lowQualScore : 2222 111111 11111111111111 1111111111 2
lowQualScore : 2 5555 2 2 2 2 4 2 0000 44 2 4 444444 2 2 2 2 55555555555555 2 33 2 22 555555 22 55 2 2 2222222222 22 6666666 2 22 2 22 22 2 555 2 22 9
lowQualScore : . .... . . . . . . .... .. . . ...... . . . . .............. . .. . .. ...... .. .. . . .......... .. ....... . .. . .. .. . ... . .. .
lowQualScore : 5 3333 1 2 2 2 4 2 3333 88 0 0 555555 0 0 0 0 88888888888888 0 22 0 88 888888 88 55 0 0 3333333333 88 5555555 0 88 0 88 88 0 555 0 88 4
consensus : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T-CG-C-A-GA---A-C-------G-CG-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------C---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--AC-TTCGGCAAA
Reference ( gi|92210 ) : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCT---C--C-AA-A------T-CG-C-A-GA---A-C-------G-TG-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--ACTTTCGGCAAA
gi|92209 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---CAGC-AA-A------T-CG-C-A-GA---A-C-------G-TG-A-TTG--C-------G--A--TGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--AC-TTCGGTAAA
gi|92212 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------A-CA-T-A-GA---A-C-------G-TG-A-TTG--C------AG--AGGTGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--AC-TTCGACAAA
gi|92211 : TCTAC-A-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T--G-C-A-GA---A-A-------G-TG-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGC--AC-TTCGGTAAA
gi|92214 : TCTACCA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCG---CA-T-AA-A------T-TG-C-A-GT---A-C-------G-CA-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-AAT------C---GT--A-------G-CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-TTTCGGCAAA
gi|92213 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AA-G-ATCTTTCA---C--C-AC-A------T-CG-C-A-GT---A-T-------G-CA-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------C---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CAACT-CA---T-CGT--AC-CTCGGCAAA
gi|92216 : TTTACTA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T-TG-C-A-GT---A-C-------G-TG-A-TTG--C------AG--A--GGG-A-GAT------C---GT--G-------G-CAAAA--A-TT--GC--CAACT-GT---T-CGT--ACTTT-GGCAAA
gi|92215 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ACCTTTCA---C--C-AA-A------T-CG-C-A-A----------------TG-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------T---GC--A-------G-CAAAC--A-TT--GA--CGGCT-GA---T-CTT--AC-CTCGGCA
gi|92217 : TCTACCA-CCT----ATCGTG-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AA-A------T-CT-C-A-GT---A-C-------A-CG-A-TTG--C------AG--A--TAG-A-GAT------CTTAGT--G-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-AG---T-TGT--
gi|92218 : TCTACCA-CCT----ATTGTACC-G-ATGG-ATC-TTCA---C--C-AA-ATCCCCGT-CG-C-A-G------T-------G-T--A-TTG--G------GG--G--TGG-A-GAT------T---GTAAA-------G-CAAAC--ACTT--GC--CCACTCGA---T-CGTAAAC-TTCGGTAGA
gi|92219 : TCTACGA-CTTGGGTATCGTA-C-G-ATTG-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T-CATC-A-GA---A---------G-TGAA-TGG--C------AG--A---AG-A-GATGGAAGAT---AT--AGGATAAGG-CAAACCTA-CTTAGCGGCGATG-AA---T-CGT--AC-TTCGGAAA
gi|92220 : TCTACCAACCT----ATTGTG-C-GTGT-G-ATCGTGCA---C--AGAA-A------T-C--C-A-AAGTTA-T-------G-CT-A-TTATAC------AGTAG--TGG-ACGGT------C---GT--G-------T-CAAAC--A-TT--GC--TGACT-GG---TCCGT--A
gi|92221 : CTACCA-C-T----ATCGCA-C-A-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T-C--C-A-AAT--A-C-------G-TG-G-TTG--C------AG--A--TGG-A-GAT------C---GT--A-------A-CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GA---T-CGT--AC-TTCGGCAAA
gi|92222 : TACCA-CCT----ATTGCA-C-G-AT-GGATCTTTCA---C--C-AA-AA-----T-CG-C-AAGA---A-C-------A-TG-AATTG--C------AG--A--TGG-A-GATAG----T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GAT--T-CGT--ATCTTCGGTAAA
gi|92223 : TACCA-CCT----ATTGTA-CAG-AT-G-AT--TTCA---C--C-AA-AA-----T-CG-CCA-GA---A-CC------GCTG-A-T-G--C------AG--A--TGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-CA---T-CGT--ACTTGCG
gi|92224 : ACCA-CCT----AT-GTA-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AATAT-----T-CG-G-C-GA---A-T-------G-T--A-TTG--C------AG--A--TGGTA-GAT------T---GT--A-------GTCAAAC--A-TT--GC--CGGAT-GATATT-CGT--AC-TTCGGCAtaaa
gi|92225 : CTA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A------T-CG-C-A-AA---A-T-------G-GG-A-TTG--CAGATCTAG--A--TGG-A-AAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--TAATC-GA---T-CGT--AC-TTCGG
gi|92226 : TCGTA-C-G-AT-C-ATCTT------A--C-AA-A------T-CG-C-A-GA---AAC-------G-T--A-TTG--C------AG--AGATGG-A-GAT------T---GT--A-------G-CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--AA-TTCGG
gi|92227 : TGTG-C-G-AT-G-ATCGTGCA---C--C-AA-AAA----T-TG-C-A-AT---G-T-------G-TG-A-TTG--C------AG--A--TAG-A-GAT------A---CT--G-------G-CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GT---T-CGT--AC-CTAGGCAGA
gi|92228 : TCTTTCAAAAC--C-AA-A------TTCG-T-A-AT---A-T-------G-CA-A-TTG--C------AG--A--TGG-A-GATC-----C---AT--A-------G-C-ATC--T-GT--GC--CGACT-GA---T-GGT--AC
gi|92229 : CTTTCA---C--C-AACA------A-CG-T-A-GT---A-CCGGGTATG-CG-A-TTG--T------AA--A--TGG-C-GAT------C---GT--A-------G-CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--AC-CTCGACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 11111
lowQualScore : 2 5555 2 2 2 4 2 333 44 1 3 88 1 1 1 1 33333333333333 5555555 3 22 555555 22 00000 1 3 999999 22 8888888 22 1 22 22 1 555 1 22 2 2
lowQualScore : . .... . . . . . ... .. . . .. . . . . .............. ....... . .. ...... .. ..... . . ...... .. ....... .. . .. .. . ... . .. . .
lowQualScore : 4 0000 1 1 1 2 1 333 55 9 8 33 9 9 9 9 00000000000000 3333333 8 66 555555 66 00000 9 8 888888 66 1111111 66 9 66 66 9 222 9 66 0 1
consensus : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
Reference ( family-805 ) : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92209 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---CAGC-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C-------G--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGTAAA
gi|92210 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCT---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-CTTTCGGCAAA
gi|92211 : TCTAC-A-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T--G-C-A-GA---A-A-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGC--A-C-TTCGGTAAA
gi|92212 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--A-CA-T-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--AGG---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGACAAA
gi|92213 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AA-G-ATCTTTCA---C--C-AC-A--T-CG-C-A-GT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CAACT-CA---T-CGT--A-C-CTCGGCAAA
gi|92214 : TCTACCA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCG---CA-T-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-AAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-T-TTCGGCAAA
gi|92215 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ACCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-A---------------T-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GC--AG-------CAAAC--A-TT--GA--CGGCT-GA---T-CTT--A-C-CTCGGCA
gi|92216 : TTTACTA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----GGG-A-GAT--C---GT--GG-------CAAAA--A-TT--GC--CAACT-GT---T-CGT--A-C-TTTGGCAAA
gi|92217 : TCTACCA-CCT----ATCGTG-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AA-A--T-CT-C-A-GT---A-C-------AC-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--CTTAGT--GG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-AG---T-TGT--
gi|92218 : TCTACCA-CCT----ATTGTACC-G-ATGG-ATC-TTCA---C--C-AA-A--T-CC-C-C-G----T-C-------GC-AGTGTA-TTG--G------GG--G-----TGG-A-GAT--T---GTAAAG-------CAAAC--ACTT--GC--CCACTCGA---T-CGTAAA-C-TTCGGTAGA
gi|92219 : TCTACGA-CTTGGGTATCGTA-C-G-ATTG-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CATC-A-GA---A---------GT-G----AATGG--C------AG--AAGAGATGG-AAGAT------AT--AGGATAAGGCAAACCTA-CTTAGCGGCGATG-AA---T-CGT--A-C-TTCGGAAA
gi|92220 : TCTACCAACCT----ATTGTG-C-GTGT-G-ATCGTGCA---C--AGAA-A--T-C--C-A-AAGTTA-T-------GC-T----A-TTATAC------AGTAG-----TGG-ACGGT--C---GT--GT-------CAAAC--A-TT--GC--TGACT-GG---TCCGT--A-
gi|92221 : CTACCA-C-T----ATCGCA-C-A-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-C--C-A-AAT--A-C-------GT-G----G-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AA-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92222 : TACCA-CCT----ATTGCA-C-G-AT-GGATCTTTCA---C--C-AA-AA-T-CG-C-AAGA---A-C-------AT-G----AATTG--C------AG--A-----TGG-A-GATAGT---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GAT--T-CGT--ATC-TTCGGTAAA
gi|92223 : TACCA-CCT----ATTGTA-CAG-AT-G-AT--TTCA---C--C-AA-AA-T-CG-CCA-GA---A-CC------GCTG----A-T-G--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-CA---T-CGT--A-C-TTGCGTAAA
gi|92224 : ACCA-CCT----AT-GTA-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AATAT-T-CG-G-C-GA---A-T-------GT------A-TTG--C------AG--A-----TGGTA-GAT--T---GT--AGT------CAAAC--A-TT--GC--CGGAT-GATATT-CGT--A-C-TTCGGCA
gi|92225 : CTA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-AA---A-T-------GG-G----A-TTG--CAGATCTAG--A-----TGG-A-AAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--TAATC-GA---T-CGT--A-C-TTCGG
gi|92226 : TCGTA-C-G-AT-C-ATCTT--A---C----AA-A--T-CG-C-A-GA---AAC-------GT------A-TTG--C------AG--AGA---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-A-TTCGG
gi|92227 : GTG-C-G-AT-G-ATCGTGCA---C--C-AA-AAAT-TG-C-A-AT---G-T-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--A---CT--GG-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GT---T-CGT--A-C-CTAGGCAGA
gi|92228 : tTCTTTCAAAAC--C-AA-A--TTCG-T-A-AT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GATC-C---AT--AG-------C-ATC--T-GT--GC--CGACT-GA---T-GGT--A-C-
gi|92229 : CTTTCA---C--C-AACA--A-CG-T-A-GT---A-CCGGGTATGC-G----A-TTG--T------AA--A-----TGG-C-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-CTCGACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 11111
lowQualScore : 2 5555 2 2 2 4 2 333 44 1 3 88 1 1 1 1 33333333333333 5555555 3 22 555555 22 00000 1 3 999999 22 8888888 22 1 22 22 1 555 1 22 2 2
lowQualScore : . .... . . . . . ... .. . . .. . . . . .............. ....... . .. ...... .. ..... . . ...... .. ....... .. . .. .. . ... . .. . .
lowQualScore : 4 0000 1 1 1 2 1 333 55 9 8 33 9 9 9 9 00000000000000 3333333 8 66 555555 66 00000 9 8 888888 66 1111111 66 9 66 66 9 222 9 66 0 1
consensus : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
Reference ( family-805 ) : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92209 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---CAGC-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C-------G--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGTAAA
gi|92210 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCT---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-CTTTCGGCAAA
gi|92211 : TCTAC-A-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T--G-C-A-GA---A-A-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGC--A-C-TTCGGTAAA
gi|92212 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--A-CA-T-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--AGG---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGACAAA
gi|92213 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AA-G-ATCTTTCA---C--C-AC-A--T-CG-C-A-GT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CAACT-CA---T-CGT--A-C-CTCGGCAAA
gi|92214 : TCTACCA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCG---CA-T-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-AAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-T-TTCGGCAAA
gi|92215 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ACCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-A---------------T-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GC--AG-------CAAAC--A-TT--GA--CGGCT-GA---T-CTT--A-C-CTCGGCA
gi|92216 : TTTACTA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----GGG-A-GAT--C---GT--GG-------CAAAA--A-TT--GC--CAACT-GT---T-CGT--A-C-TTTGGCAAA
gi|92217 : TCTACCA-CCT----ATCGTG-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AA-A--T-CT-C-A-GT---A-C-------AC-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--CTTAGT--GG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-AG---T-TGT--
gi|92218 : TCTACCA-CCT----ATTGTACC-G-ATGG-ATC-TTCA---C--C-AA-A--T-CC-C-C-G----T-C-------GC-AGTGTA-TTG--G------GG--G-----TGG-A-GAT--T---GTAAAG-------CAAAC--ACTT--GC--CCACTCGA---T-CGTAAA-C-TTCGGTAGA
gi|92219 : TCTACGA-CTTGGGTATCGTA-C-G-ATTG-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CATC-A-GA---A---------GT-G----AATGG--C------AG--AAGAGATGG-AAGAT------AT--AGGATAAGGCAAACCTA-CTTAGCGGCGATG-AA---T-CGT--A-C-TTCGGAAA
gi|92220 : TCTACCAACCT----ATTGTG-C-GTGT-G-ATCGTGCA---C--AGAA-A--T-C--C-A-AAGTTA-T-------GC-T----A-TTATAC------AGTAG-----TGG-ACGGT--C---GT--GT-------CAAAC--A-TT--GC--TGACT-GG---TCCGT--A-
gi|92221 : CTACCA-C-T----ATCGCA-C-A-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-C--C-A-AAT--A-C-------GT-G----G-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AA-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92222 : TACCA-CCT----ATTGCA-C-G-AT-GGATCTTTCA---C--C-AA-AA-T-CG-C-AAGA---A-C-------AT-G----AATTG--C------AG--A-----TGG-A-GATAGT---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GAT--T-CGT--ATC-TTCGGTAAA
gi|92223 : TACCA-CCT----ATTGTA-CAG-AT-G-AT--TTCA---C--C-AA-AA-T-CG-CCA-GA---A-CC------GCTG----A-T-G--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-CA---T-CGT--A-C-TTGCGTAAA
gi|92224 : ACCA-CCT----AT-GTA-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AATAT-T-CG-G-C-GA---A-T-------GT------A-TTG--C------AG--A-----TGGTA-GAT--T---GT--AGT------CAAAC--A-TT--GC--CGGAT-GATATT-CGT--A-C-TTCGGCA
gi|92225 : CTA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-AA---A-T-------GG-G----A-TTG--CAGATCTAG--A-----TGG-A-AAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--TAATC-GA---T-CGT--A-C-TTCGG
gi|92226 : TCGTA-C-G-AT-C-ATCTT--A---C----AA-A--T-CG-C-A-GA---AAC-------GT------A-TTG--C------AG--AGA---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-A-TTCGG
gi|92227 : GTG-C-G-AT-G-ATCGTGCA---C--C-AA-AAAT-TG-C-A-AT---G-T-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--A---CT--GG-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GT---T-CGT--A-C-CTAGGCAGA
gi|92228 : tTCTTTCAAAAC--C-AA-A--TTCG-T-A-AT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GATC-C---AT--AG-------C-ATC--T-GT--GC--CGACT-GA---T-GGT--A-C-
gi|92229 : CTTTCA---C--C-AACA--A-CG-T-A-GT---A-CCGGGTATGC-G----A-TTG--T------AA--A-----TGG-C-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-CTCGACAAA
blockSeqs : A GGGT C A T G G AAA A G T AA T T C A TACCGGGTAT CAGTGT A TA AGATCT TA AGAGA T A CTTA AA GATAAGG CT C TA GG C TAT C AA T T
blockSeqs : . . . . . T . . . . C A . . . . AGTTAT CTG A . . . GG . C AGT . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . ATAC TG . . . . GA . . CC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . AACC TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAAC TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAC CA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAA CA . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAC TG . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAT TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAC CG . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAC TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAC CT . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAC TG . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAT TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AAT GG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGT TG . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TAT CA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TC CG . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA T . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
finalCons : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 11111
lowQualScore : 2 5555 2 2 2 4 2 333 44 1 3 88 1 1 1 1 33333333333333 5555555 3 22 555555 22 00000 1 3 999999 22 8888888 22 1 22 22 1 555 1 22 2 2
lowQualScore : . .... . . . . . ... .. . . .. . . . . .............. ....... . .. ...... .. ..... . . ...... .. ....... .. . .. .. . ... . .. . .
lowQualScore : 4 0000 1 1 1 2 1 333 55 9 8 33 9 9 9 9 00000000000000 3333333 8 66 555555 66 00000 9 8 888888 66 1111111 66 9 66 66 9 222 9 66 0 1
consensus : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
Reference ( family-805 ) : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GC-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92209 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---CAGC-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C-------G--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGTAAA
gi|92210 : TCTACCA-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCT---C--C-AA-A--T-CG-C-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-CTTTCGGCAAA
gi|92211 : TCTAC-A-CCT----ATTGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T--G-C-A-GA---A-A-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGC--A-C-TTCGGTAAA
gi|92212 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--A-CA-T-A-GA---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--AGG---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGACAAA
gi|92213 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AA-G-ATCTTTCA---C--C-AC-A--T-CG-C-A-GT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CAACT-CA---T-CGT--A-C-CTCGGCAAA
gi|92214 : TCTACCA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCG---CA-T-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-AAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-T-TTCGGCAAA
gi|92215 : TCTACCA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ACCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-A---------------T-G----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GC--AG-------CAAAC--A-TT--GA--CGGCT-GA---T-CTT--A-C-CTCGGCA
gi|92216 : TTTACTA-TCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-TG-C-A-GT---A-C-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----GGG-A-GAT--C---GT--GG-------CAAAA--A-TT--GC--CAACT-GT---T-CGT--A-C-TTTGGCAAA
gi|92217 : TCTACCA-CCT----ATCGTG-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AA-A--T-CT-C-A-GT---A-C-------AC-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--CTTAGT--GG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-AG---T-TGT--
gi|92218 : TCTACCA-CCT----ATTGTACC-G-ATGG-ATC-TTCA---C--C-AA-A--T-CC-C-C-G----T-C-------GC-AGTGTA-TTG--G------GG--G-----TGG-A-GAT--T---GTAAAG-------CAAAC--ACTT--GC--CCACTCGA---T-CGTAAA-C-TTCGGTAGA
gi|92219 : TCTACGA-CTTGGGTATCGTA-C-G-ATTG-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CATC-A-GA---A---------GT-G----AATGG--C------AG--AAGAGATGG-AAGAT------AT--AGGATAAGGCAAACCTA-CTTAGCGGCGATG-AA---T-CGT--A-C-TTCGGAAA
gi|92220 : TCTACCAACCT----ATTGTG-C-GTGT-G-ATCGTGCA---C--AGAA-A--T-C--C-A-AAGTTA-T-------GC-T----A-TTATAC------AGTAG-----TGG-ACGGT--C---GT--GT-------CAAAC--A-TT--GC--TGACT-GG---TCCGT--A-
gi|92221 : CTACCA-C-T----ATCGCA-C-A-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-C--C-A-AAT--A-C-------GT-G----G-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GAT--C---GT--AA-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-TTCGGCAAA
gi|92222 : TACCA-CCT----ATTGCA-C-G-AT-GGATCTTTCA---C--C-AA-AA-T-CG-C-AAGA---A-C-------AT-G----AATTG--C------AG--A-----TGG-A-GATAGT---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GAT--T-CGT--ATC-TTCGGTAAA
gi|92223 : TACCA-CCT----ATTGTA-CAG-AT-G-AT--TTCA---C--C-AA-AA-T-CG-CCA-GA---A-CC------GCTG----A-T-G--C------AG--A-----TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-CA---T-CGT--A-C-TTGCGTAAA
gi|92224 : ACCA-CCT----AT-GTA-C-G-AT-G-ATCATTCA---C--C-AATAT-T-CG-G-C-GA---A-T-------GT------A-TTG--C------AG--A-----TGGTA-GAT--T---GT--AGT------CAAAC--A-TT--GC--CGGAT-GATATT-CGT--A-C-TTCGGCA
gi|92225 : CTA-CCT----ATCGTA-C-G-AT-G-ATCTTTCA---C--C-AA-A--T-CG-C-A-AA---A-T-------GG-G----A-TTG--CAGATCTAG--A-----TGG-A-AAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--TAATC-GA---T-CGT--A-C-TTCGG
gi|92226 : TCGTA-C-G-AT-C-ATCTT--A---C----AA-A--T-CG-C-A-GA---AAC-------GT------A-TTG--C------AG--AGA---TGG-A-GAT--T---GT--AG-------CAAAC--A-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-A-TTCGG
gi|92227 : GTG-C-G-AT-G-ATCGTGCA---C--C-AA-AAAT-TG-C-A-AT---G-T-------GT-G----A-TTG--C------AG--A-----TAG-A-GAT--A---CT--GG-------CAAAC--A-TT--AC--CGACT-GT---T-CGT--A-C-CTAGGCAGA
gi|92228 : tTCTTTCAAAAC--C-AA-A--TTCG-T-A-AT---A-T-------GC-A----A-TTG--C------AG--A-----TGG-A-GATC-C---AT--AG-------C-ATC--T-GT--GC--CGACT-GA---T-GGT--A-C-
gi|92229 : CTTTCA---C--C-AACA--A-CG-T-A-GT---A-CCGGGTATGC-G----A-TTG--T------AA--A-----TGG-C-GAT--C---GT--AG-------CAAAC--G-TT--GC--CGACT-GA---T-CGT--A-C-CTCGACAAA