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lowQualScore                  :               22 4444  333 5  1  44 2  2 22 11111111111111111  55 333 6666666     2 2                
lowQualScore                  :               .. ....  ... .  .  .. .  . .. .................  .. ... .......     . .                
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consensus                     : ATTTCATCTGCTGT--C----GA---GACCTTG--A-TG-T--T------------C----CC-AA---T-------TTTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
Reference ( gi|134570 )       : ATTTCATCTGCTGT--C----GA---GTCCTTG--A-TG-T--T------------C----CC-GA---T-------TTTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134571                     : ATATCACCTGCTGT--C----GA---GACCTTG--A-TA-T--C------------C----CC-GG---T-------TTTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134573                     : ATTTCATCTGCTGT--C----GA---TACCAAG--A-TG-T--T------------T----CC-AA---T-------TTTTA-T-CACTGTGTGAATAAA
gi|134574                     : ATTTCATCTGCTGT--C----GA---GACCGTG--C-TG-T--TTT----------C----CC--A---T-------TTTAA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134575                     : ATTTCATCCGCTGT--C----GA---GACCTTG--A-TG-T--CGCCG--------C----CC-AA---T-------TTTTA-T-TACTGTGAGAATAA
gi|134576                     : ATTTCATCCGCTGT--C----GA---AACCTTG--A-TG-T--CGCCG--------C----CC-AA---T-------TCTTA-T-CACTGTGTGAGTAA
gi|134577                     : ATTTCATCTGTTGT--C----GA---GACC-----A-TG-T--T------------T----CC-AA---T-------TGTTG-T-CACTGTGTGAATAAA
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gi|134578                     : ATTTCATCTGTTGT--C----GA---GACC-----A-TG-T--T------------T----CC-AA---T-------TGTTG-T-CACTG-GTGAATAAA
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Alignments
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lowQualScore                  :               22 1  555   1 1 1 22 1  44 22 66666666666666666    1 6666666 333    1 1                
lowQualScore                  :               .. .  ...   . . . .. .  .. .. .................    . ....... ...    . .                
lowQualScore                  :               66 9  222   9 1 9 66 9  55 66 99999999999999999    9 2222222 333    9 9                
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Reference ( family-811 )      : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCAA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134570                     : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GTC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCGA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134571                     : ATATCACCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TA--T--C------------C----CCGG-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
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gi|134574                     : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GAC-CGT-G--C-TGTTT--T------------C----CC-A-T-------T---TTAA-T-CACTGTGTGAATAAAT
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gi|134583                     : ATTTCATCCGTTGT--C-GA---AAC-CTT-GATA-TG--T--TCCCTTATAATTGC----CCAA-T-------T---TTTA-T-CA--ATGTGAATAAA
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gi|134588                     : ATTTTATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTC-G----TG--T--T-----------------CAAA-T-------T---TTTA-T-CACT
gi|134589                     :  TTTCATCCGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TG--G--T------------CGTCGCCAA-T-------A---TCTA-T-CATTGTG
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Alignments
lowQualScore                  :                                             22222222222222222                                        
lowQualScore                  :               22 1  555   1 1 1 22 1  44 22 66666666666666666    1 6666666 333    1 1                
lowQualScore                  :               .. .  ...   . . . .. .  .. .. .................    . ....... ...    . .                
lowQualScore                  :               66 9  222   9 1 9 66 9  55 66 99999999999999999    9 2222222 333    9 9                
consensus                     : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCAA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
Reference ( family-811 )      : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCAA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134570                     : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GTC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCGA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
gi|134571                     : ATATCACCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TA--T--C------------C----CCGG-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
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blockSeqs                     :               AT C  TAG   T T G AT G  TT CG CCCTTATAATTGC        G GGCCCAA TTT    T G
blockSeqs                     :               .  .  T     . T . .  .  G  .  GCCGC                . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . A . .  .  .  .  GCCGC                . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . G . .  .  .  .  CGTCG                . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  T                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . A . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  T                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . C . .  .  .  .  T                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . G . .  .  .  .  T                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  C                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  .                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  .                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . T . .  .  .  .  .                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . . . .  .  .  .  .                    . .       .      . .
blockSeqs                     :               .  .  .     . . . .  .  .  .  .                    . .       .      . .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTCATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCAA-T-------T---TTTA-T-CACTGTGTGAATAAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :               .. .  ...   . . . .. .  .. .. .................    . ....... ...    . .                
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gi|134588                     : ATTTTATCTGCTGT--C-GA---GAC-CTC-G----TG--T--T-----------------CAAA-T-------T---TTTA-T-CACT
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gi|134590                     :               --C-GA---GAT-CTT-G--A-TG--T--T------------C----CCGA-T-------T---TTTA-T-CACT