lowQualScore                  :                 11111111111111                        222                                    22222222222222222222                  111111111111111111111                                                           
lowQualScore                  :    2     5 2    55555555555555     666666  2  22      888   2 55 22         77777777    22   00000000000000000000   22 4   666666  777777777777777777777  4   77    2  55             55  2  2  2  6 2             
lowQualScore                  :    .     . .    ..............     ......  .  ..      ...   . .. ..         ........    ..   ....................   .. .   ......  .....................  .   ..    .  ..             ..  .  .  .  . .             
lowQualScore                  :    7     0 5    66666666666666     444444  2  99      333   1 77 99         66666666    99   00000000000000000000   99 2   111111  999999999999999999999  2   11    0  44             00  1  1  1  3 1             
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Reference ( gi|88548 )        : AAT-CTTTT-T-CAAA--ATAG-GTT----CAAGG------GC-AT--ACATGAA-ACCT-T-TT--TAAAGGCAG--------AGGG--GCG--------------------CGG--C-TAA------GG---------------------GC-AGG--CAGG-GCA-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88549                      : AAT-CTTTTTT-CAAA--ATGG-GTC----CAAGG------GC-AT--ACACGAT-ACCT-T-CT--TAAAGGCAG--------AGGG--GCG--------------------CGG--C-TAA------GG---------------------GC-AGG--CAGG-GCG-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCTGGAACACTG
gi|88551                      : AAT-CTTTTTT-CAAA--ATAG-TTT----CAAGG------GC-AT--ACATGAT-ACCT-T-CT--TAAAGGCAG--------AGGG--CCG--------------------CAG--C-TTA------GG---------------------GC-AGG--CAGG-GTG-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88552                      : AAT-CTTTT-T-CAAA--ATAG-GAT----CAAGG------AC-AT--ACATGAT-ACCT-T-CT--TAAAGGCAG--------AGGG--GCG--------------------CGG--C-TAA------G--------------------------GG--CAGG-GTG-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88550                      : AAT-CTTTT-T-CATA--AAAC-GTA----CAAGG------GC-AT--ACACGAT-TCCT-T-CT--TGAAGGCAG--------AGGG--GCG--------------------TGG--C-TAA------GG---------------------GC-AGG--CAGG-GCG-CAACACCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88553                      : AAT-CTTTT-T-CAAA--ATAG-GAT----CAAGG------AC-AT--ACATGGATACCT-T-CT--TAAAGGCAG--------A-GG--GCG--------------------CGG--C-TAA------GG---------------------GC--------GG-GTG-CAGCG-CCTTCT---TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
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gi|88557                      : AAT-CCTTT-T-CAAA--A--G-GTG----CAAGGCTTAGGGC-AT--ACATGAT-TCCT-T-CT--TAAAGGCAG--------AGGG--GCA--------------------CAG--C-TAATTACTTAG---------------------GC-AGG--CAGG-GCA-TAGCACCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGTGGGA
gi|88558                      : AAT-CTTTT---CAAA--AT---GTA----CAAGG------AC-AT--ACATGAT-TCCT-G-CT--TGAAGGCAG--------AGGG--GCGGCAAAGGGCAGGCGAGGGCGCGG--C-AAA------GG---------------------GC-AGGG-CAGG-GCG-CAGCGCC-TTCTA--TT-TA-TG-GCAT-AGCGGGAACACTG
gi|88560                      : AATGCTTTT-T-CAAA--AAA---TTA---CAGGG------GCGAT--ACATGTG-TCCT-T-CT--AGAAGGCAG--------AGGGTGGC---------------------CAG--C-TAA------GG----------------------C-AG---CAGG-GCG-C-GCGCCATTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88559                      : AAT-CTTTT-TTCAAA--AAAATGTA----CAAGG------GC-AT--ACATGAT-TCCC-T-CT--TGAAGGCTG--------AGGG--GCG--------------------CGG--C---A------AG---------------------GC-AGG--CAGGCGCA--GGCGCCCTTCAAC-TT-TA-TG-GCAT-AGC-GACACACTG
gi|88561                      : AAT-CTTTT-T-CAAATGAAAT-GTA----CAAGG------GC-ATTCACATGAT-TCCT-T-CT--GAAGGGCAG--------AGGG--GCG--------------------CGG--C-AAA------GG---------------------GC-AGG----GG-GCG-CGGC
gi|88562                      :  AT-CTTTT-T-CAAA--AAAT-GTA----CAAGG------GC-AT--ACATGAT-TCCT-T-CT--TGTAGGCAG--------AGGG--GTG--------------------CAG--C-TAA------AG---------------------GC-AGC--CAGG-GCG-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88563                      :  AT-CTTTT---CAAA--ATTA-ATTTGTACAAGG------GC-AT--ACATGAT-TCCT-TCTT--TGAAGGCAG--------A-GG--GCG--------------------CAG--CATAA------AG---------------------GG-AGGC-CAGG-GCGTCAGCG-CCTTCTATTTT-TA-TGCGC-T-ATCAGGAATACT
gi|88564                      :      TTTT-T-CAAAGAAAAT-GTA----CAAGG------GC-A---AC-TGAT-TCCT-T-CT--TGAAGGCAG--------AGGG--GCGAG------------------CGGTTC-TAA------GG---------------------GCCAGGGCCAGG-GCG-CAGCGCCCTTCTA--TT-TA--G-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88565                      :                                   G------GC-AT--GCATGAT-TCCAAT-CT--TAAAGGCAGCTAGATCAAGGG--GCG--------------------CAG--C-TAA------AG---------------------GC-ACA--CAGG-GCA-TAGCGCCCTTCTA--TG-TA-TG-GC-T-AACAGGA
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Alignments
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lowQualScore                  :    2      7    0000000000  1     666666  2  22    2    2   2  4          77777777    22  22    22 4   555555   2 2   44 1   666666666666666666666   1  1  44444  3333333333333333       44  2  2  2  6 2             
lowQualScore                  :    .      .    ..........  .     ......  .  ..    .    .   .  .          ........    ..  ..    .. .   ......   . .   .. .   .....................   .  .  .....  ................       ..  .  .  .  . .             
lowQualScore                  :    5      1    8888888888  0     111111  1  88    0    0   0  0          22222222    88  88    88 0   888888   0 0   88 9   222222222222222222222   9  9  88888  2222222222222222       88  0  0  0  0 0             
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Reference ( family-796 )      : AAT-CTTTTT-CAAA--AN-AG---GTNCAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88548                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AT-AG---GTTCAAGG------GC-AT--ACAT-GAAA-CCT-TT-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88549                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AT-GG---GTCCAAGG------GC-AT--ACAC-GATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCTGGAACACTG
gi|88550                      : AAT-CTTTTT-CATA--AA-AC---GTACAAGG------GC-AT--ACAC-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GTGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-AC-----AC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88551                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AT-AG---TTTCAAGG------GC-AT--ACAT-GATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--CC--GCAG--C-TTA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GTG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88552                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AT-AG---GATCAAGG------AC-AT--ACAT-GATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------G------GG--C-AGG---------------------GTG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88553                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AT-AG---GATCAAGG------AC-AT--ACATGGATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------A-GG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C---------GG---------------------GTG-CA-GC-----G-----------------CCTTCT---TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88554                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AA-AT---GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGGAAGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG--C-GGGCGCCGGCAAAGGGCAGGCAGGGCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88555                      : AAT-CTTTTT-CAAA---T-AG---TTTTAAGG------GC-AT-------------CT-T---TAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCT-CA-GC-----GC----------------CTTTCTA--TT-TG-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88556                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AT-AG---TTTAAAGG------GC-AT----------------TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCT-CA-GC-----G-----------------CCTTCTA--TT-TG-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88557                      : AAT-CCTTTT-CAAA--A---G---GTGCAAGGCTTAGGGC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--ACAG--C-TAATTACTTAGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----AC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGTGGGA
gi|88558                      : AAT-CTTTT--CAAA--AT------GTACAAGG------AC-AT--ACAT-GATT-CCT-GC-TTGAAGGCAG--------AGGG------GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG--CGAGG---------------------GCG-CG-GCAAAGGGCAGGGCAGGGCGCAGCGCCTTCTA--TT-TA-TG-GCAT-AGCGGGAACACTG
gi|88559                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AA-AAT--GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCC-TC-TTGAAGGCTG--------AGGG--GC--GCGG--C---A------AGG-C-AGG--C-A-G---------------------GCG-CAGGC-----GC----------------CCTTCAAC-TT-TA-TG-GCAT-AGC-GACACACTG
gi|88560                      : AATGCTTTTT-CAAA--AA-AT----TACAGGG------GCGAT--ACAT-GTGT-CCT-TC-TAGAAGGCAG--------AGGGTGGC---CAG--C-TAA------GG--C-AG---C-AGG---------------------GCG-C--GC-----GC----------------CATTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88561                      : AAT-CTTTTT-CAAATGAA-AT---GTACAAGG------GC-ATTCACAT-GATT-CCT-TC-TGAAGGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG-----GG---------------------GCG-CG-GC-----
gi|88562                      :  AT-CTTTTT-CAAA--AA-AT---GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGTAGGCAG--------AGGG--GT--GCAG--C-TAA------AGG-C-AGC--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88563                      :  AT-CTTTT--CAAA--ATTAATTTGTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TCTTTGAAGGCAG--------A-GG--GC--GCAG--CATAA------AGG-G-AGGC-C-AGG---------------------GCGTCA-GC-----G-----------------CCTTCTATTTT-TA-TGCGC-T-ATCAGGAATACT
gi|88564                      :      TTTTT-CAAAGAAA-AT---GTACAAGG------GC-A---AC-T-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GCGAGCGGTTC-TAA------GGGCC-AGGGCC-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA--G-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88565                      :                                 G------GC-AT--GCAT-GATT-CCAATC-TTAAAGGCAGCTAGATCAAGGG--GC--GCAG--C-TAA------AGG-C-ACA--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TG-TA-TG-GC-T-AACAGGA
gi|88566                      :                                  ------GC-AG--GCAT-GATT-CCT-TC-TTGA-GGCAG--------AAGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GT-T-AACGGGA
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Alignments
lowQualScore                  :                1111111111                                                                                                   111111111111111111111                1111111111111111                                    
lowQualScore                  :    2      7    0000000000  1     666666  2  22    2    2   2  4          77777777    22  22    22 4   555555   2 2   44 1   666666666666666666666   1  1  44444  3333333333333333       44  2  2  2  6 2             
lowQualScore                  :    .      .    ..........  .     ......  .  ..    .    .   .  .          ........    ..  ..    .. .   ......   . .   .. .   .....................   .  .  .....  ................       ..  .  .  .  . .             
lowQualScore                  :    5      1    8888888888  0     111111  1  88    0    0   0  0          22222222    88  88    88 0   888888   0 0   88 9   222222222222222222222   9  9  88888  2222222222222222       88  0  0  0  0 0             
consensus                     : AAT-CTTTTT-CAAA--AN-AG---GTNCAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
Reference ( family-796 )      : AAT-CTTTTT-CAAA--AN-AG---GTNCAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88548                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AT-AG---GTTCAAGG------GC-AT--ACAT-GAAA-CCT-TT-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88549                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AT-GG---GTCCAAGG------GC-AT--ACAC-GATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCTGGAACACTG
gi|88550                      : AAT-CTTTTT-CATA--AA-AC---GTACAAGG------GC-AT--ACAC-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GTGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-AC-----AC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88551                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AT-AG---TTTCAAGG------GC-AT--ACAT-GATA-CCT-TC-TTAAAGGCAG--------AGGG--CC--GCAG--C-TTA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GTG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
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gi|88554                      : AAT-CTTTTT-CAAA--AA-AT---GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGGAAGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG--C-GGGCGCCGGCAAAGGGCAGGCAGGGCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
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gi|88559                      : AAT-CTTTTTTCAAA--AA-AAT--GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCC-TC-TTGAAGGCTG--------AGGG--GC--GCGG--C---A------AGG-C-AGG--C-A-G---------------------GCG-CAGGC-----GC----------------CCTTCAAC-TT-TA-TG-GCAT-AGC-GACACACTG
gi|88560                      : AATGCTTTTT-CAAA--AA-AT----TACAGGG------GCGAT--ACAT-GTGT-CCT-TC-TAGAAGGCAG--------AGGGTGGC---CAG--C-TAA------GG--C-AG---C-AGG---------------------GCG-C--GC-----GC----------------CATTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88561                      : AAT-CTTTTT-CAAATGAA-AT---GTACAAGG------GC-ATTCACAT-GATT-CCT-TC-TGAAGGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG-----GG---------------------GCG-CG-GC-----
gi|88562                      :  AT-CTTTTT-CAAA--AA-AT---GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGTAGGCAG--------AGGG--GT--GCAG--C-TAA------AGG-C-AGC--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88563                      :  AT-CTTTT--CAAA--ATTAATTTGTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TCTTTGAAGGCAG--------A-GG--GC--GCAG--CATAA------AGG-G-AGGC-C-AGG---------------------GCGTCA-GC-----G-----------------CCTTCTATTTT-TA-TGCGC-T-ATCAGGAATACT
gi|88564                      :      TTTTT-CAAAGAAA-AT---GTACAAGG------GC-A---AC-T-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GCGAGCGGTTC-TAA------GGGCC-AGGGCC-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA--G-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88565                      :                                 G------GC-AT--GCAT-GATT-CCAATC-TTAAAGGCAGCTAGATCAAGGG--GC--GCAG--C-TAA------AGG-C-ACA--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TG-TA-TG-GC-T-AACAGGA
gi|88566                      :                                  ------GC-AG--GCAT-GATT-CCT-TC-TTGA-GGCAG--------AAGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GT-T-AACGGGA
gi|88567                      :                                             --ACAT-GATTTCCT-TCAGTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--CTTAA------GGG-CAAGG--C-AGG---------------------GCA-CA-G------GC----------------CTCATTA--TCATATTG-GCATAAGCGGGAAC-CTG
gi|88568                      :                                                                                                                         -AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-A-AGC


blockSeqs                     :    G      T    ATTAATTT    C     CTTAGG  G  TC    G    T   A  T          CTAGATCA    TG  GA    TT A   TTACTT   C A   GC G   CGCCGGCAAAGGGCAGGCAGG   T  G  AAAGG  AGGGCAGGGCGCAGCG       TT  A  T  C  A A
blockSeqs                     :    .      T    TGAAAT      A     .       .  .     .    .   .  A          .           .   .     .  T   .        . .   C  .   .                       .  .  .      .                      C   .  .  .  A .
blockSeqs                     :    .      T    GAAAAT      T     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  A .
blockSeqs                     :    .      .    AAAAT       T     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    ATGG        T     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    AAAC        A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    ATAG        T     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    ATAG        T     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    ATAG        G     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    AAAT        A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    ATAG        A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    AAAT        A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    AAAT        A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    TAG         A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :    .      .    AG          A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :           .    AT          A     .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :                                  .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :                                  .       .  .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
blockSeqs                     :                                             .     .    .   .  .          .           .   .     .  .   .        . .   .  .   .                       .  .  .      .                      .   .  .  .  . .
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAT-CTTTTT-CAAA--AN-AG---GTNCAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
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Alignments
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Reference ( family-796 )      : AAT-CTTTTT-CAAA--AN-AG---GTNCAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
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gi|88561                      : AAT-CTTTTT-CAAATGAA-AT---GTACAAGG------GC-ATTCACAT-GATT-CCT-TC-TGAAGGGCAG--------AGGG--GC--GCGG--C-AAA------GGG-C-AGG-----GG---------------------GCG-CG-GC-----
gi|88562                      :  AT-CTTTTT-CAAA--AA-AT---GTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TC-TTGTAGGCAG--------AGGG--GT--GCAG--C-TAA------AGG-C-AGC--C-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GC-T-AGCGGGAACACTG
gi|88563                      :  AT-CTTTT--CAAA--ATTAATTTGTACAAGG------GC-AT--ACAT-GATT-CCT-TCTTTGAAGGCAG--------A-GG--GC--GCAG--CATAA------AGG-G-AGGC-C-AGG---------------------GCGTCA-GC-----G-----------------CCTTCTATTTT-TA-TGCGC-T-ATCAGGAATACT
gi|88564                      :      TTTTT-CAAAGAAA-AT---GTACAAGG------GC-A---AC-T-GATT-CCT-TC-TTGAAGGCAG--------AGGG--GCGAGCGGTTC-TAA------GGGCC-AGGGCC-AGG---------------------GCG-CA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA--G-GC-T-AGCGGGAACACTG
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gi|88566                      :                                  ------GC-AG--GCAT-GATT-CCT-TC-TTGA-GGCAG--------AAGG--GC--GCGG--C-TAA------GGG-C-AGG--C-AGG---------------------GCA-TA-GC-----GC----------------CCTTCTA--TT-TA-TG-GT-T-AACGGGA
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