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gi|25694                      : AAACACTT-C-C-GG-T-TA--TGGT-AA----AATCGGA-A-C-CGT-AA---TTG--TC--GA-GCG--TT----T---GATTT-CAGG-----A-T-T-AAG-T--------CG-A-T--TT----A--C-GA-T--CTCT-CG-A--
gi|25695                      : AAACATTT-C-C-GGCT-TAGCCGGT-AA----AATCTGACA-C-CGT-AA---ACG--TA--GG-ACA--TT----C---AATTTCCCGG-----ATT-T-AAG-C--------CGCA-CCTTT----T--C-GA-TG-CTCTCCG-A--ACTCT
gi|25696                      : AAACCATT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-ACC-CGT-AA----GGAATC--GGAACAATTT----C---AAATT-TCGGGAGAAA-T-TAAGA-C--------CG-A-C--CT----T--C-GATT--CTCT-CG-A--ACTC
gi|25697                      : AAACATTTGCGC-GG-TCTA--CGTT-AATAAAAATCTGATA-CACGT-AA---AGG--TCAAGG-ACAATTT----CTACAATTTACCGG-----A-T-T-AAG-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--
gi|25698                      : AAACGATG-C-C-GA-T-TA--CTAT-AA----A-TCTGA-A-C-GAT-AA---TGG--TC--GG-AAC--TT----T---TATTT-ACAG-----A-A-T-TGATT--------CA-A-C--GT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--AATCT
gi|25699                      :  AACATT----C-GG-A-TA--CGGC-TA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TA--GG-ACA--TT----C---AATTT-CCGG-----A-T-T-AAG-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-AG-A--ACTCT
gi|25700                      :     ATTT-C-C-GG----A--CGAT-AA----AATCTGA-A-C-CAT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CC-G-----A-T-T-A-A-G--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--TCTCT
gi|25701                      :     ATTTAC-C-GG-T-TA--CTGT-AA----AGATTGA-A-C-CAT-AGATTTGG--TT--GG-TCA--TT----G---GATTT-CTGGAAA--A-TGC-AGA-T--------CA-AGC--TT----TTAC-GA-TGCTTTT-TG-A--ACTCT
gi|25702                      :        T-C-G-GG-T-TA--C--T-AA----AATGTGA-A-T-CAT-TA---TGG--TT--GG-ACT--TT----T---ATTTT-CCGG-----ATT-T-TGT-T--------CG-A-C--CT----T--T-GG-T--CTCT-CG-A--ACCCT
gi|25703                      :        T-C-T-GG-T-TT--TTAT-AA----AATCTGA-T-C-CAT-AA---TGG--TT--GG-ACC--TTTTAAT---AATTT-CTGG-----A-T-T-TTATT--------CA-A-C--TTTTAAT--T-GA-T--CTCT-CA-A--ATTCT
gi|25704                      :         -C-T-GG-T-TG--CTAT-TA----AATCTGA-A-C-GAT-AA---TGG--TC--GG-AT---TT----T---AATTT-CCAG-----A-T-T-TGA-CT-------TG-A-C--TT----T--C-AA-T--CTCT-TG-A--ACTCT
gi|25705                      :               G-T-TA--CGAT-AA----AATCTGA-A-C-CAT-AA---TGG--TT--GA-ACC--TT----T---AATTT-CTGG-----A-T-T-TGA-CAAATCCTTCT-A-C--TTC---T--T-GA-C--CTCT-CG-ATTACTCT
gi|25706                      :                          T-AA----AATCTGA-A-C-TAT-AA---TGG--TT--GG-AC---CT----C---TATTT-CCAT-----A-T-T-TGA-CT-------CA-A-C--CT----T--T-GT-T--CTTT-CA-A--ACTCT


blockSeqs                     :         G G A  C C  GC    A  TAAA       C C A   A  ATT   AA  AA  A  AAT  TTAATA       C    GAGAA T A TGACAAATCCTT    C G CT  TTAA TA T  T GC    C  A TT
blockSeqs                     :         A . .  . .  T     .  .          T . .   .  .     .   .   .  AAT  CTACA        A    AAA   T G AAGAC           . . .   C    .  .  . G     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  AT   TCG          .    .     . . TGATT           . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . TTATT           . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . TGACT           . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . TGACT           . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . AGAC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CG           .    .     . . AAAC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  G    TG           .    .     . . AAGC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . AAGT            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  C    CA           .    .     . . AAGT            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    TT           .    .     . . AAGC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CA           .    .     . . AAGC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  A    CG           .    .     . . AAGC            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  T    GG           .    .     . . AGAT            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  C    TA           .    .     . . TGTT            . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :         . . .  . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  C    TA           .    .     . . AAG             . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :                . .  .     .  .          . . .   .  .     .   .   .  .    TA           .    .     . . AGT             . . .   .    .  .  . .     .  . . 
blockSeqs                     :                           .  .          . . .   .  .     .   .   .  .    CT           .    .     . . AAG             . . .   .    .  .  . .     .  . . 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CCGG-----A-T-T-AGA-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
finalCons                     : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CCGG-----A-T-T-AGA-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT





Alignments
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lowQualScore                  :         4 2 2  2 2  55    2  4444       4 2 2   2  333   22  22  2  999  888888888    4    88888 4 4 66666666666666  2 2 22  6666 22 2  2 44    2  2 22     
lowQualScore                  :         . . .  . .  ..    .  ....       . . .   .  ...   ..  ..  .  ...  .........    .    ..... . . ..............  . . ..  .... .. .  . ..    .  . ..     
lowQualScore                  :         4 2 2  1 1  00    0  2222       0 0 0   0  555   88  88  0  111  777777777    0    55555 0 0 88888888888888  0 0 88  2222 88 0  0 88    0  0 88     
consensus                     : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CCGG-----A-T-T-AGA-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
Reference ( family-826 )      : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CCGG-----A-T-T-AGA-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
gi|25687                      : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---AATTT-CCAG-----A-T-T-AAG-C--------CG-T-T--CT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
gi|25688                      : AAACATTT-C-C-GG-T-TA--CGGTAAA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---AATTT--CGG-----A-T-T-AGA-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
gi|25689                      : AAACATTT-C-CAGG-T-AA--CGGT-AA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGA--TC--GG-ACA--TT----C---AATTT-CCGG-----A-T-T-AAA-C--------CG-A-C--TT----T--CTGA-T--CTCT-CG-A--ACTCT
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gi|25698                      : AAACGATG-C-C-GA-T-TA--CTAT-AA----A-TCTGA-A-C-GAT-AA---TGG--TC--GG-AAC--TT----T---TATTT-ACAG-----A-A-T-TGATT--------CA-A-C--GT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--AATCT
gi|25699                      :  AACATT----C-GG-A-TA--CGGC-TA----AATCTGA-A-C-CGT-AA---TGG--TA--GG-ACA--TT----C---AATTT-CCGG-----A-T-T-AAG-C--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-AG-A--ACTCT
gi|25700                      :     ATTT-C-C-GG----A--CGAT-AA----AATCTGA-A-C-CAT-AA---TGG--TC--GG-ACA--TT----C---GATTT-CC-G-----A-T-T-A-A-G--------CG-A-C--TT----T--C-GA-T--CTCT-CG-A--TCTCT
gi|25701                      :     ATTTAC-C-GG-T-TA--CTGT-AA----AGATTGA-A-C-CAT-AGATTTGG--TT--GG-TCA--TT----G---GATTT-CTGGAAA--A-TGC-AGA-T--------CA-AGC--TT----TTAC-GA-TGCTTTT-TG-A--ACTCT
gi|25702                      :        T-C-G-GG-T-TA--C--T-AA----AATGTGA-A-T-CAT-TA---TGG--TT--GG-ACT--TT----T---ATTTT-CCGG-----ATT-T-TGT-T--------CG-A-C--CT----T--T-GG-T--CTCT-CG-A--ACCCT
gi|25703                      :        T-C-T-GG-T-TT--TTAT-AA----AATCTGA-T-C-CAT-AA---TGG--TT--GG-ACC--TTTTAAT---AATTT-CTGG-----A-T-T-TTATT--------CA-A-C--TTTTAAT--T-GA-T--CTCT-CA-A--ATTCT
gi|25704                      :         -C-T-GG-T-TG--CTAT-TA----AATCTGA-A-C-GAT-AA---TGG--TC--GG-AT---TT----T---AATTT-CCAG-----A-T-T-TGA-CT-------TG-A-C--TT----T--C-AA-T--CTCT-TG-A--ACTCT
gi|25705                      :               G-T-TA--CGAT-AA----AATCTGA-A-C-CAT-AA---TGG--TT--GA-ACC--TT----T---AATTT-CTGG-----A-T-T-TGA-CAAATCCTTCT-A-C--TTC---T--T-GA-C--CTCT-CG-ATTACTCT
gi|25706                      :                          T-AA----AATCTGA-A-C-TAT-AA---TGG--TT--GG-AC---CT----C---TATTT-CCAT-----A-T-T-TGA-CT-------CA-A-C--CT----T--T-GT-T--CTTT-CA-A--ACTCT