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lowQualScore                  :         .. .   .  ...  . .. . .. .. .. .......  . ....      ...       .       .     . .. . ..       .   .    
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Reference ( gi|17868 )        : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
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gi|17871                      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCACTCAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
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Alignments
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lowQualScore                  :         .. .   .  ...  . .. . .. .. .. . .....  . ....      ...       .       .     . .. . ..       .   .    
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Alignments
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lowQualScore                  :         .. .   .  ...  . .. . .. .. .. . .....  . ....      ...       .       .     . .. . ..       .   .    
lowQualScore                  :         00 1   1  777  0 88 0 88 88 88 0 00000  0 2222      333       2       8     9 88 0 88       2   5    
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Reference ( family-807 )      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
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blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         T       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         G       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         G       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         G       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         G       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         C       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         C       .     . .  . .        .   .
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         C       .     . .  . .        .    
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         G       .     . .  . .        .    
blockSeqs                     :         .  .   .  .    . .  . .  .  .  . .      . .         .         .       .     . .  . .             
blockSeqs                     :                        . .  . .  .  .  . .      . .         .         .       .     . .  . .             
blockSeqs                     :                                                             .         .       .     .                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
finalCons                     : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC





Alignments
lowQualScore                  :         55 2   2  333  2 22 4 44 22 22 2 55555  2 4444      333       4       3     1 22 2 22       2   2    
lowQualScore                  :         .. .   .  ...  . .. . .. .. .. . .....  . ....      ...       .       .     . .. . ..       .   .    
lowQualScore                  :         00 1   1  777  0 88 0 88 88 88 0 00000  0 2222      333       2       8     9 88 0 88       2   5    
consensus                     : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
Reference ( family-807 )      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
gi|17868                      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
gi|17869                      : ATTTTTAG--T-CGG-AA---CG-A--AAT--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TCA-GGCC
gi|17870                      : ATTATCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TA-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
gi|17871                      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCACTCAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
gi|17872                      : ATTTTCA---T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-A----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-ATTTTTTAAT-TTT-GGCC
gi|17873                      : ATTTTCCG--T-CGGCAA---CG-A--A-TATT--T--A-C-----TAAG----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-C--A-A---TTTAAT-TTA-GGCC
gi|17874                      : ATTTGTAG--TTCGG-AA---CG-A--AGT--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---TCGGAAA-CGCAAAC--AACA-ATGA-A--ATTTAAT-TTA-
gi|17875                      : ATTTTCAG--T-CGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTTAGT---CGG-------CAAAC-AAACA-
gi|17876                      : ATTTTCAG--T-CGG------CG-G--A-T--TTCT--A-A-----TG-G----GTCGGT---CGGGTAAGGGGAAAC-AAACT-T--A-A--TTTTAAT-CTA-AG
gi|17877                      : ATTTTCAG--T-AGG-AA---CG-G--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGACACATCTCAGA--AAACC-A--G-T--TTTCAAT-
gi|17878                      : ATTTTCAG--T-TGG-AA---CG-A--A-T--T--T--A-G-----TA-G----GTCGGT---CAGCACATCGCGG---AAACC-A--A-T--TTTCAA
gi|17879                      : ATTTTCAG--T-TGG-TA---CA-A--A-T--T--T--A-CAGTATTG-G----GTCGGT---CGGCAAATCTTGGA--AAACG-A--A-T--CTTCAAT-
gi|17880                      : ATTTTTAGGGT-CGG-AG---CA-ATCA-T--T--T--A--------G-G----GTCGGT---TAGGTTAGCGGAAACTCAAC--A--A-A--TTTTATT-TTA-GGCC
gi|17881                      : ATTTTCAG--T-CTG-AA---TG-A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----ATCAGT---CG-------GCAGAC-AAAAG-A--A-A--T
gi|17882                      :   TTTCAG--T-CGG------CG-G--A-T--T--TTTA-A-----TG-G----GTCGGT---CGGGTAAGGGGAAAC-AAACC-T--A-A--TTTTAAT-TTT-GGCC
gi|17883                      :   TTCCAG--T-CGC-AG---TG-A--T-T--T--T--T-T-----CG-G----GTCGGT---CGGGATAGGGGAAAC-AAACA-A--T-A--TTTTATT-TTA-GGCC
gi|17884                      :   TTCCGG--T-CGC-AG---CG-A--T-T--T--T--T-T-----CG-G----GTCGGT---CGGGATTGGGGAAAC-AAACA-A--T-A--TTTTATT-TTA-GGCC
gi|17885                      :    TTCAG--T-CGG-AAAACCGCA--A-TA-T--T--A-C-----TA-GAAAGGTCGGTATACGGGAAACCGCAAACAAAACA-A--A-A--TTTTAATCTTACGGCC
gi|17886                      :    TTCAGG-T-CGG-A----CG-T--A-T--T--T--TTC-----TA-G----GTAGGT---CGGGGAACCGGAAAC-ACACATA--ATA--TTTTA---TTA-GGCC
gi|17887                      :                        -A--A-T--T--T--A-C-----TG-G----GTCGGT---CGGGAAACCGCAAAC-AAACA-A--A-A--TTTTAAT-TTA-GGCC
gi|17888                      :                                                    aaaaTCGGT---CGGAAAAGGGCAAAC-AAACA-A--T-T--TTTTAAT-TTA-AGCC