lowQualScore                  :                                     111111111                                                                                      1111                                  
lowQualScore                  :    2 33 55 2  4444       2   55 33  111111111     55555 2 2    22 444  4    4444 2  2  2  2 2   4444 4 33  2  333 2  77 4  2   4   0000 333  2  4444     2 2     2       
lowQualScore                  :    . .. .. .  ....       .   .. ..  .........     ..... . .    .. ...  .    .... .  .  .  . .   .... . ..  .  ... .  .. .  .   .   .... ...  .  ....     . .     .       
lowQualScore                  :    4 22 66 2  7777       2   33 11  111111111     66666 2 2    99 555  2    5555 1  2  1  1 1   7777 4 11  2  999 2  99 4  2   4   8888 999  4  7777     2 2     2       
consensus                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCC-GTT----C---CCNAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAAGGT
Reference ( gi|110570 )       : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCC-GTT----C---CCAAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110571                     : AAA-A--C--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCC-GTT----C---CCAAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110572                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-GG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-ACT-A-AT-TCT-GTT----C---CCTAG----AAAAA-T-CGTCCGGGAAGGT
gi|110573                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATTTCAAA-A--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCT-GTTC---C---CCCAG----AAAAA-T-TGTCC-GGAACGT
gi|110574                     : AAA-A--T--G-GC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-AAG-A-AT-TCC-GTT----C---CCTAA----AAAAA-G-CGTCC-GGA
gi|110575                     : AAA-A--T--A-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--CTCCGA-TTAA----T-GA-TA-CA-T-ATT------A--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCC-GTT--------CCAAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAAG
gi|110577                     : AAA-A--T--G-ACAAACCGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTG--C-CGGA-TTAA----T--A-TA-CA-AGATT----ATA--CG-TG---C-AAT-A-AT-TCC--TT----C---CCAAG----AAAGA-A-CGTCC-GGAAGGT
gi|110576                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-A-------------------ACGT-----G-A-ATTT--C-C-GA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-AT-----A-A--CA-TG---T-AATTA-AT-TCC-GTT----C---CCAA-----AAAAA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110578                     : AAATA--T--G-AC----CGTCCGG-ACC--C--GG---------AACAC-----C-A-ATCT--C-TAGA-TTAA----A-GA-AG-CA-A-AAT----A-T--TG-TG---T-AAC-A-AT-TCC-GTT----C---CCTAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAAAGT
gi|110579                     : AAG-A--T--G-AC----CTTCCGGGATT--C--GG---------AAGCC-----G-A-ATTC--C-GGGA-T-AA----T-GACTA-CA-A-ATT----A-A--CGCTG---T-AAT-A-AT-TTCTGTT----C---CCAAG----AAAAA-T-CGTCC-GAA
gi|110581                     : AAA-A--TTCG-AC----CGTCCGG--TC--T--GGG--------AACAC-----A-A-ATTT--C-CGGAATTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-G--CG-TG---T-AAT-A-AT-TCC-GTTTGC-C---CTTAG----AAAAACT-CACC---GAGGGT
gi|110580                     : AAA-A--C--G-AA----CGTACCG-ATC--TCGGG---------AACGC-----GCA-ATTT--C-CGGA-TTAA----TTGA-TATCA-A-AT-----A-AGCCG-TG---T-AA--A-CT-TCC-GTT----C---CCA-G----AAAAA-T-CGTCC-GGTAG
gi|110582                     : AAA-A--TT-A-AC----CGTCCGG-ATTTAC--GGTTCATTTTCAACGCATTTTG-ACATTT--TGTAGA-GTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--TT-TG---T-AAA-A-AT-TGT-GTT----C---CCTAG----AAAAA-A-CGTCT-GGAAGGT
gi|110583                     : AAA-A--T--T-AC----CCTTCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-G
gi|110584                     : AAA-ACCT--G-AA----TGTCTGG-TTT--T--GG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-TGGA-TTAA----T-GA-T--CG-A-AAT----A-A--CA-TG---T-AA--A-AT-TTCAGTT----TGTACTAAAAATTAAAAG-T-CATTC-AAAAGAT
gi|110585                     : AAA-A--T--G-AC-----GCCTGG-ATT--C--GG---------A-CAC-----G-A-ATTTAAT-TGGA-TAAA----C-GA-GG-CA-A-ATC----AGA--TG-TG---CCAAG-AGATGTCC-GTTACCCT---CCTAG----AAAAA-TTCACCC-GGAAGGT
gi|110586                     :  AA-A--T--GTAC----CGGTCAG-ATCT-C--GG---------AAGAG-----A-A-ATTT--C-CGAAGTTAA----T-GC-TA-CATA-ATT----A-A--TG-TGGTCT-A-T-ATAT-TCT-GTG----T---CCAA------AAAA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110587                     :    -A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--T--GG---------AAGGA-----G-A-ATTT--C-GGGA-TTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--GG-TG---T-AAA-A-AT-TCC-GTT----C---CGTAG----AAAAA-T-CGTCC-GGAA
gi|110588                     :            -AC----CGTCCAA-ATC--C--AG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----C-AA-TG-CA-A-A
gi|110589                     :                                                             TTT--C-CAAA-TAAACAATT-AA-TA-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-TAA-A-AT-TTT-GAT----C---CCAGA----AAAAA-T-TGTTC-AGAAGGTacaa
gi|110590                     :                                                                                       A-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-TAA-A-AT-TTT-GTT----C---CCAGA----AAAAA-T-TGTTC-AGAAGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                     111111111                                                                                       1111                            
lowQualScore                  :    2 33 55 2  4444       2   55 22  000000000     55555 2 2    22 4    4    4444 2  2  2  2 2   4444 4 22  2  333 2 2 77 2  2   4   0000   5     2  2 2     2       
lowQualScore                  :    . .. .. .  ....       .   .. ..  .........     ..... . .    .. .    .    .... .  .  .  . .   .... . ..  .  ... . . .. .  .   .   ....   .     .  . .     .       
lowQualScore                  :    2 11 33 1  5555       1   00 99  555555555     33333 1 1    88 0    0    2222 0  1  0  0 0   5555 2 99  1  777 1 1 11 1  1   2   3333   3     2  2 2     2       
consensus                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
Reference ( family-791 )      : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110570                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110571                     : AAA-A--C--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110572                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-GG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-CT-A-AT-TCT-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCCGGGAAGGT
gi|110573                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATTTCAAA-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCT-GTTC---CCCCAGAAA-AA-T-TGTCC-GGAACGT
gi|110574                     : AAA-A--T--G-GC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AG-A-AT-TCC-GTT----CCCTAAAAA-AA-G-CGTCC-GGA
gi|110575                     : AAA-A--T--A-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--CTCCGA-TTAA----T-GA-TA-CA-T-ATT------A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT-----CCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAG
gi|110576                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-A-------------------ACGT-----G-A-ATTT--C-CG-A-TTAA----T-GA-TA-CA-A-AT-----A-A--CA-TG---T-A-ATTA-AT-TCC-GTT----CCCAA-AAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110577                     : AAA-A--T--G-ACAAACCGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTG--C-CGGA-TTAA----T--A-TA-CA-AGATT----ATA--CG-TG---C-A-AT-A-AT-TCC--TT----CCCAAGAAA-GA-A-CGTCC-GGAAGGT
gi|110578                     : AAATA--T--G-AC----CGTCCGG-ACC--C--GG---------AACAC-----C-A-ATCT--C-TAGA-TTAA----A-GA-AG-CA-A-AAT----A-T--TG-TG---T-A-AC-A-AT-TCC-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAAGT
gi|110579                     : AAG-A--T--G-AC----CTTCCGGGATT--C--GG---------AAGCC-----G-A-ATTC--C-GGGA-T-AA----T-GACTA-CA-A-ATT----A-A--CGCTG---T-A-AT-A-AT-TTCTGTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GAA
gi|110580                     : AAA-A--C--G-AA----CGTACCG-ATC--TCGGG---------AACGC-----GCA-ATTT--C-CGGA-TTAA----TTGA-TATCA-A-AT-----A-AGCCG-TG---T-A-A--A-CT-TCC-GTT----CCC-AGAAA-AA-T-CGTCC-GGTAG
gi|110581                     : AAA-A--TTCG-AC----CGTCCGG--TC--T--GGG--------AACAC-----A-A-ATTT--C-CGGAATTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-G--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTTTGC-CCTTAGAAA-AACT-CACC---GAGGGT
gi|110582                     : AAA-A--TT-A-AC----CGTCCGG-ATTTAC--GGTTCATTTTCAACGCATTTTG-ACATTT--TGTAGA-GTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--TT-TG---T-A-AA-A-AT-TGT-GTT----CCCTAGAAA-AA-A-CGTCT-GGAAGGT
gi|110583                     : AAA-A--T--T-AC----CCTTCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-G
gi|110584                     : AAA-ACCT--G-AA----TGTCTGG-TTT--T--GG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-TGGA-TTAA----T-GA-T--CG-A-AAT----A-A--CA-TG---T-A-A--A-AT-TTCAGTT----
gi|110585                     : AAA-A--T--G-AC-----GCCTGG-ATT--C--GG---------A-CAC-----G-A-ATTTAAT-TGGA-TAAA----C-GA-GG-CA-A-ATC----AGA--TG-TG---CCA-AG-AGATGTCC-GTTACCCTCCTAGAAA-AA-TTCACCC-GGAAGGTtgtactaaaaattaaaagtcattcaaaagat
gi|110586                     :  AA-A--T--GTAC----CGGTCAG-ATCT-C--GG---------AAGAG-----A-A-ATTT--C-CGAAGTTAA----T-GC-TA-CATA-ATT----A-A--TG-TGGTCT-ATAT-A--T-TCT-GTG----TCCAA--AA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110587                     :    -A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--T--GG---------AAGGA-----G-A-ATTT--C-GGGA-TTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--GG-TG---T-A-AA-A-AT-TCC-GTT----CCGTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAA
gi|110588                     :            -AC----CGTCCAA-ATC--C--AG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----C-AA-TG-CA-A-A
gi|110589                     :                                                             TTT--C-CAAA-TAAACAATT-AA-TA-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GAT----CCCAGAAAA-AA-T-TGTTC-AGAAGGTacaa
gi|110590                     :                                                                                       A-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GTT----CCC-AGAAAAAA-T-TGTTC-AGAAGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                     111111111                                                                                       1111                            
lowQualScore                  :    2 33 55 2  4444       2   55 22  000000000     55555 2 2    22 4    4    4444 2  2  2  2 2   4444 4 22  2  333 2 2 77 2  2   4   0000   5     2  2 2     2       
lowQualScore                  :    . .. .. .  ....       .   .. ..  .........     ..... . .    .. .    .    .... .  .  .  . .   .... . ..  .  ... . . .. .  .   .   ....   .     .  . .     .       
lowQualScore                  :    2 11 33 1  5555       1   00 99  555555555     33333 1 1    88 0    0    2222 0  1  0  0 0   5555 2 99  1  777 1 1 11 1  1   2   3333   3     2  2 2     2       
consensus                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
Reference ( family-791 )      : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110570                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110571                     : AAA-A--C--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110572                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-GG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-CT-A-AT-TCT-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCCGGGAAGGT
gi|110573                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATTTCAAA-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCT-GTTC---CCCCAGAAA-AA-T-TGTCC-GGAACGT
gi|110574                     : AAA-A--T--G-GC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AG-A-AT-TCC-GTT----CCCTAAAAA-AA-G-CGTCC-GGA
gi|110575                     : AAA-A--T--A-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--CTCCGA-TTAA----T-GA-TA-CA-T-ATT------A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT-----CCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAG
gi|110576                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-A-------------------ACGT-----G-A-ATTT--C-CG-A-TTAA----T-GA-TA-CA-A-AT-----A-A--CA-TG---T-A-ATTA-AT-TCC-GTT----CCCAA-AAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110577                     : AAA-A--T--G-ACAAACCGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTG--C-CGGA-TTAA----T--A-TA-CA-AGATT----ATA--CG-TG---C-A-AT-A-AT-TCC--TT----CCCAAGAAA-GA-A-CGTCC-GGAAGGT
gi|110578                     : AAATA--T--G-AC----CGTCCGG-ACC--C--GG---------AACAC-----C-A-ATCT--C-TAGA-TTAA----A-GA-AG-CA-A-AAT----A-T--TG-TG---T-A-AC-A-AT-TCC-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAAGT
gi|110579                     : AAG-A--T--G-AC----CTTCCGGGATT--C--GG---------AAGCC-----G-A-ATTC--C-GGGA-T-AA----T-GACTA-CA-A-ATT----A-A--CGCTG---T-A-AT-A-AT-TTCTGTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GAA
gi|110580                     : AAA-A--C--G-AA----CGTACCG-ATC--TCGGG---------AACGC-----GCA-ATTT--C-CGGA-TTAA----TTGA-TATCA-A-AT-----A-AGCCG-TG---T-A-A--A-CT-TCC-GTT----CCC-AGAAA-AA-T-CGTCC-GGTAG
gi|110581                     : AAA-A--TTCG-AC----CGTCCGG--TC--T--GGG--------AACAC-----A-A-ATTT--C-CGGAATTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-G--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTTTGC-CCTTAGAAA-AACT-CACC---GAGGGT
gi|110582                     : AAA-A--TT-A-AC----CGTCCGG-ATTTAC--GGTTCATTTTCAACGCATTTTG-ACATTT--TGTAGA-GTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--TT-TG---T-A-AA-A-AT-TGT-GTT----CCCTAGAAA-AA-A-CGTCT-GGAAGGT
gi|110583                     : AAA-A--T--T-AC----CCTTCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-G
gi|110584                     : AAA-ACCT--G-AA----TGTCTGG-TTT--T--GG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-TGGA-TTAA----T-GA-T--CG-A-AAT----A-A--CA-TG---T-A-A--A-AT-TTCAGTT----
gi|110585                     : AAA-A--T--G-AC-----GCCTGG-ATT--C--GG---------A-CAC-----G-A-ATTTAAT-TGGA-TAAA----C-GA-GG-CA-A-ATC----AGA--TG-TG---CCA-AG-AGATGTCC-GTTACCCTCCTAGAAA-AA-TTCACCC-GGAAGGTtgtactaaaaattaaaagtcattcaaaagat
gi|110586                     :  AA-A--T--GTAC----CGGTCAG-ATCT-C--GG---------AAGAG-----A-A-ATTT--C-CGAAGTTAA----T-GC-TA-CATA-ATT----A-A--TG-TGGTCT-ATAT-A--T-TCT-GTG----TCCAA--AA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110587                     :    -A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--T--GG---------AAGGA-----G-A-ATTT--C-GGGA-TTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--GG-TG---T-A-AA-A-AT-TCC-GTT----CCGTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAA
gi|110588                     :            -AC----CGTCCAA-ATC--C--AG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----C-AA-TG-CA-A-A
gi|110589                     :                                                             TTT--C-CAAA-TAAACAATT-AA-TA-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GAT----CCCAGAAAA-AA-T-TGTTC-AGAAGGTacaa
gi|110590                     :                                                                                       A-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GTT----CCC-AGAAAAAA-T-TGTTC-AGAAGGT


blockSeqs                     :    T CC TC T  AAAC       G   TA CG  TTCATTTTC     ATTTT C C    AA T    A    CAAT T  C  T  T G   TCAA T GC  C  GTC C T TT G  G   T   ACCC   A     A  C T     G
blockSeqs                     :    . .  T  .  .          .   T  .   G             .     . .    .  G    G    .    .  .  .  . .   .    G .   .  .   . . T  .  .   A   TGC    T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   C      C     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . G  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . C  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . A  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . G  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . T  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . A  .  .   .   .      T     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . A  .  .   .   .      A     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . A  .  .   .   .      .     .  . .     .
blockSeqs                     :    . .  .  .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . .  .  .   .   .      .     .  . .     .
blockSeqs                     :            .  .          .   .  .   .             .     . .    .  .    .    .    .  .  .  . .   .    . .   .  .   . . .  .  .   .   .                        
blockSeqs                     :                                                                .  .    .    .    .     .  . .                                                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
finalCons                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT





Alignments
lowQualScore                  :                                     111111111                                                                                       1111                            
lowQualScore                  :    2 33 55 2  4444       2   55 22  000000000     55555 2 2    22 4    4    4444 2  2  2  2 2   4444 4 22  2  333 2 2 77 2  2   4   0000   5     2  2 2     2       
lowQualScore                  :    . .. .. .  ....       .   .. ..  .........     ..... . .    .. .    .    .... .  .  .  . .   .... . ..  .  ... . . .. .  .   .   ....   .     .  . .     .       
lowQualScore                  :    2 11 33 1  5555       1   00 99  555555555     33333 1 1    88 0    0    2222 0  1  0  0 0   5555 2 99  1  777 1 1 11 1  1   2   3333   3     2  2 2     2       
consensus                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
Reference ( family-791 )      : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCNAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110570                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110571                     : AAA-A--C--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110572                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-GG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-CT-A-AT-TCT-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCCGGGAAGGT
gi|110573                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TA-CA-A-ATTTCAAA-A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCT-GTTC---CCCCAGAAA-AA-T-TGTCC-GGAACGT
gi|110574                     : AAA-A--T--G-GC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CGGA-TTAA----T-GA-TG-CA-A-ATT----A-A--CG-TG---T-A-AG-A-AT-TCC-GTT----CCCTAAAAA-AA-G-CGTCC-GGA
gi|110575                     : AAA-A--T--A-AC----CGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--CTCCGA-TTAA----T-GA-TA-CA-T-ATT------A--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTT-----CCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAG
gi|110576                     : AAA-A--T--G-AC----CGTCCGG-A-------------------ACGT-----G-A-ATTT--C-CG-A-TTAA----T-GA-TA-CA-A-AT-----A-A--CA-TG---T-A-ATTA-AT-TCC-GTT----CCCAA-AAA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110577                     : AAA-A--T--G-ACAAACCGTCCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTG--C-CGGA-TTAA----T--A-TA-CA-AGATT----ATA--CG-TG---C-A-AT-A-AT-TCC--TT----CCCAAGAAA-GA-A-CGTCC-GGAAGGT
gi|110578                     : AAATA--T--G-AC----CGTCCGG-ACC--C--GG---------AACAC-----C-A-ATCT--C-TAGA-TTAA----A-GA-AG-CA-A-AAT----A-T--TG-TG---T-A-AC-A-AT-TCC-GTT----CCCTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAAAGT
gi|110579                     : AAG-A--T--G-AC----CTTCCGGGATT--C--GG---------AAGCC-----G-A-ATTC--C-GGGA-T-AA----T-GACTA-CA-A-ATT----A-A--CGCTG---T-A-AT-A-AT-TTCTGTT----CCCAAGAAA-AA-T-CGTCC-GAA
gi|110580                     : AAA-A--C--G-AA----CGTACCG-ATC--TCGGG---------AACGC-----GCA-ATTT--C-CGGA-TTAA----TTGA-TATCA-A-AT-----A-AGCCG-TG---T-A-A--A-CT-TCC-GTT----CCC-AGAAA-AA-T-CGTCC-GGTAG
gi|110581                     : AAA-A--TTCG-AC----CGTCCGG--TC--T--GGG--------AACAC-----A-A-ATTT--C-CGGAATTAA----T-GA-TA-CA-A-ATT----A-G--CG-TG---T-A-AT-A-AT-TCC-GTTTGC-CCTTAGAAA-AACT-CACC---GAGGGT
gi|110582                     : AAA-A--TT-A-AC----CGTCCGG-ATTTAC--GGTTCATTTTCAACGCATTTTG-ACATTT--TGTAGA-GTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--TT-TG---T-A-AA-A-AT-TGT-GTT----CCCTAGAAA-AA-A-CGTCT-GGAAGGT
gi|110583                     : AAA-A--T--T-AC----CCTTCGG-ATC--C--GG---------AACGC-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----T-G
gi|110584                     : AAA-ACCT--G-AA----TGTCTGG-TTT--T--GG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-TGGA-TTAA----T-GA-T--CG-A-AAT----A-A--CA-TG---T-A-A--A-AT-TTCAGTT----
gi|110585                     : AAA-A--T--G-AC-----GCCTGG-ATT--C--GG---------A-CAC-----G-A-ATTTAAT-TGGA-TAAA----C-GA-GG-CA-A-ATC----AGA--TG-TG---CCA-AG-AGATGTCC-GTTACCCTCCTAGAAA-AA-TTCACCC-GGAAGGTtgtactaaaaattaaaagtcattcaaaagat
gi|110586                     :  AA-A--T--GTAC----CGGTCAG-ATCT-C--GG---------AAGAG-----A-A-ATTT--C-CGAAGTTAA----T-GC-TA-CATA-ATT----A-A--TG-TGGTCT-ATAT-A--T-TCT-GTG----TCCAA--AA-AA-T-CGTCC-GGAAGGT
gi|110587                     :    -A--T--G-AC----CGTCCGG-ATC--T--GG---------AAGGA-----G-A-ATTT--C-GGGA-TTAA----C-GA-TG-CA-A-AAT----A-A--GG-TG---T-A-AA-A-AT-TCC-GTT----CCGTAGAAA-AA-T-CGTCC-GGAA
gi|110588                     :            -AC----CGTCCAA-ATC--C--AG---------AACAT-----G-A-ATTT--C-CAGA-TTAA----C-AA-TG-CA-A-A
gi|110589                     :                                                             TTT--C-CAAA-TAAACAATT-AA-TA-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GAT----CCCAGAAAA-AA-T-TGTTC-AGAAGGTacaa
gi|110590                     :                                                                                       A-CA-A-AAT----A-A--TG-TG---T-T-AA-A-AT-TTT-GTT----CCC-AGAAAAAA-T-TGTTC-AGAAGGT