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lowQualScore                  :        3   2 2    4  55 2   22   4 4444    33    2  4 555555  2  22 2  777777 2      2 2 2       2     333  55555  7 2 2   0      33    2      
lowQualScore                  :        .   . .    .  .. .   ..   . ....    ..    .  . ......  .  .. .  ...... .      . . .       .     ...  .....  . . .   .      ..    .      
lowQualScore                  :        3   2 2    0  00 0   88   0 2222    44    0  0 888888  0  88 0  888888 0      0 0 0       0     555  33333  9 1 1   4      22    4      
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Reference ( gi|98641 )        :  TTAAAG-TGA-C-ATGATTT--C-TTA--AAT-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98642                      :  TTAAAG-TGA-C-ATGATTT--CTTTA--AAT-A----CCTA-AACAT-TT-T-------A-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98643                      :  TTAAAGCTGA-C-ATGATTT--C-TTG--AAT-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TACATGTAT-TCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
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Alignments
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lowQualScore                  :           . .    .  ..   . ..  . . ....    ..    .  . ......  .  .. .  ...... .      . . .       .     ...  .....  . . .          .. .  .      
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Reference ( family-795 )      : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC
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Alignments
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lowQualScore                  :           . .    .  ..   . ..  . . ....    ..    .  . ......  .  .. .  ...... .      . . .       .     ...  .....  . . .          .. .  .      
lowQualScore                  :           1 1    0  88   9 66  9 9 0000    99    9  8 555555  9  66 9  444444 9      9 9 9       9     333  00000  7 0 0          11 9  2      
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Reference ( family-795 )      : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC
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gi|98657                      : TTAAAGCTGAAC-AGTATAT--CAT-A--AA-T-A----CCTA-TGTTT-TC-T------CA-TC----TA------T-CCGCTA-C-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CACA-TATTCACTT
gi|98658                      :   AAAGCTGA-C-TGGAATT--CGT-A--AA-T-A----CCTA-CACAT-CTCT------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-TAGAT---AG-----CCTA-T-TT-TCTTCA
gi|98659                      :   AAAGCTGA-C-ATGAAAA--CTT-A--AA-T-G----CCTA-CACAA-TT-T------CA-TG--C-TA------T-CCGTCA-T-A-TTTCTTT-ATGAT---AG-----CCTA-T-TGTGTTCCAC--CTAT-ATA
gi|98660                      :                   TT--ATT-A--AG-T-G----C-----ACATAGT-T------CA-TC--T-TA------T-CCAGCA-T-A-TTTCTCT-CAGAT---AG-----CCTA-T-TTTGCTGTAC--CCGT-AAGTAC
gi|98661                      :                       aTT-A--AA-T-A----GATACAGCTT-TT-TGTTATACA-TG--T-TA------T-CCACCA-T-T-ATTCTTT-CAGA----AA-----CGGC-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATA


blockSeqs                     :           A G    T  TG   T CA  T G GAAC    CA    A  C GTTATA  A  AC A  CATGTA C      G T T       T     TTC  ATAGC  G T A          TA T  C
blockSeqs                     :           . .    T  T    . .   . . .       A     .  C .       .  .  .  A      .      . . .       .     .    .      G . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      C . .          .  A  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      A . .          .  G  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      G . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  C  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      C . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      C . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  C  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  G  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      G . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      C . .          .  C  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       G     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    T  .    . .   . . .       A     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  C  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       T     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      T . .          .  T  .
blockSeqs                     :           . .    A  .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      G . .                 
blockSeqs                     :                     .    . .   . . .       C     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .    .      . . .                 
blockSeqs                     :                          . .   . . .       .     .  . .       .  .  .  .      .      . . .       .     .                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC
finalCons                     : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC





Alignments
lowQualScore                  :           2 2    1  44   1 22  1 1 4444    22    1  3 555555  1  22 1  777777 1      1 1 1       1     333  55555  1 2 2          33 3  2      
lowQualScore                  :           . .    .  ..   . ..  . . ....    ..    .  . ......  .  .. .  ...... .      . . .       .     ...  .....  . . .          .. .  .      
lowQualScore                  :           1 1    0  88   9 66  9 9 0000    99    9  8 555555  9  66 9  444444 9      9 9 9       9     333  00000  7 0 0          11 9  2      
consensus                     : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC
Reference ( family-795 )      : TTAAAGCTGA-C-ATGANTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCNA-T-TTCTCTTCAC--CCGT-ATATAC
gi|98641                      : TTAAAG-TGA-C-ATGATTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98642                      : TTAAAG-TGA-C-ATGATTT--CTTTA--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T-------A-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98643                      : TTAAAGCTGA-C-ATGATTT--CTT-G--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TACATGTAT-TCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCGA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98644                      : TTAAAGCTGA-A-ATGAATT--CGT-A--AA-T-A----CCTA-CACAT-TC-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-TAGAT---AG-----CCTA-T-TTCTCGCCAC--CTGT-ATATGC
gi|98645                      : TTAAAGCTGA-C-AAGAATT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-CACTC-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-ATTTTCTTT-CAGAT---AG-----CCTA-T-TTCACGTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98646                      : TTAAAGCTGA-C-ATGAAAT--CGT-A--AA-T-A----CCTA-CACAT-TC-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-TAGAT---AG-----CCCA-T-TTCTCGCCAC--CAGT-ATATAC
gi|98647                      : TTAAAGCTGA-C-ATGATTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-A-CAT-TG-T-------A--C--T-TA------T-CCGCCA-TTA-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CCAA-T-TTCTCTTCAC--CGGT-ATATA
gi|98648                      : TTAAAGCTGA-C-ATGATTTT-CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-GT-T------CA-TC--T-TA------T--CGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGATTTCAGATAGCCCGA-T-TTCTC-TCACTACTGT-ATATAC
gi|98649                      : TTAAAGCTAA-C-ATGAAAT--CTG-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-CT-T------CA-TC--T-AA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CAGAA---AG-----CCTA-T-TTTACATCAC--CCAT-ATATAC
gi|98650                      : TTAAAGCTAA-G-ATGATTT--CTT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TT--T-TA------TCCCGCCA-T-A-TTTTCT------T---AG-----CCCA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98651                      : TTAAAGCTGA-AGATGATTT--CTT-T--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TT--T-TA------T-CCCGCA-T-A-TTTTCT------T---AG-----CCCA-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATAC
gi|98652                      : TTAAAGCTGA-C-CTGAATT--CGT-A--AA-T-A----CCTA-AACAT-TT-T------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-CA-AT---A
gi|98653                      : TTAAAGCTGA-C-ATGAATT--CAT-A--AA-T-G----CCTA-CACAT-TTCT------CA-TC--T-TG------T-CCGCCA-G-A-CTTCATT-CACAT---AG-----CCTA-T-CTTACTCTAC--CCGT-ATATA
gi|98654                      : TTTAAGCTGA-C-ATGATTT--CTT-ACAAA-TGA----CCTA-AACAT-GT-C------AA-TC--T-TAA-----T-CCGCCAGT-A-TTT--TT-CAGAT---AG-----CCTA-T-TTCTCTTCA---AGGT-ATATA
gi|98655                      : TTAAAGCTGA-C-ATGAATT--CTT-A--AATT-C----CCCA-GA----TT-T------GA-TC--T-TG------T-CCGTCA-T-A-TTTCTGT-TAAAT---AG-----C--A---TCCACTGTAC--CTGG-ATATA
gi|98656                      : TTTAAGCTGA-C-AC-ATTTTGCTT-A--AA-T-AGAACCCTA-A-CAT-TT-T------CAATCACTATA------T-CCAC-A-T-A-TTTCTTTTCAGAT---AG-----CCGATT-TTCTCTTCAA--CCGTCATATA
gi|98657                      : TTAAAGCTGAAC-AGTATAT--CAT-A--AA-T-A----CCTA-TGTTT-TC-T------CA-TC----TA------T-CCGCTA-C-A-TTTCTTT-CAGAT---AG-----CACA-TATTCACTT
gi|98658                      :   AAAGCTGA-C-TGGAATT--CGT-A--AA-T-A----CCTA-CACAT-CTCT------CA-TC--T-TA------T-CCGCCA-T-A-TTTCTTT-TAGAT---AG-----CCTA-T-TT-TCTTCA
gi|98659                      :   AAAGCTGA-C-ATGAAAA--CTT-A--AA-T-G----CCTA-CACAA-TT-T------CA-TG--C-TA------T-CCGTCA-T-A-TTTCTTT-ATGAT---AG-----CCTA-T-TGTGTTCCAC--CTAT-ATA
gi|98660                      :                   TT--ATT-A--AG-T-G----C-----ACATAGT-T------CA-TC--T-TA------T-CCAGCA-T-A-TTTCTCT-CAGAT---AG-----CCTA-T-TTTGCTGTAC--CCGT-AAGTAC
gi|98661                      :                       aTT-A--AA-T-A----GATACAGCTT-TT-TGTTATACA-TG--T-TA------T-CCACCA-T-T-ATTCTTT-CAGA----AA-----CGGC-T-TTCTCTTCAC--CTGT-ATATA