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blockSeqs                     :        .   .  . .      A     A   .    .    A  .    . .   .    T   T .   A .    C .    A   .   AA    A  A    AGA     .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      G     T   .    .    .  .    . .   .    C   . .   . .    . .    T   .   .     C  A    AA      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AC      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AA      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AA      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AC      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AA      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AC      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AA      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AC      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    AC      .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    A       .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     A   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    A       .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     .   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    A       .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     .   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    A       .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     .   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    .       .    .      .
blockSeqs                     :        .   .  . .      .     .   .    .    .  .    . .   .    .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .    .       .    .      .
blockSeqs                     :                                                               .   . .   . .    . .    .   .   .     .  .                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTAAATT-CAA-TG-A------T--TCAA-ATA----T-AAAA-CA-TGGC-A-TTG-CGGC--TT-G--AT-A---CG-A-TGAA--TT-TGT---AGT-AC-ACCTA-A-AATG-TTAA-CACTTC-ATTGT
finalCons                     : TTAAATT-CAA-TG-A------T--TCAA-ATA----T-AAAA-CA-TGGC-A-TTG-CGGC--TT-G--AT-A---CG-A-TGAA--TT-TGT---AGT-AC-ACCTA-A-AATG-TTAA-CACTTC-ATTGT





Alignments
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lowQualScore                  :        .   .  . ...... ..    ..  .... .    .  .    . .   .    ..  . ..  . ...  . .    ..  .   ...   .  .    ....    .    .      .     
lowQualScore                  :        1   1  1 111111 11    22  5555 1    2  1    1 1   1    88  0 88  0 555  0 0    88  0   222   0  0    9999    1    1      1     
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Reference ( family-835 )      : TTAAATT-CAA-TG-A------T--TCAA-ATA----T-AAAA-CA-TGGC-A-TTG-CGGC--TT-G--AT-A---CG-A-TGAA--TT-TGT---AGT-AC-ACCTA-A-AATG-TTAA-CACTTC-ATTGT
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gi|119126                     :                                                               --TT-G--AT-A---CG-A-TGAA--TT-TGT---AGT-AC---------AATG-TTAA-CACTTT-ATTGTtat