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lowQualScore                  :       .       ...     . ..  .      .   . .    . ...   . ...   . .   .  .   ..    .  ..   .    .. .  .  .  ..   .  .  .   . .   .....  ......... .. . .  .     .   .  ..   ....  .   .  .  .  . ..   ...  .....     . ..... .   .....       .  .        . .....      .      . ... .  .    .     
lowQualScore                  :       1       666     2 33  1      1   1 1    1 777   1 666   4 2   7  2   11    4  33   6    22 4  4  4  22   4  4  4   4 4   88888  222222222 22 3 4  4     7   4  22   0000  4   4  4  4  4 66   888  22222     7 77777 3   11111       2  2        1 22222      9      3 777 1  9    4     
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Reference ( gi|130879 )       :   TAAA-ACGCCAAT--TTCGC-TA-TC-GCCATT-CGC-C-ACGG-T---GTTCT-CGGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACG-GTGCTAAT--T-AT-CT-CG--ATA-AA-CC-GCC-A-TGG-----GT---------A--CCT-GT-GGTCA-CCG-AA--GCG----GT-AAA-TT-GG-TC-A--TTA---TC-----GATCTTC---T-GCGTC-----CACCTGT-GCAGAAAGACC-CTA---GTAATTACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
gi|130870                     :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT-TT-GCCATT-CGC-C-ACGG-T---GTTTT-CAGTA-C-AAATGT-CTA--TTTC-ACA-GTACTAAT--T-AT-CT-CG--ATA-AA-CC-GCC-A-TGG-----GT------------CCT-GT-GGTCA-CCG-AA--GCG----TT--AA-TT-GG-TC-AT-TTA---TC-----GATCTTC---CGGCGTC-----CACCAGT-GCTGAAAGACC-CCA---GT-ATTACTGTG---TTAAGGTAAAACAAAGAA
gi|130869                     : gtTAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT-TC-GCCATT-CGC-C-ACTG-T---GTTTT-CAGTA-C-AAATGT-CTA--TTTC-ACA-GTGCTAAA--T-AT-CT-CG--ATA-AA-CC-GCC-A-T-G-----GT---------A--CCT-GT-GGTCA-CCG--A--GCG----GT-AAA-TT-GG-TC-A--TTA---TC-----G-TCTCC---A-GTGTC-----CACCAGT-GCTGAAAGACC-C-A---GTCATTACTGTGT-T----GGT-AAAC-AAGAAaa
gi|130866                     : gtTAAA-ATGCCAAA--CCCGC-TT-TC-GCCATC-CGC-C-ACAG-T---GTTTT-TAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTT-ACA-GTGTTAAT--T-AT-CT-CG--TTA-AA-CC-GCC-A-TGG-----GT---------A--CCT-GT-GGTCA-TCG-AA--GCG----GT-AAA-TT-GG-TC-A--TTA---TC-----GATCCCC---A-GCGTG-----TATCTGT-GCAGAAAGACC-TCG---GTAATTGCTGTATATTAAAAAT-ATAC-AAGA
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gi|130884                     :                         aaac-GCCACC-CA----ACGGCT---GTTTT-TAGTATC-ATTTGTGTTG--TTTT-ACA-TTGTTAAT--T-CTTCT-CG--ATA-AA-CC-GCC-A-TCGACGAAAT---------A---CT-AT--GTCA-TCG-AA--GCGGACCGT-GTC-CT-GGTTC-A--TTAATGTCTTGGAAATCTCC---G-GCGCC-----TACCTt





Alignments
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lowQualScore                  :       7        99     1  99  0      0   0 0    88  88 0   5    2 1   1  1   99    2   1      2   2  2 2   11   2  2  2   4   66666  66666 000000000 11 5 2  2     4  2   11    7777 2   2  2   2 2 33   11111   111 5  0    99     22222   1111111    3    7777777     7  7777        99 2      1 66     0    0     
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Reference ( family-831 )      :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAANGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
gi|130865                     :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TA--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TCTCAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACG-GTGCTA-ATG-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGT-N-CT-AAA--AC-G----C-CAA-TT---T-C-G--CTA-----TCG---
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Reference ( family-831 )      :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAANGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
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blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   C    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  C .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  A      . .      .    .
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   T    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  C .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  A      . .      .    .
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   A    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  C .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  A      . .            
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   C    . .   A  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  A .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  A      .              
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   T    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  C .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  .      .              
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   C    . .   A  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  G .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .           .  .                     
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   C    . .   A  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  G .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .          .    .           .  .                                    
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   A    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  . .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .   .  .    .      .       .                                                                   
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   T    . .   A  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  . .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .    .       .                                                                                              
blockSeqs                     :       .        .      .  .   .      .   . .    .   .  .   T    . .   T  .   .     .   .      .   .  . .   .    .  .  .   .   .      .     .         .  . .  .     .  .   .     .    .   .  .   . . .                                                                                                           
blockSeqs                     :                .      .  .   .      .   . .    .   .  .   .    . .   .  .   .     .   .                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                              .      .   . .    .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                        


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finalCons                     :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAANGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA





Alignments
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lowQualScore                  :       .        ..     .  ..  .      .   . .    ..  .. .   .    . .   .  .   ..    .   .      .   .  . .   ..   .  .  .   .   .....  ..... ......... .. . .  .     .  .   ..    .... .   .  .   . . ..   .....   ... .  .    ..     .....   .......    .    .......     .  ....        .. .      . ..     .    .     
lowQualScore                  :       7        99     1  99  0      0   0 0    88  88 0   5    2 1   1  1   99    2   1      2   2  2 2   11   2  2  2   4   66666  66666 000000000 11 5 2  2     4  2   11    7777 2   2  2   2 2 33   11111   111 5  0    99     22222   1111111    3    7777777     7  7777        99 2      1 66     0    0     
consensus                     :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAANGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
Reference ( family-831 )      :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAANGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
gi|130865                     :   TAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TA--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TCTCAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACG-GTGCTA-ATG-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGT-N-CT-AAA--AC-G----C-CAA-TT---T-C-G--CTA-----TCG---
gi|130866                     : gcTAAA-ATGCCAAA--CCCGC-TT--TC-GCCATC-CGC-C-ACAG--TG--T-TTTTAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTT-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--TTA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-TC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-CCCA--GCGTG-----TAT-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----TCGGTAAT--TGCTGTATATTAAAAAT-ATAC-AAGA
gi|130867                     : gtTAAA-ACGCCAAA--CTCGC-TT--TC-GCCAT--CGC-C-ATGG--TG--T-TTTTAGTA-A-AAATGT--TG--TTTT-ACA-TTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--C-T-GT-GGTCA-TC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----TAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA--C----TCGGTAAT--TGCTGTAT-TTTAAAAT-ATAC-AAGAA
gi|130868                     : gtTAAA-ACGCCAAA--CTCGC-TT--TC-GCCATC-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTTAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACA-GTGCTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-G-C-ATG-----GG-----T---------A---CT-GT-GGTCA-TC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-G-A--TTA-----TCG---A-TC-TCAG--GTGTCTACTGTAC-------CTGT-GCAG-------ACAGA-CCTCGATCGGTAAT--TGCTGTAT-T---AAAT-AAAC-AAGAA
gi|130869                     : gtTAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACTG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAATGT-CTA--TTTC-ACA-GTGCTA-AAT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-AT------GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-G-A--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG-----TC-TCCA--GTGTC-----CAC-------CAGT-GCTG-------AAAGA--C----CCAGTCAT--TACTGTGT-T----GGT-AAAC-AAGAA
gi|130870                     : gtTAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TT-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAATGT-CTA--TTTC-ACA-GTACTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T------------CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGT----T--AA-TT-GGT-C-AT-TTA-----TCG---A-TCTTCCG--GCGTC-----CAC-------CAGT-GCTG-------AAAGA-CC----CCAGT-AT--TACTGTG---TTAAGGTAAAACAAAGAA
gi|130871                     : gtTAAA-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATC-CGC-C-ATGG--TG--T-TT-AAGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--TTA-AA-CC-GCA-A-G-----GG-----T---------A--CCT-GC-GGTCA-CC-GAA--GCGG----C-AAA-TT-AGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TCCA--GTGTC-----CAC-------CCGT-GCAA-------AATGA-CC----CCAGTAAT--TACTGTCT-Taa
gi|130872                     : gtTAAG-ACGCCAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATT-CGC-C-ACGA--TG--T-ATTC-GTA-CGAAAAGT-CC---TTTC-ACA-GTGTTA-ATT-AT-CTTCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----TAGAACAAG-A--TCT-GT-GGTCA-CT-GAGACGCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TCTTCCG--GTGTC-----CAA-------CTGTGGCTG-------AAAGA-CC----CCGGTAAT--TACTGTGT-TT--ATGTAAAAC-AA
gi|130873                     : gtTAAACACCCCAAA--TCC----TAATC-GCCATT--GC-C-GCGG--TG--T-TTTCAGTA-C-AAATGT-CTG--TTTCCACA-GTGCTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CCCGTC-ATG-----GG-----T---------A--C-T-GT-GGTCAGCT-GAA--GTGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----CCG---A-TC-TTC---ATGT------CAC-------CTGTGGCAG-------AAAAA-CC----CTAGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAA
gi|130874                     : gtTAAA-ACGCCGAAGATTCGC-TT--TCCGCCATT-CGCGC-ACGG--TG--T-TTTTAGTA-C-AAATGT-CTG--TTTCTACA-GTGCTA-ATTTAT-C-TCGGTATA-AATCC-GCC-ATG-----GG-----T---------AACCCA-GTTGGTCAACC-GA---GCGG----TTAAA-TT-G---T-A--TTA-----TCG---A-TA-TCAG--GTGTC-----CAC-------CTAC-GTGG-------AAGAC-CC----CCAGTAAT--TAC-GTGT-T---ATGT--AAC-AAGGA
gi|130875                     : gtTAAA-ACGTTAAA--TTCGC-TT--TA-GACATT-TAC-C-ACGG--TG--T-TTTATGTA-C-AAATGT-CAG--TTCC-GCA-ATGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-ACC-A--------------T---------A--ACT-AT-GCTCA-CC-AAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-T-ATTTTT-----TTT---A-TC-T-CG--ATGTC-----CAC-------CATT-GCTG-------AAGGA-CT----CCGGAATT--TACTGTGT-TT
gi|130876                     : gtTAAATACGCAAAA--TTCGC-TT--TC-GCCATTTCGC-CCACGA--TG--TACTTCGGTAAC-AAAA-T-CCA--TTCA-ACA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATATAC-CC-GCTAATG-----GG-----TAGAGCCATGA--TCTGGT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TTGGGT-C-A--TTT-----CTG---ATTC-TCCGGTGTGTC-----CAC-------CTTG-GCAG-------AAAGA-CC----CCGgcctttacataaaactataaaataagaa
gi|130877                     : gtTAAA-ACGCCAAA--CTCGCATT--TC-GCCATC-CGC-C-ACGG--TG--T-TTT-AGTA-C-AAATGT-CTG--GTTT-ATACATG-TA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----AG-----T---------A--CCG-GT-GGTCA-TC-GAG--GCGG----T-AAA-TT-GGT-CAA--TTA-----TCG---A-TC-TCCG--GCGTC-----TAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----TCGGTAAT--T--TGTA--TTTAAAAT-ATAC-AAGAA
gi|130878                     :  tTGAA-ATGCCATA--TTCGC-TA--TC-GCCATT-TGC-C-AAAG--TG--T-TTTTAGTA-C-AAAAGT-CTA--TTTC-AAA-GTGTTC-ATT-AT-C-TCA--ATA-AA-CT-GCC-ATG-----GT-----T---------G--CAT-GT-GGTCA-CT-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-G-A--TTA-----TTG---A-TC-TACA--GTGTA-----CAT-------CCGT-GCAG-------AAGAA-TC----TCAGTAAT--T------T-TTTAA
gi|130879                     :  tTAAA-ACGCCAAT--TTCGC-TA--TC-GCCATT-CGC-C-ACGG--TG--T-TCTCGGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-ACG-GTGCTA-ATT-AT-C-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATG-----GG-----T---------A--CCT-GT-GGTCA-CC-GAA--GCGG----T-AAA-TT-GGT-C-A--TTA-----TCG---A-TC-TTCT--GCGTC-----CAC-------CTGT-GCAG-------AAAGA-CC----CTAGTAAT--TACTGTGT-TTTAAAGT-AAAC-AAGAAtcaaata
gi|130880                     :   TAAA-ACGC-AAA--TTCGC-TT--TC-GCTATT-TGC-C-ACGATCTGGTT-TTTCAGTA-C-AAA-GT-ATGCTTTTC-ACA-GTGTTATCCT-AC-T-TCG--ATA-GA-CG-GCCAATGGTAACGG-----TGG-------A--CGT-GC-GGTCA-CCGGAA--GCGG----T-AAATTT-TGT-C-A--TTACG---TCG---A-TC-TCCGA-GTGTC-----AGCCCCCCCACTGT--CGGCGCCCGCACAGACCC----CCGGTAATCCTACT
gi|130881                     :   TAAATACGCCCAA--TTCGC-TC--TC-CCCATT-TTT-C-AATG--TG--T-CCTAAGTA-T-AAATGT-CGG--TTTC-AAA-GTGTTA-ATT-AT-C-TCG--ATG-AA-CC-GTA-ATG-----GA-----T---------A--CGA-GT-GGTCG-CC-GAA--GAGG----T-AAA-TT-TGC-C-G--T
gi|130882                     :    AAA-ATGTCA----TTTGC-TA--TT-GCCATG-TGC-C-A--G--TG--T-TTTTGGTA-C-AAAAGT-CTG--TTTC-AGA-GTGTT
gi|130883                     :             AAA--CTCGC-TT--TC-GCCATC-CGC-C-ACGG--TG--T-TT
gi|130884                     :                              -GCCACC-CA----ACGGC-TG--T-TTTTAGTATC-ATTTGTGTTG--TTTT-ACA-TTGTTA-ATT-CTTC-TCG--ATA-AA-CC-GCC-ATC-----GACGAAAT---------A--C-T-AT-G-TCA-TC-GAA--GCGGACCGT-GTC-CT-GGTTC-A--TTAATGTCTTGGAAA-TC-TCCG--GCGCC-----TAC-------CT