lowQualScore : 1111111111 1111111111 111111
lowQualScore : 44444 55 444 2 2 2 33 33 2 2 2222222222 22 333 22 2 7777 4 5555555555 44 2 2 99999 44 555555 22 000000 44 333 66666 33
lowQualScore : ..... .. ... . . . .. .. . . .......... .. ... .. . .... . .......... .. . . ..... .. ...... .. ...... .. ... ..... ..
lowQualScore : 33333 66 111 4 2 2 11 11 2 1 1111111111 99 777 99 1 4444 2 4444444444 88 0 0 22222 88 666666 88 000000 88 777 44444 44
consensus : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
Reference ( gi|100488 ) : CAGGGATGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----G-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100490 : CAGGGACGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGG-GAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--AC-AC-CCTAT-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAG
gi|100489 : CAGGGATGTGA---A-TGA-ATT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-ACA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATT--A------TTTTCTGTC--ACT---T----AAGGTC--AAACCCAGGG
gi|100491 : CAGGGATGTGA---T-AGA-GTT---CC-T-C-AGAAA--T--CGGAGGGAAA-AT----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAAAGt
gi|100494 : CAGGGATGTGA---T-TGT-GTT---CC-T-C-AGAAA--T--CGGAGG-AAA-AC----------TG--T---T--CAAA-T----GGGGAGG-AAA----A-----TCCC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAG
gi|100495 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGG-AAA-TC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAG-----CTG--G---A--CAAATAGC--ATTAT--TTTTCTTTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100492 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-AAAAA--T--CGGAG--AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGC-AAA----A-----CACC--TC-AC-CATAG-----CTG--G---C--AAAAGATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAG
gi|100493 : CAGGGTTGTCA---C-TAA-ATT---CC-T-C-AGAAA--T--CAGATG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGA-AGG-AAA----A-----CACT--TC-AC-CCTAC-----CTG--C---A--AAAATATC--C------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCTAGAGt
gi|100496 : CAGGGATGTGA---C-TGA-ATA---CC-T-C-AGAAA--T--CAGAGA-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAACGCG-----TACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------CCTTCTGCC--ACT---T----t
gi|100498 : CAAGAATGTGA---T-TGA-ATT---CC-C-C-AGAAA--T--CGGAAG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGAGAGG-AAT----A-----CACC--TC-AC-ACCAT-----CTG--G---A--AATATATC--A------TATTCGGTC--ATT---T----AAGATC--AAACCCAGAGt
gi|100497 : CGGGGATGTGA---C-TAA-CGT---CC-T-C-CTAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AAGGAGG-AAA----A-----CACC--CC-AC-CCTCC-----CTG--G---G--GAAATACC--A------TTTTCTGTCA-AAT---T----C-GATC--AAACCCAGAG
gi|100499 : CAGGCCTGAGA---C-CGA-ATT---CC-T-C-AGAAA--T--CCGAGG-GAA-AC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGA-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G------AAAATATC--A------TTTTCTGTC--A
gi|100500 : CAGGGATGAAAGAGT-TGACGTT---CCGT-C-AGAAA--TGGCAATGA-AAA-AC----------TGAAG---TAACAAACATTGTAGAGAGGGAAA----G-----CACCA-CC-AC-CC-AG-----CTA--GTCCA--TTAATATTTTA------TTTTCTGTC---CT---T----CAGATC--AAAACCAGAG
gi|100501 : AGGGATGTGA---C-TGA-ATT---CC-T-C-ACAAA--T--CAGAGG-AAA-AT----------TG--G---T--CAAC-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAACATC--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100502 : AGAGATGTGA---CCTGATGTT---GC-TGC-AGAAAAGT--CAGAGG-AAATAC----------TA--GCTGT--CAAA-ATA--GGGGAGG-AAA----AGTACTTACC--TCTACTCCCACTTAG-CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTC--TC--ACT---
gi|100503 : GGGATGTGA---T-TGA-GTTAGTCC-T-C-AGAAA--G--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CGCC--TG-AC-CCTAC-----CTG--A---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----
gi|100504 : GAAGTGA---T--GA-ATT---CC-T-CCAGAAA--T--CAGAGG-AAA-TCTG--------TG--A---T--CAAT-A----AAAGAGGAAAA----A-----CACC--TC-A--CCTAG-----CTGA-G---AACAAAATAGC--ATTTTATTTTTCTTTCTAACT---TAATCTAGATCCGAAACCCAGAG
gi|100505 : TGTGA---T-TGA-ATT---GC-T-C-AGAAA--T--CAGAG---AA-AC----------TT--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA-----------ACCATTC-AC-CCTACGCCTACTGGCG---G--AAAATATC---------TTTTCTGTC--ACA---T----TAGATC--AAA-ACAGAG
gi|100506 : -C-AGAAA--T--CCGAGA-AAA-ACATATACTGCATG--G---T--CAAA-A----AGGAAGG-ACA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----ATG--G------AAAACATC--A------GTTTCTGTC--ACTAAAT----TAGAT---AAACCCAGAGt
gi|100507 : aatttctcaa-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CCG--G---G--AAAAT-----A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAAATC--AAACCCAGAGt
gi|100508 : AA----A-----CACC--TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---------AGATC--AAACCCAGAGt
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 333 2 4 333 2 2 2 333 22 22 2 2 1111111111 22 333 22 2 7777 2 66666 4444 1 1 1 88888 44 444444 22 999999 44 333 55555 33
lowQualScore : ... . . ... . . . ... .. .. . . .......... .. ... .. . .... . ..... .... . . . ..... .. ...... .. ...... .. ... ..... ..
lowQualScore : 999 2 2 777 1 1 1 777 99 99 1 0 5555555555 88 555 88 0 0000 0 77777 0000 9 9 9 88888 55 999999 66 555555 55 555 55555 22
consensus : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
Reference ( family-817 ) : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100488 : CAGGGATGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAG-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100489 : CAGGGATGTGA---A-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATT--A------TTTTCTGTC--ACT---T----AAGGTC--AAACCCAGGG
gi|100490 : CAGGGACGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-GAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-AC-AC-CCTAT-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAGt
gi|100491 : CAGGGATGTGA---T-AGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGGGAAA-AT----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAAAG
gi|100492 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---AAAA--T--CGGAG--AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGC-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CATAG-----CTG--G---C--AAAAGATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAG
gi|100493 : CAGGGTTGTCA---C-TAA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGATG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGA-AGG-AAAA-----C----ACT-TC-AC-CCTAC-----CTG--C---A--AAAATATC--C------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCTAGAGt
gi|100494 : CAGGGATGTGA---T-TGT-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGG-AAA-AC----------TG--T---T--CAAA-T----GGGGAGG-AAAA-----T----CCC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGt
gi|100495 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAG-----CTG--G---A--CAAATAGC--ATTAT--TTTTCTTTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100496 : CAGGGATGTGA---C-TGA-ATA---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGA-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----CGCGTACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------CCTTCTGCC--ACT---T----
gi|100497 : CGGGGATGTGA---C-TAA-CGT---CC-T-C-C---TAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AAGGAGG-AAAA-----C----ACC-CC-AC-CCTCC-----CTG--G---G--GAAATACC--A------TTTTCTGTCA-AAT---T----C-GATC--AAACCCAGAGt
gi|100498 : CAAGAATGTGA---T-TGA-ATT---CC-C-C-A---GAAA--T--CGGAAG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGAGAGG-AATA-----C----ACC-TC-AC-ACCAT-----CTG--G---A--AATATATC--A------TATTCGGTC--ATT---T----AAGATC--AAACCCAGAG
gi|100499 : CAGGCCTGAGA---C-CGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CCGAGG-GAA-AC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGA-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G------AAAATATC--A------TTTTCTGTC--A
gi|100500 : CAGGGATGAAAGAGT-TGACGTT---CCGT-C-A---GAAA--TGGCAATGA-AAA-AC----------TGAAG---TAACAAACATTGTAGAGAGG-GAAAG----C----ACCACC-AC-CC-AG-----CTA--GTCCA--TTAATATTTTA------TTTTCTGTC---CT---T----CAGATC--AAAACCAGAG
gi|100501 : AGGGATGTGA---C-TGA-ATT---CC-T-C-A---CAAA--T--CAGAGG-AAA-AT----------TG--G---T--CAAC-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAACATC--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100502 : AGAGATGTGA---CCTGATGTT---GC-TGC-A---GAAAAGT--CAGAGG-AAATAC----------TA--GCTGT--CAAA-ATA--GGGGAGG-AAAAGTACTT----ACC-TCTACTCCCACTTAG-CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTC--TC--ACT---
gi|100503 : GGGATGTGA---T-TGA-GTTAGTCC-T-C-A---GAAA--G--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----GCC-TG-AC-CCTAC-----CTG--A---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----
gi|100504 : GAAGTGA---T--GA-ATT---CC-T-CCA---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TCTG--------TG--A---T--CAAT-A----AAAGAGGAAAAA-----C----ACC-TC-A--CCTAG-----CTGA-G---AACAAAATAGC--ATTTTATTTTTCTTTCTAACT---TAATCTAGATCCGAAACCCAGAG
gi|100505 : TGTGA---T-TGA-ATT---GC-T-C-A---GAAA--T--CAGAG---AA-AC----------TT--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----CAT-TC-AC-CCTACGCCTACTGGCG---G--AAAATATC---------TTTTCTGTC--ACA---T----TAGATC--AAA-ACAGAG
gi|100506 : A-ATT---TC-T-C-AACAGAAA--T--CCGAGA-AAA-ACATATACTGCATG--G---T--CAAA-A----AGGAAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----ATG--G------AAAACATC--A------GTTTCTGTC--ACTAAAT----TAGAT---AAACCCAGAGt
gi|100507 : -AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CCG--G---G--AAAAT-----A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAAATC--AAACCCAGAGt
gi|100508 : AAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---------AGATC--AAACCCAGAGt
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 333 2 4 333 2 2 2 333 22 22 2 2 1111111111 22 333 22 2 7777 2 66666 4444 1 1 1 88888 44 444444 22 999999 44 333 55555 33
lowQualScore : ... . . ... . . . ... .. .. . . .......... .. ... .. . .... . ..... .... . . . ..... .. ...... .. ...... .. ... ..... ..
lowQualScore : 999 2 2 777 1 1 1 777 99 99 1 0 5555555555 88 555 88 0 0000 0 77777 0000 9 9 9 88888 55 999999 66 555555 55 555 55555 22
consensus : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
Reference ( family-817 ) : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100488 : CAGGGATGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAG-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100489 : CAGGGATGTGA---A-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATT--A------TTTTCTGTC--ACT---T----AAGGTC--AAACCCAGGG
gi|100490 : CAGGGACGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-GAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-AC-AC-CCTAT-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAGt
gi|100491 : CAGGGATGTGA---T-AGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGGGAAA-AT----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAAAG
gi|100492 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---AAAA--T--CGGAG--AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGC-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CATAG-----CTG--G---C--AAAAGATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAG
gi|100493 : CAGGGTTGTCA---C-TAA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGATG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGA-AGG-AAAA-----C----ACT-TC-AC-CCTAC-----CTG--C---A--AAAATATC--C------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCTAGAGt
gi|100494 : CAGGGATGTGA---T-TGT-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGG-AAA-AC----------TG--T---T--CAAA-T----GGGGAGG-AAAA-----T----CCC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGt
gi|100495 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAG-----CTG--G---A--CAAATAGC--ATTAT--TTTTCTTTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100496 : CAGGGATGTGA---C-TGA-ATA---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGA-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----CGCGTACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------CCTTCTGCC--ACT---T----
gi|100497 : CGGGGATGTGA---C-TAA-CGT---CC-T-C-C---TAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AAGGAGG-AAAA-----C----ACC-CC-AC-CCTCC-----CTG--G---G--GAAATACC--A------TTTTCTGTCA-AAT---T----C-GATC--AAACCCAGAGt
gi|100498 : CAAGAATGTGA---T-TGA-ATT---CC-C-C-A---GAAA--T--CGGAAG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGAGAGG-AATA-----C----ACC-TC-AC-ACCAT-----CTG--G---A--AATATATC--A------TATTCGGTC--ATT---T----AAGATC--AAACCCAGAG
gi|100499 : CAGGCCTGAGA---C-CGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CCGAGG-GAA-AC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGA-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G------AAAATATC--A------TTTTCTGTC--A
gi|100500 : CAGGGATGAAAGAGT-TGACGTT---CCGT-C-A---GAAA--TGGCAATGA-AAA-AC----------TGAAG---TAACAAACATTGTAGAGAGG-GAAAG----C----ACCACC-AC-CC-AG-----CTA--GTCCA--TTAATATTTTA------TTTTCTGTC---CT---T----CAGATC--AAAACCAGAG
gi|100501 : AGGGATGTGA---C-TGA-ATT---CC-T-C-A---CAAA--T--CAGAGG-AAA-AT----------TG--G---T--CAAC-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAACATC--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100502 : AGAGATGTGA---CCTGATGTT---GC-TGC-A---GAAAAGT--CAGAGG-AAATAC----------TA--GCTGT--CAAA-ATA--GGGGAGG-AAAAGTACTT----ACC-TCTACTCCCACTTAG-CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTC--TC--ACT---
gi|100503 : GGGATGTGA---T-TGA-GTTAGTCC-T-C-A---GAAA--G--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----GCC-TG-AC-CCTAC-----CTG--A---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----
gi|100504 : GAAGTGA---T--GA-ATT---CC-T-CCA---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TCTG--------TG--A---T--CAAT-A----AAAGAGGAAAAA-----C----ACC-TC-A--CCTAG-----CTGA-G---AACAAAATAGC--ATTTTATTTTTCTTTCTAACT---TAATCTAGATCCGAAACCCAGAG
gi|100505 : TGTGA---T-TGA-ATT---GC-T-C-A---GAAA--T--CAGAG---AA-AC----------TT--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----CAT-TC-AC-CCTACGCCTACTGGCG---G--AAAATATC---------TTTTCTGTC--ACA---T----TAGATC--AAA-ACAGAG
gi|100506 : A-ATT---TC-T-C-AACAGAAA--T--CCGAGA-AAA-ACATATACTGCATG--G---T--CAAA-A----AGGAAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----ATG--G------AAAACATC--A------GTTTCTGTC--ACTAAAT----TAGAT---AAACCCAGAGt
gi|100507 : -AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CCG--G---G--AAAAT-----A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAAATC--AAACCCAGAGt
gi|100508 : AAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---------AGATC--AAACCCAGAGt
blockSeqs : GAG C C AGT G G C ACA AG GG G T ATATACTGCA AA CTG AA C TTGT A GTACT GCGT A T T GCCTA GC TCCA TT TTTTAT TA AAA AATCT CG
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . TG . . . . TA . G . . . . TTAG A AAC . TTAT A . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
finalCons : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 333 2 4 333 2 2 2 333 22 22 2 2 1111111111 22 333 22 2 7777 2 66666 4444 1 1 1 88888 44 444444 22 999999 44 333 55555 33
lowQualScore : ... . . ... . . . ... .. .. . . .......... .. ... .. . .... . ..... .... . . . ..... .. ...... .. ...... .. ... ..... ..
lowQualScore : 999 2 2 777 1 1 1 777 99 99 1 0 5555555555 88 555 88 0 0000 0 77777 0000 9 9 9 88888 55 999999 66 555555 55 555 55555 22
consensus : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
Reference ( family-817 ) : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100488 : CAGGGATGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAG-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGAG
gi|100489 : CAGGGATGTGA---A-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATT--A------TTTTCTGTC--ACT---T----AAGGTC--AAACCCAGGG
gi|100490 : CAGGGACGTGA---T-TGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-GAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-AC-AC-CCTAT-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAGt
gi|100491 : CAGGGATGTGA---T-AGA-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGGGAAA-AT----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAAAG
gi|100492 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---AAAA--T--CGGAG--AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGC-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CATAG-----CTG--G---C--AAAAGATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCCAGAG
gi|100493 : CAGGGTTGTCA---C-TAA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGATG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGA-AGG-AAAA-----C----ACT-TC-AC-CCTAC-----CTG--C---A--AAAATATC--C------TTTTCTGTC--ACT---T----TAGATC--AAACCTAGAGt
gi|100494 : CAGGGATGTGA---T-TGT-GTT---CC-T-C-A---GAAA--T--CGGAGG-AAA-AC----------TG--T---T--CAAA-T----GGGGAGG-AAAA-----T----CCC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGt
gi|100495 : CAGGGATGTGA---T-TGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAG-----CTG--G---A--CAAATAGC--ATTAT--TTTTCTTTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100496 : CAGGGATGTGA---C-TGA-ATA---CC-T-C-A---GAAA--T--CAGAGA-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----CGCGTACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATC--A------CCTTCTGCC--ACT---T----
gi|100497 : CGGGGATGTGA---C-TAA-CGT---CC-T-C-C---TAAA--T--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AAGGAGG-AAAA-----C----ACC-CC-AC-CCTCC-----CTG--G---G--GAAATACC--A------TTTTCTGTCA-AAT---T----C-GATC--AAACCCAGAGt
gi|100498 : CAAGAATGTGA---T-TGA-ATT---CC-C-C-A---GAAA--T--CGGAAG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGAGAGG-AATA-----C----ACC-TC-AC-ACCAT-----CTG--G---A--AATATATC--A------TATTCGGTC--ATT---T----AAGATC--AAACCCAGAG
gi|100499 : CAGGCCTGAGA---C-CGA-ATT---CC-T-C-A---GAAA--T--CCGAGG-GAA-AC----------TG--A---T--CAAA-A----AGGGAGA-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G------AAAATATC--A------TTTTCTGTC--A
gi|100500 : CAGGGATGAAAGAGT-TGACGTT---CCGT-C-A---GAAA--TGGCAATGA-AAA-AC----------TGAAG---TAACAAACATTGTAGAGAGG-GAAAG----C----ACCACC-AC-CC-AG-----CTA--GTCCA--TTAATATTTTA------TTTTCTGTC---CT---T----CAGATC--AAAACCAGAG
gi|100501 : AGGGATGTGA---C-TGA-ATT---CC-T-C-A---CAAA--T--CAGAGG-AAA-AT----------TG--G---T--CAAC-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAACATC--A------TTCTCTGTC--ACT---T----CAGATC--AAACCCAGA
gi|100502 : AGAGATGTGA---CCTGATGTT---GC-TGC-A---GAAAAGT--CAGAGG-AAATAC----------TA--GCTGT--CAAA-ATA--GGGGAGG-AAAAGTACTT----ACC-TCTACTCCCACTTAG-CTG--G---A--AAAATATC--A------TTTTC--TC--ACT---
gi|100503 : GGGATGTGA---T-TGA-GTTAGTCC-T-C-A---GAAA--G--CAGAGG-AAA-AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----GCC-TG-AC-CCTAC-----CTG--A---A--AAAATATC--A------TTTTCTGTC--ACT---T----
gi|100504 : GAAGTGA---T--GA-ATT---CC-T-CCA---GAAA--T--CAGAGG-AAA-TCTG--------TG--A---T--CAAT-A----AAAGAGGAAAAA-----C----ACC-TC-A--CCTAG-----CTGA-G---AACAAAATAGC--ATTTTATTTTTCTTTCTAACT---TAATCTAGATCCGAAACCCAGAG
gi|100505 : TGTGA---T-TGA-ATT---GC-T-C-A---GAAA--T--CAGAG---AA-AC----------TT--A---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----CAT-TC-AC-CCTACGCCTACTGGCG---G--AAAATATC---------TTTTCTGTC--ACA---T----TAGATC--AAA-ACAGAG
gi|100506 : A-ATT---TC-T-C-AACAGAAA--T--CCGAGA-AAA-ACATATACTGCATG--G---T--CAAA-A----AGGAAGG-ACAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----ATG--G------AAAACATC--A------GTTTCTGTC--ACTAAAT----TAGAT---AAACCCAGAGt
gi|100507 : -AC----------TG--G---T--CAAA-A----AGGGAGG-AAAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CCG--G---G--AAAAT-----A------TTTTCTGTC--ACT---T----TAAATC--AAACCCAGAGt
gi|100508 : AAA-----C----ACC-TC-AC-CCTAC-----CTG--G---A--AAAATATA--A------TTTTCTGTC--ACT---------AGATC--AAACCCAGAGt