AA ACATTTATA GTACATGG G AGAGG A CT C TTT AA G T
blockSeqs : . TTCTTGAA GA . . . T . T AA G .
blockSeqs : . ATGTA GG . . . T . T . . .
blockSeqs : . A GG . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . C . . . . .
blockSeqs : . T G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . C . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . A G . . . T . . . . .
blockSeqs : . T . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . .
blockSeqs : . . C . .
blockSeqCons :
originalCons : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
finalCons : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 33 5555555555555555 999999999 2 55555 2 22 2 777 55 4 2
lowQualScore : .. ................ ......... . ..... . .. . ... .. . .
lowQualScore : 22 2222222222222222 444444444 1 00000 0 44 0 555 88 2 2
consensus : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
Reference ( family-838 ) : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103200 : ACAAACAAAA---AGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103201 : ACAAACAAAA--CAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-TTACG-ATAA
gi|103202 : ACAAACAAAAAAAAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAA--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103203 : ACAAACAAAC--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG---ATTCT-CTACG-ATAA
gi|103204 : ACAAACAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TG-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CT-A---TTC-TTTAG--AATCCT-CTACGTATAA
gi|103205 : ACAAAAAGAG--AATATGT-------A--------CAG-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTC-TTTAG--AAT-CT-CTACG-AT
gi|103206 : ACAAACAAAA--AGAATAT-------T--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAAT--TTTTTTTAG--AACTCT-CTACG-ATAA
gi|103207 : ACAAACAATA--TATATAT-------A--------TAT-------GATC-AGT-----G-TGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCAT-ATACG-ATAA
gi|103208 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103209 : ACAAATAAAA--AGAATAT-------A--------CAT-------GGTA-AGG-----T-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAGAAAATCATGCTACG-ATGA
gi|103210 : ACAAACAAAA--AAAAGAG-------A--------TAT----------A-AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTTG--AATCCT-CTACG-ACAA
gi|103211 : ACAAACATAA--AAGATAT-------ACATTTATACAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TT
gi|103212 : CAAACAAAA---AGATAT-------A--------CATGTACATGG-TA-AGT-----GAAGATCAGT-GTCCTAAT--TTCTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103213 : AAG--AAGATAT-------ATGTA----CAT-------G-CA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103214 : aaatAAAAAAAA--AAGATAT-------A--------CAT-------G-TA-AGT-----G-GGATCAGCTGT-CTAA---TTCTTTAAG--AATCCT-
gi|103215 : AACAAAA--AAGATAT-------T--------CAT---------TA-AGT-----G-GGATCAGT-GT-CTAATTTTTTTTTTAG--AAT-CT-CTACG-ATAA
gi|103216 : AA--AAAATATTTCTTGAA--------CA--------G-TG-AGTAGAGGG-GGATCAGC-GT-TTAA---TTCTTCTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103217 : -------G-TAGAGC-----G-GAATCAGC-GT-TTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103218 : -AGT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA
gi|103219 : GT-----G-GGATCAGC-GT-CTAA---TTCTTTTAG--AATCCT-CTACG-ATAA