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lowQualScore                  :                      ...  .... ......    ..     ..      ..  .......   .     .   .. .   .  ..             
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Reference ( gi|95151 )        :      GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GTC--TATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
gi|95152                      :      GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACTCT--CC-G-C--CATA-CA-GC-AATC-G-TCT-CC--GAATTAACTAATT
gi|95153                      :      GACGTTCAAACAGAAT---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-G-C--TATACCAGGG-AATC-G-T-T-CC--AAATTAACTA
gi|95154                      :      GACGTTCAAAGAGTAA---TT----A------GCAC-CTT-----CACGCT--CT-GCC--TATA-CAGAA-AATT-G-TCT-CC--AAATTAACCAA
gi|95147                      :      GAAGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-GTTTCT---ATGCTCGCC-ACC--AATA-CAGGG-AATG-G-ACT-TG--AAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                              ...  .... ......    ..     ..      ..  ...... ..   .     .   .. .   .  ..             
lowQualScore                  :                              999  7777 444444    33     88      66  666666 99   0     0   88 0   0  88             
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Reference ( family-797 )      :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
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gi|95152                      :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACTCT--CC-GC---C--ATA-CA-GC-AATC-G-TCT-CC--GAATTAACTAATT
gi|95153                      :              GACGTTCAAACAGAAT---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-G----CT-ATACCAGGG-AATC-G-T-T-CC--AAATTAACTA
gi|95154                      :              GACGTTCAAAGAGTAA---TT----A------GCAC-CTT-----CACGCT--CT-GC---CT-ATA-CAGAA-AATT-G-TCT-CC--AAATTAACCAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                              ...  .... ......    ..     ..      ..  ...... ..   .     .   .. .   .  ..             
lowQualScore                  :                              999  7777 444444    33     88      66  666666 99   0     0   88 0   0  88             
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Reference ( family-797 )      :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
gi|95140                      :                 GTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-GTTCCTT-CTCTCT--CC-AC---CA-ATA-CATGG-AATC-G-TCT-CC--AAATAAACTAATT
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blockSeqs                     :                              .    .    .         C      TT      .   GCG    T    .     .   T  .   .  A 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      C       .   CGC    G    .     .   A  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         G      T       .   CGC    A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         A      T       .   GC     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         A      T       .   AA     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         T      T       .   TC     T    .     .   G  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         G      T       .   TC     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      G       .   AC     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   AC     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   GC     A    .     .   C  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   GC     T    .     .   C  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   GT     T    .     .   C  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   GC     T    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   GC     T    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      T       .   AC     A    .     .   T  .   .  . 
blockSeqs                     :                              .    .    .         C      .       .   G      T    .     .   C  .   .  . 
blockSeqs                     :                                                  .      .       .   G      T    .     .   C  .   .  . 
blockSeqs                     :                                                  .      .       .   .      .    .     .   .  .   .  . 
blockSeqs                     :                                                  .      .       .                                     


blockSeqCons                  :              
originalCons                  :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
finalCons                     :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT





Alignments
lowQualScore                  :                              333  4444 666666    55     44      22  555555 44   2     2   55 2   2  44             
lowQualScore                  :                              ...  .... ......    ..     ..      ..  ...... ..   .     .   .. .   .  ..             
lowQualScore                  :                              999  7777 444444    33     88      66  666666 99   0     0   88 0   0  88             
consensus                     :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
Reference ( family-797 )      :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GC---CN-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
gi|95140                      :                 GTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-GTTCCTT-CTCTCT--CC-AC---CA-ATA-CATGG-AATC-G-TCT-CC--AAATAAACTAATT
gi|95141                      :       gacacggaACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTGTCTC-CACGCA--CA-GC---CT-GTA-CAGGG-AGCT-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
gi|95142                      :         gactcaATGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCA--CTTTCCT-CACGTT--CC-GCG--AG-ATA-GAGGG-GATA-G-TCT-CCA-AAATTAACTAATT
gi|95143                      :           gacacaGCTCAAACAGTAA---TT----ACATGTAGCAC-GTTTCTT-CACGCT--CT-AA---CA-ATA-CAAGG-AAT--G-CCT-CC--AAATTAACTTATT
gi|95144                      :         gacacataGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-ATTTCAT-CACGTA--CC-TC---CA-ATA-CGGTT-AATT-A-TCT-CC--AAATT
gi|95145                      :         gacacagaGTTCAAACAGTAA---TT----A------ACAC-ATTTCAT-CACTTA--CC-TC---CA-ATA-CGGTT-AATT-A-TCT-CC--AAATT
gi|95146                      :        gacacggaCGTTCAAACAGCAAATTTT----A------TCAC-TTTTCTT-TACGCT--CC-AC---CT-CTA-CCGGG-AATT-G-TCT-CC--AAATTAACTGA
gi|95147                      :       gactcgcGAAGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-GTTTCT---ATGCTCGCC-AC---CA-ATA-CAGGG-AATG-G-ACT-TG--AAA
gi|95148                      :              gatacTCAAACAGTAA---TT----A------GCACGTTTTCT---ATGCT---C-GCCAACA-ATA-CAGGGAAATT-A-TCT-CC--AAA-TAATCAGTT
gi|95149                      :        gatacgaagGTTCAAATGGTAA---TT-------------------TCTG-CATGCT--CT-GC---CA-ATA-CAGTG-AAAT-T-TCC-CC--AAATTAACTAAT
gi|95150                      :                     gacatggaA---TT----A-------CAA-CTTTCTT-CACGCT--CT-GC---CA-TTA-CAATG-AAAT-G-TCT-CC--AAATTCACTA
gi|95151                      : acaccaagttattGACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-GT---CT-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAATTAACTAATT
gi|95152                      :              GACGTTCAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACTCT--CC-GC---C--ATA-CA-GC-AATC-G-TCT-CC--GAATTAACTAATT
gi|95153                      :              GACGTTCAAACAGAAT---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--CC-G----CT-ATACCAGGG-AATC-G-T-T-CC--AAATTAACTA
gi|95154                      :              GACGTTCAAAGAGTAA---TT----A------GCAC-CTT-----CACGCT--CT-GC---CT-ATA-CAGAA-AATT-G-TCT-CC--AAATTAACCAA
gi|95155                      :                 GTACAAACAGTAA---TT----A------GCAC-CTTTCTT-CACGCT--C
gi|95156                      :                    agAACA--AA---TT----A------GCAC--TTTCTT-CCCGCT--CC-G----CT-ATA--AGGG-AATT-G-TCTCCC--AAATT
gi|95157                      :                      AACGGTAA---TTGAATA------GCAC--TTTCCT-CACGC-----------CA-CTA-CTGTT-AATT-G-TCT-CC--AAATTAACTTATT
gi|95158                      :                                               CAA-CTTTCT--CACGCT--CC-AC---CCTATA-CAGGG-GATTTG-TCT-CC--AAATTAACTAA
gi|95159                      :                                                  -CTTTCTTTCACGCT--CCCGC---CT-ATA-CAGGG-AATC-G-TCT-CC--AAA--AACTAATT
gi|95160                      :                                                  -CTTTCTTTCACGCT--CCCGC---CT-ATA-CAGGG-AATC-GTTCT-CCAAAAATTATCTATTT