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gi|2250                       : TGTCTGGT--C-TTGG-G--ATGTA-T----GGTCA-T-----C-TG---CCTCT---G---T-GCC--TC--TA--GAGA-CA-AT-------C----GCAG-T-C---TCC-CT---AA-GG-A------GC-AC-A---A-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--
gi|2251                       : TGTTTGGT--CATTGG-G--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---G---C-GCC--TC--CAG-GGGA-CA-AT------ACACAAACAG-T-C---TAC-GT---AA-AG-G------AC-AT-A---G-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GT--A-GC--AAGA
gi|2252                       : TGTCTGGT--C-TTGT-G--TTGTA-T----GACCA-T-----A-TG---CCTCT---G---C-GCT--TC--TA--GAGA-CA-AT------AC----ACTG-TCC---TTCGCT---AA-GG-AT-----GC-AC-G---T-G-A-AC-TGAT--TC-T--TG-GC--AGGC--AAGA
gi|2253                       : TGTCTGGT--C-TTGG-A--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---G---T-GCC--TC--TAG-AGGA-CA-TT------------ACAG-T-C----TC-CT---AA-GA-C------GC-AC-A---C-C-A-GT-TG-T--TC-T--TG-GC--A-AC--AAGA
gi|2254                       : TGTCTGGT--C-TTGG-A--TTGTAAT----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---G---T-GCC--TC--TAG-GAGA-CA-TT------------ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GA-C------GCAAC-A---C-C-A-GT---GT--TC-T--TG-GC--A-AC--AAGA
gi|2255                       : TGTCTGGT--C-TTGA-G--TTGT--T----GAC---T-----C-TG---CCTCT---G---C-G-C--TC--CAGAGAGA-CA-AT-------C----ACAA-T-C---TTC-CT---AA--G-A------GC-ACGG---C-C-A-TTATGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAAA
gi|2256                       : TGTCTGGT--T-TTGA-G--T-GTACT----GACCA-T-----C-T----CTCCT---G---C-GCC--TCA-CAG-GAGATCA-AT------------ACAA-T-CCA-TTC-CT---AA-GG-
gi|2257                       :  GTCTGAT--C-TTTG-A--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---C---C-GAC--TC--TAG-GAGA-CA-AT------------ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-AT-TAAT--TT-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2258                       :  GTCTGGT--C-T--G-A----GTG-T----GAGCA-T-----C-TG---CCTCTATTG---C-GCCACTC--CAG--CGG-CA-AA------TC----ACAG-T-CACTTTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---CGC-A-GT-TAAA--TC-A--TG-
gi|2259                       :   TCTG------TTGA-GA-TTG-A-T-----ACCAAT-----T-TG---CCTTT---G---C-ACC--TC--CAG------CATATTA----AC----ACAG-T-C---TTC-CTT--AA-GG-A------GC-AG-GAGTT-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAG
gi|2260                       :    CTGGTT-C-TTGA-GGTTTGTA-TTGAAGGCTT-C-----T-TG---CCTCTTCGA---C-GCC--TC--CAG-GCGAACA-ATTAATTCAC----AC-G-T-C---TCG-CT---AA-GGAA------GC--C-G---C-T-A-GT-TAAT--T--T--TGTGC--A-GCCGGAGA
gi|2261                       :    CTGGTTGC-CTGG-A--TTGTA-T----GAACA-TAGTGAT-TG---CCTATTTGG---C-GCC--TATACAG-GCAG-CA-AT------AC----ACAG-T-CT--TTT-CTATCAA-GG-ATAAACTGT-AC-----C-A-G-GTATGAT--TCTT--TG-GCAAA-GC--GA
gi|2262                       :       GT--C-TTGG-G--TTGGA-TT---GAGAA-T-----C-TG---CCTCT---G---CCGCC--TC--CAG--CGA-CGGAT------AC----ACAGGT-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-CAA-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2263                       :       GT--C-TTGGCG--TTGGA-T----GAGAA-T-----CGTG---CCTCT---GGCGC-GCC--TC--CAG-GCGA-CGGAT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AAAGG-A------GC-AC-G---C-C-AAGT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2264                       :       GT--C-TTGG-G--TTGGA-TT---GAGAA-T-----C-TGTTGCCTCT---G---CCGCC--TC--CAG--CGA-CGGAT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-GT-TGATTGTC-TTATG-GC--A-GC--
gi|2265                       :       GT--C-CAGG-G--TGGTA-T----GATCA-T-----A-TG---ACTCT---G---T-ATC--TC--CAC-GAGA-CA-AT--------------AG-T-T---TTC-CT---AA-GG-G------AC-AT------------T-TTAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAAA
gi|2266                       :                                                                                        ------AC----CCAA-T-C---TTC-CT---AT-GG-A------GC-AC-G---A-C-A--T-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--AAGA


blockSeqs                     :         TG A    C GT     A TGAA     A AGTGA G  TTG     ATT GCG C   AC  TA   AGA  T  T  TAATTCAC        G C ACT   G  ATC  A  A TAAACT  A  GAGT  G A A  A    TG  T TA  T  AA G  CG
blockSeqs                     :         T  .    . A      C T        . .     .  .       TCG .   C   .   A    GA   A  G  ACACAA          . . CA    .  T    .  . T       .  GG    . . .  A    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . T        . .     .  .       TTG .   .   .   .    GA   .  G  TAAC            . . T     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  G  AT              . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GG   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  A     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  A     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    AG   .  .  TC              . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  A     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  A     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GC   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GC   .  .  AC              . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GC   .  .  C               . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    GA   .  .  C               . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    C    .  .  .               . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    C    .  .  .               . . .     .  .    .  . .       .  G     . . .  .    .   . .   .  .  .  . 
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    C    .  .  .               . . .     .  .    .  . .       .  .     . . .  .    .   . .   .  .       
blockSeqs                     :         .  .    . .      . .        . .     .  .       .   .   .   .   .    .    .  .  .               . . .     .  .    .  . .       .  .     . . .  .    .   . .   .          
blockSeqs                     :                                                                                        .               . . .     .  .    .  .                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGTCTGGT--C-TTGG-G--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---G---C-GCC--TC--CAG-GNGA-CA-AT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
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Alignments
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lowQualScore                  :         .. .    . ..     . ....     . ..... .  ...     ... ... .   ..  ..   ...  .  .  ............    . . ...   .  ...  .  . ......  .  ..... . . .  .    ..  . ..  .  .. .  ..    
lowQualScore                  :         00 1    1 00     2 7777     1 33333 1  777     111 777 2   99  00   222  2  4  222222222222    0 0 222   0  555  0  0 222222  1  44444 1 1 1  2    99  1 99  1  11 4  22    
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Reference ( family-829 )      : TGTCTGGT--C-TTGG-G--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---G---C-GCC--TC--CAG-GNGA-CA-AT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
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gi|2257                       :  GTCTGAT--C-TTTG-A--TTGTA-T----GACCA-T-----C-TG---CCTCT---C---C-GAC--TC--TAG-GAGA-CA-AT------------ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-AT-TAAT--TT-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2258                       :  GTCTGGT--C-T--G-A----GTG-T----GAGCA-T-----C-TG---CCTCTATTG---C-GCCACTC--CAG--CGG-CA-AA------TC----ACAG-T-CACTTTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---CGC-A-GT-TAAA--TC-A--TG-
gi|2259                       :   TCTG------TTGA-GA-TTG-A-T-----ACCAAT-----T-TG---CCTTT---G---C-ACC--TC--CAG------CATATTA----AC----ACAG-T-C---TTC-CTT--AA-GG-A------GC-AG-GAGTT-C-A-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAG
gi|2260                       :    CTGGTT-C-TTGA-GGTTTGTA-TTGAAGGCTT-C-----T-TG---CCTCTTCGA---C-GCC--TC--CAG-GCGAACA-ATTAATTCAC----AC-G-T-C---TCG-CT---AA-GGAA------GC--C-G---C-T-A-GT-TAAT--T--T--TGTGC--A-GCCGGAGA
gi|2261                       :    CTGGTTGC-CTGG-A--TTGTA-T----GAACA-TAGTGAT-TG---CCTATTTGG---C-GCC--TATACAG-GCAG-CA-AT------AC----ACAG-T-CT--TTT-CTATCAA-GG-ATAAACTGT-AC-----C-A-G-GTATGAT--TCTT--TG-GCAAA-GC--GA
gi|2262                       :       GT--C-TTGG-G--TTGGA-TT---GAGAA-T-----C-TG---CCTCT---G---CCGCC--TC--CAG--CGA-CGGAT------AC----ACAGGT-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-CAA-GT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2263                       :       GT--C-TTGGCG--TTGGA-T----GAGAA-T-----CGTG---CCTCT---GGCGC-GCC--TC--CAG-GCGA-CGGAT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AAAGG-A------GC-AC-G---C-C-AAGT-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAGA
gi|2264                       :       GT--C-TTGG-G--TTGGA-TT---GAGAA-T-----C-TGTTGCCTCT---G---CCGCC--TC--CAG--CGA-CGGAT------AC----ACAG-T-C---TTC-CT---AA-GG-A------GC-AC-G---C-C-A-GT-TGATTGTC-TTATG-GC--A-GC--
gi|2265                       :       GT--C-CAGG-G--TGGTA-T----GATCA-T-----A-TG---ACTCT---G---T-ATC--TC--CAC-GAGA-CA-AT--------------AG-T-T---TTC-CT---AA-GG-G------AC-AT------------T-TTAT--TC-T--TG-GC--A-GC--GAAA
gi|2266                       :                                                                                        ------AC----CCAA-T-C---TTC-CT---AT-GG-A------GC-AC-G---A-C-A--T-TGAT--TC-T--TG-GC--A-GC--AAGA