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Reference ( gi|134317 )       : CCTTGAAGG-AC----T-C--T-A-TGTTGC-TT----GGT-G--TA-GA---C-TTCA--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-GA---T----A--T-T-AG---AC-CT----TGA---G-CA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG-G-A---GGAGA
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Reference ( family-830 )      : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
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Reference ( family-830 )      : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
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gi|134323                     : CTTTGAAGG-ACAGAGT-C---------TGC-TT----GGT-T--TA-GAT-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-GA---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----T----GTTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
gi|134324                     : CCTTG--TG-GC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-A--CA-TAC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AG--G-C-A-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---G---GCA-T-AG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GG
gi|134325                     : CCTTGAAGCTAC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGTAA--TA-CAC-TTC--CTTTG-CG-AGAT-ATGTATAGCAG-CAA-----AA-----AT-TGAG---AC-C-TGG---G---GCA-TAAG-----C----ATTCTC-----TCAGCG---G-GGG
gi|134326                     : CCTTGAAGG-AC----T-CCCA-T--GTTGC-TTT---GGT-A--TA-G---TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AG--G-C-A-----AATATAAAT-T-AG---GC-C-TGG-------GCA-T-GGGATGGC----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGGGA
gi|134327                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-A--TA-GAT-TTCTTC--TGTCG-AGAT-ATGTA-AG--G-C-A-----AAT----ATAT-AGATTAC-C-TGG---GACTGTATT-GGC----C----ATTCTTCTTGATCCATG---GTGGGAG
gi|134328                     : CCTTGAAGG-AC----TCCC-A-T--GTTGCTTT----GGT-A--TATGAT-TCT--C--TGTCG-AAGATATGTA-AG--G-C-AAATATAA-----AT-T-AG----C-C-TGGGATG---GGA-T-GG-----CCATTATTCTTTGGGATCCATG---G-GGGAGA
gi|134329                     : CCCTGAAGG-GC----T-CC-AAT--GTTTC-TT----GTA-A--TA--AC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTATAA--G-C-A-----AA-----ACCT-AG---AT-C-TGA---G---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GGGGG
gi|134330                     : CCTTGAAAA-GG----C-CC-A-T--GTTG---T----GGT-AATTA-AAC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AA--GCC-A-----AA-----AC-T-AG---AC-C-TTG---AG--GCATT-GG-----CA---ATTCTC-----TCCAAA---G-GAGAG
gi|134331                     : CCTTGCAAG--C----T-CC-A----GT-GC-TTTGGGGGT-A--TA--AC-TTT--A--TG-CG-AGA--AGCTA-AA--C-A-G-----AACA---AG-G-AG---AC-T-TG----A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GGG
gi|134332                     :   TTGACGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GAT-------GACTTTC--C--TG-CGAAGA--ATGTA-AG--GACAA-----AA-----AT-A-AG---ACACGTGA---G---GCA-T-GG-----TAA--ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAG
gi|134333                     :   TTCAAGG-AT----C-CT-A-T--GCTGC-TC----GGA-G--TG-GAC-TTC--T--TG-CG-AGG--GCGCA-AG--G-C-G-----AA-----GC-T-CG---AT-T-TGG---A---GC-------------------CTC-----TCTATGGAAG-GGGAGA
gi|134334                     :   TTTAAGG-AT----C-CC-A-T--TCTGC-TC----GGA-G--TG-AAC-TTC--T--TG-CG-AGG--GAGCA-AG--G-T-G-----AA-----CC-T-GG---AT-T-TGG---A---GCA-T-GA-----C----GCTCTC-----TCTATG---G-AAGAG
gi|134335                     :        GG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAT-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTC
gi|134336                     :        GG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAT-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTC


blockSeqs                     :          T  AGAG C  C A AT     T  TGGG   AAT   TG  T   CTT    T  A   AT     T  CA C AAATAT   TATAA  A G  ATT  A G   GACT      T A  GATGGC          CTTGA      GAA T
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  T      AA    G   .   TTC    T  .   A      T  .  A AA       CA     C .  .    . .   GATG      T .  CCATT           TGGGA      T   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  T      G     A   .   A      .  .   T      .  .  . AA       T      . .  .    . .   AG        . .  TAA             .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     G   .   C      .  .   T      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  CC              .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     T   .   C      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  CA              .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     A   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     G   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      T     T   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   G         . .  A               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     C   .   C      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     G   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   G         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     G   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   G         . .  T               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     A   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   G         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     G   .   C      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      A     G   .   A      .  .   .      .  .  . A        .      . .  .    . .   G         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     A   .   C      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     G   .   T      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     G   .   T      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  C               .          .   .
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      G     .   .   A      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   A         . .  C                               
blockSeqs                     :          .  .    .  . . .      .  .      .     .   .   A      .  .   .      .  .  . G        .      . .  .    . .   .         . .  .                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
finalCons                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA





Alignments
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lowQualScore                  :          .  .... .  . . ..     .  ....   ....  ..  .   .....  .  .   ..     .  .. . .......  .....  . .  ...  . .   .......   . .  ..........      .....      ... .      
lowQualScore                  :          0  2222 0  0 0 88     0  2222   7777  99  0   33333  0  0   88     0  88 0 8888888  88888  0 0  555  0 0   7777777   0 0  1111111111      11111      111 2      
consensus                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
Reference ( family-830 )      : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
gi|134317                     : CCTTGAAGG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-AGGAGA
gi|134318                     : CCTTGAAGG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TTT---GGT-G--TA-GAC-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCATG---G-AGGAGA
gi|134319                     : CCTTGTAGG-AA----T-TC-A-T--GTTGC-TT----GAT-G--TA-AAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-GG---GC-C-TGG---A---ACA-T-GG-----C----ACTCTC-----TCCATGT--G-GGGAGA
gi|134320                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-TATGTTGC-TT----GGT-G--TA-GAC-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-A-----AA-----TT-T-AA---AC-A-TGG---A---GCA-T-GG-----A----ACCCTC-----TCGATG---G-GG
gi|134321                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----AGT-G--TA-TAC-TTC--C--TG-AG-AGGA-ATGTA-AG--C-C-A-----AA-----AT-T-AG---AC-G-TGC---A---GCA-T-GG-----C----ACTCTC-----TCCAT----G-GGGAGA
gi|134322                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GAT-A--TA-AAC-TTT--C--TG-AG-AGA--ATGTA-AG--G-C-A-----AA-----AT-T-AA---AC-C-TGA---G---ACA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCTGG---G-GGGAG
gi|134323                     : CTTTGAAGG-ACAGAGT-C---------TGC-TT----GGT-T--TA-GAT-TTC--C--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AA-----AT-T-GA---AC-C-TGG---A---GCA-T-GG-----T----GTTCTC-----TCCATG---G-GGGAGA
gi|134324                     : CCTTG--TG-GC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-A--CA-TAC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AG--G-C-A-----AA-----AT-T-AG---AC-C-TGG---G---GCA-T-AG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GG
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gi|134326                     : CCTTGAAGG-AC----T-CCCA-T--GTTGC-TTT---GGT-A--TA-G---TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AG--G-C-A-----AATATAAAT-T-AG---GC-C-TGG-------GCA-T-GGGATGGC----ATTCTC-----TCCATG---G-GGGGGA
gi|134327                     : CCTTGAAGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GGT-A--TA-GAT-TTCTTC--TGTCG-AGAT-ATGTA-AG--G-C-A-----AAT----ATAT-AGATTAC-C-TGG---GACTGTATT-GGC----C----ATTCTTCTTGATCCATG---GTGGGAG
gi|134328                     : CCTTGAAGG-AC----TCCC-A-T--GTTGCTTT----GGT-A--TATGAT-TCT--C--TGTCG-AAGATATGTA-AG--G-C-AAATATAA-----AT-T-AG----C-C-TGGGATG---GGA-T-GG-----CCATTATTCTTTGGGATCCATG---G-GGGAGA
gi|134329                     : CCCTGAAGG-GC----T-CC-AAT--GTTTC-TT----GTA-A--TA--AC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTATAA--G-C-A-----AA-----ACCT-AG---AT-C-TGA---G---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GGGGG
gi|134330                     : CCTTGAAAA-GG----C-CC-A-T--GTTG---T----GGT-AATTA-AAC-TTC--C--TG-CG-AGA--ATGTA-AA--GCC-A-----AA-----AC-T-AG---AC-C-TTG---AG--GCATT-GG-----CA---ATTCTC-----TCCAAA---G-GAGAG
gi|134331                     : CCTTGCAAG--C----T-CC-A----GT-GC-TTTGGGGGT-A--TA--AC-TTT--A--TG-CG-AGA--AGCTA-AA--C-A-G-----AACA---AG-G-AG---AC-T-TG----A---GCA-T-GG-----C----ATTCTC-----TCCAGG---G-GGG
gi|134332                     :   TTGACGG-AC----T-CC-A-T--GTTGC-TT----GAT-------GACTTTC--C--TG-CGAAGA--ATGTA-AG--GACAA-----AA-----AT-A-AG---ACACGTGA---G---GCA-T-GG-----TAA--ATTCTC-----TCCATG---G-GGGAG
gi|134333                     :   TTCAAGG-AT----C-CT-A-T--GCTGC-TC----GGA-G--TG-GAC-TTC--T--TG-CG-AGG--GCGCA-AG--G-C-G-----AA-----GC-T-CG---AT-T-TGG---A---GC-------------------CTC-----TCTATGGAAG-GGGAGA
gi|134334                     :   TTTAAGG-AT----C-CC-A-T--TCTGC-TC----GGA-G--TG-AAC-TTC--T--TG-CG-AGG--GAGCA-AG--G-T-G-----AA-----CC-T-GG---AT-T-TGG---A---GCA-T-GA-----C----GCTCTC-----TCTATG---G-AAGAG
gi|134335                     :        GG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAT-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTC
gi|134336                     :        GG-AC----T-CT-A-T--GTTGC-TT----GGT-G--TA-GAT-TTC--A--TG-CG-AGG--ATGTA-AG--G-C-G-----AT-----AT-T-AG---AC-C-TTG---A---GCA-T-GG-----C----ATTC