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lowQualScore                  :         4      66 33333333333333   2  6666   2 33  2  2  33   2  3333333  2   33  33 88888888  2    4 2   2 55555  33  4444   2 2 2 4  555555 1 2  5 4444 0  33   2 2     2 3333   2  2 2  4 7777 22 333 2    33        55    33     99   2  2 33 33   2       2     
lowQualScore                  :         .      .. ..............   .  ....   . ..  .  .  ..   .  .......  .   ..  .. ........  .    . .   . .....  ..  ....   . . . .  ...... . .  . .... .  ..   . .     . ....   .  . .  . .... .. ... .    ..        ..    ..     ..   .  . .. ..   .       .     
lowQualScore                  :         4      99 00000000000000   9  1111   9 99  9  7  77   0  5555555  7   77  44 55555555  4    7 4   4 99999  22  7777   4 5 2 4  777777 3 2  8 7777 7  11   2 2     1 8888   1  1 1  2 4444 99 777 1    11        66    22     44   4  3 22 11   4       5     
consensus                     : AATGCCTA-TGAGAA-NT----G--GCTAAA-TGA-GG----AAA-C--CC-CA-AG--CTTGAAC------TT-AGA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-TG-----CGCC-ATGT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
Reference ( gi|4550 )         : AATGCCTA-TGAGAA-AT----G--GCTGAATTGA-GG----AAA-C--CC-CA-AG--CTTGAAG------TT-AGA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-TA-----CGTC-ATAT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-GTTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4552                       : AATGCCTA-TGAGAA-AT----GCAGCTAA--TGA-GG----AAA-C--TC-CA-TG--CTTGAAA------AT-AGA--CT--T--------GT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-TA-----CGCC-ATGT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAT-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCG--TGTAA-ATTT-TAGC--A-TGAA-ATAAGAA-AAATT
gi|4551                       : AATGACTA-TGAGAA-AT----GCAGCTAA--TGA-GG----AAA-C--TC-CA-TG--CTTGAAC------TT-AGT--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-TA-----CACC-ATGT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ATAAGGA-AA
gi|4555                       : AATGCCTA-TGAGAAGAT----GCAGCTTAAT-AA-GG----AAA-C--CC-CA-AG--CTTGAAC------TT-AGA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-ATT-ATTA-----CGTC-ATGT----AGCA---TT-A-AATC--T--C-AAA-GT-A-CA-A----A--T-----TTGT--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAA---A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4554                       : AATGCCTA-TCAGAA-AT----GCAGCTA---TGA-GG----AAA-TTACC-CA-TG--CTTGAAC------TT-AGA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-TA-----TGCC-ATGT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-TTGA--TGAAGTGA--ATTA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-AGAA-A
gi|4553                       : AATACCTA-TGAGAA-TTTC--A--GTTAA--TGA-GG----AAA-C--CC-CA-AG--CTTAAAC------TC--GA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAAATGT-A-TG-----CGCC-ATGT----AACA--TTGGA-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4557                       : AAAGCCTA-TGAGTA-TT--------CAGTAATGA-GG----ACT-C--CC-CA-AG--CTATAAC------TT-AGA--CT--T--------AT-AT-T-C-GTT-T-----TT--AGT----AA-GTT-G-CA--------C-ATAT----AACA--TTG-A-AAT-A-TAAA-AAA-AT-A-CACA----A--T---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAATGTCT-TGTC--A--GAATAC-AGAA-AATTT
gi|4558                       : AATACCTAATGCGAA-TT---------TCAATTAA-GACGGAAAA-C--CC-CA-AG--CTTAAAC------TC-AGA--CT--T--------AT--TATGT-GTT-T-----GTACGTC---GAG-T-----TG-----CGCC-ATGT----AACA--TTG-A-AATCA-T----AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-GAAA--TGAA
gi|4559                       :  ATGCCTA-TGAGAA-GCTTTCA--GTTAA--TGA-GG----AAAAC--CCACA-AG--CTGTAAC------TCCAGA--CTACT--------GT-ATCT-C-GTTGT-----GT--AGT---GAA-ATG-G-TAAAGCGCATG-GTAA----AACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GTCA-CA-A----A--T---G-TTAA--TTAACAGAACATCACGTGTAA-ATTC-TAGC--AGCGAA-ACAAGAACAATTT
gi|4560                       :      CTA-TGAGAA-TTTC--A--GTTAA--TGA-GG----AAA-C--CC-CA-AG--CTTAAAC------TC-AGA--CT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAA-TGT-A-TG-----CGCC-AT-T----AACA--TGT-G-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTTCTAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4556                       :               A-AT----G--CCTGAAACGAAGG----AAA-C--CC-TAGAG--TTTGAAGCTTATATT-AGA--CT--T--------ATTATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAC-TTT-A-TA-----CGTC-ATAT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-ACCA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA--TTT-AAAG--T-TGAA-AC-AGAA-GA
gi|4562                       :                        --GCTAA--TGA-AG----ACA-C--CC-AA-CA--TTTAGAT------TC-AGT--GT--T--------AT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-TG------GCC-ATTTTAAAAAAA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--TTATG-TCAA--TGAGTTGA--ATCA--TATAA-ATTT-TATC--A-TGAA-ACAAGAA-AAT
gi|4563                       :                      ca--GCT-AATGAA-GG----GAA-C--CC--A-AC--ATT----------TT-AGA--TT--CCGTGTTTAAT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-TG------GCC-ATTT----AAAAAATTT-A-AATCA-T--A-AAAAGT-A-AA-ATT--A--T---GATCAA--TGAGTTGC--ATCA--TAGAA-ATTT-TATC--C-TGAA-ACAAGAA-
gi|4561                       :                            caAATAGA-GG----AAA-C--CA-CA-AG--CTTAAAC------TT-AGA--CT--T--------AT-ACAT-C-GTC-T-----GT--AGT---AAA-TGT-A-TG-----CGTC-ATGT----AACA--TTT-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-AA-A----A--T---A-TTAA--TGAACTCA--ATCA--TATAA-ATTT-TGCC--A-CG-A-ACATGAA-CATTT
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Alignments
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lowQualScore                  :         3      44 9999999   2  55 2  2     2 33  2  2  33   1 2 2   77777777    33 00000000  4    2 2   2 55555  33   333   2 1 2 4 333        2 4444  22  22   2 2     2 3333   2  2 2  4 7777 22 333 2    22        55    33     2    2  2 33 55   2       2     
lowQualScore                  :         .      .. .......   .  .. .  .     . ..  .  .  ..   . . .   ........    .. ........  .    . .   . .....  ..   ...   . . . . ...        . ....  ..  ..   . .     . ....   .  . .  . .... .. ... .    ..        ..    ..     .    .  . .. ..   .       .     
lowQualScore                  :         6      33 9999999   9  44 7  7     7 77  7  5  44   2 5 5   22222222    22 33333333  4    2 2   2 66666  11   999   2 8 1 2 777        1 5555  99  99   1 1     0 1111   0  0 0  0 0000 88 555 0    99        33    11     2    2  7 11 33   2       4     
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Reference ( family-834 )      : AATGCCTA-TGAGAAN-T----G--GCT-AA-AT-GA-GGAAA-C--CC-CA-AG--CTTGA-A-CTT--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCATG-T----AA--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4550                       : AATGCCTA-TGAGAAA-T----G--GCT-GA-ATTGA-GGAAA-C--CC-CA-AG--CTTGA-A-GTT--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCATA-T----AG--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-GTTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4551                       : AATGACTA-TGAGAAA-T----GCAGCT-AA--T-GA-GGAAA-C--TC-CA-TG--CTTGA-A-CTT--A-----GTCT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACACCATG-T----AG--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ATAAGGA-AA
gi|4552                       : AATGCCTA-TGAGAAA-T----GCAGCT-AA--T-GA-GGAAA-C--TC-CA-TG--CTTGA-A-AAT--A-----GACT--T--------GT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGCCATG-T----AG--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAT-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCG--TGTAA-ATTT-TAGC--A-TGAA-ATAAGAA-AAATT
gi|4553                       : AATACCTA-TGAGAAT-TTC--A--GTT-AA--T-GA-GGAAA-C--CC-CA-AG--CTTAA-A-CTC--------GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAAATGT-A-T---GCGCCATG-T----AA--CA--TTGGA-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4554                       : AATGCCTA-TCAGAAA-T----GCAGCT-A---T-GA-GGAAA-TTACC-CA-TG--CTTGA-A-CTT--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ATGCCATG-T----AA--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-TTGA--TGAAGTGA--ATTA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-AGAA-A
gi|4555                       : AATGCCTA-TGAGAAGAT----GCAGCT-TA-AT-AA-GGAAA-C--CC-CA-AG--CTTGA-A-CTT--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-ATT-ATT---ACGTCATG-T----AG--CA---TT-A-AATC--T--C-AAA-GT-A-CA-A----A--T-----TTGT--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAA---A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4556                       :               AA-T----G--CCTGAA-AC-GAAGGAAA-C--CC-TAGAG--TTTGA-AGCTT--ATATTAGACT--T--------ATTATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAC-TTT-A-T---ACGTCATA-T----AA--CA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-ACCA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGT-A-ATTT-AAAG--T-TGAA-AC-AGAA-GA
gi|4557                       : AAAGCCTA-TGAGTAT-T----C--AGT-AA--T-GA-GGACT-C--CC-CA-AG--CTATA-A-CTT--A-----GACT--T--------AT-AT-T-C-GTT-T-----TT--AGT---AAG-T-----T---GCA-CATA-T----AA--CA--TTG-A-AAT-A-TAAA-AAA-AT-A-CACA----A--T---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAATGTCT-TGTC--A--GAATAC-AGAA-AATTT
gi|4558                       : AATACCTAATGCGAAT-TTC--A--ATT-AAGAC-G--GAAAA-C--CC-CA-AG--CTTAA-A-CTC--A-----GACT--T--------ATTATGT---GTT-T-----GTACGTC---GAG-TT--------GCGCCATG-T----AA--CA--TTG-A-AATCA-T----AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-GAAA--TGAA
gi|4559                       :  ATGCCTA-TGAGAAG-CTTTCA--GTT-AA--T-GA-GGAAAAC--CCACA-AG--CTGTA-A-CTCC-A-----GACTACT--------GT-ATCT-C-GTTGT-----GT--AGT---GAA-ATG-G-TAAAGCGC-ATGGT----AAAACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GTCA-CA-A----A--T---G-TTAA--TTAACAGAACATCACGTGTAA-ATTC-TAGC--AGCGAA-ACAAGAACAATTT
gi|4560                       :      CTA-TGAGAAT-TTC--A--GTT-AA--T-GA-GGAAA-C--CC-CA-AG--CTTAA-A-CTC--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAA-TGT-A-T---GCGCCAT--T----AA--CA--TGT-G-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTTCTAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4561                       :        A-TGAGAGT-TTC--A--GTT-AA-TA-GA-GGAAA-C--CA-CA-AG--CTTAA-A-CTT--A-----GACT--T--------AT-ACAT-C-GTC-T-----GT--AGT---AAA-TGT-A-T---GCGTCATG-T----AA--CA--TTT-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-AA-A----A--T---A-TTAA--TGAACTCA--ATCA--TATAA-ATTT-TGCC--A-CG-A-ACATGAA-CATTT
gi|4562                       :                        --GCT-AA--T-GA-AGACA-C--CC-AA-CA--TTTAG-A-TTC--A-----GTGT--T--------AT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCATT-TTAAAAA--AA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--TTATG-TCAA--TGAGTTGA--ATCA--TATAA-ATTT-TATC--A-TGAA-ACAAGAA-AAT
gi|4563                       :                      ca--GCT-AA--T-GA-AGGGA-A--CC-CA-AC--ATT------TT--A-----GATT--CCGTGTTTAAT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCATT-T----AA--AAAATTT-A-AATCA-T--A-AAAAGT-A-AA-ATT--A--T---GATCAA--TGAGTTGC--ATCA--TAGAA-ATTT-TATC--C-TGAA-ACAAGAA-
gi|4564                       :                                caT-GA-GGAAC-C--CC-CA-AGTGCTTGATA-CTTTAG-----GATT--TT-------AT-ATATAC-GTT-CTGGTCGT--GGCAGCGAA-TTTTACT---ACTCGATG-T----AG--CA--TTT-AGAATCA-T--ATAAA-GT-A-CACA----A--T---G-TTGACTTGAAGTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-GATTT
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gi|4566                       :                                                                                T--T--------AT-AGAT-CTATA-T-----GT--AAC---AAC-TAT-A-T---GCGACGTG-T----AA--CA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-T
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Alignments
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lowQualScore                  :                       .      ... . . . .  .. .  ..  .    ..  .  .  ..   . . .  . .. .....    .. ........  .    . .   . .....  ..   ...   . . . . ...   .   .  ....    ..   . .     . ....   .  . .  . .... .. ... .    ..        ..    ..     .    .  . .. ..   .       .     
lowQualScore                  :                       6      222 2 8 4 9  99 9  77  7    77  7  5  44   2 5 5  5 44 22222    22 33333333  4    2 2   2 66666  11   999   2 8 1 2 777   6   1  4444    99   1 1     0 1111   0  0 0  0 0000 88 555 0    99        33    11     2    2  7 11 33   2       4     
consensus                     :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
Reference ( family-834 )      :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCGGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4550                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--T--GGCT-GAATT-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-GT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-GTTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4551                       :               AATGACTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GTCT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACACCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ATAAGGA-AA
gi|4552                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-AA-T--A-----GACT--T--------GT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGCCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAT-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCG--TGTAA-ATTT-TAGC--A-TGAA-ATAAGAA-AAATT
gi|4553                       :               AATACCTA-TGAGAAT--TTCAGTT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--------GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAAATGT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTGGA-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4554                       :               AATGCCTA-TCAGAAA--TGCAGCT-A---T-GA--GG-AAATTACC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ATGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-TTGA--TGAAGTGA--ATTA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-AGAA-A
gi|4555                       :               AATGCCTA-TGAGAAGA-TGCAGCTTAA--T-AA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-ATT-ATT---ACGTCAT-GT----AGCA---TT-A-AATC--T--C-AAA-GT-A-CA-A----A--T-----TTGT--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAA---A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4556                       :                                                A--GG-AAAC--CC-TAGAG--TTTGA-AGCT-T--ATATTAGACT--T--------ATTATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAC-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-ACCA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGT-A-ATTT-AAAG--T-TGAA-AC-AGAA-GA
gi|4557                       : aatgcctgaaacgaAAAGCCTA-TGAGTA---TTCAG-T-AA--T-GA--GG-ACTC--CC-CA-AG--CTATA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-AT-T-C-GTT-T-----TT--AGT---AAG-T-----T---GCA-CAT-AT----AACA--TTG-A-AAT-A-TAAA-AAA-AT-A-CACA----A--T---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAATGTCT-TGTC--A--GAATAC-AGAA-AATTT
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Alignments
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lowQualScore                  :                       .      ... .   . .  .. .  ..  .    ..  .  .  ..   . . .  . .. .....    .. ........  .    . .   . .....  ..   ...   . . . . ...   .   .  ....    ..   . .     . ....   .  . .  . .... .. ... .    ..        ..    ..     .    .  . .. ..   .       .     
lowQualScore                  :                       6      222 2   4 9  99 9  77  7    77  7  5  44   2 5 5  5 44 22222    22 33333333  4    2 2   2 66666  11   999   2 8 1 2 777   6   1  4444    99   1 1     0 1111   0  0 0  0 0000 88 555 0    99        33    11     2    2  7 11 33   2       4     
consensus                     :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
Reference ( family-834 )      :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4550                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--T--GGCT-GAATT-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-GT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-GTTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4551                       :               AATGACTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GTCT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACACCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ATAAGGA-AA
gi|4552                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-AA-T--A-----GACT--T--------GT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGCCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAT-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCG--TGTAA-ATTT-TAGC--A-TGAA-ATAAGAA-AAATT
gi|4553                       :               AATACCTA-TGAGAAT--TTCAGTT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--------GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAAATGT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTGGA-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4554                       :               AATGCCTA-TCAGAAA--TGCAGCT-A---T-GA--GG-AAATTACC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ATGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-TTGA--TGAAGTGA--ATTA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-AGAA-A
gi|4555                       :               AATGCCTA-TGAGAAGA-TGCAGCTTAA--T-AA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-ATT-ATT---ACGTCAT-GT----AGCA---TT-A-AATC--T--C-AAA-GT-A-CA-A----A--T-----TTGT--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAA---A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4556                       :                                                A--GG-AAAC--CC-TAGAG--TTTGA-AGCT-T--ATATTAGACT--T--------ATTATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAC-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-ACCA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGT-A-ATTT-AAAG--T-TGAA-AC-AGAA-GA
gi|4557                       : aatgcctgaaacgaAAAGCCTA-TGAGTA---TTCAG-T-AA--T-GA--GG-ACTC--CC-CA-AG--CTATA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-AT-T-C-GTT-T-----TT--AGT---AAG-T-----T---GCA-CAT-AT----AACA--TTG-A-AAT-A-TAAA-AAA-AT-A-CACA----A--T---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAATGTCT-TGTC--A--GAATAC-AGAA-AATTT
gi|4558                       :               AATACCTAATGCGAAT--TTCAATT-AA----GACGGA-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--A-----GACT--T--------ATTATGT---GTT-T-----GTACGTC---GAG-TT--------GCGCCAT-GT----AACA--TTG-A-AATCA-T----AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-GAAA--TGAA
gi|4559                       :                ATGCCTA-TGAGAAGCTTTCAGTT-AA--T-GA--GGAAAAC--CCACA-AG--CTGTA-A-CTCC--A-----GACTACT--------GT-ATCT-C-GTTGT-----GT--AGT---GAA-ATG-G-TAAAGCG-CATGGTAA--AACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GTCA-CA-A----A--T---G-TTAA--TTAACAGAACATCACGTGTAA-ATTC-TAGC--AGCGAA-ACAAGAACAATTT
gi|4560                       :                    CTA-TGAGAAT--TTCAGTT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAA-TGT-A-T---GCGCCAT--T----AACA--TGT-G-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTTCTAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4561                       :                      A-TGAGAGT--TTCAGTT-AA--TAGA--GG-AAAC--CA-CA-AG--CTTAA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ACAT-C-GTC-T-----GT--AGT---AAA-TGT-A-T---GCGTCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-AA-A----A--T---A-TTAA--TGAACTCA--ATCA--TATAA-ATTT-TGCC--A-CG-A-ACATGAA-CATTT
gi|4562                       :                                   CAGCT-AA--T-GA--AG-ACAC--CC-AA-CA--TTTAG-A-TT-C--A-----GTGT--T--------AT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCAT-TTTAAAAAAA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--TTATG-TCAA--TGAGTTGA--ATCA--TATAA-ATTT-TATC--A-TGAA-ACAAGAA-AAT
gi|4563                       :                                   CAGCT-AA--T-GA--AG-GGAA--CC-CA-AC--ATT------T-T--A-----GATT--CCGTGTTTAAT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCAT-TT----AAAAAATTT-A-AATCA-T--A-AAAAGT-A-AA-ATT--A--T---GATCAA--TGAGTTGC--ATCA--TAGAA-ATTT-TATC--C-TGAA-ACAAGAA-
gi|4564                       :                                     GTT-AT--T-GA--GG-AACC--CC-CA-AGTGCTTGATA-CT-TTAG-----GATT--TT-------AT-ATATAC-GTT-CTGGTCGT--GGCAGCGAA-TTTTACT---ACTCGAT-GT----AGCA--TTT-AGAATCA-T--ATAAA-GT-A-CACA----A--T---G-TTGACTTGAAGTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-GATTT
gi|4565                       :                                                                A-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-CTAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-C---ATGTCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAA--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4566                       :                                                                                             T--T--------AT-AGAT-CTATA-T-----GT--AAC---AAC-TAT-A-T---GCGACGT-GT----AACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-T
gi|4567                       :                                                                                                 --------AT-ATAT-C-GTT-T-----GC--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTTA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4568                       :                                                                                                                                             T-A-T---GCTCCAT-AT----AACC--ATT-G-AATAAAT--A-AAA-GT-A-CA-A----AGAT---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4569                       :                                                                                                                                                                                   A-T--A-AAA-TT-A--A-ATGATA--T---G-TTAA--TGAACAGAC-ATCA--TGTAA-ATTC-TAGCCCA-CGAA-ACGAGAA-AATTT


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blockSeqs                     :                                                 .   .    .   .  .  .    G . .  . .  .        .  .         .    . .   . .      .    .     . T . . .     A   .  .       .    . .     . A      .  . .  . .    .  .   .    .         .     .      .    .  A .  T    .       .
blockSeqs                     :                                                                 .  .    . . .  . .  .        .  .         .    . .   . .      .    .     . A . . .     T   .  .       .    . .     . G      .  . .  . .    .  .   .    .         .     .      .    .  A .  C    .       .
blockSeqs                     :                                                                                              .  .         .    . .   . .      .    .     . T . . .     C   .  .       .    . .     . A      .  . .  . .    .  .   .    .         .     .      .    .  G .  C    .       .
blockSeqs                     :                                                                                                 .         .    . .   . .      .    .     . . . . .     .   .  .       .    . .     . A      .  . .  . .    .  .   .    .         .     .      .    .  G .  .    .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                              . . .     .   .  .       .    . .     . A      .  . .  . .    .  .   .    .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                    . .      .  . .  . .    .  .   .                                                      


blockSeqCons                  :                                           **
originalCons                  :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
finalCons                     :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT





Alignments
lowQualScore                  :                              111                                                                11111111                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                       3      333 4   0 2  33 2  33  2    33  2  2  33   1 2 2  2 33 66666    33 00000000  4    2 2   2 55555  33   333   2 1 2 4 333   1   2  7777    22   2 2     2 3333   2  2 2  4 7777 22 333 2    22        55    33     2    2  2 33 55   2       2     
lowQualScore                  :                       .      ... .   . .  .. .  ..  .    ..  .  .  ..   . . .  . .. .....    .. ........  .    . .   . .....  ..   ...   . . . . ...   .   .  ....    ..   . .     . ....   .  . .  . .... .. ... .    ..        ..    ..     .    .  . .. ..   .       .     
lowQualScore                  :                       6      222 2   4 9  99 9  77  7    77  7  5  44   2 5 5  5 44 22222    22 33333333  4    2 2   2 66666  11   999   2 8 1 2 777   6   1  4444    99   1 1     0 1111   0  0 0  0 0000 88 555 0    99        33    11     2    2  7 11 33   2       4     
consensus                     :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
Reference ( family-834 )      :               AATGCCTA-TGAGAAN--TTCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4550                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--T--GGCT-GAATT-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-GT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-GTTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4551                       :               AATGACTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GTCT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACACCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ATAAGGA-AA
gi|4552                       :               AATGCCTA-TGAGAAA--TGCAGCT-AA--T-GA--GG-AAAC--TC-CA-TG--CTTGA-A-AA-T--A-----GACT--T--------GT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGCCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAT-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCG--TGTAA-ATTT-TAGC--A-TGAA-ATAAGAA-AAATT
gi|4553                       :               AATACCTA-TGAGAAT--TTCAGTT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--------GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAAATGT-A-T---GCGCCAT-GT----AACA--TTGGA-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4554                       :               AATGCCTA-TCAGAAA--TGCAGCT-A---T-GA--GG-AAATTACC-CA-TG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-T---ATGCCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-TTGA--TGAAGTGA--ATTA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-AGAA-A
gi|4555                       :               AATGCCTA-TGAGAAGA-TGCAGCTTAA--T-AA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-ATT-ATT---ACGTCAT-GT----AGCA---TT-A-AATC--T--C-AAA-GT-A-CA-A----A--T-----TTGT--TAAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAA---A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4556                       :                                                A--GG-AAAC--CC-TAGAG--TTTGA-AGCT-T--ATATTAGACT--T--------ATTATAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAC-TTT-A-T---ACGTCAT-AT----AACA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-ACCA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGT-A-ATTT-AAAG--T-TGAA-AC-AGAA-GA
gi|4557                       : aatgcctgaaacgaAAAGCCTA-TGAGTA---TTCAG-T-AA--T-GA--GG-ACTC--CC-CA-AG--CTATA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-AT-T-C-GTT-T-----TT--AGT---AAG-T-----T---GCA-CAT-AT----AACA--TTG-A-AAT-A-TAAA-AAA-AT-A-CACA----A--T---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAATGTCT-TGTC--A--GAATAC-AGAA-AATTT
gi|4558                       :               AATACCTAATGCGAAT--TTCAATT-AA----GACGGA-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--A-----GACT--T--------ATTATGT---GTT-T-----GTACGTC---GAG-TT--------GCGCCAT-GT----AACA--TTG-A-AATCA-T----AAA-GT-A-CA-A----A--T---A-GAAA--TGAA
gi|4559                       :                ATGCCTA-TGAGAAGCTTTCAGTT-AA--T-GA--GGAAAAC--CCACA-AG--CTGTA-A-CTCC--A-----GACTACT--------GT-ATCT-C-GTTGT-----GT--AGT---GAA-ATG-G-TAAAGCG-CATGGTAA--AACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GTCA-CA-A----A--T---G-TTAA--TTAACAGAACATCACGTGTAA-ATTC-TAGC--AGCGAA-ACAAGAACAATTT
gi|4560                       :                    CTA-TGAGAAT--TTCAGTT-AA--T-GA--GG-AAAC--CC-CA-AG--CTTAA-A-CT-C--A-----GACT--T--------AT-ATAT-C-GTT-T-----GT--AGT---GAA-TGT-A-T---GCGCCAT--T----AACA--TGT-G-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTAA--TGAACAGA--ATCA--TGTAA-ATTTCTAGC--A-CGAA-ACGAGAA-AATTT
gi|4561                       :                      A-TGAGAGT--TTCAGTT-AA--TAGA--GG-AAAC--CA-CA-AG--CTTAA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-ACAT-C-GTC-T-----GT--AGT---AAA-TGT-A-T---GCGTCAT-GT----AACA--TTT-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-AA-A----A--T---A-TTAA--TGAACTCA--ATCA--TATAA-ATTT-TGCC--A-CG-A-ACATGAA-CATTT
gi|4562                       :                                   CAGCT-AA--T-GA--AG-ACAC--CC-AA-CA--TTTAG-A-TT-C--A-----GTGT--T--------AT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCAT-TTTAAAAAAA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--TTATG-TCAA--TGAGTTGA--ATCA--TATAA-ATTT-TATC--A-TGAA-ACAAGAA-AAT
gi|4563                       :                                   CAGCT-AA--T-GA--AG-GGAA--CC-CA-AC--ATT------T-T--A-----GATT--CCGTGTTTAAT-AAAC-C-GTT-T-----GT--GA----AAA-TGT-A-T---G-GCCAT-TT----AAAAAATTT-A-AATCA-T--A-AAAAGT-A-AA-ATT--A--T---GATCAA--TGAGTTGC--ATCA--TAGAA-ATTT-TATC--C-TGAA-ACAAGAA-
gi|4564                       :                                     GTT-AT--T-GA--GG-AACC--CC-CA-AGTGCTTGATA-CT-TTAG-----GATT--TT-------AT-ATATAC-GTT-CTGGTCGT--GGCAGCGAA-TTTTACT---ACTCGAT-GT----AGCA--TTT-AGAATCA-T--ATAAA-GT-A-CACA----A--T---G-TTGACTTGAAGTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-GATTT
gi|4565                       :                                                                A-AG--CTTGA-A-CT-T--A-----GACT--T--------AT-CTAT-C-GTT-T-----GT--GGC---GAA-TTT-A-C---ATGTCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTAA-ATTT-TAAA--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4566                       :                                                                                             T--T--------AT-AGAT-CTATA-T-----GT--AAC---AAC-TAT-A-T---GCGACGT-GT----AACA--TTG-A-AATCA-T--G-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-T
gi|4567                       :                                                                                                 --------AT-ATAT-C-GTT-T-----GC--GGC---GAA-TTT-A-T---ACGTCAT-GT----AGCA--TTT-A-AATCA-T--A-AAA-GT-A-CA-A----A--T---G-TTGA--TGAACTGA--ATCA--TGTTA-ATTT-TAAC--A-TGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4568                       :                                                                                                                                             T-A-T---GCTCCAT-AT----AACC--ATT-G-AATAAAT--A-AAA-GT-A-CA-A----AGAT---G-TTAA--TGAAGTGA--ACCA--TGTAA-ATTC-TAGC--A-CGAA-ACAAGAA-AATTT
gi|4569                       :                                                                                                                                                                                   A-T--A-AAA-TT-A--A-ATGATA--T---G-TTAA--TGAACAGAC-ATCA--TGTAA-ATTC-TAGCCCA-CGAA-ACGAGAA-AATTT