lowQualScore : 1111111111 11111111111 222
lowQualScore : 2 66 2 44 6666 4 2 2 333 2 22 4 2 2 2 2 2 44 888 2 44 4 77777 2 333 33 2 66 33 1111111111 2 5555 666666 4 666 555 2 2 33 55 333 4 333 4444 4 00000000000 2 33 77777 33 2 7777 333 8888 33 666 222 2 2 2 2 7 666 33 2 9 888888 55 5555 1 7777 2 5 2 2 33 3
lowQualScore : . .. . .. .... . . . ... . .. . . . . . . .. ... . .. . ..... . ... .. . .. .. .......... . .... ...... . ... ... . . .. .. ... . ... .... . ........... . .. ..... .. . .... ... .... .. ... ... . . . . . ... .. . . ...... .. .... . .... . . . . .. .
lowQualScore : 5 00 0 88 2222 0 0 0 555 0 88 0 0 0 0 0 0 88 666 0 88 0 88888 2 999 11 2 11 11 9999999999 2 1111 444444 4 111 999 2 2 11 33 999 8 999 7777 4 66666666666 2 11 88888 11 4 4444 888 2222 22 222 555 4 4 4 4 1 555 22 4 4 111111 66 0000 1 8888 5 0 5 7 55 3
consensus : TTA-TTTT-NAA-AT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TT-N-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--AG--AA-C-T-A-AT-T-GAC-CA---T--T-GAA-TT---TC-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATGTAGCTTA-TGTT
Reference ( gi|134591 ) : TTA-TTTT-GAA-AT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TT-A-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--A---AA-C-T-A-AT-T-GAC-CA---T--T-GAA-TT---CT-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATGTAGCTTA-TGTT
gi|134592 : TTA-TTTT-GAAGAT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TT-A-AG-CAGT--T-GGA-TA-----TTTCC-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--G----------C----C-C-G----G--AG--AA-C-T-A-AT-T-GAC-CA---T--T-GAA-TG---TC-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-TAATA-ATGTAGCTTA-TG
gi|134593 : TTA-TTTT-GAA-AT--GA----AA-A-GG-T---A-A--TATC-G-G-CT-GC-TT--TT-A-AC-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------A-CAGAAA-A-TG-A-A--G--AA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-CAG----A--A---AA-C-T-A-AT-T-GACGCA---T--T-GAA-TT---TC-CT--TT----ATT----TTT-ACAA-TA-TA-ATGT-GCTTA-TGTT
gi|134596 : TTA-TTTT-GAA-TT--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-T-GGA-CT-GC-TT--TT-A-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------A-C---AA-ATTG-A-A--GAAAA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G-G----G--AG--AA-CTT-A-AT-T-GACACA---T--T-GAA-TT---TC-TT--TT----A-T----TTT-AC-ATTA-TA-ATGTAGCTAA-TGT
gi|134598 : TTA-TTTT-GAA-AT--GA----AAAG-AG-T---A-A--TA-C-G-G-TT-GC-TT--TT-A-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-----A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-G--G------A-C---AA-A--G-A-A--G--AC-----A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C-G----A--G---AA-C-T-A-AT-T-GAC-CA---T--T-GAATTT---CTATT--TT----ATTG---GTT-AC-A-TA-TATTTGTAGCTTA-TGTT
gi|134594 : TTA-TTTT-CAA-CT--GA----AT-G-AG-T---A-A--TA-C-G-G-CT-GC-TT--TT-T-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTT-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--A------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C-G----G--AG--AA-G-T-A-AT-T-TAC-CA---T--C-AAA-TT---TC-TT--TT----ATT----TTT-AT-A-TA-TA-CTGTAGCT
gi|134597 : TTA-TTTT-CAA-AT--GAG---AA-G-AG-T---A-A---A-C-G-A-CT-GC-TT--TT-T-AG-CAGT--GTG-A-TA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CT----A-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---ATA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T-T----G--AG--AA-C-T-A-AT-T-GA--CA---T--T-GAATTT---CT-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATGTAGCTTA-TCTT
gi|134599 : TTA-TTTT-CAA-AT--GA----AA-G-AG-T---A----TA-C-G-A-CTTGC-TT--TTTA-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGAA---A--A-A--G--CA----AT----TTT-TT-T--G------A-T---AA-A-TGAA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-CT---C-T-G----G--AGAGAA-G-T-A-AT-T-GAC-CA---T--T-GAA-TTTCCTT-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATATAGCTTATTGTT
gi|134595 : TTA-TTTTCAAA-AT--GA----AA-G-AGCT---A-A--TA-C-T---CT-GC-TT--TTTA-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTC--A---A--A-T--G--CA----A-----TTT-TT-C--G------AAC---AA-AATG-A-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C-G----G--AG--AA-C-T-A-AT-T-GAC-GA---T--G-AAG-TT---CT-TT--------ATT----TTT-TC-A-TA-TA-ATGTAGCTTA-TGTT
gi|134601 : TTA-TTTT-CAA-AT--GG----AA-G-AG-T---A-A--TATC-G-A-CT-GCATT--TT-T-AG-CAGT--TGGGA-TA-----TTT-G-A---A--A-A--G--CA----A-----TTT-TT-T--G------ATC---AA-A-TG-A-A--A--AA---ACG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T-G----G--AGA-AA-C-TTA-AT-T-GAC-CA---T--T-GAA-TT---TTCTT--TT----A-T----TTT-AC-A-TA-TA---GTAGCTTA-
gi|134600 : TTA-TTTT-GAA--T--GA----AA-C-AG-T---A-A--TA-G-G-A--T-GC-TT--TT-A-GG-CA-T--TTGGA-TA-----TT-CG-A---A--A-AAAG--CA----------TTT-TT-C--G------A-C---AAGA-TG-A-A--G--AC---AGA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G-GAA--G--A---AC-C-T-A-AT-T--AC-CA---T--T-GAA-TT---TC-TT--TT----A-T----TTT-ACAA-TA-TA-ACGTAGCTTA-TGTT
gi|134602 : TTG-TTTT-CAA-ATT-GA----AA-GGAG-T---A----TA-T-G-AATT-GC-TT--TG-ATAG-CAATA-TTGAACTA-----TTTCG-A---ACAA-A--G--CA----A-----TTT-TTGC--G------A-C---AA-A-TG-G-A--G--AC---ACAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T-G----G--AG--AA-C-T-A-AT-TGGAC-CA---T--T-GAA-TT---TC-TT--TC----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATA----TTA-TGTT
gi|134603 : TTA-TTTT-CAA-AT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TT-A-AG-CAAT--CTGTA-CA-----TTTCG-A---A--A-A--G--CA----C-----TTT-TT-C--G------A-C----A-A-TG---A--G--AT---ACA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|134604 : TTA-TTTT-CAA-AT--GATATAAA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A--T-GC-TT--TT-T-AG--AGT--T-GGA-TG-----TT-CG-A---A--AGA--G--CA----A-----TTT-CT-T---------A-T---AA---TG-A-A--GG-AC---AA----C----T-T-----------T-C--A-----G----C----C-T-G----G--A---GA-A-T-ATAA-T-AAC-CA---T--T-GCATTT---CT-TT--TTTTACACT----TAT-AC-A-TA-TA-----AATTTA-TGTT
gi|134605 : TTACTTTT-CAA-ATTGAA----AA-G-AG-TTAAATA--TA-C-G-A-C--GC-TTAATT-T-AG-CAGT--TTGGA-TA------TTCG-A---A--A-A--GGCCAAGTTA-----CTT-CT-TCAG------A-CT--AA-T-TG-ACA--G--AC---AGA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C-GACGAG--A---AAGT-T-A-AT-T-GAC-CAATGC--T-GAATTT---CT-TTTCTT----ATTATTGTTT-AC-C-TA--A-ATAT-GCTT
gi|134606 : TTA-TTTT-GAA-AT--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-TAG-A-CT-GT-TC--TT-A-AGCCAGTTGTTGGACTATACTTTCTCG-ATATA--A-ATGG--CA----ATATATTTT-TT-T--GAGCAATA-C---AA-C-TG-A-AGTG--ACACTAAA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGC-G----GGAG---AA-C-T-A-ATAT-GACGCA---TAATGGAA-TC---CT-TTG-TT----A
gi|134607 : -TTTT-GAA-AG--GA----AAAG-AG-T---A-A--TG---G-A-CT-GC-TT--TT-A-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG-A---A--A----G--CA----------TTT-TT-C--G------A-C---AA---TG-A-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C-G----G--AG--AA-C-T-A-TT-A-GAC-CA---T----GAA-TT---TC-TT--TT----ATT----TTTTAC-A-TA-TA-ATGTAGCTTA-TGTT
gi|134608 : AA-AT--GA----AA-G-AG-C---A-G--TA-C-A-A-CT-GC-TT--TT-T-AG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTG-A---A--A-A--G--CA----G-----TTT-TT-C--G------A-C---AA-A-TG-A-A--G--AC---CCA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C-T----G--AG--GA-G-T-A-AT-T-CAT-CT---T--T-GAA-TT---TC-TT--TT----ATT----TTT-AC-A-
gi|134609 : AA-AT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TT-T-AG-TAGT--TTGGA-TA-----TTT
gi|134610 : AA-AT--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TT-T-AG-TAGT--TTGGA-TA-----T
gi|134611 : A-AT--TA----AA-G-AG-T---A-AAATA-C-G-A-CT-GC-TTC-TT-C-AG-CAGT--TTCGA-TACT---TTTCA-A---A--A-A--G--CA----G-----TTTGCT-T--G------A-T---AA-A-TG-A-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------G--A---AA-T-T-A-AC-G-GAC-CAC--T--T-GAA-TT---TC-TT--TC----ATT----TTT-AC-A-TA-TA-ATattttca
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111 111111111 1111
lowQualScore : 2 1 1 1 44 6666 3 1 1 333 1 22 3 1 1 1 1 1 44 22 3 1 44 3 77777 333 22 2 77 22 00000 2 444 666666 4 555 555 2 55 55 333 3 333 4444 4 00000000000 2 22 77777 22 2 333333333 0000 2 2 6 666 33 2 666 333 2 7777 2 4 55 2 5 2 3
lowQualScore : . . . . .. .... . . . ... . .. . . . . . . .. .. . . .. . ..... ... .. . .. .. ..... . ... ...... . ... ... . .. .. ... . ... .... . ........... . .. ..... .. . ......... .... . . . ... .. . ... ... . .... . . .. . . . .
lowQualScore : 4 0 9 9 55 0000 8 9 9 333 9 66 8 9 9 9 9 9 55 99 8 9 55 8 44444 777 99 1 99 99 55555 1 444 111111 2 888 111 1 00 00 777 8 777 5555 2 00000000000 1 99 44444 99 2 666666666 5555 2 2 7 111 11 2 999 999 4 4444 4 7 66 5 0 7 1
consensus : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-C----G--GAGAA--C-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TT-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
Reference ( family-810 ) : TTA-TTTTNAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-C----G--GAGAA--C-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TT-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134591 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-C----G--GA-AA--C-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TTCT---TT---TT-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134592 : TTA-TTTTGAAGA-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--T-GGA-TA-----TTTCCA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--G----------CC-C----G--GAGAA--C-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TGTC---TT---TT-ATT----TTT-AC-A--TAATA-ATGT-AGCTTA-TG
gi|134593 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-A-GG-T---A-A--TATC-G-G-CT-GC-TT--TTA-A-C-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-CAGAAA-A-TGA-A--G--AA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-C----A--GAAAA--C-TAAT-TG-ACGCA---T--TGAA-TTTC---CT---TT-ATT----TTT-ACAA--T-ATA-ATGT--GCTTA-TGTT
gi|134594 : TTA-TTTTCAA-C-T--GA----AT-G-AG-T---A-A--TA-C-G-G-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTTA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-A------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-C----G--GAGAA--G-TAAT-TT-AC-CA---T--CAAA-TTTC---TT---TT-ATT----TTT-AT-A--T-ATA-CTGT-AGCT
gi|134595 : TTA-TTTTCAA-AAT--GA----AA-G-AGCT---A-A--TA-C-T---CT-GC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTC-A---A--A-T--G--CAA-----TTT-TT-C-G------AAC---AA-AATGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-CC-C----G--GAGAA--C-TAAT-TG-AC-GA---T---GAA-GTTC---TT---T--ATT----TTT-TC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134596 : TTA-TTTTGAA-T-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-T-GGA-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-ATTGA-A--GAAAA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-G----G--GAGAA--CTTAAT-TG-ACACA---T--TGAA-TTTC---TT---TT-A-T----TTT-AC-AT-T-ATA-ATGT-AGCTAA-TGT
gi|134597 : TTA-TTTTCAA-A-T--GAG---AA-G-AG-T---A-A---A-C-G-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--GTG-A-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CTA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ATA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-CC-T----T--GAGAA--C-TAAT-TG-AC--A---T--TGAA-TTTC---TT---TTTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TCTT
gi|134598 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AAAG-AG-T---A-A--TA-C-G-G-TT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG----A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-G-G------A-C---AA-A--GA-A--G--AC-----A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-CC-C-------GAGAA--C-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TTTCTA-TT---TT-ATTG---GTT-AC-A--T-ATATTTGT-AGCTTA-TGTT
gi|134599 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A----TA-C-G-A-CTTGC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-AA-G--CAA-----TTT-TT-TTG------A-T---AA-A-TGA-AA-G--AC---ACA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-CT-CTGG-A--GAGAA--G-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAA-TTTCCTTTT---TT-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATAT-AGCTTATTGTT
gi|134600 : TTA-TTTTGAA---T--GA----AA-C-AG-T---A-A--TA-G-G-A--T-GC-TT--TTA-G-G-CA-T--TTGGA-TA-----TT-CGA---A--A-AAAG--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AAGA-TGA-A--G--AC---AGA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CC-G----G--AAGAA--CCTAAT-T--AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TT-A-T----TTT-ACAA--T-ATA-ACGT-AGCTTA-TGTT
gi|134601 : TTA-TTTTCAA-A-T--GG----AA-G-AG-T---A-A--TATC-G-A-CT-GCATT--TTT-A-G-CAGT--TGGGA-TA-----TTT-GA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------ATC---AA-A-TGA-A--A--AA---ACG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-CC-T----G--GAGAAACT-TAAT-TG-AC-CA---T--TGAATTTTC---TT---TT-A-T----TTT-AC-A--T-ATA---GT-AGCTTA-
gi|134602 : TTG-TTTTCAA-A-TT-GA----AA-GGAG-T---A----TA-T-G-AATT-GC-TT--TGATA-G-CAATA-TTGAACTA-----TTTCGA---ACAA-A--G--CAA-----TTT-TTGC-G------A-C---AA-A-TGG-A--G--AC---ACAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CT-CAGCTG--GAGAA--C-TAAT-TGGAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TC-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATA-----TTA-TGTT
gi|134603 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAAT--CTGTA-CA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAC-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG--A--G--AT---ACA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|134604 : TTA-TTTTCAA-A-T--GATATAAA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A--T-GC-TT--TTT-A-G--AGT--T-GGA-TG-----TT-CGA---A--AGA--G--CAA-----TTT-CT-T--------A-T---AA---TGA-A--GG-AC---A-A---C----T-T-----------T-C--A-----G--C-CT------G--GAGAA--TATAAT--A-AC-CA---T--TGCA-TTTC---TT-------TT----TTT-AC-ACTT-ATACATATAAATTTA-TGTT
gi|134605 : TTACTTTTCAA-A-TTGAA----AA-G-AG-TTAAATA--TA-C-G-A-C--GC-TTAATTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA------TTCGA---A--A-A--GGCCAAGTTACTTC-TT-CAG------A-CT--AA-T-TGACA--G--AC---AGA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTCC-C----GACGAGAAAGT-TAAT-TG-AC-CAATGC--TGAA-TTTC---TTTTCTT-ATTATTGTTT-AC-C--T-A-A-ATAT--GCTT
gi|134606 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-TAG-A-CT-GT-TC--TTA-A-GCCAGTTGTTGGACTATACTTTCTCGATATA--A-ATGG--CAATATATTTT-TT-T-GAGCAATA-C---AA-C-TGA-AGTG--ACACTAAA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-CCGCG---G--GAGAA--C-TAATATG-ACGCA---TAATGGA-ATCC---TT---T
gi|134607 : -TTTTGAA-A-G--GA----AAAG-AG-T---A-A--TG---G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A----G--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AA---TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-GC-C----G--GAGAA--C-TATT-AG-AC-CA---T---GAA-TTTC---TT---TT-ATT----TTTTAC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTTgtta
gi|134608 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-C---A-G--TA-C-A-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTGA---A--A-A--G--CAG-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---CCA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-CT-C----T--GAGGA--G-TAAT-TC-AT-CT---T--TGAA-TTTC---TT---TT-ATT----TTT-AC-A--
gi|134609 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----TTT
gi|134610 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----T
gi|134611 : A-A-T--TA----AA-G-AG-T---A-AAATA-C-G-A-CT-GC-TTC-TTC-A-G-CAGT--TTCGA-TACT---TTTCAA---A--A-A--G--CAG-----TTTGCT-T-G------A-T---AA-A-TGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T----------GA-AA--T-TAAC-GG-AC-CAC--T--TGAA-TTTC---TT---TC-ATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATattttca
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111 1111
lowQualScore : 2 3 1 1 44 6666 3 1 1 333 1 22 3 1 1 1 1 1 44 22 3 1 44 3 77777 333 22 2 77 22 00000 2 444 666666 4 555 555 2 55 55 333 3 333 4444 4 00000000000 2 22 77777 22 2 9999999999999 0000 2 2 6 666 33 2 999 333 7777 2 4 55 2 5 2 3
lowQualScore : . . . . .. .... . . . ... . .. . . . . . . .. .. . . .. . ..... ... .. . .. .. ..... . ... ...... . ... ... . .. .. ... . ... .... . ........... . .. ..... .. . ............. .... . . . ... .. . ... ... .... . . .. . . . .
lowQualScore : 4 2 9 9 55 0000 8 9 9 333 9 66 8 9 9 9 9 9 55 99 8 9 55 8 44444 777 99 1 99 99 55555 1 444 111111 2 888 111 1 00 00 777 8 777 5555 2 00000000000 1 99 44444 99 2 9999999999999 5555 2 2 7 111 11 2 222 999 4444 4 7 66 5 0 7 1
consensus : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
Reference ( family-810 ) : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134591 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-AA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTCT---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134592 : TTA-TTTTGAAGA-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--T-GGA-TA-----TTTCCA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--G----------C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TGTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--TAATA-ATGT-AGCTTA-TG
gi|134593 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-A-GG-T---A-A--TATC-G-G-CT-GC-TT--TTA-A-C-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-CAGAAA-A-TGA-A--G--AA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---A--GAAAA--C-TAAT-T-GACGCA---T--TGAA-TTTC---CT---TTATT----TTT-ACAA--T-ATA-ATGT--GCTTA-TGTT
gi|134594 : TTA-TTTTCAA-C-T--GA----AT-G-AG-T---A-A--TA-C-G-G-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTTA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-A------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--G-TAAT-T-TAC-CA---T--CAAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AT-A--T-ATA-CTGT-AGCT
gi|134595 : TTA-TTTTCAA-AAT--GA----AA-G-AGCT---A-A--TA-C-T---CT-GC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTC-A---A--A-T--G--CAA-----TTT-TT-C-G------AAC---AA-AATGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-GA---T---GAA-GTTC---TT---T-ATT----TTT-TC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134596 : TTA-TTTTGAA-T-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-T-GGA-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-ATTGA-A--GAAAA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--GAGAA--CTTAAT-T-GACACA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-AT-T-ATA-ATGT-AGCTAA-TGT
gi|134597 : TTA-TTTTCAA-A-T--GAG---AA-G-AG-T---A-A---A-C-G-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--GT-GA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CTA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ATA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T---T--GAGAA--C-TAAT-T-GA--CA---T--TGAA-TTTCT--TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TCTT
gi|134598 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AAAG-AG-T---A-A--TA-C-G-G-TT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG----A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-G-G------A-C---AA-A--GA-A--G--AC-----A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C------GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCTA-TT---TTATTG---GTT-AC-A--T-ATATTTGT-AGCTTA-TGTT
gi|134599 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A----TA-C-G-A-CTTGC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-AA-G--CAA-----TTT-TT-TTG------A-T---AA-A-TGA-AA-G--AC---ACA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-C----T-CTGGA--GAGAA--G-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCCTTTT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATAT-AGCTTATTGTT
gi|134600 : TTA-TTTT-GA-A-T--GA----AA-C-AG-T---A-A--TA-G-G-A--T-GC-TT--TTA-G-G-CA-T--TTGGA-TA-----TT-CGA---A--A-AAAG--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AAGA-TGA-A--G--AC---AGA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--AAGAA--CCTAAT-T--AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-ACAA--T-ATA-ACGT-AGCTTA-TGTT
gi|134601 : TTA-TTTTCAA-A-T--GG----AA-G-AG-T---A-A--TATC-G-A-CT-GCATT--TTT-A-G-CAGT--TGGGA-TA-----TTT-GA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------ATC---AA-A-TGA-A--A--AA---ACG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T---G--GAGAAACT-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAATTTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-A--T-ATA---GT-AGCTTA-
gi|134602 : TTG-TTTTCAA-A-TT-GA----AA-GGAG-T---A----TA-T-G-AATT-GC-TT--TGATA-G-CAATA-TTGAACTA-----TTTCGA---ACAA-A--G--CAA-----TTT-TTGC-G------A-C---AA-A-TGG-A--G--AC---ACAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T---G--GAGAA--C-TAAT-TGGAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATA-----TTA-TGTT
gi|134603 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAAT--CTGTA-CA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAC-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG--A--G--AT---ACA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|134604 : TTA-TTTTCAA-A-T--GATATAAA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A--T-GC-TT--TTT-A-G--AGT--T-GGA-TG-----TT-CGA---A--AGA--G--CAA-----TTT-CT-T--------A-T---AA---TGA-A--GG-AC---A-A---C----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-----G--GAGAA--TATAAT---AAC-CA---T--TGCA-TTTC---TT------TT----TTT-AC-ACTT-ATACATATAAATTTA-TGTT
gi|134605 : TTACTTTTCAA-A-TTGAA----AA-G-AG-TTAAATA--TA-C-G-A-C--GC-TTAATTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA------TTCGA---A--A-A--GGCCAAGTTACTTC-TT-CAG------A-CT--AA-T-TGACA--G--AC---AGA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C---GACGAGAAAGT-TAAT-T-GAC-CAATGC--TGAA-TTTC---TTTTCTTATTATTGTTT-AC-C--T-A-A-ATAT--GCTT
gi|134606 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-TAG-A-CT-GT-TC--TTA-A-GCCAGTTGTTGGACTATACTTTCTCGATATA--A-ATGG--CAATATATTTT-TT-T-GAGCAATA-C---AA-C-TGA-AGTG--ACACTAAA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGCG--G--GAGAA--C-TAATAT-GACGCA---TAATGGA-ATCC---TT---T
gi|134607 : -TTTTGAA-A-G--GA----AAAG-AG-T---A-A--TG---G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A----G--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AA---TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C---G--GAGAA--C-TATT-A-GAC-CA---T---GAA-TTTC---TT---TTATT----TTTTAC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTTgtta
gi|134608 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-C---A-G--TA-C-A-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTGA---A--A-A--G--CAG-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---CCA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C---T--GAGGA--G-TAAT-T-CAT-CT---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--
gi|134609 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----TTT
gi|134610 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----T
gi|134611 : A-A-T--TA----AA-G-AG-T---A-AAATA-C-G-A-CT-GC-TTC-TTC-A-G-CAGT--TTCGA-TACT---TTTCAA---A--A-A--G--CAG-----TTTGCT-T-G------A-T---AA-A-TGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------GA-AA--T-TAAC-G-GAC-CAC--T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATattttca
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111 1111
lowQualScore : 2 3 1 1 44 6666 3 1 1 333 1 22 3 1 1 1 1 1 44 22 3 1 44 3 77777 333 22 2 77 22 00000 2 444 666666 4 555 555 2 55 55 333 3 333 4444 4 00000000000 2 22 77777 22 2 9999999999999 0000 2 2 6 666 33 2 999 333 7777 2 4 55 2 5 2 3
lowQualScore : . . . . .. .... . . . ... . .. . . . . . . .. .. . . .. . ..... ... .. . .. .. ..... . ... ...... . ... ... . .. .. ... . ... .... . ........... . .. ..... .. . ............. .... . . . ... .. . ... ... .... . . .. . . . .
lowQualScore : 4 2 9 9 55 0000 8 9 9 333 9 66 8 9 9 9 9 9 55 99 8 9 55 8 44444 777 99 1 99 99 55555 1 444 111111 2 888 111 1 00 00 777 8 777 5555 2 00000000000 1 99 44444 99 2 9999999999999 5555 2 2 7 111 11 2 222 999 4444 4 7 66 5 0 7 1
consensus : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
Reference ( family-810 ) : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134591 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-AA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTCT---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134592 : TTA-TTTTGAAGA-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--T-GGA-TA-----TTTCCA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--G----------C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TGTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--TAATA-ATGT-AGCTTA-TG
gi|134593 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-A-GG-T---A-A--TATC-G-G-CT-GC-TT--TTA-A-C-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-CAGAAA-A-TGA-A--G--AA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---A--GAAAA--C-TAAT-T-GACGCA---T--TGAA-TTTC---CT---TTATT----TTT-ACAA--T-ATA-ATGT--GCTTA-TGTT
gi|134594 : TTA-TTTTCAA-C-T--GA----AT-G-AG-T---A-A--TA-C-G-G-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTTA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-A------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--G-TAAT-T-TAC-CA---T--CAAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AT-A--T-ATA-CTGT-AGCT
gi|134595 : TTA-TTTTCAA-AAT--GA----AA-G-AGCT---A-A--TA-C-T---CT-GC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTC-A---A--A-T--G--CAA-----TTT-TT-C-G------AAC---AA-AATGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-GA---T---GAA-GTTC---TT---T-ATT----TTT-TC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134596 : TTA-TTTTGAA-T-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-T-GGA-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-ATTGA-A--GAAAA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--GAGAA--CTTAAT-T-GACACA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-AT-T-ATA-ATGT-AGCTAA-TGT
gi|134597 : TTA-TTTTCAA-A-T--GAG---AA-G-AG-T---A-A---A-C-G-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--GT-GA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CTA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ATA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T---T--GAGAA--C-TAAT-T-GA--CA---T--TGAA-TTTCT--TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TCTT
gi|134598 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AAAG-AG-T---A-A--TA-C-G-G-TT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG----A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-G-G------A-C---AA-A--GA-A--G--AC-----A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C------GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCTA-TT---TTATTG---GTT-AC-A--T-ATATTTGT-AGCTTA-TGTT
gi|134599 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A----TA-C-G-A-CTTGC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-AA-G--CAA-----TTT-TT-TTG------A-T---AA-A-TGA-AA-G--AC---ACA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-C----T-CTGGA--GAGAA--G-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCCTTTT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATAT-AGCTTATTGTT
gi|134600 : TTA-TTTT-GA-A-T--GA----AA-C-AG-T---A-A--TA-G-G-A--T-GC-TT--TTA-G-G-CA-T--TTGGA-TA-----TT-CGA---A--A-AAAG--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AAGA-TGA-A--G--AC---AGA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--AAGAA--CCTAAT-T--AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-ACAA--T-ATA-ACGT-AGCTTA-TGTT
gi|134601 : TTA-TTTTCAA-A-T--GG----AA-G-AG-T---A-A--TATC-G-A-CT-GCATT--TTT-A-G-CAGT--TGGGA-TA-----TTT-GA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------ATC---AA-A-TGA-A--A--AA---ACG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T---G--GAGAAACT-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAATTTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-A--T-ATA---GT-AGCTTA-
gi|134602 : TTG-TTTTCAA-A-TT-GA----AA-GGAG-T---A----TA-T-G-AATT-GC-TT--TGATA-G-CAATA-TTGAACTA-----TTTCGA---ACAA-A--G--CAA-----TTT-TTGC-G------A-C---AA-A-TGG-A--G--AC---ACAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T---G--GAGAA--C-TAAT-TGGAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATA-----TTA-TGTT
gi|134603 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAAT--CTGTA-CA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAC-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG--A--G--AT---ACA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|134604 : TTA-TTTTCAA-A-T--GATATAAA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A--T-GC-TT--TTT-A-G--AGT--T-GGA-TG-----TT-CGA---A--AGA--G--CAA-----TTT-CT-T--------A-T---AA---TGA-A--GG-AC---A-A---C----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-----G--GAGAA--TATAAT---AAC-CA---T--TGCA-TTTC---TT------TT----TTT-AC-ACTT-ATACATATAAATTTA-TGTT
gi|134605 : TTACTTTTCAA-A-TTGAA----AA-G-AG-TTAAATA--TA-C-G-A-C--GC-TTAATTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA------TTCGA---A--A-A--GGCCAAGTTACTTC-TT-CAG------A-CT--AA-T-TGACA--G--AC---AGA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C---GACGAGAAAGT-TAAT-T-GAC-CAATGC--TGAA-TTTC---TTTTCTTATTATTGTTT-AC-C--T-A-A-ATAT--GCTT
gi|134606 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-TAG-A-CT-GT-TC--TTA-A-GCCAGTTGTTGGACTATACTTTCTCGATATA--A-ATGG--CAATATATTTT-TT-T-GAGCAATA-C---AA-C-TGA-AGTG--ACACTAAA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGCG--G--GAGAA--C-TAATAT-GACGCA---TAATGGA-ATCC---TT---T
gi|134607 : -TTTTGAA-A-G--GA----AAAG-AG-T---A-A--TG---G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A----G--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AA---TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C---G--GAGAA--C-TATT-A-GAC-CA---T---GAA-TTTC---TT---TTATT----TTTTAC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTTgtta
gi|134608 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-C---A-G--TA-C-A-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTGA---A--A-A--G--CAG-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---CCA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C---T--GAGGA--G-TAAT-T-CAT-CT---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--
gi|134609 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----TTT
gi|134610 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----T
gi|134611 : A-A-T--TA----AA-G-AG-T---A-AAATA-C-G-A-CT-GC-TTC-TTC-A-G-CAGT--TTCGA-TACT---TTTCAA---A--A-A--G--CAG-----TTTGCT-T-G------A-T---AA-A-TGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------GA-AA--T-TAAC-G-GAC-CAC--T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATattttca
blockSeqs : C G G A TG TATA A G C TAA T AA T A G A T A AA AT A C TG C TACTT TAT CA G AA GC GTTAC G TT AGCAAT A AGA AA C GT AA ACT A GGG ACTA G GTTCCTGTTGG A CA CGTAC GC T TCAGCTG ACT A G G ATG AA T CTT TTC ATTG T A CT A T A T
blockSeqs : . G . . T G A . . . . . T . . . . . C A A . A C CT . . . TG . TATAT . GC . T T AT . A G . A . . G . . . C . . TCTGGA AGT . . A C . . TA . G . A T . C . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . CA . . . GA . . . . A . . . . . . . . . CCGAC CT . . G . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . CGCGG CC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . A . . . . . . . . . CCG TA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . T . . . . . . . . . CCA C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . CCG C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . G . . . . . . . . . CCG G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . CGG C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . C . . . . . . . . . CTT C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . CGG C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . G . . . . . . . . . CTG G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . A . . . . . . . . . CCG C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . A . . . . . . . . . TCT C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . C . . . . . . . . . CC C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . TG G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
finalCons : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111 1111
lowQualScore : 2 3 1 1 44 6666 3 1 1 333 1 22 3 1 1 1 1 1 44 22 3 1 44 3 77777 333 22 2 77 22 00000 2 444 666666 4 555 555 2 55 55 333 3 333 4444 4 00000000000 2 22 77777 22 2 9999999999999 0000 2 2 6 666 33 2 999 333 7777 2 4 55 2 5 2 3
lowQualScore : . . . . .. .... . . . ... . .. . . . . . . .. .. . . .. . ..... ... .. . .. .. ..... . ... ...... . ... ... . .. .. ... . ... .... . ........... . .. ..... .. . ............. .... . . . ... .. . ... ... .... . . .. . . . .
lowQualScore : 4 2 9 9 55 0000 8 9 9 333 9 66 8 9 9 9 9 9 55 99 8 9 55 8 44444 777 99 1 99 99 55555 1 444 111111 2 888 111 1 00 00 777 8 777 5555 2 00000000000 1 99 44444 99 2 9999999999999 5555 2 2 7 111 11 2 222 999 4444 4 7 66 5 0 7 1
consensus : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
Reference ( family-810 ) : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTN-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ANA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134591 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GA-AA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTCT---TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134592 : TTA-TTTTGAAGA-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--T-GGA-TA-----TTTCCA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--G----------C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TGTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--TAATA-ATGT-AGCTTA-TG
gi|134593 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-A-GG-T---A-A--TATC-G-G-CT-GC-TT--TTA-A-C-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-C-G------A-CAGAAA-A-TGA-A--G--AA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---A--GAAAA--C-TAAT-T-GACGCA---T--TGAA-TTTC---CT---TTATT----TTT-ACAA--T-ATA-ATGT--GCTTA-TGTT
gi|134594 : TTA-TTTTCAA-C-T--GA----AT-G-AG-T---A-A--TA-C-G-G-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTTA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-A------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-C---G--GAGAA--G-TAAT-T-TAC-CA---T--CAAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AT-A--T-ATA-CTGT-AGCT
gi|134595 : TTA-TTTTCAA-AAT--GA----AA-G-AGCT---A-A--TA-C-T---CT-GC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTC-A---A--A-T--G--CAA-----TTT-TT-C-G------AAC---AA-AATGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------T-C--A-----AGCC-C----C-C---G--GAGAA--C-TAAT-T-GAC-GA---T---GAA-GTTC---TT---T-ATT----TTT-TC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTT
gi|134596 : TTA-TTTTGAA-T-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-T-GGA-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------A-C---AA-ATTGA-A--GAAAA---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--GAGAA--CTTAAT-T-GACACA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-AT-T-ATA-ATGT-AGCTAA-TGT
gi|134597 : TTA-TTTTCAA-A-T--GAG---AA-G-AG-T---A-A---A-C-G-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--GT-GA-TA-----TTTCGA---A--A-A--G--CTA-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---ATA---T----T-T-----------TAC--A-----G--C-C----C-T---T--GAGAA--C-TAAT-T-GA--CA---T--TGAA-TTTCT--TT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TCTT
gi|134598 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AAAG-AG-T---A-A--TA-C-G-G-TT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCG----A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-G-G------A-C---AA-A--GA-A--G--AC-----A---T----T-T-----------C-C--A-----G--C-C----C-C------GAGAA--C-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCTA-TT---TTATTG---GTT-AC-A--T-ATATTTGT-AGCTTA-TGTT
gi|134599 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A----TA-C-G-A-CTTGC-TT--TTT-AAG-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A-AA-G--CAA-----TTT-TT-TTG------A-T---AA-A-TGA-AA-G--AC---ACA---T----T-T-----------T-A--C-----G--C-C----T-CTGGA--GAGAA--G-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAA-TTTCCTTTT---TTATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATAT-AGCTTATTGTT
gi|134600 : TTA-TTTT-GA-A-T--GA----AA-C-AG-T---A-A--TA-G-G-A--T-GC-TT--TTA-G-G-CA-T--TTGGA-TA-----TT-CGA---A--A-AAAG--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AAGA-TGA-A--G--AC---AGA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----C-G---G--AAGAA--CCTAAT-T--AC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TTA-T----TTT-ACAA--T-ATA-ACGT-AGCTTA-TGTT
gi|134601 : TTA-TTTTCAA-A-T--GG----AA-G-AG-T---A-A--TATC-G-A-CT-GCATT--TTT-A-G-CAGT--TGGGA-TA-----TTT-GA---A--A-A--G--CAA-----TTT-TT-T-G------ATC---AA-A-TGA-A--A--AA---ACG---T----T-T-----------T-CCAA-----G--C-C----C-T---G--GAGAAACT-TAAT-T-GAC-CA---T--TGAATTTTC---TT---TTA-T----TTT-AC-A--T-ATA---GT-AGCTTA-
gi|134602 : TTG-TTTTCAA-A-TT-GA----AA-GGAG-T---A----TA-T-G-AATT-GC-TT--TGATA-G-CAATA-TTGAACTA-----TTTCGA---ACAA-A--G--CAA-----TTT-TTGC-G------A-C---AA-A-TGG-A--G--AC---ACAGGGT----TGT-----------T-C--GCGTACG--C-CTCAGC-T---G--GAGAA--C-TAAT-TGGAC-CA---T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATA-----TTA-TGTT
gi|134603 : TTA-TTTTCAA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAAT--CTGTA-CA-----TTTCGA---A--A-A--G--CAC-----TTT-TT-C-G------A-C----A-A-TG--A--G--AT---ACA---T----TGC-----------T-C--A-----G--
gi|134604 : TTA-TTTTCAA-A-T--GATATAAA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A--T-GC-TT--TTT-A-G--AGT--T-GGA-TG-----TT-CGA---A--AGA--G--CAA-----TTT-CT-T--------A-T---AA---TGA-A--GG-AC---A-A---C----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-----G--GAGAA--TATAAT---AAC-CA---T--TGCA-TTTC---TT------TT----TTT-AC-ACTT-ATACATATAAATTTA-TGTT
gi|134605 : TTACTTTTCAA-A-TTGAA----AA-G-AG-TTAAATA--TA-C-G-A-C--GC-TTAATTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA------TTCGA---A--A-A--GGCCAAGTTACTTC-TT-CAG------A-CT--AA-T-TGACA--G--AC---AGA---CACTAT-C-----------T-C--AC----G--CTC----C-C---GACGAGAAAGT-TAAT-T-GAC-CAATGC--TGAA-TTTC---TTTTCTTATTATTGTTT-AC-C--T-A-A-ATAT--GCTT
gi|134606 : TTA-TTTTGAA-A-T--GA----AA-G-AA-T---A-A--TA-TAG-A-CT-GT-TC--TTA-A-GCCAGTTGTTGGACTATACTTTCTCGATATA--A-ATGG--CAATATATTTT-TT-T-GAGCAATA-C---AA-C-TGA-AGTG--ACACTAAA---T----T-CGTTCCTGTTGGT-C--A-----A--C-C----CGCG--G--GAGAA--C-TAATAT-GACGCA---TAATGGA-ATCC---TT---T
gi|134607 : -TTTTGAA-A-G--GA----AAAG-AG-T---A-A--TG---G-A-CT-GC-TT--TTA-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTCGA---A--A----G--CA------TTT-TT-C-G------A-C---AA---TGA-A--G--AC---AAA---T----T-T-----------T-C--A-----G--A-G----C-C---G--GAGAA--C-TATT-A-GAC-CA---T---GAA-TTTC---TT---TTATT----TTTTAC-A--T-ATA-ATGT-AGCTTA-TGTTgtta
gi|134608 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-C---A-G--TA-C-A-A-CT-GC-TT--TTT-A-G-CAGT--TTGGA-TA-----TTTTGA---A--A-A--G--CAG-----TTT-TT-C-G------A-C---AA-A-TGA-A--G--AC---CCA---T----T-T-----------T-C--A-----G--C-C----T-C---T--GAGGA--G-TAAT-T-CAT-CT---T--TGAA-TTTC---TT---TTATT----TTT-AC-A--
gi|134609 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----TTT
gi|134610 : AA-A-T--GA----AA-G-AG-T---A-A--TA-C-G-A-GT-GC-TT--TTT-A-G-TAGT--TTGGA-TA-----T
gi|134611 : A-A-T--TA----AA-G-AG-T---A-AAATA-C-G-A-CT-GC-TTC-TTC-A-G-CAGT--TTCGA-TACT---TTTCAA---A--A-A--G--CAG-----TTTGCT-T-G------A-T---AA-A-TGA-A--G--AC---ACA---T----T-T-----------G-T--A-----A--C-T-------------GA-AA--T-TAAC-G-GAC-CAC--T--TGAA-TTTC---TT---TCATT----TTT-AC-A--T-ATA-ATattttca