lowQualScore : 22 1 1111111 111111
lowQualScore : 00 3 5 77 1 5 444 2 2 666666 4 2 333 4444 33 0000000 2 2 55 9999 2 33 33 4444 4 2 2 4444 33 2 2 333 33 4 33 666 2 2 77 55555 2 2 77777777 33 6666 000000 0
lowQualScore : .. . . .. . . ... . . ...... . . ... .... .. ....... . . .. .... . .. .. .... . . . .... .. . . ... .. . .. ... . . .. ..... . . ........ .. .... ...... .
lowQualScore : 22 3 7 44 0 0 444 4 4 888888 2 2 999 7777 11 3333333 2 2 66 4444 4 22 22 7777 4 2 2 7777 11 6 2 999 11 4 11 111 2 2 11 33333 3 2 11111111 99 1111 555555 5
consensus : AGAGA-TAGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----GG--TATCA-------A-A-TTTTTCTTT--TTC---AC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGC----T------GCACGCAAACTCAAGG
Reference ( gi|134612 ) : AGAGC-TAGT-TTAAGAAA-AACAATT-GA--TTC-C-A------CCTGTTTC-AC---TG----GG--TATCA-------A-A-TTTTTCTTT--TTT---AC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGC----T------GCATGTAAACTCAAGG
gi|134613 : AGAAA-TAGT-TTAAGAAA-A-TAATT-GG--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TA----GG--TATCA-------------TTTTTTT--TTT---AC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGC----T------GCATGTAAACTCAAGG
gi|134616 : AGAGC-TAGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GA--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TC----GG--TAGCA-------A-A-TTTTTCTTT--TTT---AC-C--A---TT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTCA--A-T-A-GA-----A-AATT-TCA------TTTGTGCAATATTGC----T------GCATGT-AACTCAGGG
gi|134614 : AGAGA-TAGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GC--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----GG--TATCA-------C-A-TTTTT--TT--TTC---AC-C--A--TTT----C-T-GTAAGA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-AA-----ACAATT-TCA------TTTGTT--ATATTGC----T------GCACGCAAATTCAAGG
gi|134615 : AGAAA-TAGT-TTAAGAAA-AACA-TT-GG--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----GG--TA-CA-------A-A-TTTTTCTTT--TTC---AC-A--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA---T---TT--TGTG-T--TTC---A-T-ATGA-----AGAA-T-TAA------TTTGTG--ATATTGCTGCAT------GCATGTAAACTCAGGa
gi|134619 : AGAGTATAGTCTTATGAAA-GA---TTAGG--TTA-C-A------TCTGTTCC-AC---TG----GG--C-TCA-------A-A-TATTTCCTT--TAT---AC-C--AATTTT----T-T-GTAA-A-A----T--TAT-AAT---TT--TGTG-T--TTC---A-TAA-AA-----AAAAAT-TCA------AGTAGG--ATATTGC----
gi|134620 : AGAG---AGTATTATGAAA-AAGATTT-AAAATTC-C-A------TCTGTTCC-AC---TG----GG--CATCA-------A-A-T
gi|134623 : agAGTCTTATGAAA-AG--ATTAGG--TTC-CCA------TCTGTTCC-AC---TGCATGGG--CATCA-------A-A-AATTTCTCT--TA----AT-C--A--TTT----TGT-AAAAGA-T----A--T----TT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-AA-----AAGGTT-TCA------
gi|134624 : gaggtgGT-TTAAG-AA-AACAGTT-GG--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----GG--CATCA-------A-ATTTTTTCTTT--TTC---AC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-G----A--TGA-TTT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-AA-----ATAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGC----T------GCATACAGATTCAAGG
gi|134625 : T-TTAAGAGAGAACAATT-GA--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----GG--TATCG-------A-A-TTTTTCTTT--TTC---AC-C--A--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---G-T-A-AA-----AGAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGC----T------GCCTGCAAGTTCAAGGa
gi|134626 : AAGATA-AAAGACT-AG--TTC-C-A------TCTGTTCC-AC---TG----GG--ATTCA-------A-A-TATTTCTTTA-ATT---AC-C--A--TTT----T-T-GTAAAA-A----GATTAA-TTT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-T-AA-----AAAA-T-TCA------AGTAGG--ATATTGC----a
gi|134617 : AGAGAGAACAATT-GA--TTC-C-A------CCTGTTCC-AC---TG----CA--TGGGA-------A-T-TTTTTTTTC--TTTTACAC-C--A--TTT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTT---G-T-A-AA-----AGAGTT-TCA------TTTGTG--ATTTTGC----T------GCACACAAACTCAAGG
gi|134627 : agagagAA-AACAATT-GA--TCCTC-A------CCTATTCC-AC---TG----GG--TATTG-------A-A-TTTTTCTTT--TTC---AC-CGAA--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A--A-----AAAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGC----T------GCCTGCAAGTTCAAa
gi|134618 : agAA-AATATTT-GG--TTC-C-A------TCTGATCC-AA---AG----GG--CATTA-------A-A-TTTTTCTGC--ATC---GC-C--A--TTT----TGT-AT--GA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---A-T-A-GA-----ATAATT-TTA------
gi|134629 : agagatgA-AAAGATA-GG--TTC-C-A------TCTGTTTCCAC---TG----GG--CATCAAC-----A-A-TTCTTC------TG---AT-C--A--TTT----T-TGGTAAAAGA----A--T-A-ATT---TT--TGTG-TGGTTC---AGT-A-AA-----AAGGTT-TTA------
gi|134630 : TT-AG--TTC-C-A------TCTGTTCC-AA---AG----GA--CATCA-------A-A-TTTTTAAGT--ATC---AC-C--A--TTT----T-T-GTAAGA-A----A--TGATATT---TT--GGTG-T--TTC---A-T-A-AA-----A
gi|134621 : TC-GA--TTC-C-GGACAACCCTGCTTC-ACAGCTG----GGGTTATCATACACTGA-A-TTTCTTTTT--TCG---ACGC--A--ATTAATCT-T-ATAAAC-ACATTA--TTA-ATTACGTT--TGTGGT--TTC---A-T-A-AATTATGAGATTTATCA------TGTGTG--ATATTGC----TAAGCTAGCATGTA---TCAAGG
gi|134628 : agagagagagagaacttac-C-A------TCTACTCA-AA---TG----AG--TAGCA-------A-A-GTTTTCCTG--TTA---AT-C--A--TTT----T-T-ATAATA-A----A--GAA-AAT---TG--TGTG-T--TTCTTGA-T-T-TA-----AAAAGT-TC-----------TG--ATATTGC----a
gi|134622 : aaagcaggtgtC-AC---TG----GG--TATCA-------ACA-TTTTCCTTTTCTTC---AC-C--A--TTT----T-T-TT------------------TT---TTGATGTGTT--TTC---G-T-A-AA-----AG--TT-TCA------Tagagcgcaaatt
gi|134631 : agagagagagcgagcaattggtgcT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC---G-T-A-AA-----AGAATT-TCATTAAATTTTGTG--ATATTGC----T------CCACGCAAACTCAAGG
gi|134632 : A-----AGAGTT-T---------TT-TG--ATATTGC----T------GCATGCAAATTCAAGGa
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 4 4 0 2 88 2 4 33 2 2 2 333 4444 22 9999999 2 77777 66 33 0 2 33 33 4444 2 2 0 2 4444 22 22 333 22 4 22 2 4 2 6666 55555 4 0 2 66666666 33 888888 1 6666
lowQualScore : . . . . .. . . .. . . . ... .... .. ....... . ..... .. .. . . .. .. .... . . . . .... .. .. ... .. . .. . . . .... ..... . . . ........ .. ...... . ....
lowQualScore : 4 4 9 5 11 8 7 22 4 4 1 777 5555 99 7777777 1 44444 11 11 5 2 11 11 5555 1 1 3 1 5555 99 33 777 99 2 99 1 2 1 6666 00000 7 7 1 22222222 77 888888 1 5555
consensus : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
Reference ( family-809 ) : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
gi|134612 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-TCAC---TG----GG--TATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134613 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-A-TAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TA----GG--TATCA-----------------TTTTTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134614 : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GC--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCA-------C-A-----TTTTT--TT--T--TCAC-C--A--TTT----C-T-GTAAGA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ACAATT-TCA------TTTGTT--ATATTGCT------GCACGC----AAATTCAAGG
gi|134615 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-AACA-TT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TA-CA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-A--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA---T---TT--TGTG-T--TTC-A-T-AT---GA-----AGAA-T-TAA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGCATGTAAACTCAGGa
gi|134616 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TC----GG--TAGCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A---TT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTCAA-T-A----GA-----A-AATT-TCA------TTTGTGCAATATTGCT------GCATGT-----AACTCAGGG
gi|134617 : AGAG-AG-AG-----AGAGA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG--------CATGG-------G-AATTTTTTTTTCTTT--T--ACAC-C--A--TTT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTT-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TTTGTG--ATTTTGCT------GCACAC----AAACTCAAGG
gi|134618 : AA-AATATTT-GG--TTC-C-ATCTGAT-CCAA---AG----GG--CATTA-------A-A-----TTTTTCTGC--A--TCGC-C--A--TTT----TGT-AT--GA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----ATAATT-TTA------a
gi|134619 : agagatgAGAGTAT-AGTCTTATGAAA-GA---TTAGG--TTA-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--C-TCA-------A-A-----TATTTCCTT--T--ATAC-C--AATTTT----T-T-GTAA-A-A----T--TAT-AAT---TT--TGTG-T--TTC-A-TAA----AA-----AAAAAT-TCA------AGTAGG--ATATTGC
gi|134620 : AGAG-AG-AGTATTATGAAA-AAGATTT-AAAATTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----T
gi|134621 : CCTGCT-TCACAGCTG----GGGTTATCATACACTGA-A-----TTTCTTTTT--T--CGACGC--A--ATTAATCT-T-ATAAAC-ACATTA--TTA-ATTACGTT--TGTGGT--TTC-A-T-A----AATTATGAGATTTATCA------TGTGTG--ATATTGCTAAGCTAGCATGT----A---TCAAGG
gi|134622 : agagagagagagaacttactcgattccggacaacGTG-CCAC---TG----GG--TATCA-------ACA-----TTTTCCTTTTCT--TCAC-C--A--TTT----T-T-TT------------------TT---TTGATGTGTT--TTC-G-T-A----AA-------AGTT-TCA------Ta
gi|134623 : agagagagagcgagcaattgGAG-GTGAGTCTTATGAAA-AG--ATTAGG--TTC-CCATCTGTT-CCAC---TGCATGGG--CATCA-------A-A-----AATTTCTCT--TAATCA---------TT----T-T-GTAAAA-G----A--TAT--TT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AAGGTT-TCA------
gi|134624 : GT-TTAAG-AA-AACAGTT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-AT----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-G----A--TGA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ATAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCATAC----AGATTCAAGG
gi|134625 : T-TTAAGAGAGAACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAAGGa
gi|134626 : AAGATA-AAAGACT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--ATTCA-------A-A-----TATTTCTTTAAT--T-AC-C--A--TTT----T-T-GTAAAA-A----GATTAA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-ATT-A----AA-----AAA--T-TCA------AGTAGG--ATATTGCa
gi|134627 : AA-AACAATT-GA--TCCTC-ACCTATT-CCAC---TG----GG--TATTG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-CGAA--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A-AGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAA
gi|134628 : agAA-AGCA----GG--TGT-C-ATCTACT-CAAA---TG----AG--TAGCA-------A-A-----GTTTTCCTG--T--TAAT-C--A--TTT----T-T-ATAATA-A----A--GAA-AAT---TG--TGTG-T--TTC-T-T-GATTTAA-----AAAGTT-C------------TG--ATATTGCA------GAGCGC----AAATT
gi|134629 : A-AAAGATA-GG--TTC-C-ATCTGTTTCCAC---TG----GG--CATCAAC-----A-A-----TTCTTC--------TGAT-C--A--TTT----T-TGGTAAAAGA----A--T-A-ATT---TT--TGTG-TGGTTC-AGT-A----AA-----AAGGTT-TTA------
gi|134630 : TT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAA---AG----GA--CATCA-------A-A-----TTTTTAAGT--A--TCAC-C--A--TTT----T-T-GTAAGA-A----A--TGATATT---TT--GGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A
gi|134631 : T----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAATT-TCATTAAATTTTGTG--ATATTGCT------CCACGC----AAACTCAAGG
gi|134632 : A-----AGAGTT-T----------TTTG--ATATTGCT------GCATGC----AAATTCAAGGa
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 4 4 0 2 88 2 4 33 2 2 2 333 4444 22 9999999 2 77777 66 33 0 2 33 33 4444 2 2 0 2 4444 22 22 333 22 4 22 2 4 2 6666 55555 4 0 2 66666666 33 888888 1 6666
lowQualScore : . . . . .. . . .. . . . ... .... .. ....... . ..... .. .. . . .. .. .... . . . . .... .. .. ... .. . .. . . . .... ..... . . . ........ .. ...... . ....
lowQualScore : 4 4 9 5 11 8 7 22 4 4 1 777 5555 99 7777777 1 44444 11 11 5 2 11 11 5555 1 1 3 1 5555 99 33 777 99 2 99 1 2 1 6666 00000 7 7 1 22222222 77 888888 1 5555
consensus : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
Reference ( family-809 ) : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
gi|134612 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-TCAC---TG----GG--TATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134613 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-A-TAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TA----GG--TATCA-----------------TTTTTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134614 : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GC--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCA-------C-A-----TTTTT--TT--T--TCAC-C--A--TTT----C-T-GTAAGA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ACAATT-TCA------TTTGTT--ATATTGCT------GCACGC----AAATTCAAGG
gi|134615 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-AACA-TT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TA-CA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-A--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA---T---TT--TGTG-T--TTC-A-T-AT---GA-----AGAA-T-TAA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGCATGTAAACTCAGGa
gi|134616 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TC----GG--TAGCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A---TT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTCAA-T-A----GA-----A-AATT-TCA------TTTGTGCAATATTGCT------GCATGT-----AACTCAGGG
gi|134617 : AGAG-AG-AG-----AGAGA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG--------CATGG-------G-AATTTTTTTTTCTTT--T--ACAC-C--A--TTT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTT-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TTTGTG--ATTTTGCT------GCACAC----AAACTCAAGG
gi|134618 : AA-AATATTT-GG--TTC-C-ATCTGAT-CCAA---AG----GG--CATTA-------A-A-----TTTTTCTGC--A--TCGC-C--A--TTT----TGT-AT--GA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----ATAATT-TTA------a
gi|134619 : agagatgAGAGTAT-AGTCTTATGAAA-GA---TTAGG--TTA-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--C-TCA-------A-A-----TATTTCCTT--T--ATAC-C--AATTTT----T-T-GTAA-A-A----T--TAT-AAT---TT--TGTG-T--TTC-A-TAA----AA-----AAAAAT-TCA------AGTAGG--ATATTGC
gi|134620 : AGAG-AG-AGTATTATGAAA-AAGATTT-AAAATTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----T
gi|134621 : CCTGCT-TCACAGCTG----GGGTTATCATACACTGA-A-----TTTCTTTTT--T--CGACGC--A--ATTAATCT-T-ATAAAC-ACATTA--TTA-ATTACGTT--TGTGGT--TTC-A-T-A----AATTATGAGATTTATCA------TGTGTG--ATATTGCTAAGCTAGCATGT----A---TCAAGG
gi|134622 : agagagagagagaacttactcgattccggacaacGTG-CCAC---TG----GG--TATCA-------ACA-----TTTTCCTTTTCT--TCAC-C--A--TTT----T-T-TT------------------TT---TTGATGTGTT--TTC-G-T-A----AA-------AGTT-TCA------Ta
gi|134623 : agagagagagcgagcaattgGAG-GTGAGTCTTATGAAA-AG--ATTAGG--TTC-CCATCTGTT-CCAC---TGCATGGG--CATCA-------A-A-----AATTTCTCT--TAATCA---------TT----T-T-GTAAAA-G----A--TAT--TT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AAGGTT-TCA------
gi|134624 : GT-TTAAG-AA-AACAGTT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-AT----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-G----A--TGA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ATAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCATAC----AGATTCAAGG
gi|134625 : T-TTAAGAGAGAACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAAGGa
gi|134626 : AAGATA-AAAGACT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--ATTCA-------A-A-----TATTTCTTTAAT--T-AC-C--A--TTT----T-T-GTAAAA-A----GATTAA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-ATT-A----AA-----AAA--T-TCA------AGTAGG--ATATTGCa
gi|134627 : AA-AACAATT-GA--TCCTC-ACCTATT-CCAC---TG----GG--TATTG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-CGAA--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A-AGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAA
gi|134628 : agAA-AGCA----GG--TGT-C-ATCTACT-CAAA---TG----AG--TAGCA-------A-A-----GTTTTCCTG--T--TAAT-C--A--TTT----T-T-ATAATA-A----A--GAA-AAT---TG--TGTG-T--TTC-T-T-GATTTAA-----AAAGTT-C------------TG--ATATTGCA------GAGCGC----AAATT
gi|134629 : A-AAAGATA-GG--TTC-C-ATCTGTTTCCAC---TG----GG--CATCAAC-----A-A-----TTCTTC--------TGAT-C--A--TTT----T-TGGTAAAAGA----A--T-A-ATT---TT--TGTG-TGGTTC-AGT-A----AA-----AAGGTT-TTA------
gi|134630 : TT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAA---AG----GA--CATCA-------A-A-----TTTTTAAGT--A--TCAC-C--A--TTT----T-T-GTAAGA-A----A--TGATATT---TT--GGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A
gi|134631 : T----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAATT-TCATTAAATTTTGTG--ATATTGCT------CCACGC----AAACTCAAGG
gi|134632 : A-----AGAGTT-T----------TTTG--ATATTGCT------GCATGC----AAATTCAAGGa
blockSeqs : T G C G AC A A AA T C T AGC CATG GT TACACTG C ATTTT TC AA G GA AT AATC G G G CATT AT TA ACG GA G GG A T A ATTT TTATG G A TTAAATTT CA AAGCTA T ATGT
blockSeqs : . . A . AT A A . . . . . . . AC . T AA . . . . . . . . . . A . . T . . G . T . C . TT . . C .
blockSeqs : . . C . AG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . TT . . T .
blockSeqs : . . . . AC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . TT . . T .
blockSeqs : . . . . AC T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . TT . . C .
blockSeqs : . . . . AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . TT . . T .
blockSeqs : . . . . AC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . AG . . T .
blockSeqs : . . . . GC G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . TG . . T .
blockSeqs : . . AA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . TG . . T .
blockSeqs : . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . TG . . C .
blockSeqs : . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . AG . . C .
blockSeqs : . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . TG . . T .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
finalCons : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 4 4 0 2 88 2 4 33 2 2 2 333 4444 22 9999999 2 77777 66 33 0 2 33 33 4444 2 2 0 2 4444 22 22 333 22 4 22 2 4 2 6666 55555 4 0 2 66666666 33 888888 1 6666
lowQualScore : . . . . .. . . .. . . . ... .... .. ....... . ..... .. .. . . .. .. .... . . . . .... .. .. ... .. . .. . . . .... ..... . . . ........ .. ...... . ....
lowQualScore : 4 4 9 5 11 8 7 22 4 4 1 777 5555 99 7777777 1 44444 11 11 5 2 11 11 5555 1 1 3 1 5555 99 33 777 99 2 99 1 2 1 6666 00000 7 7 1 22222222 77 888888 1 5555
consensus : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
Reference ( family-809 ) : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TNTGTG--ATATTGCT------GCACGC----AAACTCAAGG
gi|134612 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-AACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-TCAC---TG----GG--TATCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134613 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-A-TAATT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TA----GG--TATCA-----------------TTTTTTT--T--TTAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----AGAATT-TCA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGT----AAACTCAAGG
gi|134614 : AGAG-AT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GC--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCA-------C-A-----TTTTT--TT--T--TCAC-C--A--TTT----C-T-GTAAGA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ACAATT-TCA------TTTGTT--ATATTGCT------GCACGC----AAATTCAAGG
gi|134615 : AGAA-AT-AGT-TTAAGAAA-AACA-TT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TA-CA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-A--A--TTT----T-T-ATAAGA-A----A--TAA---T---TT--TGTG-T--TTC-A-T-AT---GA-----AGAA-T-TAA------TTTGTG--ATATTGCT------GCATGCATGTAAACTCAGGa
gi|134616 : AGAG-CT-AGT-TTAAGAAA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TC----GG--TAGCA-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TTAC-C--A---TT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTCAA-T-A----GA-----A-AATT-TCA------TTTGTGCAATATTGCT------GCATGT-----AACTCAGGG
gi|134617 : AGAG-AG-AG-----AGAGA-A-CAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG--------CATGG-------G-AATTTTTTTTTCTTT--T--ACAC-C--A--TTT----T-T-ATAAAA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTA-T--TTT-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TTTGTG--ATTTTGCT------GCACAC----AAACTCAAGG
gi|134618 : AA-AATATTT-GG--TTC-C-ATCTGAT-CCAA---AG----GG--CATTA-------A-A-----TTTTTCTGC--A--TCGC-C--A--TTT----TGT-AT--GA-A----A--TGA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----GA-----ATAATT-TTA------a
gi|134619 : agagatgAGAGTAT-AGTCTTATGAAA-GA---TTAGG--TTA-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--C-TCA-------A-A-----TATTTCCTT--T--ATAC-C--AATTTT----T-T-GTAA-A-A----T--TAT-AAT---TT--TGTG-T--TTC-A-TAA----AA-----AAAAAT-TCA------AGTAGG--ATATTGC
gi|134620 : AGAG-AG-AGTATTATGAAA-AAGATTT-AAAATTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-A-----T
gi|134621 : CCTGCT-TCACAGCTG----GGGTTATCATACACTGA-A-----TTTCTTTTT--T--CGACGC--A--ATTAATCT-T-ATAAAC-ACATTA--TTA-ATTACGTT--TGTGGT--TTC-A-T-A----AATTATGAGATTTATCA------TGTGTG--ATATTGCTAAGCTAGCATGT----A---TCAAGG
gi|134622 : agagagagagagaacttactcgattccggacaacGTG-CCAC---TG----GG--TATCA-------ACA-----TTTTCCTTTTCT--TCAC-C--A--TTT----T-T-TT------------------TT---TTGATGTGTT--TTC-G-T-A----AA-------AGTT-TCA------Ta
gi|134623 : agagagagagcgagcaattgGAG-GTGAGTCTTATGAAA-AG--ATTAGG--TTC-CCATCTGTT-CCAC---TGCATGGG--CATCA-------A-A-----AATTTCTCT--TAATCA---------TT----T-T-GTAAAA-G----A--TAT--TT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----AAGGTT-TCA------
gi|134624 : GT-TTAAG-AA-AACAGTT-GG--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--CATCA-------A-AT----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATAAGA-G----A--TGA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----ATAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCATAC----AGATTCAAGG
gi|134625 : T-TTAAGAGAGAACAATT-GA--TTC-C-ACCTGTT-CCAC---TG----GG--TATCG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-C--A--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAAGGa
gi|134626 : AAGATA-AAAGACT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAC---TG----GG--ATTCA-------A-A-----TATTTCTTTAAT--T-AC-C--A--TTT----T-T-GTAAAA-A----GATTAA-TTT---TT--TGTG-T--TTC-ATT-A----AA-----AAA--T-TCA------AGTAGG--ATATTGCa
gi|134627 : AA-AACAATT-GA--TCCTC-ACCTATT-CCAC---TG----GG--TATTG-------A-A-----TTTTTCTTT--T--TCAC-CGAA--TTT----T-T-ATATGA-G----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A-AGTT-TCA------TGTGTG--ATATTGCT------GCCTGC----AAGTTCAA
gi|134628 : agAA-AGCA----GG--TGT-C-ATCTACT-CAAA---TG----AG--TAGCA-------A-A-----GTTTTCCTG--T--TAAT-C--A--TTT----T-T-ATAATA-A----A--GAA-AAT---TG--TGTG-T--TTC-T-T-GATTTAA-----AAAGTT-C------------TG--ATATTGCA------GAGCGC----AAATT
gi|134629 : A-AAAGATA-GG--TTC-C-ATCTGTTTCCAC---TG----GG--CATCAAC-----A-A-----TTCTTC--------TGAT-C--A--TTT----T-TGGTAAAAGA----A--T-A-ATT---TT--TGTG-TGGTTC-AGT-A----AA-----AAGGTT-TTA------
gi|134630 : TT-AG--TTC-C-ATCTGTT-CCAA---AG----GA--CATCA-------A-A-----TTTTTAAGT--A--TCAC-C--A--TTT----T-T-GTAAGA-A----A--TGATATT---TT--GGTG-T--TTC-A-T-A----AA-----A
gi|134631 : T----T-T-ATAAGA-A----A--TAA-ATT---TT--TGTG-T--TTC-G-T-A----AA-----AGAATT-TCATTAAATTTTGTG--ATATTGCT------CCACGC----AAACTCAAGG
gi|134632 : A-----AGAGTT-T----------TTTG--ATATTGCT------GCATGC----AAATTCAAGGa