lowQualScore                  :                                                      111                         111            1111111                                        11111111111                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :       3 5    66   66  2   8 2 2 66 2  8     33  2    888  555  2   5      7 2 2  000 444  2 33  0000000 33 66 666 2 2 2 444  7777 4 2 2   2    44444444444   33  333  2   55555      33   2 2 2 2 2 55 2  2 33   2 333 888 33 6666  55   33 2 6666   666   333 2 33   2  2 2 2   22 2  2 44      2   2 2  2 22 2    22 2 2       
lowQualScore                  :       . .    ..   ..  .   . . . .. .  .     ..  .    ...  ...  .   .      . . .  ... ...  . ..  ....... .. .. ... . . . ...  .... . . .   .    ...........   ..  ...  .   .....      ..   . . . . . .. .  . ..   . ... ... .. ....  ..   .. . ....   ...   ... . ..   .  . . .   .. .  . ..      .   . .  . .. .    .. . .       
lowQualScore                  :       1 7    88   88  9   6 9 9 88 9  6     99  9    777  000  9   0      5 5 5  111 444  5 44  6666666 44 99 555 4 4 4 111  4444 7 4 4   4    44444444444   22  888  4   99999      11   2 2 2 2 2 33 2  2 11   2 999 333 11 9999  33   11 2 9999   555   999 2 11   1  1 1 0   88 0  0 88      0   0 0  0 88 0    88 1 1       
consensus                     : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTTTN----AA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
Reference ( gi|81652 )        : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTTTT----AA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81650                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----G-T-G-CAT-TTTTG----AA-TGTAAA--A---AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81655                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-G--T-TT--TTTT-----AAAT--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-ATC-TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTTTT----AA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T---T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-ATGG-T-TCT--GTAT-T--CAAGATGGGC-T-GC-A--T-TACA--C-C-CCCTT
gi|81651                      : ATTCTA-A-GTAC--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTTTA----AA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T------------------T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81653                      : ATTCAT-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C--T--GT---CA-G--TG-------T-----C---A-T-G-C---AC----A-T-G-CAT-TTTTA----AAATG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81654                      : ATTCTA-A-GTGT--TTT--GA-AAA-T-GGA--T-TT-ATTT---GA-AAAA--A-A---T---GA-TGCATT-T-C-AT--AT---CA-T--TA-------T--A--C---ATT-G-A---AC----ATT-G-CAT-TTCTT-------TTTTAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-T--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81657                      : ATTCAA-A-GTAT--TTTATGA-AAA-T-G-AA-T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--A---A-T-G-A---AC----T-T-G-CAT-TATTG----TA-TGTAAA--AGATAG--AAA-----CTTCCA--TTC-A-G-G-T-A--CTTT-C--ATATA---A---T--T----TTG-AGT--T-CT---TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-GAT-TCT--G-AT-T--TAAG-T-GGC-T-GC-A--T--GCA--C-C-CCCTTAA
gi|81656                      : ATTCAA---GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-A--T-TTTATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGAATGCATT-T-C-AT-------CA-G--TA-------T--AAAC---A-TTG-A---AC----G-T-G-CAT-TTG------AA-TGTAAA--AA---GT-AAA-----CGTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TTTC--ATA-A---A---T--T----TT--A-T--T-C----TTT--GTTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA----C-CCCTTAA
gi|81659                      : ATTCAAGA-GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-AAATGTT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TTTCGA-TGCATTGT-C-ATAATT---CA-AGTTA-------T--AGAC---A-T-GCA---AC----A-TAG-CAT-TTTTT----AA-TGTAAA--GA---GT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-GGT-AA-C-TT-CCAATA-A---AGGTT--T----TT--AGT--TTC----TTT--GGTT---TCT--CAC--T-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-TGGC-A--T-AGCA--C-CGCCCTTAA
gi|81658                      : ATTCAA-A-GT-T--TTT--GA-AAAGT-G-A--T-TT-ATTTT--GA-A----------------------CT-T-C-AT--GT---CA-G--TG-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTTGA----AA----AAA--AA--AAT-AGAAGTTGATTTCA--TCC-A-T-G-T-A----TT-C--ATA-A---A------T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTA---T-T--CACAAT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT--GC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81660                      :  TTCAA-AAGTAT--TTTT-GA-AAA-T-G-A--T-TTTATTTT--TG-AAAA--AGT---TT-CGA-TGCATTCT-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--CGCCA-T-G-A---A-----A-T-G-CAT-TTTTG----AAATGTAAA--AA---GT-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-TTA--C-T--C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTTAGAGTC---T-T--CAC-AT-G---TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCAACC-T-CCCTTAA
gi|81661                      :  TTCGA-ATATATG-TTT--TA-ATA-T-G-A--T-TT-TATTT--GT-AAAA--GGAATATT-CGA--GTGTT-T-C-AA--TTATCCA-G--TC-------TCTA--C---A---G-A---ACTACAG-T-G-CAT-TCTTT----GA-TGAATG--AA--ACG-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--GTA-A---A---TTAT----CT--AGT--T-CTTGTTTT--AGTT---T-T--C----T-A-A-TCT--G-AG-TCCCAAGA---GC-T-GC-A--TCAGCA--
gi|81662                      :   TCAA-A-GTATACTTT--GA-AAA-TTG-A--T-TTTATTTT--GATAAAATTAGA---TT-CGAATGCATTGT-C-AT--TT---CATG--TACTATAGCT--A--T---A-T-A-AGAAAC----AGT-GGCATGCTTCT----AA-TGTTAAGTAA--A---AAA-----CTTCCAAGTTC-A-TTG-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-TCACAC-AT-G-T-TCT--G-A--T--CATAGT-GGC---GC-GATT-AGCA--CAA-CGCTTAA
gi|81663                      :    CAA-A-GTAT--TT---GATAAA-T-G-A--T-TT-ATTTTTTGA-AAAA---GA---AT-CGA-TGCATG-T-C-ATG-TT---CA-A--TT-------T--A--CG--A-T-G-A---GC----A-T-A-CAT-TTTTT----GA-AAGAAA--AA--AGTTAAA-----TTTTCC--TTCCA-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TTTTAAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-TGTCT--G-ATCT--CAAGAT-GGCTT-AC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81664                      :         -GTGT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AA-----T-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--T--C---A-T-G-A---AC----A-T-A-CAT-TTTTA----AA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81666                      :                                                                  GA-TGCATT-T-T-AT--GT---CA-G--TG-------A--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTATA----AA-AG-AAA--AA--GGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-GT-C--ATA-A---A---------------------------------GTT---T-T--CAC-AT-A-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCC
gi|81665                      :                                                                 aGA-CACATT-TACGAT--GT---CA-G--TGG------T--A--C---A-T-G-A---ACG---A-T-G-CAT-TGTGTGTGAAA-CG-AAA--AA--AGT-AGA-----ATTTCA--TCC-ATT-G-T-ACGC-CC-C--ATA-ATACA---T--TCCTCTA--AGTTCT-C----TTT--AGTCCTGT-T--CAC-AT-G-T-TTCAGG-AT-TC-CAAGAT-GGC-T-GCAA--T-ATCA--C-C-
gi|81667                      :                                                                                                    aaaaaaacagg---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTTT-----GA-TAAAAG--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTA-A-T-G-T-A--C-TT-C--AT------A---T--TA---TT--AGC--T-A----TTT--ACTT---C-A--CAT-AT-A-T-GCT--G-AT-T--CAAGAT-CGC-T-GC-A--T-CGCT--C-C-TCCTTAA
gi|81668                      :                                                                                                                                                                                 TTTCA--CCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CTCTGAA
gi|81669                      :                                                                                                                                                                                                                                                                     tC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81670                      :                                                                                                                                                                                                                                                                              -TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                      111                                        1111111                                              1111                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :       2 5    66   66  2   8 2 2 66 2  8     33  2    666  444  2   4      7 2 2  999 444  2 33  0000000 33 66 666 2 2 2 333  6666 4 2 2   2   333 1  1111   33  33   2   55555      22   2 2 2 2 2 55 2  2 22   2 333 777 22 6666  55   22 2 6666   22    333 2 22   2  2 2 1   22 1  1 44      1   1 1  1 22 1    22 2 2       
lowQualScore                  :       . .    ..   ..  .   . . . .. .  .     ..  .    ...  ...  .   .      . . .  ... ...  . ..  ....... .. .. ... . . . ...  .... . . .   .   ... .  ....   ..  ..   .   .....      ..   . . . . . .. .  . ..   . ... ... .. ....  ..   .. . ....   ..    ... . ..   .  . . .   .. .  . ..      .   . .  . .. .    .. . .       
lowQualScore                  :       9 3    33   33  7   0 7 7 33 7  0     77  7    999  777  7   7      1 4 4  000 111  4 22  0000000 22 55 111 2 2 2 999  9999 4 2 2   2   999 0  7777   11  11   2   66666      99   1 1 1 1 1 00 1  1 99   1 777 999 99 6666  00   99 1 6666   99    777 1 99   0  0 0 9   66 9  9 55      9   9 9  9 66 9    66 0 0       
consensus                     : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
Reference ( family-814 )      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81650                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----G-T-G-CAT-TTT---TGAA-TGTAAA--A---AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81651                      : ATTCTA-A-GTAC--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--A-----------------GTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81652                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81653                      : ATTCAT-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C--T--GT---CA-G--TG-------T-----C---A-T-G-C---AC----A-T-G-CAT-TTT---TAAAATG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81654                      : ATTCTA-A-GTGT--TTT--GA-AAA-T-GGA--T-TT-ATTT---GA-AAAA--A-A---T---GA-TGCATT-T-C-AT--AT---CA-T--TA-------T--A--C---ATT-G-A---AC----ATT-G-CAT-TTC---TT---TTTTAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-T--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81655                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-G--T-TT--TTTT-----AAAT--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-ATC-TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T---T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-ATGG-T-TCT--GTAT-T--CAAGATGGGC-T-GC-A--T-TACA--C-C-CCCTT
gi|81656                      : ATTCAA---GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-A--T-TTTATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGAATGCATT-T-C-AT-------CA-G--TA-------T--AAAC---A-TTG-A---AC----G-T-G-CAT-TT-----GAA-TGTAAA--AA---GT-AAA-----CGTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TTTC--ATA-A---A---T--T----TT--A-T--T-C----TTT--GTTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA----C-CCCTTAA
gi|81657                      : ATTCAA-A-GTAT--TTTATGA-AAA-T-G-AA-T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--A---A-T-G-A---AC----T-T-G-CAT-TAT---TGTA-TGTAAA--AGATAG--AAA-----CTTCCA--TTC-A-G-G-T-A--CTTT-C--ATATA---A---T--T----TTG-AGT--T-CT---TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-GAT-TCT--G-AT-T--TAAG-T-GGC-T-GC-A--T--GCA--C-C-CCCTTAA
gi|81658                      : ATTCAA-A-GT-T--TTT--GA-AAAGT-G-A--T-TT-ATTTT--GA-A----------------------CT-T-C-AT--GT---CA-G--TG-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---GAAA----AAA--AA--AAT-AGAAGTTGATTTCA--TCC-A-T-G-T-A----TT-C--ATA-A---A------T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTA---T-T--CACAAT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT--GC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81659                      : ATTCAAGA-GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-AAATGTT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TTTCGA-TGCATTGT-C-ATAATT---CA-AGTTA-------T--AGAC---A-T-GCA---AC----A-TAG-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--GA---GT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-GGT-AA-C-TT-CCAATA-A---AGGTT--T----TT--AGT--TTC----TTT--GGTT---TCT--CAC--T-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-TGGC-A--T-AGCA--C-CGCCCTTAA
gi|81660                      :  TTCAA-AAGTAT--TTTT-GA-AAA-T-G-A--T-TTTATTTT--TG-AAAA--AGT---TT-CGA-TGCATTCT-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--CGCCA-T-G-A---A-----A-T-G-CAT-TTT---TGAAATGTAAA--AA---GT-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-TTA--C-T--C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTTAGAGTC---T-T--CAC-AT-G---TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCAACC-T-CCCTTAA
gi|81661                      :  TTCGA-ATATATG-TTT--TA-ATA-T-G-A--T-TT-TATTT--GT-AAAA--GGAATATT-CGA--GTGTT-T-C-AA--TTATCCA-G--TC-------TCTA--C---A---G-A---ACTACAG-T-G-CAT-TCT---TTGA-TGAATG--AA--ACG-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--GTA-A---A---TTAT----CT--AGT--T-CTTGTTTT--AGTT---T-T--C----T-A-A-TCT--G-AG-TCCCAAGA---GC-T-GC-A--TCAGCA--
gi|81662                      :   TCAA-A-GTATACTTT--GA-AAA-TTG-A--T-TTTATTTT--GATAAAATTAGA---TT-CGAATGCATTGT-C-AT--TT---CATG--TACTATAGCT--A--T---A-T-A-AGAAAC----AGT-GGCATGCTT---CTAA-TGTTAAGTAA--A---AAA-----CTTCCAAGTTC-A-TTG-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-TCACAC-AT-G-T-TCT--G-A--T--CATAGT-GGC---GC-GATT-AGCA--CAA-CGCTTAA
gi|81663                      :    CAA-A-GTAT--TT---GATAAA-T-G-A--T-TT-ATTTTTTGA-AAAA---GA---AT-CGA-TGCATG-T-C-ATG-TT---CA-A--TT-------T--A--CG--A-T-G-A---GC----A-T-A-CAT-TTT---TTGA-AAGAAA--AA--AGTTAAA-----TTTTCC--TTCCA-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TTTTAAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-TGTCT--G-ATCT--CAAGAT-GGCTT-AC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81664                      :         -GTGT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AA-----T-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--T--C---A-T-G-A---AC----A-T-A-CAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81665                      :                                                                  GA-CACATT-TACGAT--GT---CA-G--TGG------T--A--C---A-T-G-A---ACG---A-T-G-CAT-TGTGTGTGAAACG-AAA--AA--AGT-AGA-----ATTTCA--TCC-ATT-G-T-ACGC-CC-C--ATA-ATACA---T--TCCTCTA--AGTTCT-C----TTT--AGTCCTGT-T--CAC-AT-G-T-TTCAGG-AT-TC-CAAGAT-GGC-T-GCAA--T-ATCA--C-C-
gi|81666                      :                                                       aaaaaaacaggGA-TGCATT-T-T-AT--GT---CA-G--TG-------A--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTA---TAAA-AG-AAA--AA--GGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-GT-C--ATA-A------------------------------------AGTT---T-T--CAC-AT-A-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCC
gi|81667                      :                                                                                                              a---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TGA--TAAAAG--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTA-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA---------T--TA---TT--AGC--T-A----TTT--ACTT---C-A--CAT-AT-A-T-GCT--G-AT-T--CAAGAT-CGC-T-GC-A--T-CGCT--C-C-TCCTTAA
gi|81668                      :                                                                                                                                                                                TTTCA--CCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CTCTGAA
gi|81669                      :                                                                                                                                                                                                                                                                    tC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81670                      :                                                                                                                                                                                                                                                                             -TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                      111                                        1111111                                              1111                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :       2 5    66   66  2   8 2 2 66 2  8     33  2    666  444  2   4      7 2 2  999 444  2 33  0000000 33 66 666 2 2 2 333  6666 4 2 2   2   333 1  1111   33  33   2   55555      22   2 2 2 2 2 55 2  2 22   2 333 777 22 6666  55   22 2 6666   22    333 2 22   2  2 2 1   22 1  1 44      1   1 1  1 22 1    22 2 2       
lowQualScore                  :       . .    ..   ..  .   . . . .. .  .     ..  .    ...  ...  .   .      . . .  ... ...  . ..  ....... .. .. ... . . . ...  .... . . .   .   ... .  ....   ..  ..   .   .....      ..   . . . . . .. .  . ..   . ... ... .. ....  ..   .. . ....   ..    ... . ..   .  . . .   .. .  . ..      .   . .  . .. .    .. . .       
lowQualScore                  :       9 3    33   33  7   0 7 7 33 7  0     77  7    999  777  7   7      1 4 4  000 111  4 22  0000000 22 55 111 2 2 2 999  9999 4 2 2   2   999 0  7777   11  11   2   66666      99   1 1 1 1 1 00 1  1 99   1 777 999 99 6666  00   99 1 6666   99    777 1 99   0  0 0 9   66 9  9 55      9   9 9  9 66 9    66 0 0       
consensus                     : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
Reference ( family-814 )      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81650                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----G-T-G-CAT-TTT---TGAA-TGTAAA--A---AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81651                      : ATTCTA-A-GTAC--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--A-----------------GTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81652                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81653                      : ATTCAT-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C--T--GT---CA-G--TG-------T-----C---A-T-G-C---AC----A-T-G-CAT-TTT---TAAAATG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81654                      : ATTCTA-A-GTGT--TTT--GA-AAA-T-GGA--T-TT-ATTT---GA-AAAA--A-A---T---GA-TGCATT-T-C-AT--AT---CA-T--TA-------T--A--C---ATT-G-A---AC----ATT-G-CAT-TTC---TT---TTTTAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-T--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81655                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-G--T-TT--TTTT-----AAAT--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-ATC-TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T---T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-ATGG-T-TCT--GTAT-T--CAAGATGGGC-T-GC-A--T-TACA--C-C-CCCTT
gi|81656                      : ATTCAA---GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-A--T-TTTATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGAATGCATT-T-C-AT-------CA-G--TA-------T--AAAC---A-TTG-A---AC----G-T-G-CAT-TT-----GAA-TGTAAA--AA---GT-AAA-----CGTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TTTC--ATA-A---A---T--T----TT--A-T--T-C----TTT--GTTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA----C-CCCTTAA
gi|81657                      : ATTCAA-A-GTAT--TTTATGA-AAA-T-G-AA-T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--A---A-T-G-A---AC----T-T-G-CAT-TAT---TGTA-TGTAAA--AGATAG--AAA-----CTTCCA--TTC-A-G-G-T-A--CTTT-C--ATATA---A---T--T----TTG-AGT--T-CT---TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-GAT-TCT--G-AT-T--TAAG-T-GGC-T-GC-A--T--GCA--C-C-CCCTTAA
gi|81658                      : ATTCAA-A-GT-T--TTT--GA-AAAGT-G-A--T-TT-ATTTT--GA-A----------------------CT-T-C-AT--GT---CA-G--TG-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---GAAA----AAA--AA--AAT-AGAAGTTGATTTCA--TCC-A-T-G-T-A----TT-C--ATA-A---A------T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTA---T-T--CACAAT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT--GC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81659                      : ATTCAAGA-GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-AAATGTT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TTTCGA-TGCATTGT-C-ATAATT---CA-AGTTA-------T--AGAC---A-T-GCA---AC----A-TAG-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--GA---GT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-GGT-AA-C-TT-CCAATA-A---AGGTT--T----TT--AGT--TTC----TTT--GGTT---TCT--CAC--T-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-TGGC-A--T-AGCA--C-CGCCCTTAA
gi|81660                      :  TTCAA-AAGTAT--TTTT-GA-AAA-T-G-A--T-TTTATTTT--TG-AAAA--AGT---TT-CGA-TGCATTCT-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--CGCCA-T-G-A---A-----A-T-G-CAT-TTT---TGAAATGTAAA--AA---GT-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-TTA--C-T--C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTTAGAGTC---T-T--CAC-AT-G---TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCAACC-T-CCCTTAA
gi|81661                      :  TTCGA-ATATATG-TTT--TA-ATA-T-G-A--T-TT-TATTT--GT-AAAA--GGAATATT-CGA--GTGTT-T-C-AA--TTATCCA-G--TC-------TCTA--C---A---G-A---ACTACAG-T-G-CAT-TCT---TTGA-TGAATG--AA--ACG-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--GTA-A---A---TTAT----CT--AGT--T-CTTGTTTT--AGTT---T-T--C----T-A-A-TCT--G-AG-TCCCAAGA---GC-T-GC-A--TCAGCA--
gi|81662                      :   TCAA-A-GTATACTTT--GA-AAA-TTG-A--T-TTTATTTT--GATAAAATTAGA---TT-CGAATGCATTGT-C-AT--TT---CATG--TACTATAGCT--A--T---A-T-A-AGAAAC----AGT-GGCATGCTT---CTAA-TGTTAAGTAA--A---AAA-----CTTCCAAGTTC-A-TTG-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-TCACAC-AT-G-T-TCT--G-A--T--CATAGT-GGC---GC-GATT-AGCA--CAA-CGCTTAA
gi|81663                      :    CAA-A-GTAT--TT---GATAAA-T-G-A--T-TT-ATTTTTTGA-AAAA---GA---AT-CGA-TGCATG-T-C-ATG-TT---CA-A--TT-------T--A--CG--A-T-G-A---GC----A-T-A-CAT-TTT---TTGA-AAGAAA--AA--AGTTAAA-----TTTTCC--TTCCA-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TTTTAAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-TGTCT--G-ATCT--CAAGAT-GGCTT-AC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81664                      :         -GTGT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AA-----T-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--T--C---A-T-G-A---AC----A-T-A-CAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81665                      :                                                                  GA-CACATT-TACGAT--GT---CA-G--TGG------T--A--C---A-T-G-A---ACG---A-T-G-CAT-TGTGTGTGAAACG-AAA--AA--AGT-AGA-----ATTTCA--TCC-ATT-G-T-ACGC-CC-C--ATA-ATACA---T--TCCTCTA--AGTTCT-C----TTT--AGTCCTGT-T--CAC-AT-G-T-TTCAGG-AT-TC-CAAGAT-GGC-T-GCAA--T-ATCA--C-C-
gi|81666                      :                                                       aaaaaaacaggGA-TGCATT-T-T-AT--GT---CA-G--TG-------A--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTA---TAAA-AG-AAA--AA--GGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-GT-C--ATA-A------------------------------------AGTT---T-T--CAC-AT-A-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCC
gi|81667                      :                                                                                                              a---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TGA--TAAAAG--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTA-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA---------T--TA---TT--AGC--T-A----TTT--ACTT---C-A--CAT-AT-A-T-GCT--G-AT-T--CAAGAT-CGC-T-GC-A--T-CGCT--C-C-TCCTTAA
gi|81668                      :                                                                                                                                                                                TTTCA--CCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CTCTGAA
gi|81669                      :                                                                                                                                                                                                                                                                    tC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81670                      :                                                                                                                                                                                                                                                                             -TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTCAA


blockSeqs                     :       G A    AC   AT  T   A T G AA G  T     TT  T    TTA  ATA  T   A      G A G  AAT ATC  T GT  CTATAGC CT AA GCC T T C GAA  TACA T A G   G   GTG A  ATGT   GT  AT   T   AGTTG      AG   C T T G T CG T  T CA   T TAC GGT TA CCTC  TT   TC T TTGT   AG    CTG C CA   A  G A G   AG T  C CC      G   T G  A AT C    AC A G
blockSeqs                     :       . T    G    T   .   G . . A  .  T     .   .    A    .    .   A      C . .  CT  .    . .   G       .  GA G   . . . .    G    G . .   .   .   T  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . A  .  . .    . .   A   .  A     G    .  . T      .     .   . .    .  . . .   .  .  . C       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   A . . .  .  T     .   .    A    .    .   .      G . .  GT  .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   A  ATG    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   A   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    A    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  TTT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    A    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    A    .    .   .      . . .  G   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   G  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    G    .    .   .      . . .  A   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   G  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    A    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   A  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  G   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  TGA    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   G  TGT    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  AAG    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  ACG    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :       . .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  T   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   T  TAA    .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :         .    .    .   .   . . . .  .  .     .   .    .    .    .   .      . . .  G   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   A  AG     .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                    .      . . .  G   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   G  AG     .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                    .      . . .  .   .    . .   .       .  .  .   . . . .    .    . . .   .   .   A  AG     .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                                                               .   . . . .    .    . . .   .   .   G  .      .   .    .   .          .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                     .    . . . . . .  .  . .    . .   .   .  .     .    .  . .      .     .   . .    .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                      .  . . .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .  . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                             .   .  .  . .       .   . .  . .  .    .     


blockSeqCons                  :                                                      A**
originalCons                  : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
finalCons                     : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAAA--GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                      111                                        1111111                                              1111                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :       2 5    66   66  2   8 2 2 66 2  8     33  2    666  444  2   4      7 2 2  999 444  2 33  0000000 33 66 666 2 2 2 333  6666 4 2 2   2   333 1  1111   33  33   2   55555      22   2 2 2 2 2 55 2  2 22   2 333 777 22 6666  55   22 2 6666   22    333 2 22   2  2 2 1   22 1  1 44      1   1 1  1 22 1    22 2 2       
lowQualScore                  :       . .    ..   ..  .   . . . .. .  .     ..  .    ...  ...  .   .      . . .  ... ...  . ..  ....... .. .. ... . . . ...  .... . . .   .   ... .  ....   ..  ..   .   .....      ..   . . . . . .. .  . ..   . ... ... .. ....  ..   .. . ....   ..    ... . ..   .  . . .   .. .  . ..      .   . .  . .. .    .. . .       
lowQualScore                  :       9 3    33   33  7   0 7 7 33 7  0     77  7    999  777  7   7      1 4 4  000 111  4 22  0000000 22 55 111 2 2 2 999  9999 4 2 2   2   999 0  7777   11  11   2   66666      99   1 1 1 1 1 00 1  1 99   1 777 999 99 6666  00   99 1 6666   99    777 1 99   0  0 0 9   66 9  9 55      9   9 9  9 66 9    66 0 0       
consensus                     : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
Reference ( family-814 )      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TNAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81650                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----G-T-G-CAT-TTT---TGAA-TGTAAA--A---AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81651                      : ATTCTA-A-GTAC--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--A-----------------GTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81652                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81653                      : ATTCAT-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---AT-AGA-TGCATT-T-C--T--GT---CA-G--TG-------T-----C---A-T-G-C---AC----A-T-G-CAT-TTT---TAAAATG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81654                      : ATTCTA-A-GTGT--TTT--GA-AAA-T-GGA--T-TT-ATTT---GA-AAAA--A-A---T---GA-TGCATT-T-C-AT--AT---CA-T--TA-------T--A--C---ATT-G-A---AC----ATT-G-CAT-TTC---TT---TTTTAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-T--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81655                      : ATTCAA-A-GTAT--TTT--GA-AAA-T-G-G--T-TT--TTTT-----AAAT--AGA---TT-CGA-TGCATT-T-C-ATC-TT---CA-G--TA-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T---T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-ATGG-T-TCT--GTAT-T--CAAGATGGGC-T-GC-A--T-TACA--C-C-CCCTT
gi|81656                      : ATTCAA---GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-A--T-TTTATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGAATGCATT-T-C-AT-------CA-G--TA-------T--AAAC---A-TTG-A---AC----G-T-G-CAT-TT-----GAA-TGTAAA--AA---GT-AAA-----CGTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TTTC--ATA-A---A---T--T----TT--A-T--T-C----TTT--GTTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCT--C-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA----C-CCCTTAA
gi|81657                      : ATTCAA-A-GTAT--TTTATGA-AAA-T-G-AA-T-TT-ATTTT--GA-AAAA---GA---TT-CGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--A---A-T-G-A---AC----T-T-G-CAT-TAT---TGTA-TGTAAA--AGATAG--AAA-----CTTCCA--TTC-A-G-G-T-A--CTTT-C--ATATA---A---T--T----TTG-AGT--T-CT---TTT--GGTT---T-T--CAC-AT-GAT-TCT--G-AT-T--TAAG-T-GGC-T-GC-A--T--GCA--C-C-CCCTTAA
gi|81658                      : ATTCAA-A-GT-T--TTT--GA-AAAGT-G-A--T-TT-ATTTT--GA-A----------------------CT-T-C-AT--GT---CA-G--TG-------T--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTT---GAAA----AAA--AA--AAT-AGAAGTTGATTTCA--TCC-A-T-G-T-A----TT-C--ATA-A---A------T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTA---T-T--CACAAT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT--GC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81659                      : ATTCAAGA-GTAT--TTT--GA-AAAAT-G-AAATGTT-ATTTT--GA-AAAA--AGA---TTTCGA-TGCATTGT-C-ATAATT---CA-AGTTA-------T--AGAC---A-T-GCA---AC----A-TAG-CAT-TTT---TTAA-TGTAAA--GA---GT-AAA-----CTTCCA--TTC-A-T-GGT-AA-C-TT-CCAATA-A---AGGTT--T----TT--AGT--TTC----TTT--GGTT---TCT--CAC--T-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-TGGC-A--T-AGCA--C-CGCCCTTAA
gi|81660                      :  TTCAA-AAGTAT--TTTT-GA-AAA-T-G-A--T-TTTATTTT--TG-AAAA--AGT---TT-CGA-TGCATTCT-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--A--CGCCA-T-G-A---A-----A-T-G-CAT-TTT---TGAAATGTAAA--AA---GT-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-TTA--C-T--C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTTAGAGTC---T-T--CAC-AT-G---TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCAACC-T-CCCTTAA
gi|81661                      :  TTCGA-ATATATG-TTT--TA-ATA-T-G-A--T-TT-TATTT--GT-AAAA--GGAATATT-CGA--GTGTT-T-C-AA--TTATCCA-G--TC-------TCTA--C---A---G-A---ACTACAG-T-G-CAT-TCT---TTGA-TGAATG--AA--ACG-AAA-----CTTC-A--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--GTA-A---A---TTAT----CT--AGT--T-CTTGTTTT--AGTT---T-T--C----T-A-A-TCT--G-AG-TCCCAAGA---GC-T-GC-A--TCAGCA--
gi|81662                      :   TCAA-A-GTATACTTT--GA-AAA-TTG-A--T-TTTATTTT--GATAAAATTAGA---TT-CGAATGCATTGT-C-AT--TT---CATG--TACTATAGCT--A--T---A-T-A-AGAAAC----AGT-GGCATGCTT---CTAA-TGTTAAGTAA--A---AAA-----CTTCCAAGTTC-A-TTG-T-A--C-TT-C--ATA-A---AA--T--T----TT--AGT--T-C----TTT--GGTT---T-TCACAC-AT-G-T-TCT--G-A--T--CATAGT-GGC---GC-GATT-AGCA--CAA-CGCTTAA
gi|81663                      :    CAA-A-GTAT--TT---GATAAA-T-G-A--T-TT-ATTTTTTGA-AAAA---GA---AT-CGA-TGCATG-T-C-ATG-TT---CA-A--TT-------T--A--CG--A-T-G-A---GC----A-T-A-CAT-TTT---TTGA-AAGAAA--AA--AGTTAAA-----TTTTCC--TTCCA-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TTTTAAT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-TGTCT--G-ATCT--CAAGAT-GGCTT-AC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81664                      :         -GTGT--TTT--GA-AAA-T-G-A--T-TT-ATTTT--GA-AAAA--AA-----T-AGA-TGCATT-T-C-AT--TT---CA-G--TA-------T--T--C---A-T-G-A---AC----A-T-A-CAT-TTT---TAAA-AG-AAA--AA--AGT-AAA-----TTTCCA--TTC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81665                      :                                                                  GA-CACATT-TACGAT--GT---CA-G--TGG------T--A--C---A-T-G-A---ACG---A-T-G-CAT-TGTGTGTGAAACG-AAA--AA--AGT-AGA-----ATTTCA--TCC-ATT-G-T-ACGC-CC-C--ATA-ATACA---T--TCCTCTA--AGTTCT-C----TTT--AGTCCTGT-T--CAC-AT-G-T-TTCAGG-AT-TC-CAAGAT-GGC-T-GCAA--T-ATCA--C-C-
gi|81666                      :                                                       aaaaaaacaggGA-TGCATT-T-T-AT--GT---CA-G--TG-------A--A--C---A-T-G-A---AC----A-T-G-CAT-TTA---TAAA-AG-AAA--AA--GGT-AAA-----TTTCCA--TCC-A-T-G-T-A--C-GT-C--ATA-A------------------------------------AGTT---T-T--CAC-AT-A-T-TCA--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCC
gi|81667                      :                                                                                                              a---A-T-G-A---AC----A-T-G-TAT-TTT---TGA--TAAAAG--AA--AGT-AAA-----CTTCCA--TTA-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA---------T--TA---TT--AGC--T-A----TTT--ACTT---C-A--CAT-AT-A-T-GCT--G-AT-T--CAAGAT-CGC-T-GC-A--T-CGCT--C-C-TCCTTAA
gi|81668                      :                                                                                                                                                                                TTTCA--CCC-A-T-G-T-A--C-TT-C--ATA-A---A---T--T----TT--AGT--T-C----TTT--AGTT---T-T--CAC-AT-G-T-TCA--G-AT-C--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CTCTGAA
gi|81669                      :                                                                                                                                                                                                                                                                    tC-AT-G-T-TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--C-AGCA--C-C-CCCTTAA
gi|81670                      :                                                                                                                                                                                                                                                                             -TCT--G-AT-T--CAAGAT-GGC-T-GC-A--T-AGCA--C-C-CCCTCAA