lowQualScore : 44444
lowQualScore : 2 2 2 333 2 22 22 333 2 0 2 66666 2 2 55 7
lowQualScore : . . . ... . .. .. ... . . . ..... . . .. .
lowQualScore : 4 1 1 777 1 99 99 333 2 4 2 77777 5 2 66 1
consensus : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAATG---CAAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
Reference ( gi|6498 ) : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAATATT-CAAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6499 : CCAAAGTTCAAGG-ACTGACA-T-TGCG---C-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAATG---CAAACCC-CGTC-TTTCCAC-ACGT
gi|6500 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTT---AAAATG---CAAACTC-CGTC--TTTCACAACGTTCGcggt
gi|6501 : CCAAAGTTGAAGGGACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CAGC-TAC-AAAATG-G-CAAACCC-CGTC-TTTTTAC-ATGTTCGgt
gi|6502 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-T--CG--ATCG-CTGCTTAC-AAAATG---CAAA-CC-CATC--TTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6503 : CCACAGTTGAAGA-A-AGACA-T-TGCA---T-A--AA--CCTG-C---TTAC-AAAATG---CAAACCC-CGTCTTTTTCAC-ACGTTCat
gi|6504 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA---TGCG---T-A--AG--ATCG-CGGCTagt
gi|6505 : CACAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCATAC-AAAATGCT---AACCC-CGTC-TTTTCAC-ACATTCG
gi|6506 : CAATGTTCAAAG-ACAGACT-T-TGTT---T-A--AG--ATCG-CGGCTTAC-AAAAT-------GCCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6509 : CAAAGTTGAAAG-ACAAACA-T-TGCG---T-A--GA--ATT---GGCATAC-AACTTGCT--AAA-CC-TGTC-TTTTTAC-ACGGTCgt
gi|6508 : CAAAGCTTAAAG-ACAGA-----TGCG---T-ATAAA--AT---CGGCTTAC-AAC---TTGCAAACAC-TGTC-TTTTCAC-ACGGTC
gi|6510 : CAAAGCTCAAGG-ACAGACA-T-TGCC---C-A--A---ACT--CGGCATAT-AA---CTTGCAAAACC-CGTC--TTTCAC----TTCG
gi|6511 : CAAAGCTCAAGG-ACAGGCA-T-TGTG---T-A--AA--A-TA-CAACTTGC-AAAA----------CC-TGTC-ATTTTAC-
gi|6512 : CGAAGCTCAAGG-ACATACA-T-TGCC---T-A--CA--AT---CCGCATAC-AA---CTTGCAAAACT-CGAC-TTTTCAC-ACGtagtcagt
gi|6507 : CAAAGTGCAAGG-ACAGACA-C-T-----------------TG-C--CTTAC-AAAAAGC----AACCC-CGTC--TTCCACAACGTT
gi|6514 : AAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGATAAACAAAAATGCT-AAAA----CGTC-TTTCCAT-ACGTTCGggt
gi|6513 : AAAGTTCAAGG-ACAGACAGT-TGCGTTTT-A--AG--ATTG-CGGCTTA--AAAATG---CAAACCC-TG---TTTCCACGACGTTCGgt
gi|6515 : AAGTTTAAAG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AA--AC---CCTCTTAC-AAAATA---CAAACTC-TGTC-TTTTCAC-ACGTTCgt
gi|6516 : GACA-TATATA---T-A--AG--TTTGACTGCTTAC-AAAATG---CAAACCC-CGTC-TTTTCAagt
gi|6517 : A-T-TGCG---CCA--AGGTATTG-CGGCT-AC-AAAATG---CAAACCCTCGT--TTTCCAC-ACGTT
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 2 22 22 333 2 1 2 2 22 22 0 2 44 6
lowQualScore : . . . ... . .. .. ... . . . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 2 0 0 555 0 88 88 888 1 2 1 1 99 99 5 1 88 7
consensus : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
Reference ( family-828 ) : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6498 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-ATTC--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6499 : CCAAAGTTCAAGG-ACTGACA-T-TGCG---C-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTCCAC-ACGT
gi|6500 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTT---AAAAT-G--C--AAACTC-CGTC--TTTCACAACGTTCGcggt
gi|6501 : CCAAAGTTGAAGGGACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CAGC-TAC-AAAATGG--C--AAACCC-CGTC-TTTTTAC-ATGTTCGgt
gi|6502 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-T--CG--ATCG-CTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAA-CC-CATC--TTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6503 : CCACAGTTGAAGA-A-AGACA-T-TGCA---T-A--AA--CCTG-C---TTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTCTTTTTCAC-ACGTTCat
gi|6504 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA---TGCG---T-A--AG--ATCG-CGGCTagt
gi|6505 : CACAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCATAC-AAAAT-G--C--TAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACATTCG
gi|6506 : CAATGTTCAAAG-ACAGACT-T-TGTT---T-A--AG--ATCG-CGGCTTAC-AAAAT-G--------CCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6507 : CAAAGTGCAAGG-ACAGACA-C-T-----------------TG-C--CTTAC-AAAAA-G--C---AACCC-CGTC--TTCCACAACGTTgt
gi|6508 : CAAAGCTTAAAG-ACAGA-----TGCG---T-ATAAA--AT---CGGCTTAC-AACTT-G--C--AAACAC-TGTC-TTTTCAC-ACGGTCggt
gi|6509 : CAAAGTTGAAAG-ACAAACA-T-TGCG---T-A--GA--ATT---GGCATAC-AACTT-G--C--TAAACC-TGTC-TTTTTAC-ACGGTC
gi|6510 : CAAAGCTCAAGG-ACAGACA-T-TGCC---C-A--A---ACT--CGGCATAT-AACTT-G--C--AAAACC-CGTC--TTTCAC----TTCG
gi|6511 : CAAAGCTCAAGG-ACAGGCA-T-TGTG---T-A--AA--A---------TAC-AACTT-G--C--AAAACC-TGTC-ATTTTAC-
gi|6512 : CGAAGCTCAAGG-ACATACA-T-TGCC---T-A--CA--AT---CCGCATAC-AACTT-G--C--AAAACT-CGAC-TTTTCAC-ACGtagtcagt
gi|6513 : AAAGTTCAAGG-ACAGACAGT-TGCGTTTT-A--AG--ATTG-CGGCTTA--AAAAT-G--C--AAACCC-TG---TTTCCACGACGTTCG
gi|6514 : AAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGATAAACAAAAAT-G--CTAAAA----CGTC-TTTCCAT-ACGTTCGgt
gi|6515 : AAGTTTAAAG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AA--AC---CCTCTTAC-AAAAT-A--C--AAACTC-TGTC-TTTTCAC-ACGTTCgt
gi|6516 : GACA-TATATA---T-A--AG--TTTGACTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAagt
gi|6517 : A-T-TGCG---CCA--AGGTATTG-CGGCT-AC-AAAAT-G--C--AAACCCTCGT--TTTCCAC-ACGTT
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 2 22 22 333 2 1 2 2 22 22 0 2 44 6
lowQualScore : . . . ... . .. .. ... . . . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 2 0 0 555 0 88 88 888 1 2 1 1 99 99 5 1 88 7
consensus : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
Reference ( family-828 ) : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6498 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-ATTC--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6499 : CCAAAGTTCAAGG-ACTGACA-T-TGCG---C-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTCCAC-ACGT
gi|6500 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTT---AAAAT-G--C--AAACTC-CGTC--TTTCACAACGTTCGcggt
gi|6501 : CCAAAGTTGAAGGGACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CAGC-TAC-AAAATGG--C--AAACCC-CGTC-TTTTTAC-ATGTTCGgt
gi|6502 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-T--CG--ATCG-CTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAA-CC-CATC--TTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6503 : CCACAGTTGAAGA-A-AGACA-T-TGCA---T-A--AA--CCTG-C---TTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTCTTTTTCAC-ACGTTCat
gi|6504 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA---TGCG---T-A--AG--ATCG-CGGCTagt
gi|6505 : CACAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCATAC-AAAAT-G--C--TAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACATTCG
gi|6506 : CAATGTTCAAAG-ACAGACT-T-TGTT---T-A--AG--ATCG-CGGCTTAC-AAAAT-G--------CCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6507 : CAAAGTGCAAGG-ACAGACA-C-T-----------------TG-C--CTTAC-AAAAA-G--C---AACCC-CGTC--TTCCACAACGTTgt
gi|6508 : CAAAGCTTAAAG-ACAGA-----TGCG---T-ATAAA--AT---CGGCTTAC-AACTT-G--C--AAACAC-TGTC-TTTTCAC-ACGGTCggt
gi|6509 : CAAAGTTGAAAG-ACAAACA-T-TGCG---T-A--GA--ATT---GGCATAC-AACTT-G--C--TAAACC-TGTC-TTTTTAC-ACGGTC
gi|6510 : CAAAGCTCAAGG-ACAGACA-T-TGCC---C-A--A---ACT--CGGCATAT-AACTT-G--C--AAAACC-CGTC--TTTCAC----TTCG
gi|6511 : CAAAGCTCAAGG-ACAGGCA-T-TGTG---T-A--AA--A---------TAC-AACTT-G--C--AAAACC-TGTC-ATTTTAC-
gi|6512 : CGAAGCTCAAGG-ACATACA-T-TGCC---T-A--CA--AT---CCGCATAC-AACTT-G--C--AAAACT-CGAC-TTTTCAC-ACGtagtcagt
gi|6513 : AAAGTTCAAGG-ACAGACAGT-TGCGTTTT-A--AG--ATTG-CGGCTTA--AAAAT-G--C--AAACCC-TG---TTTCCACGACGTTCG
gi|6514 : AAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGATAAACAAAAAT-G--CTAAAA----CGTC-TTTCCAT-ACGTTCGgt
gi|6515 : AAGTTTAAAG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AA--AC---CCTCTTAC-AAAAT-A--C--AAACTC-TGTC-TTTTCAC-ACGTTCgt
gi|6516 : GACA-TATATA---T-A--AG--TTTGACTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAagt
gi|6517 : A-T-TGCG---CCA--AGGTATTG-CGGCT-AC-AAAAT-G--C--AAACCCTCGT--TTTCCAC-ACGTT
blockSeqs : G G A TTT C TA GT TGA G T A G . TA T TT A
blockSeqs : . . . . . . . TG G T . . . . . T A
blockSeqs : . . . . . . . TG A T . . . . . T G
blockSeqs : . . . . . . . TG T T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . CG G T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG G A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . CG G T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG G T . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . CG G T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG G A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG C A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG G A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TG G T . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . T C A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . T T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
finalCons : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 333 2 22 22 333 2 1 2 2 22 22 0 2 44 6
lowQualScore : . . . ... . .. .. ... . . . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 2 0 0 555 0 88 88 888 1 2 1 1 99 99 5 1 88 7
consensus : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
Reference ( family-828 ) : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6498 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-ATTC--AAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCG
gi|6499 : CCAAAGTTCAAGG-ACTGACA-T-TGCG---C-A--AG--ATTG-CGGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTCCAC-ACGT
gi|6500 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCTT---AAAAT-G--C--AAACTC-CGTC--TTTCACAACGTTCGcggt
gi|6501 : CCAAAGTTGAAGGGACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CAGC-TAC-AAAATGG--C--AAACCC-CGTC-TTTTTAC-ATGTTCGgt
gi|6502 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-T--CG--ATCG-CTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAA-CC-CATC--TTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6503 : CCACAGTTGAAGA-A-AGACA-T-TGCA---T-A--AA--CCTG-C---TTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTCTTTTTCAC-ACGTTCat
gi|6504 : CCAAAGTTCAAGG-ACAGACA---TGCG---T-A--AG--ATCG-CGGCTagt
gi|6505 : CACAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGGCATAC-AAAAT-G--C--TAACCC-CGTC-TTTTCAC-ACATTCG
gi|6506 : CAATGTTCAAAG-ACAGACT-T-TGTT---T-A--AG--ATCG-CGGCTTAC-AAAAT-G--------CCC-CGTC-TTTTCAC-ACGTTCGgt
gi|6507 : CAAAGTGCAAGG-ACAGACA-C-T-----------------TG-C--CTTAC-AAAAA-G--C---AACCC-CGTC--TTCCACAACGTTgt
gi|6508 : CAAAGCTTAAAG-ACAGA-----TGCG---T-ATAAA--AT---CGGCTTAC-AACTT-G--C--AAACAC-TGTC-TTTTCAC-ACGGTCggt
gi|6509 : CAAAGTTGAAAG-ACAAACA-T-TGCG---T-A--GA--ATT---GGCATAC-AACTT-G--C--TAAACC-TGTC-TTTTTAC-ACGGTC
gi|6510 : CAAAGCTCAAGG-ACAGACA-T-TGCC---C-A--A---ACT--CGGCATAT-AACTT-G--C--AAAACC-CGTC--TTTCAC----TTCG
gi|6511 : CAAAGCTCAAGG-ACAGGCA-T-TGTG---T-A--AA--A---------TAC-AACTT-G--C--AAAACC-TGTC-ATTTTAC-
gi|6512 : CGAAGCTCAAGG-ACATACA-T-TGCC---T-A--CA--AT---CCGCATAC-AACTT-G--C--AAAACT-CGAC-TTTTCAC-ACGtagtcagt
gi|6513 : AAAGTTCAAGG-ACAGACAGT-TGCGTTTT-A--AG--ATTG-CGGCTTA--AAAAT-G--C--AAACCC-TG---TTTCCACGACGTTCG
gi|6514 : AAAGTTCAAGG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AG--ATTG-CGATAAACAAAAAT-G--CTAAAA----CGTC-TTTCCAT-ACGTTCGgt
gi|6515 : AAGTTTAAAG-ACAGACA-T-TGCG---T-A--AA--AC---CCTCTTAC-AAAAT-A--C--AAACTC-TGTC-TTTTCAC-ACGTTCgt
gi|6516 : GACA-TATATA---T-A--AG--TTTGACTGCTTAC-AAAAT-G--C--AAACCC-CGTC-TTTTCAagt
gi|6517 : A-T-TGCG---CCA--AGGTATTG-CGGCT-AC-AAAAT-G--C--AAACCCTCGT--TTTCCAC-ACGTT