lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 666666 2 22 2 22 2 333 222222222 6666666 2 44 66 88 22 55 333
lowQualScore : ...... . .. . .. . ... ......... ....... . .. .. .. .. .. ...
lowQualScore : 222222 0 88 0 88 0 555 000000000 2222222 0 88 88 44 88 55 555
consensus : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
Reference ( gi|25171 ) : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTA-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25172 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AAATCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25173 : GCTGTCGTTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--ATAATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25174 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-ATAAA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTATAA
gi|25175 : GCTGTCGCTTGATA-T----TA-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TATGTTTTCTAA
gi|25177 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AT-TGC---A---------T---GG--T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25178 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---C-TTTT--TTCT-GGGTG-C--AT--GA---TAAGTTTTCTAA
gi|25179 : GCTGTCGCTCGATA-T----TC-G--AT-A--AA-CCC---A---------T---G---T-TTTT--CTT--GGGTG-CATAT--TA---CAAGTGTTCTAA
gi|25180 : GCTGTCGCTCGATA-TAAATTT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---T---T-TTTT--CTC--GGATG-T--AT--CA---TAAGTTTTCTGA
gi|25181 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--C-----GTTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25182 : GCTGTCGCTCAATA-C----TT-G--AT-A--AA-TCCATAA---------T---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25184 : GCTGTCAATCGATA-T----T--G--ATTA--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTTCTTC--GGGTG-T--AT--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25187 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTC-CTC----GTC-A--ATTATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25185 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---AT--------T---A---TATTTT--CTC--GGATG-C--AG--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25186 : GCTATCGCTCAATA-C----TTCG--AT-A--AA-TCC---A---------TTATA---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TAGTTTAAGTTTTCTAA
gi|25176 : GCTGTCGCTTGATA------TT-GATAT-A--AA-TCC---AT--------T---G---T-TTTT--CTCGAGGGTG-A--AT--TA---T--GTTTTC
gi|25183 : GCTGTCGCTCAGTA-C----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------TA--A---T-ATTT--CTCT-GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25188 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---AGATCCATTGT---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AA--TA---TTATTTTTCTAA
gi|25189 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------C---GATAT-TTTT--CTC--GGATGCC--AG--T----TTAGTTTTCTAA
gi|25190 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25191 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTA
Alignments
lowQualScore : 555555 1 22 1 22 1 333 999999999 7777777 1 44 66 1 22 55 333
lowQualScore : ...... . .. . .. . ... ......... ....... . .. .. . .. .. ...
lowQualScore : 555555 9 66 9 66 9 333 555555555 4444444 9 55 44 9 66 22 333
consensus : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
Reference ( family-793 ) : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25171 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTA-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25172 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AAATCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25173 : GCTGTCGTTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--ATAATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25174 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-ATAAA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTATAA
gi|25175 : GCTGTCGCTTGATA-T----TA-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TATGTTTTCTAA
gi|25176 : GCTGTCGCTTGATA------TT-GATAT-A--AA-TCC---AT--------T---G---T-TTTT--CTCGAGGGTG-A--AT--TA---T--GTTTTC
gi|25177 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AT-TGC---A---------T---GG--T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25178 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---C-TTTT--TTCT-GGGTG-C--AT--GA---TAAGTTTTCTAA
gi|25179 : GCTGTCGCTCGATA-T----TC-G--AT-A--AA-CCC---A---------T---G---T-TTTT--CTT--GGGTG-CATAT--TA---CAAGTGTTCTAA
gi|25180 : GCTGTCGCTCGATA-TAAATTT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---T---T-TTTT--CTC--GGATG-T--AT--CA---TAAGTTTTCTGA
gi|25181 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--C-----GTTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25182 : GCTGTCGCTCAATA-C----TT-G--AT-A--AA-TCCATAA---------T---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25183 : GCTGTCGCTCAGTA-C----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------TA--A---T-ATTT--CTCT-GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25184 : GCTGTCAATCGATA-T----T--G--ATTA--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTTCTTC--GGGTG-T--AT--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25185 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------TT--A---TATTTT--CTC--GGATG-C--AG--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25186 : GCTATCGCTCAATA-C----TTCG--AT-A--AA-TCC---A---------TTATA---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TAGTTTAAGTTTTCTAA
gi|25187 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTC-CTC----GTC-A--ATTATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25188 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---AGATCCATTGT---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AA--TA---TTATTTTTCTAA
gi|25189 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------C---GATAT-TTTT--CTC--GGATGCC--AG--T----TTAGTTTTCTAA
gi|25190 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25191 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTA
Alignments
lowQualScore : 555555 1 22 1 22 1 333 999999999 7777777 1 44 66 1 22 55 333
lowQualScore : ...... . .. . .. . ... ......... ....... . .. .. . .. .. ...
lowQualScore : 555555 9 66 9 66 9 333 555555555 4444444 9 55 44 9 66 22 333
consensus : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
Reference ( family-793 ) : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25171 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTA-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25172 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AAATCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25173 : GCTGTCGTTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--ATAATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25174 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-ATAAA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTATAA
gi|25175 : GCTGTCGCTTGATA-T----TA-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TATGTTTTCTAA
gi|25176 : GCTGTCGCTTGATA------TT-GATAT-A--AA-TCC---AT--------T---G---T-TTTT--CTCGAGGGTG-A--AT--TA---T--GTTTTC
gi|25177 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AT-TGC---A---------T---GG--T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25178 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---C-TTTT--TTCT-GGGTG-C--AT--GA---TAAGTTTTCTAA
gi|25179 : GCTGTCGCTCGATA-T----TC-G--AT-A--AA-CCC---A---------T---G---T-TTTT--CTT--GGGTG-CATAT--TA---CAAGTGTTCTAA
gi|25180 : GCTGTCGCTCGATA-TAAATTT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---T---T-TTTT--CTC--GGATG-T--AT--CA---TAAGTTTTCTGA
gi|25181 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--C-----GTTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25182 : GCTGTCGCTCAATA-C----TT-G--AT-A--AA-TCCATAA---------T---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25183 : GCTGTCGCTCAGTA-C----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------TA--A---T-ATTT--CTCT-GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25184 : GCTGTCAATCGATA-T----T--G--ATTA--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTTCTTC--GGGTG-T--AT--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25185 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------TT--A---TATTTT--CTC--GGATG-C--AG--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25186 : GCTATCGCTCAATA-C----TTCG--AT-A--AA-TCC---A---------TTATA---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TAGTTTAAGTTTTCTAA
gi|25187 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTC-CTC----GTC-A--ATTATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25188 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---AGATCCATTGT---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AA--TA---TTATTTTTCTAA
gi|25189 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------C---GATAT-TTTT--CTC--GGATGCC--AG--T----TTAGTTTTCTAA
gi|25190 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25191 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTA
blockSeqs : TAAAT C AT T TA A ATA GATCCATTG TATA A TC GA C AT AA GTT
blockSeqs : AT . . . . . . T GATA . C T . . TA .
blockSeqs : AT . . . . . . . GG . . T . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
finalCons : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
Alignments
lowQualScore : 555555 1 22 1 22 1 333 999999999 7777777 1 44 66 1 22 55 333
lowQualScore : ...... . .. . .. . ... ......... ....... . .. .. . .. .. ...
lowQualScore : 555555 9 66 9 66 9 333 555555555 4444444 9 55 44 9 66 22 333
consensus : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
Reference ( family-793 ) : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25171 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTA-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25172 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AAATCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25173 : GCTGTCGTTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--ATAATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25174 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-ATAAA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTATAA
gi|25175 : GCTGTCGCTTGATA-T----TA-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TATGTTTTCTAA
gi|25176 : GCTGTCGCTTGATA------TT-GATAT-A--AA-TCC---AT--------T---G---T-TTTT--CTCGAGGGTG-A--AT--TA---T--GTTTTC
gi|25177 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AT-TGC---A---------T---GG--T-TTTT--CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25178 : GCTGTCGCTCGATA-T----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---G---C-TTTT--TTCT-GGGTG-C--AT--GA---TAAGTTTTCTAA
gi|25179 : GCTGTCGCTCGATA-T----TC-G--AT-A--AA-CCC---A---------T---G---T-TTTT--CTT--GGGTG-CATAT--TA---CAAGTGTTCTAA
gi|25180 : GCTGTCGCTCGATA-TAAATTT-G--AT-A--AA-TCC---A---------T---T---T-TTTT--CTC--GGATG-T--AT--CA---TAAGTTTTCTGA
gi|25181 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTT--C-----GTTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25182 : GCTGTCGCTCAATA-C----TT-G--AT-A--AA-TCCATAA---------T---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25183 : GCTGTCGCTCAGTA-C----TT-G--AT-A--AA-TCC---A---------TA--A---T-ATTT--CTCT-GGATG-C--AG--TG---CAAGTTTTCAAA
gi|25184 : GCTGTCAATCGATA-T----T--G--ATTA--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTTCTTC--GGGTG-T--AT--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25185 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------TT--A---TATTTT--CTC--GGATG-C--AG--TT---TAAGTTTTCTAA
gi|25186 : GCTATCGCTCAATA-C----TTCG--AT-A--AA-TCC---A---------TTATA---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AG--TAGTTTAAGTTTTCTAA
gi|25187 : GCTGTCGCTCGATAAT----TT-G--AC-A--AA-TCC---A---------T---G---T-TTTTC-CTC----GTC-A--ATTATA---TAAGTTTTCTAA
gi|25188 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---AGATCCATTGT---A---T-TTTT--CTC--GGATG-C--AA--TA---TTATTTTTCTAA
gi|25189 : GCTATCGCTCAATA-C----TC-G--AT-A--AA-TCC---A---------C---GATAT-TTTT--CTC--GGATGCC--AG--T----TTAGTTTTCTAA
gi|25190 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTAA
gi|25191 : TA-T----TT-G--AT-A--AT-TCC---A---------T---G---T-TTT---CTC--GGGTG-C--AT--TA---TAAGTTTTCTA