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lowQualScore                  :              . .    .    ..  . .....  .     .....   ..   . ..  ...    ..........      ..  .  .  ..      .........  .   ..  .............  .     ...................................  .   .. .. ...  ..   .   .   ....   .   .. ... .   ..     ..  ..  .....................  ....  .   . .  ......... .  ....... ..   . . ..  .....   .   . ...   .......... . .......    ..  .  .  .   .         ..  .  .     
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Reference ( gi|24835 )        :   GCGTCTCTGAA-G-CATCTGTCA--GC-A-----TG-GCTGA-----GAA--CATGAG-GC---TGAACAAA-G-T-GGGAGCA--AGGACGCA--GCCTTGT--TTT--TACTCCG--TT-GG--A--G----ACAGGGAA-----TG-----GAGC------ATG---TC-GTC-TCTCCG--TTGTCCTGG--ACT-CTTGCCAG-CAATG-CCA--T---C-GTGT-AGCTGT-CG-TACG----A----TG---------GT-G--AT-GAA-C-TT-C-T-C---G-GG--C----AT-CCGTACT--TCG--C-CATGATTCT---CCA-A-AG----AC-CT------TCTC--TG-CTAACAGTG-TCGAAGGCC--TTGGT-CAGAT
gi|24830                      :   GCGTTTCTGAA-GGCATCTGTCA--GC-A-----TG-ACTGA-----GAA--CACGAG-GC---TGAACAAA-G-T-GAGAGCA--AGGACGCA--GCCTTG---TTT--TACTCCG--TT-GG--A--G----ACAGGGAA-----TG-----GAGC------A-G---TC-GTC-TCTCCG--TTGTCCTGG--ACT-CTTGCCAG-C-ATG-CCA--T---C-GTGT-AGCCGT-CG-TACG----A----TG---------GT-G--AT-GAA-CTTT-C-T-A---G-GG--A----AT-CCGTACT--TCG--C-CATGATTCT---CCA-A-AG----AC-CT------TCCC--TA-CTAACCTTG-TCGAAGGCC--CTGGT-CAGAT
gi|24831                      : caGCGTCTCTGAA-GGTATCTGTAA--GC-A-----TG-GCTGA-----GAA--AATGAG-GC---TGAACAAA-G----GGAGCA--AGGACGCA--GCCTTG---TTT--TACTCCG--TT-GG--A--G----ACAGGGAA-----TG-----GAGC------A-A---TC-GTG-TCTCCG--TTGTCCTGG--ACT-CTTGCCAG-C-ATG-CCA--T---C-GTGT-AGCTGT-CGTTACC----AG---TG---------AT-G--AT-GAA-CTTT-C-T-G---G-GG--C----AT-CTGTATT--TCG--C-CATGATTCT---CCA-A-AG----AC-CT------CCTC--TA-CTACCAGTG-TCGAAGGCC--TTGGT-CAGAT
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gi|24838                      :      TCTCTAAA-GGCGTCGGCCA--GC-A-----TT-GCTTATATTAGAA--TATCAT-GC---TGATC------T-GGG-GCT--TGGACACA--TCCCTGT--TTG---ATCCCG--TT-TG--T--C----ACCGAAAA-----GGCTTTTGA--------AAG---T------TCTCCG--TCATCCAGG--ATT----------CGA-G-ACG--T---C-ATGG-AACTGT-GG-GACT----A----TC---------AC-A--AT-GAA-C-CTAC-T-C---G-GG--C----A-------------G--C-AAT-ATTTT---CCA-G-AG----TC-CA------TATT--GA-TTTATTGTA-TCAAAGACC--TTGAT-CAG
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gi|24840                      :            AA-G-GATCAGTCA--AC-AA----TA-GCCGA-----AAA--CATCAT-GC---TGAAGAGG-A-T-TGGAGCC--AGCACACA--GCCCTGT--TTTA-TAC--CG--TT-GT--C-------ACTGGGAA-----GG-----GCAT------ATGAT-TC-GTC-TC--CA--TCATCTAGT--ACC-TTTACCAT-CA-TG-CCA--T---T-GTGG-AAATGT-CA-AACA----AGCG-TG---------GT-----T-GAA-C-TTGC-T-G---G-GG--C----AG-CTGAATT--TCT--C-TATGATCTT---CCA-T-AA----GC-CC------TCCC--TG-CTGAC--TGATCAAAGGCC--TTCGT-CAGGT
gi|24841                      :          gaAA-G-CATCAGTCA--ACAA-----TA-GCCGA-----AAA--CATCAT-GC---TGAAGAGG-A-T-TGGAGCC--AGCACACA--GCCCTGT--TTTA-TA--CCG--TT-TG--T--C----ACTGGGAA-----GG-----CCAT------ATGACTTC-GTCATCCACA--TCAT-CTAGCTACC-TTTACCAT-CATTG-CCATTT---T-GTGG-AAATGT-CA-AACA----AGCAGTG---------GT-G-----GAA-C-TTGC-T-T---G-GGGTC----AG-CTGAATTC-TCT--C-TATGATCTT---CCATA-AG----CC-CT------TCCC--TGTCTGATGATC-T-AAAGGCCTTTTCGT-CAGGT
gi|24842                      :                gaATCTTTCAACGC-A-----TG-G---A-----GAA--GAGGAG-GT---TGAA--GA-G-C-AAGAGCACAAGCACTCA--TCCTTGC--TTC---ACTTCG--TT-TG--A--G----ACAGCGAAGG---TGTTT--GA--------ATG---T------TCTCC---TT-TCGAAG--AAC-CTGTCCAG-TCATG-TTG--T---C-ATGG-AAGAAG-CA-TATG----A----GC---------AT-G--GA-GAATT-TT-C-G-T---G-GA--C----AG-CCG-AGT--TTG-----ATGAGGACGAACCA-G-AG----AG-CC------TCTC--TG-TTGACCGTG-TCGAATGCC--TT
gi|24843                      :                    CTGTCA--GC-A-----TAAGCTGA-----GAAAACAT-AG-GTACATGCATAAAAG-T-GGGAGCA--AG-ACGCA--GCCTTGTAATTTACTACCACG--TTTGG--A--G----ACAGGGGAAG---TG-----GAGC------A-G---TC-GTC-TCTC-G--T-ATCCTGG--ACTTCTTGCAAT---ATG-C----T---CTGTG--AGCTGTGCG-TACG----A----TG---------GTTG--AT-AGA-T-TT-T-T-CTTGG-GG--C----A--CCGTACTCTTCGGCCGCAT-ATCCT---CCA-A-AA----ACGCT------TCTC--TA-CTA-CAATG-TCGAAGGCC--TTGGT-AAG
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24849 ): GTGACAGGCATGCAGCCTTACCTTACTCCGTTCTCACTGGAAGGGGTTTATCAGCTTCCGTTTTGTTGATCTGGCAGGACGAGCCCTCGTATATAGCTGCTGGATGATGTTGATTAACCTTGGGGGATTCCGTAGTACTGCATCAACTTCCAGATTTGTCCCTTACAACAATGTCGAGGCTTT






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blockSeqs                     :                    T    .    AA     .  .          .    G      G       C  A TCT      .   G  G  .        .   T   T   .  G   G AG     A     GGGCATATGATTCGTC                      T  .  .  TG  CT .  TTA  TG      GTC   T  C    .  .   .   T     .  G  T   C  GCAG         GA  .    T  GCTTG        .  TG      T TTCTCTC       G   C .     TA   A     .  .         .   .  A  A            .   G  .
blockSeqs                     :                    T    .    A      .  .          .    G      G       T  T TG       .   G  G  .        .   T   T   .  .   G AG     A     GGCATCTGACTCGTC                       T  .  .  TG  AA .  CT   TG      GC    .  .    .  .   .   T     .  .  T   A  GCG          GA  .    .  TCTG         .  T       T TTTCGC        A   T .     A    A     .  .         .   .  A  A            .   G  .
blockSeqs                     :                    G    .    A      .  .          .    G      G       C  C TT       .   G  A  .        .   T   T   .  .   T AA     A     TGGAGCACTCGTGG                        A  .  .  CA  CT .  CT   TG      GC    .  .    .  .   .   T     .  .  C   G  G            GA  .    .  ACTT         .  T       A CTTCGC        G   C .     A    A     .  .         .   .  T  T            .   G  .
blockSeqs                     :                    T    .    .      .  .          .    C      C       C  A TG       .   G  G  .        .   A   C   .  .   G TT     A     TGGAGCATGTCGTC                        T  .  .  TG  AA .  CC   GA      TT    .  .    .  .   .   G     .  .  T   A  .            GA  .    .  ACTC         .  G       T TTTTTC        G   T .     A    A     .  .         .   .  A  A            .   A  .
blockSeqs                     :                    G    .    .      .  .          .    G      G       G  T TT       .   G  A  .        .   G   T   .  .   T AG     T     AGCCCTCCGATGGC                        T  .  .  CA  AA .  CT   TG      GC    .  .    .  .   .   T     .  .  G   G  .            AA  .    .  GCTG         .  T       T CTTCGC        C   T .     A    T     .  .         .   .  G  T            .   G  .
blockSeqs                     :                    G    .    .      .  .          .    C      T       G  T TT       .   G  A  .        .   G   C   .  .   T CC     G     TGGATTTGTCAGTT                        A  .  .  CA  CA .  CT   GA      TT    .  .    .  .   .   G     .  .  G   T  .            AA  .    .  TCGT         .  G       T CCTTTC        G   T .     G    T     .  .         .   .  G  T            .   G  .
blockSeqs                     :                    G    .    .      .  .          .    C      T       G  G TT       .   C  A  .        .   G   C   .  .   T TC     C     TGGAGCAATCGTG                         T  .  .  CA  TA .  CT   TG      TC    .  .    .  .   .   G     .  .  G   T  .            GG  .    .  TTCA         .  G       T TTTCTC        G   T .     G    T     .  .         .   .  T  T            .   C  .
blockSeqs                     :                    T    .    .      .  .          .    C      T       G  G TT       .   C  A  .        .   T   C   .  .   T TC     T     TGGAGCAGTCGTT                         C  .  .  CA  TA .  CC   CG      TC    .  .    .  .   .   G     .  .  A   A  .            GA  .    .  GCTG         .  G       A CTTCTA        G   T .     T    G     .  .         .   .  G  T            .   C  .
blockSeqs                     :                    A    .    .      .  .          .    C      T       G  C CG       .   C  T  .        .   T   A   .  .   T TC     T     TACTTGGGAAGGT                         T  .  .  CA  GA .  CC   TA      AT    .  .    .  .   .   G     .  .  A   A  .            GG  .    .  GCTG         .  G       A TTTTTC        G   A .     G    C     .  .         .   .  G  G            .   G  .
blockSeqs                     :                    A    .    .      .  .          .    C      G       A  T TT       .   C  G  .        .   C   A   .  .   T TC     A     GGCTTTGGAAGGT                         T  .  .  CA  CT .  AC   TA      TC    .  .    .  .   .   G     .  .  T   G  .            GA  .    .  TGGT         .  G       T GTGGTG        A   C .     A    A     .  .         .   .  G  C            .   T  .
blockSeqs                     :                    T    .    .      .  .          .    G      T       C  C TC       .   T  A  .        .   T   T   .  .   T AG     G     GGCTTTTGAAAGT                         A  .  .  CA  CA .  CC   GT      TC    .  .    .  .   .   G     .  .  T   G  .            GA  .    .  CTG          .  G       A TTACTG        G   C .     A    A     .  .         .   .  G  A            .   .  .
blockSeqs                     :                    T    .    .      .  .          .    C      A       G  G TC       .   C  G  .        .   C   T   .  .   T AG     T     GGTGTTTGAATGT                         T  .  .  CG  CA .  CC   TG      TC    .  .    .  .   .   G     .  .  G   G  .            A   .    .  TTG          .  T       A TTTGC         C   T .     A    G     .  .         .   .  G  A            .   .  .
blockSeqs                     :                         .    .      .  .          .    .      T       G  G .        .   G  A  .        .   C   G   .  .   T TC     T     TGGAGCAGTCGTC                         T  .  .  TA  TA .  T    CA      GG    .  .    .  .   .   G     .  .  G   A  .            G   .    .  CTC          .  A       T TTTTC         C   T .     T    G     .  .         .   .  G  C            .       
blockSeqs                     :                              .      .  .          .                   C  A .        .   G  G  .        .   T   A   .  .   G TC     T     GGGATCTGACTCG                         .  .  .  A   TA .  C    CA      C     .  .    .  .   .   T     .  .  A   A  .            G   .    .  ACG          .  G       T GTTTG         .   T .     G    A     .  .         .   .  A  A            .       
blockSeqs                     :                                                                       .  . .        .   C  G  .        .   C   A   .  .   T GC     A     GGGGTTAGTCAGC                         .  .  .  A   T  .  T    TG      G     .  .    .  .   .   T     .  .  G   G  .            .   .    .  CAG          .  A       . GC            .   . .     .    .     .  .         .   .  .  A            .       
blockSeqs                     :                                                                                     .   .  .  .        .   G   G   .  .   T TC     G     GTTTTGGAAGGC                          .  .  .  .   .  .  .    GG      .     .  .    .  .   .   .     .  .  G   G  .            .   .    .  .            .  .       . .             .   . .     .    .     .  .                                        
blockSeqs                     :                                                                                     .   .  .  .        .   C   T   .  .   . T      T                                                                                                                                                                                                                                                           


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24849 ): GTGACAGGCATGCAGCCTTACCTTACTCCGTTCTCACTGGAAGGGGTTTATCAGCTTCCGTTTTGTTGATCTGGCAGGACGAGCCCTCGTATATAGCTGCTGGATGATGTTGATTAACCTTGGGGGATTCCGTAGTACTGCATCAACTTCCAGATTTGTCCCTTACAACAATGTCGAGGCTTT






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